Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology

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Chromosome 13

Chromosome 13 : G-banding, diagram and R-banding - Claude Léonard, Jean-Loup Huret

Leukaemia     

t(1;13)(q32;q14)
t(2;13)(p16;q12)
t(3;13)(q27;q14)
t(8;13)(p12;q12)
t(12;13)(p12;q12-14) ETV6/CDX2
t(12;13)(p13;q12) ETV6/FLT3
t(12;13)(p13;q14)
t(12;13)(p13;q14) (B-ALL; ETV6 and TTL; rare)
+13,+13 or tetrasomy 13
del(13q) in ALL
del (13q) in chronic lymphoproliferative diseases
del(13q) in myeloid malignancies
del (13q)
del(13q) in multiple myeloma
del(13q) in non-Hodgkin's lymphoma

Solid Tumors     

t(1;13)(p36;q14)
t(1;13)(p36;q14)
t(2;13)(q35;q14)
t(2;13)(q35;q14)
t(11;16)(q13;p13)

Cancer prone diseases     

Retinoblastoma

All Genes by Location (Kb)
Chromosome 13 by location

Losses / Amplicons     

BONE/SOFT TISSUE

External links     

  • Chromosome 13 - HUGO Chromosomes
  • Chromosome 13 - GoldenPath - Santa Cruz
  • Chromosome 13 - Ensembl Project
  • Chromosome 13 - Map View - NCBI
  • Chromosome 13 - GDB (Genome Data Base)
  • Chromosome 13 - OMIM Gene map
  • Chromosome 13 - Genomic Variants
  • Chromosome 13 - HAPMAP Project
  • Chromosome 13 - Genome Channel - ORNL
  • Chromosome 13 - LaunchPad HGMIS
  • Chromosome 13 - Human Protein Atlas
  • Chromosome 13 - SpliceNest
  • Human BAC Resource (NCBI)
  • FISH-mapped BACs (CCAP)
  • Genetic Maps (CHLC)
  • YACs mapped by FISH (Bari)
  • PCP (Partial Chromosome Paints) (Bari)
  • Positional Cloning Project (Berlin Dahlem)
  • Mouse homology - OMIM - NCBI
  • Cancer GeneWeb
  • GeneCards (Weizmann)
  • Human Proteomics Initiative (Expasy)

    • Genes

    Annotated genes
    Ordered by Name Ordered by Location
     Kb pter-qter
    CDX2 27434.278 13q12.3
    ERCC5 102296.175 13q33
    FLT3 27475.411 13q12
    FOXO1 40027.801 13q14.1
    HSPH1 30608.763 13q12.3
    INTS6 50833.702 13q14.12-q14.2
    KLF5 72531.143 13q21.3
    LCP1 45598.059 13q14.3
    LHFP 38815.029 13q12
    LOC646982 39941.672 13q14.11
    POU4F1 78071.231 13q31.1
    RAP2A 96884.477 13q34
    RB1 47775.884 13q14.2
    STARD13 32575.307 13q12-q13
    ZMYM2 19430.810 13q11-q12
    Other genes
    possibly implicated
    in cancer
    Ordered by Name Ordered by Location
     Kb pter-qter
    ABCC4 94546.026 13q31
    AKAP11 41744.289 13q
    ALOX5AP 30207.669 13q12
    ANKRD10 110328.888 13q34
    ARHGEF7 110565.625 13q33.3
    ARL11 49100.625 13q14.12
    ATP12A 24152.695 13q11-q12.1
    ATP7B 51404.806 13q14.3
    ATP8A2 24844.209 13q12
    BRCA2 31787.617 13q12-q13
    C13orf15 40929.542 13q14.11
    C1QTNF9 23781.716 13q12.12
    CCNA1 35904.409 13q12.3-q13
    CDC16 114018.464 13q34
    CDK8 25726.756 13q12
    CENPJ 24354.412 13q12.12
    CLDN10 95002.961 13q31-q34
    COL4A1 109599.311 13q34
    COL4A2 109757.632 13q34
    CPB2 45525.323 13q14.11
    CUL4A 112911.932 13q34
    DACH1 70910.099 13q22
    DCLK1 35243.478 13q13.3
    DCT 93889.842 13q32
    DLEU1 49554.573 13q14.3
    DLEU2 49511.144 13q14
    DLEU7 50184.760 13q14.3
    DNAJC15 42495.362 13q14.1
    DNAJC3 95127.484 13q32
    EDNRB 77367.617 13q22
    EFNB2 105940.097 13q33
    ELF1 40404.164 13q13
    EPSTI1 42360.122 13q13.3
    F10 112825.114 13q34
    F7 112808.106 13q34
    FAM10A4 49644.154 13q14
    FAM48A 36481.451 13q13
    FARP1 97593.435 13q32.2
    FGF14 101171.206 13q34
    FGF9 21143.875 13q11-q12
    FLT1 27774.389 13q12
    GAS6 113546.913 13q34
    GJB2 19659.606 13q11-q12
    GJB6 19694.101 13q11-q12.1|13q12
    GPC5 90848.888 13q32
    GRK1 113369.598 13q34
    GTF3A 26896.681 13q12.3-q13.1
    HMGB1 29930.879 13q12
    HTR2A 46305.514 13q14-q21
    IFT88 20039.208 13q12.1
    ING1 110165.360 13q34
    IPO5 97403.930 13q32.2
    IRS2 109204.185 13q34
    ITM2B 47705.309 13q14.2
    KCNRG 49487.391 13q14.3
    KCTD12 76352.305 13q21
    KLF12 73158.150 13q22
    KLHL1 69172.726 13q21
    KPNA3 49171.462 13q14.3
    LAMP1 112999.470 13q34
    LATS2 20445.176 13q11-q12
    LIG4 107657.793 13q33-q34
    LNX2 27018.050 13q12.2
    MCF2L 112670.758 13q34
    MIPEP 23202.328 13q12
    MIRN15A 49521.256 13
    MIRN16-1 49521.110 13
    MIRN17 90800.860 13
    NBEA 34414.456 13q13
    NEK3 51604.780 13q14.2-q21.1
    NEK5 51536.901 13q14.2
    OLFM4 52500.973 13q14
    P2RY5 47883.183 13q14
    PARP4 23893.069 13q11
    PCCA 99539.338 13q32
    PCDH8 52316.110 13q21.1
    PCOTH 23361.028 13q12
    PDS5B 32058.592 13q12.3
    PDX1 27392.168 13q12.1
    PHF11 48967.802 13q14.11
    PIBF1 72254.231 13q21.33
    POSTN 37034.779 13q13.3
    RAB20 109973.414 13q34
    RASA3 113765.296 13q34
    RASL11A 26742.464 13q12.2
    RBM26 78792.100 13q31.1
    RCBTB1 49004.083 13q14
    RCBTB2 47961.100 13q14.3
    RFC3 33290.206 13q12.3-q13
    RNASEH2B 50381.893 13q14.3
    RNF17 24236.301 13q12.13
    RNF6 25684.905 13q12.2
    SACS 22800.965 13q11
    SAP18 20612.685 13q12.11
    SCEL 77007.860 13q22
    SLC10A2 102494.349 13q33
    SLC15A1 98134.057 13q33-q34
    SMAD9 36320.207 13q12-q14
    SOX1 111769.914 13q34
    SPATA13 23632.887 13q12.13
    SPG20 35773.775 13q13.1
    SPRY2 79808.113 13q31.1
    STK24 97900.456 13q31.2-q32.3
    TBC1D4 74756.810 13q22.2
    TFDP1 113287.057 13q34
    THSD1 51849.304 13q14.3
    TNAP 38913.303 -
    TNFRSF19 23051.639 13q12.11-q12.3
    TNFSF11 42046.298 13q14
    TNFSF13B 107719.978 13q32-q34
    TPT1 44809.304 13q12-q14
    TRIM13 49469.144 13q14
    TRPC4 37108.795 13q13.3
    TSC22D1 43905.659 13q14
    UCHL3 75021.928 13q21.33
    WASF3 26029.840 13q12

    GeneCards   GDB - List of genes

    This page should be referenced as such :
    Dessen P, Knuutila S, Huret JL Chromosome 13. Atlas Genet Cytogenet Oncol Haematol. 2002.
    URL : http://AtlasGeneticsOncology.org/Indexbychrom/idxa_13.html
    © Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology
    indexed on : Sat Nov 8 19:45:43 2008
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