Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology

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Chromosome 12

Chromosome 12 : G-banding, diagram and R-banding; left: endoreplication - Claude Léonard, Jean-Loup Huret

Leukaemia     

t(1;12)(q25;p13)
t(1;12)(p36;p13)
t(1;12)(q21;p13) (AML, ALL; ARNT and ETV6; rare)
t(1;12)(q21;q24)
t(2;12)(q31;p13)
t(3;12)(q26;q21)
t(3;12)(q27;p13) (NHL; BCL6 and GAPD; rare)
t(3;12)(q27;q12) (NHL; BCL6 and LRMP; rare)
t(3;12)(q27;q23) (NHL; BCL6 and NACA; rare)
t(3;12)(q26;p13)
t(4;12)(p16;p13)
t(4;12)(q12;p13) PDGFRA/ETV6
t(4;12)(q11-q21;p13)
t(5;12)(q31;p13) in MDS, AML and AEL
t(5;12)(q33;p13)
t(6;12)(p21;p13) in lymphoid malignancies
t(6;12)(q15;p13)/NHL (AML, T-CLD; - ; rare)
t(6;12)(q21-22;p13) (AML, B-ALL, T-ALL, CLD; FRK and ETV6 in AML; rare)
t(6;12)(q22-23;p13) (Cell line (B-ALL); STL and ETV6; rare)
t(7;12)(q36;p13)
t(7;12)(p12;q13)
t(7;12)(q34;p13)
t(8;12)(p12;p11)
t(8;12)(p12;q15)
t(8;12)(q12;p13)
t(8;12)(q22;q13)
t(8;12)(q24;q22)
t(9;12)(p24;p13)
dic(9;12)(p13;p13)
t(9;12)(q22;p12)
t(9;12)(q34;p13)
t(10;12)(q24;p13)
t(11;12)(p15;p13)
t(11;12)(q23;q13) (/HMGA2)
t(11;12)(q23;q13) (MLL/CIP29)
12p13 rearrangements in treatment related leukemia
12p rearrangements in ALL
12p abnormalities in myeloid malignancies
12p rearrangements in CLL
+12 or trisomy 12
t(12;12)(p13;q13)
t(12;13)(p12;q12-14) ETV6/CDX2
t(12;13)(p13;q12) ETV6/FLT3
t(12;13)(p13;q14)
t(12;14)(p13;q11)
t(12;14)(p13;q32)
t(12;14)(q13;q31)
t(12;15)(p13;q25)
t(12;17)(p11;q11) in AML
t(12;17)(p13;p13)
t(12;17)(p13;q11)
t(12;17)(p13;q11-21) in ALL
t(12;19)(p13;p13)
t(12;19)(q13;q13)
t(12;20)(q15;q11.2).
t(12;21)(q12;q22)
t(12;21)(q24;q22)
t(12;21)(p12;q22)
t(12;22)(p13;q11) (NHL; CCND2 and IgL; rare)
t(12;22)(p13;q11) (AML; MN1 and ETV6; rare)
t(12;22)(p13;q12)
t(12;22)(p13;q11-12)
t(14;22)(q32;q11) (MPD, AML, ALL, T-NHL, CLD; -; not rare)

Solid Tumors     

t(3;12)(q27;q15)
t(3;12)(q28;q15)
t(3;12)(q27;q15)
t(7;12)(q22;q13-14)
t(7;12)(p22;q13)
t(8;12)(p12;q15)
t(11;12)(q23;q15)
+12
t(11;16)(q13;p13)
t(12;14)(q15;q24)
t(12;14)(q14-15;q22-24)
t(12;15)(p13;q25)
t(11;22)(q24;q12)
t(12;16)(q13;p11)
t(12;16)(q13;p11)
t(12;16)(q13;p11)
t(12;15)(p13;q26)
t(12;22)(q13;q12)
t(12;22)(q13;q12)
t(12;22)(q13;q12)
t(12;22)(q13;q12)
t(12;22)(q13;q12)
t(12;16)(q13;p11)

Cancer prone diseases     

Familial liver adenomatosis
LEOPARD syndrome
Noonan syndrome

All Genes by Location (Kb)
Chromosome 12 by location

Losses / Amplicons     

BONE/SOFT TISSUE

External links     

  • Chromosome 12 - HUGO Chromosomes
  • Chromosome 12 - GoldenPath - Santa Cruz
  • Chromosome 12 - Ensembl Project
  • Chromosome 12 - Map View - NCBI
  • Chromosome 12 - OMIM Gene map
  • Chromosome 12 - Genomic Variants
  • Chromosome 12 - HAPMAP Project
  • Chromosome 12 - Genome Channel - ORNL
  • Chromosome 12 - LaunchPad HGMIS
  • Chromosome 12 - Human Protein Atlas
  • Chromosome 12 - Array BAC clone - Roswell Park Cancer Institute
  • Chromosome 12 - Human BAC Resource (NCBI)
  • Chromosome 12 FISH-mapped BACs (CCAP)
  • Genetic Maps (CHLC)
  • YACs mapped by FISH (Bari)
  • PCP (Partial Chromosome Paints) (Bari)
  • Mouse homology - OMIM - NCBI
  • Chromosome 12 Cancer GeneWeb
  • Chromosome 12 GeneCards (Weizmann)
  • Human Proteomics Initiative (Expasy)

    • Genes

    Annotated genes
    Ordered by Name Ordered by Location
     Kb pter-qter
    AGAP2 56405.261 12q13.2
    ALDH2 110688.729 12q24.12
    APAF1 97563.209 12q23
    ASCL1 101875.582 12q22-q23
    ATF1 49444.086 12q13
    CDK4 56428.270 12q13
    CDKN1B 12761.569 12p13.1-p12
    CHFR 131927.011 12q24.33
    CIP29 54437.325 12q13.2
    DDIT3 56196.638 12q13.1-q13.2
    DENR 121803.324 12q24.31
    DRAM 100795.236 12q23.2
    EP400 131000.461 12q24.33
    ERC1 970.665 12p13.3
    ETV6 11694.055 12p13
    FOXM1 2837.110 12p13
    GLI1 56140.201 12q13.2-q13.3
    HMGA2 64504.507 12q15
    JARID1A 259.484 12p11
    KITLG 87410.698 12q22
    KLRK1 10416.219 12p13.2-p12.3
    KRAS 25249.447 12p12.1
    MDM2 67488.238 12q13-q14
    P2RX7 120055.061 12q24
    PAWR 78509.876 12q21.2
    PEBP1 117058.253 12q24
    PRKAB1 118590.144 12q24.1-q24.3
    PTHLH 28006.521 12p12.1-p11.2
    PTPN11 111340.919 12q24.1
    RAP1B 67290.919 12q14
    RECQL 21513.112 12p12.1
    SOCS2 92487.729 12q
    ZNF384 6645.904 12p12
    Other genes
    possibly implicated
    in cancer
    Ordered by Name Ordered by Location
     Kb pter-qter
    A2M 9111.571 12p13.31
    ABCB9 121979.492 12q24
    ACACB 108061.585 12q24.1
    ACCN2 48737.754 12q12
    ACRBP 6617.503 12p13.31
    ACVR1B 50631.753 12q13
    ACVRL1 50587.469 12q11-q14
    ADAMTS20 42034.279 12q12
    ADCY6 47446.242 12q12-q13
    ADIPOR2 1670.508 12p13
    AICDA 8646.029 12p13
    AKAP3 4594.937 12p13.3
    ALKBH2 108010.379 12q24.11
    AMHR2 52103.908 12q13
    AMIGO2 45756.650 12q13.11
    ANAPC5 120230.433 12q24
    ANAPC7 109297.657 12q13.12
    ANKS1B 97653.202 12q23.1
    ANP32D 47152.715 12q13.11
    APOBEC1 7693.263 12p13.1
    APPL2 104091.205 12q24.1
    AQP5 48641.546 12q13
    ARF3 47616.259 12q13
    ARHGAP9 56152.305 12q13.3
    ARHGDIB 14986.217 12p12.3
    ARL1 100311.046 12q23.3
    ATF7 52192.110 12q13
    ATP2A2 109203.415 12q23-q24.1
    ATP2B1 88505.957 12q21-q23
    B4GALNT1 56305.818 12q13.3
    B4GALNT3 439.804 12p13.33
    BCAT1 24855.546 12pter-q12
    BCL2L14 12115.669 12p13-p12
    BCL7A 120944.244 12q24.1
    BHLHE41 26164.228 12p12.1
    BLOC1S1 54396.087 12q13-q14
    BRAP 110564.333 12q24
    BTG1 91058.187 12q22
    C12orf49 115637.979 12q24.22
    C12orf5 4300.620 12p13.32
    C12orf75 104248.544 12q23.3
    CACNA1C 2032.677 12p13.3
    CAMKK2 120159.878 12q24.2
    CASC1 25152.490 12p12.1
    CBX5 52910.997 12q13.13
    CCDC41 93226.187 12q22
    CCDC62 121825.026 12q24.31
    CCND2 4253.163 12p13
    CCNT1 47373.019 12q13.11
    CD163 7514.677 12p13
    CD27 6424.312 12p13
    CD4 6768.912 12pter-p12
    CD63 54405.497 12q12-q13
    CD69 9796.351 12p13-p12
    CD9 6179.816 12p13.3
    CDK2 54646.823 12q13
    CDK2AP1 122311.493 12q24.31
    CHD4 6549.509 12p13
    CHPT1 100615.548 12q
    CHST11 103374.908 12q23.3
    CIT 118607.981 12q24.23
    CKAP4 105155.790 12q23.3
    CLEC12A 10015.275 12p13.31
    CLEC1B 10036.929 12p13.31
    CLEC7A 10160.647 12p13.2
    CLIP1 121321.934 12q24.3
    CLLU1 91341.866 12q22
    CLLU1OS 91338.001 12q22
    CNOT2 68923.044 12q15
    CNTN1 39372.625 12q11-q12
    COL2A1 46653.015 12q12-q13.2
    COPS7A 6703.482 12p13.31
    CPNE8 37332.269 12q12
    CRADD 92595.282 12q21.33-q23.1
    CREBL2 12656.098 12p13
    CRY1 105909.272 12q23-q24.1
    CS 54951.750 12q13.2
    CSAD 51837.714 12q13.11-q14.3
    CSDA 10742.955 12p13.1
    CSRP2 75776.627 12q21.1
    CTDSP2 56499.977 12q13-q15
    CYP27B1 56442.384 12q13.3-q14
    DCD 53324.642 12q13.1
    DCN 90063.166 12q23
    DCTN2 56210.361 12q13.3
    DDX11 31118.046 12p11
    DDX12 9461.555 12p13.31
    DDX23 47509.806 12q13.11
    DDX47 12857.547 12p13.2
    DDX51 131187.093 12q24.33
    DDX54 112079.361 12q24.11
    DDX55 122652.625 12q24.31
    DGKA 54611.213 12q13.3
    DHH 47769.473 12q13.1
    DHX37 123997.325 12q24.31
    DIABLO 121258.163 12q24.31
    DNAJC14 54501.011 12q12
    DNAJC22 48027.308 12q13.12
    DNM1L 32723.404 12p11.21
    DPPA3 7755.356 12p13.31
    DRAM1 100795.236 12q23.2
    DTX1 111980.045 12q24.13
    DUSP6 88265.968 12q22-q23
    DYNLL1 119392.043 12q24.23
    DYRK2 66328.779 12q15
    DYRK4 4569.505 12p13.32
    E2F7 75939.157 12q21.1
    EEA1 91690.416 12q22
    ELK3 95112.338 12q23
    EMP1 13240.869 12p12.3
    ENO2 6893.875 12p13
    EPS8 15664.343 12q13
    ERBB3 54760.159 12q13
    ERGIC2 29384.846 12p11.22
    ERP29 110935.535 12q24.13
    ESPL1 51948.350 12q13.13
    FAIM2 48546.947 12q13
    FAM119B 56452.650 12q14.1
    FGD4 32546.308 12p11.1
    FGF23 4347.654 12p13
    FGF6 4413.569 12p13
    FGFR1OP2 26982.583 12p12.1
    FKBP4 2774.369 12p13.33
    FOXJ2 8076.626 12p13.31
    FOXN4 108200.166 12q24.12
    FRS2 68150.396 12q15
    FZD10 129212.985 12q24.33
    GALNT6 50032.100 12q13
    GAPDH 6513.918 12p13.31
    GDF11 54423.331 12q13.2
    GDF3 7733.648 12p13.1
    GEFT 56290.230 12q13.3
    GIT2 108851.990 12q24.1
    GLIPR1 74160.780 12q21.2
    GLS2 55151.003 12q13
    GNB3 6819.636 12p13
    GNS 63393.489 12q14
    GOLGA3 131855.568 12q24.33
    GPR19 12705.263 12p12.3
    GPRC5A 12935.223 12p13-p12.3
    GRIN2B 13605.677 12p12
    GRIP1 65027.491 12q14.3
    GTF2H3 122684.334 12q24.31
    GUCY2C 14656.836 12p12
    HDAC7 46462.774 12q13.1
    HIST4H4 14814.921 12p12.3
    HNF1A 119900.932 12q24.31
    HNRNPA1 52960.755 12q13.1
    HOXC10 52665.213 12q13.13
    HOXC11 52653.177 12q13.13
    HOXC13 52618.843 12q13.13
    HOXC6 52708.461 12q13.13
    HOXC8 52689.157 12q13.13
    HRK 115783.410 12q24.2
    HSP90B1 102848.319 12q24.2-q24.3
    HSPB8 118100.978 12q24.23
    IAPP 21417.069 12p12.1
    IFFO1 6518.955 12p13.31
    IFNG 66834.817 12q14
    IFT81 109046.523 12q24.13
    IGF1 101313.775 12q23.2
    IGFBP6 51777.703 12q13
    IKIP 97542.161 12q23.1
    IL22 66928.292 12q15
    IL23A 55018.930 12q13.2
    ING4 6629.965 12p13.32
    INHBC 56114.810 12q13
    IPO8 30673.189 12p11.21
    IRAK3 64869.245 12q14.3
    IRAK4 42439.014 12q12
    ITGA5 53075.312 12q11-q13
    ITGA7 54364.623 12q13
    ITGB7 51871.374 12q13.13
    ITPR2 26379.552 12p11.23
    KCNA1 4889.334 12p13
    KCNA5 5023.346 12p13
    KCNA6 4788.603 12p13
    KDM5A 259.484 12p11
    KLRB1 9639.137 12p13
    KLRC1 10489.904 12p13
    KLRC2 10474.471 12p13
    KLRC3 10456.181 12p13
    KLRC4 10451.250 12p13.2-p12.3
    KLRG1 9033.488 12p13.31
    KNTC1 121577.762 12q24.31
    KRT18 51629.110 12q13
    KRT5 51194.626 12q12-q13
    KRT6A 51167.225 12q12-q21
    KRT7 50913.221 12q12-q13
    KRT75 51104.121 12q13
    KRT80 50849.047 12q13.13
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    KSR2 116375.200 12q24.22-q24.23
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    LDHB 21679.543 12p12.2-p12.1
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    LETMD1 49728.351 12q13.13
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    LIMA1 48855.830 12q13.12
    LMO3 16592.574 12p13
    LOH12CR1 12401.287 12p12
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    PTPN6 6930.695 12p13.31
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    PTPRR 69318.129 12q15
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    RAD52 891.516 12p13-p12.2
    RAD9B 109424.388 12q24.13
    RAN 129922.570 12
    RAPGEF3 46414.722 12q13.1
    RARG 51890.620 12q13
    RASAL1 112021.701 12q23-q24
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    RBP5 7167.554 12p13.31
    RDH16 55631.483 12q13.3
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    RERGL 18125.070 12p12.3
    RFC5 116938.891 12q24.23
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    RPLP0 119118.886 12q24.2
    RSRC2 121555.226 12q24.31
    SARNP 54437.325 12q13.2
    SART3 107440.121 12q24.11
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    SCARB1 123828.127 12q24.31
    SCN8A 50271.287 12q13.1
    SCNN1A 6326.274 12p13
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    STAT6 55775.460 12q13
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    TIMELESS 55096.425 12q12-q13
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    YEATS4 68039.799 12q13-q15
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    ZDHHC17 75681.985 12q21.2
    ZNF10 132217.287 12q24.33

    GeneCards  

    Contributor(s)

    WrittenJul 2004Philippe Dessen, Sakari Knuutila, Jean-Loup Huret
    UpdatedJun 2009Jean-Loup Huret, Philippe Dessen

    Citation

    This paper should be referenced as such :
    Dessen P, Knuutila S, Huret JL . Chromosome . Atlas Genet Cytogenet Oncol Haematol. Jul 2004 .
    URL : http://AtlasGeneticsOncology.org/Indexbychrom/idxa_.html
    Dessen P, Huret JL . Chromosome . Atlas Genet Cytogenet Oncol Haematol. Jun 2009 .
    URL : http://AtlasGeneticsOncology.org/Indexbychrom/idxa_.html
    © Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology
    indexed on : Sat Jun 27 16:43:55 CEST 2009
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