Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology

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Chromosome 12

Chromosome 12 : G-banding, diagram and R-banding; left: endoreplication - Claude Léonard, Jean-Loup Huret
Chromosome 12 diagrams ISCN 2009 - Courtesy Nicole Chia

Leukaemia     

t(1;12)(q25;p13)
t(1;12)(p36;p13)
t(1;12)(q21;p13) (AML, ALL; ARNT and ETV6; rare)
t(1;12)(q21;q24)
t(2;12)(q31;p13)
t(3;12)(q26;q21)
t(3;12)(q27;p13)
t(3;12)(q27;q12) (NHL; BCL6 and LRMP; rare)
t(3;12)(q27;q23) (NHL; BCL6 and NACA; rare)
t(3;12)(q26;p13)
t(4;12)(p16;p13)
t(4;12)(q12;p13) PDGFRA/ETV6
t(4;12)(q11-q21;p13)
t(5;12)(q31;p13) in MDS, AML and AEL
t(5;12)(q33;q24)
t(5;12)(q33;p13)
t(6;12)(p21;p13) in lymphoid malignancies
t(6;12)(q15;p13)/NHL (AML, T-CLD; - ; rare)
t(6;12)(q21-22;p13) (AML, B-ALL, T-ALL, CLD; FRK and ETV6 in AML; rare)
t(6;12)(q22-23;p13) (Cell line (B-ALL); STL and ETV6; rare)
t(7;12)(q36;p13)
t(7;12)(p12;q13)
t(7;12)(q34;p13)
t(8;12)(p12;p11)
t(8;12)(p12;q15)
t(8;12)(q12;p13)
t(8;12)(q22;q13)
t(8;12)(q24;q22)
t(9;12)(p24;p13)
dic(9;12)(p13;p13)
t(9;12)(q22;p12)
t(9;12)(q34;p13)
t(10;12)(q24;p13)
t(11;12)(p15;p13)
t(11;12)(q23;q13) (/HMGA2)
t(11;12)(q23;q13) (MLL/CIP29)
12p13 rearrangements in treatment related leukemia
12p rearrangements in ALL
12p abnormalities in myeloid malignancies
12p rearrangements in CLL
+12 or trisomy 12
t(12;12)(p13;q13)
t(12;13)(p12;q12-14) ETV6/CDX2
t(12;13)(p13;q12) ETV6/FLT3
t(12;13)(p13;q14)
t(12;14)(p13;q11)
t(12;14)(p13;q32)
t(12;14)(q13;q31)
t(12;15)(p13;q25)
t(12;17)(p11;q11) in AML
t(12;17)(p13;p13)
t(12;17)(p13;q11)
t(12;17)(p13;q11-21) in ALL
t(12;19)(p13;p13)
t(12;19)(q13;q13)
t(12;20)(q15;q11.2).
t(12;21)(q12;q22)
t(12;21)(q24;q22)
t(12;21)(p12;q22)
t(12;22)(p13;q11) (NHL; CCND2 and IgL; rare)
t(12;22)(p13;q11) (AML; MN1 and ETV6; rare)
t(12;22)(p13;q12)
t(12;22)(p13;q11-12)
t(14;22)(q32;q11) (MPD, AML, ALL, T-NHL, CLD; -; not rare)

Solid Tumors     

t(3;12)(q27;q15)
t(3;12)(q28;q15)
t(3;12)(q27;q15)
t(7;12)(q22;q13-14)
t(7;12)(p22;q13)
t(8;12)(p12;q15)
t(11;12)(q23;q15)
+12
t(11;16)(q13;p13)
t(12;14)(q15;q24)
t(12;14)(q14-15;q22-24)
t(12;15)(p13;q25)
t(11;22)(q24;q12)
t(12;16)(q13;p11)
t(12;16)(q13;p11)
t(12;16)(q13;p11)
t(12;15)(p13;q26)
t(12;22)(q13;q12)
t(12;22)(q13;q12)
t(12;22)(q13;q12)
t(12;22)(q13;q12)
t(12;22)(q13;q12)
t(12;16)(q13;p11)

Cancer prone diseases     

Familial liver adenomatosis
LEOPARD syndrome
Noonan syndrome

All Genes by Location (Kb)
Chromosome 12 by location

Losses / Amplicons     

BONE/SOFT TISSUE

External links     

  • Chromosome 12 - HUGO Chromosomes
  • Chromosome 12 - GoldenPath - Santa Cruz
  • Chromosome 12 - Ensembl Project
  • Chromosome 12 - Map View - NCBI
  • Chromosome 12 - OMIM Gene map
  • Chromosome 12 - Genomic Variants
  • Chromosome 12 - HAPMAP Project
  • Chromosome 12 - Genome Channel - ORNL
  • Chromosome 12 - LaunchPad HGMIS
  • Chromosome 12 - Human Protein Atlas
  • Chromosome 12 - Array BAC clone - Roswell Park Cancer Institute
  • Chromosome 12 - Human BAC Resource (NCBI)
  • Chromosome 12 FISH-mapped BACs (CCAP)
  • Genetic Maps (CHLC)
  • YACs mapped by FISH (Bari)
  • PCP (Partial Chromosome Paints) (Bari)
  • Mouse homology - OMIM - NCBI
  • Chromosome 12 Cancer GeneWeb
  • Chromosome 12 GeneCards (Weizmann)
  • Human Proteomics Initiative (Expasy)

    • Genes

    Annotated genes
    Ordered by Name Ordered by Location
     Kb pter-qter
    AGAP2 58118.995 12q14.1
    ALDH2 112204.346 12q24.2
    APAF1 99039.078 12q23
    ASCL1 103351.452 12q23.2
    ATF1 51157.819 12q13
    CD9 6309.555 12p13.3
    CDK4 58142.005 12q14
    CDKN1B 12870.302 12p13.1-p12
    CHFR 133416.938 12q24.33
    DDIT3 57910.373 12q13.1-q13.2
    DENR 123237.371 12q24.31
    DRAM1 102271.105 12q23.2
    EP400 132434.508 12q24.33
    ERC1 1100.404 12p13.3
    ETV6 11802.788 12p13
    FOXM1 2966.850 12p13
    GLI1 57853.918 12q13.2-q13.3
    HMGA2 66218.240 12q15
    HOXC13 54332.576 12q13.3
    IL22 68642.025 12q15
    IL23A 56732.663 12q13.3
    KDM5A 389.223 12p11
    KITLG 88886.569 12q22
    KLRK1 10524.953 12p13.2-p12.3
    KRAS 25358.180 12p12.1
    MDM2 69201.971 12q14.3-q15
    METAP2 95867.822 12q22
    P2RX7 121570.678 12q24
    PAWR 79985.747 12q21
    PEBP1 118573.870 12q24.23
    PRKAB1 120105.761 12q24.1
    PTHLH 28115.255 12p12.1-p11.2
    PTPN11 112856.536 12q24
    RAN 131356.617 12q24.3
    RAP1B 69004.652 12q14
    RECQL 21621.845 12p12
    SLC5A8 101549.995 12q23.1-q23.2
    SOCS2 93963.598 12q
    TSPAN8 71518.877 12q14.1-q21.1
    ZNF384 6775.644 12p12
    Other genes
    possibly implicated
    in cancer
    Ordered by Name Ordered by Location
     Kb pter-qter
    A2M 9220.304 12p13.3-p12.3
    AAAS 53701.241 12q13
    ABCB9 123413.540 12q24
    ACACB 109577.202 12q24.11
    ACCN2 50451.487 12q12
    ACRBP 6747.242 12p13.31
    ACVR1B 52345.486 12q13
    ACVRL1 52301.202 12q11-q14
    ADAMTS20 43748.013 12q12
    ADCY6 49159.976 12q12-q13
    ADIPOR2 1800.247 12p13.31
    AICDA 8754.762 12p13
    AKAP3 4724.677 12p13.3
    ALKBH2 109525.993 12q24.11
    AMHR2 53817.639 12q13
    AMIGO2 47470.383 12q13.11
    ANAPC5 121746.050 12q24.31
    ANAPC7 110813.274 12q24.11
    ANKS1B 99129.071 12q23.1
    ANP32D 48866.448 12q13.11
    APOBEC1 7801.997 12p13.1
    APPL2 105567.075 12q24.1
    AQP5 50355.279 12q13
    ARF3 49329.992 12q13
    ARHGAP9 57866.039 12q14
    ARHGDIB 15094.950 12p12.3
    ARL1 101786.923 12q23.2
    ATF7 53905.845 12q13
    ATP2A2 110719.032 12q23-q24.1
    ATP2B1 89981.828 12q21.3
    ATP5B 57031.961 12q13.13
    B4GALNT1 58019.551 12q13.3
    B4GALNT3 569.543 12p13.33
    BCAT1 24964.281 12p12.1
    BCL2L14 12224.402 12p13-p12
    BCL7A 122459.861 12q24.13
    BHLHE41 26272.961 12p11.23-p12.1
    BLOC1S1 56109.820 12q13-q14
    BRAP 112079.951 12q24
    BTG1 92534.054 12q22
    C12orf49 117153.596 12q24.22
    C12orf5 4430.359 12p13.3
    C12orf75 105724.414 12q23.3
    CACNA1C 2162.416 12p13.3
    CAMKK2 121675.496 12q24.2
    CASC1 25261.227 12p12.1
    CBX5 54624.732 12q13.13
    CCDC41 94702.058 12q22
    CCDC62 123259.073 12q24.31
    CCND2 4382.902 12p13
    CCNT1 49086.752 12q11-q13.3
    CD163 7623.412 12p13.3
    CD27 6554.051 12p13
    CD4 6898.651 12pter-p12
    CD63 56119.231 12q12-q13
    CD69 9905.084 12p13-p12
    CDK17 96674.204 12q23.1
    CDK2 56360.556 12q13
    CDK2AP1 123745.542 12q24.31
    CHD4 6679.249 12p13
    CHPT1 102091.417 12q
    CHST11 104850.692 12q
    CIT 120123.598 12q24
    CKAP4 106631.660 12q23.3
    CLEC12A 10124.008 12p13.2
    CLEC1B 10145.664 12p13.2
    CLEC2A 10065.826 12p13.31
    CLEC4C 7882.011 12p13.2-p12.3
    CLEC7A 10269.376 12p13.2
    CLIP1 122755.981 12q24.3
    CLLU1 92817.735 12q22
    CLLU1OS 92813.870 12q22
    CNOT2 70636.777 12q15
    CNTN1 41086.358 12q11-q12
    COL2A1 48366.749 12q13.11
    COPS7A 6833.449 12p13.31
    CPM 69244.958 12q14.3
    CPNE8 39046.002 12q12
    CRADD 94071.151 12q21.33-q23.1
    CREBL2 12764.831 12p13
    CRY1 107385.143 12q23-q24.1
    CS 56665.483 12q13.2-q13.3
    CSAD 53551.448 12q13.11-q14.3
    CSDA 10851.678 12p13.1
    CSRP2 77252.496 12q21.1
    CTDSP2 58213.712 12q13-q15
    CYP27B1 58156.117 12q13.1-q13.3
    DCD 55038.376 12q13.1
    DCN 91539.036 12q21.33
    DCTN2 57924.094 12q13.2-q13.3
    DDX11 31226.779 12p11
    DDX12 9570.288 12p13.31
    DDX23 49223.540 12q13.12
    DDX47 12966.280 12p13.1
    DDX51 132621.142 12q24.33
    DDX54 113594.984 12q24.13
    DDX55 124086.672 12q24.31
    DGKA 56324.946 12q13.3
    DHH 49483.208 12q12-q13.1
    DHX37 125431.373 12q24.31
    DIABLO 122692.210 12q24.31
    DNAJC14 56214.744 12q13.2
    DNAJC22 49741.041 12q13.12
    DNM1L 32832.137 12p11.21
    DPPA3 7864.089 12p13.31
    DTX1 113495.662 12q24.13
    DUSP6 89741.839 12q22-q23
    DYNLL1 120907.660 12q24.23
    DYRK2 68042.512 12q15
    DYRK4 4699.244 12p13.32
    E2F7 77415.027 12q21.2
    EEA1 93166.286 12q22
    ELK3 96588.207 KIAA0399, ZZZ4, FLJ10821
    EMP1 13349.602 12p12.3
    ENDOU 48103.520 12q13.1
    ENO2 7023.614 12p13
    EPS8 15773.076 12q13
    ERBB3 56473.892 12q13
    ERGIC2 29493.580 12p11.22
    ERP29 112451.152 12q24.13
    ESPL1 53662.083 12q
    FAIM2 50260.680 12q13
    FAM119B 58166.383 12q14.1
    FBXW8 117348.761 12q24.22|tdb9938
    FGD4 32655.041 12p11.21
    FGF23 4477.393 12p13.3
    FGF6 4543.308 12p13
    FGFR1OP2 27091.305 12p11.23
    FKBP4 2904.108 12p13.33
    FOXJ2 8185.359 12p13.31
    FOXN4 109715.784 12q24.11
    FRS2 69864.129 12q15
    FZD10 130647.032 12q24.33
    GABARAPL1 10365.489 12p13.2
    GALNT6 51745.833 12q13
    GAPDH 6643.657 12p13
    GDF11 56137.064 12q13.2
    GDF3 7842.382 12p13.1
    GEFT 58003.963 12q13.3
    GIT2 110367.607 12q24.1
    GLIPR1 75874.513 12q21.2
    GLS2 56864.737 12q13
    GNB3 6949.375 12p13
    GNS 65107.224 12q14
    GOLGA3 133360.454 12q24.33
    GPD1 50497.801 12q12-q13
    GPR182 57388.355 12q13.3
    GPR19 12813.995 12p12.3
    GPRC5A 13043.956 12p13-p12.3
    GRIN2B 13714.410 12p12
    GRIP1 66741.224 12q14.3
    GTF2H3 124118.381 12q24.31
    GUCY2C 14765.570 12p12
    HDAC7 48176.509 12q13.1
    HIST4H4 14923.655 12p12.3
    HNF1A 121416.549 12q22-qter|12q24.2
    HNRNPA1 54674.488 12q13.1
    HOTAIR 54356.097 12q13.13
    HOXC10 54378.946 12q13.3
    HOXC11 54366.910 12q13.3
    HOXC6 54422.194 12q13.3
    HOXC8 54402.890 12q13.3
    HRK 117299.028 12q24.22
    HSP90B1 104324.189 12q24.2-q24.3
    HSPB8 119616.595 12q24.23
    IAPP 21525.802 12p12.3-p12.1
    IFFO1 6648.695 12p13.3
    IFNG 68548.550 12q14
    IFT81 110562.140 12q24.13
    IGF1 102789.645 12q22-q23
    IGFBP6 53491.436 12q13
    IKBIP 99018.034 12q23.1
    ING4 6759.705 12p13.31
    INHBC 57828.543 12q13.1
    INHBE 57849.111 12q13.3
    IPO8 30781.923 12p11.21
    IRAK3 66582.978 12q14.3
    IRAK4 44152.747 12q12
    ITGA5 54789.047 12q11-q13
    ITGA7 56078.356 12q13
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    STAT6 57489.195 12q13
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    XRCC6BP1 58335.445 12q14.1
    YAF2 42550.909 12q12
    YEATS4 69753.532 12q13-q15
    ZC3H10 56512.030 12q13.2
    ZDHHC17 77157.854 12q21.2
    ZNF10 133707.214 12q24.33

    GeneCards  

    Contributor(s)

    WrittenJul 2004Philippe Dessen, Sakari Knuutila, Jean-Loup Huret
    UpdatedJul 2010Jean-Loup Huret, Philippe Dessen

    Citation

    This paper should be referenced as such :
    Dessen P, Knuutila S, Huret JL . Chromosome . Atlas Genet Cytogenet Oncol Haematol. Jul 2004 .
    URL : http://AtlasGeneticsOncology.org/Indexbychrom/idxa_12.html
    Dessen P, Huret JL . Chromosome . Atlas Genet Cytogenet Oncol Haematol. Jul 2010 .
    URL : http://AtlasGeneticsOncology.org/Indexbychrom/idxa_12.html
    © Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology
    indexed on : Fri Jul 16 13:33:20 CEST 2010
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