Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology

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Chromosome 13

Chromosome 13 : G-banding, diagram and R-banding - Claude Léonard, Jean-Loup Huret
Chromosome 13 diagrams ISCN 2009 - Courtesy Nicole Chia

Leukaemia     

t(1;13)(q32;q14)
t(2;13)(p16;q12)
t(3;13)(q27;q14)
t(8;13)(p12;q12)
t(12;13)(p12;q12-14) ETV6/CDX2
t(12;13)(p13;q12) ETV6/FLT3
t(12;13)(p13;q14)
del(13q) in ALL
del (13q) in chronic lymphoproliferative diseases
del(13q) in myeloid malignancies
del (13q)
del(13q) in multiple myeloma
del(13q) in non-Hodgkin's lymphoma
+13,+13 or tetrasomy 13

Solid Tumors     

t(1;13)(p36;q14)
t(1;13)(p36;q14)
t(1;13)(p36;q14)
t(2;13)(q35;q14)
t(2;13)(q35;q14)
t(2;13)(q35;q14)
t(11;16)(q13;p13)

Cancer prone diseases     

Retinoblastoma

All Genes by Location (Kb)
Chromosome 13 by location

Losses / Amplicons     

BONE/SOFT TISSUE

External links     

  • Chromosome 13 - HUGO Chromosomes
  • Chromosome 13 - GoldenPath - Santa Cruz
  • Chromosome 13 - Ensembl Project
  • Chromosome 13 - Map View - NCBI
  • Chromosome 13 - OMIM Gene map
  • Chromosome 13 - Genomic Variants
  • Chromosome 13 - HAPMAP Project
  • Chromosome 13 - Genome Channel - ORNL
  • Chromosome 13 - LaunchPad HGMIS
  • Chromosome 13 - Human Protein Atlas
  • Chromosome 13 - Array BAC clone - Roswell Park Cancer Institute
  • Chromosome 13 - Human BAC Resource (NCBI)
  • Chromosome 13 FISH-mapped BACs (CCAP)
  • Genetic Maps (CHLC)
  • YACs mapped by FISH (Bari)
  • PCP (Partial Chromosome Paints) (Bari)
  • Mouse homology - OMIM - NCBI
  • Chromosome 13 Cancer GeneWeb
  • Chromosome 13 GeneCards (Weizmann)
  • Human Proteomics Initiative (Expasy)

    • Genes

    Annotated genes
    Ordered by Name Ordered by Location
     Kb pter-qter
    BRCA2 32889.617 13q12.3
    CDX2 28536.279 13q12.3
    ERCC5 103498.174 13q33
    FLT3 28577.412 13q12
    FOXO1 41129.803 13q14.1
    HSPH1 31710.765 13q12.3
    INTS6 51935.702 13q14.12-q14.2
    KLF5 73633.142 13q22.1
    LATS2 21547.178 13q11-q12
    LCP1 46700.059 13q14.3
    LHFP 39917.030 13q12
    LOC646982 41043.672 13q14.11
    OLFM4 53602.972 13q14.3
    POU4F1 79173.232 13q31.1
    RAP2A 98086.475 13q34
    RB1 48877.883 13q14.2
    STARD13 33677.273 13q12-q13
    ZMYM2 20532.810 13q11-q12
    Other genes
    possibly implicated
    in cancer
    Ordered by Name Ordered by Location
     Kb pter-qter
    ABCC4 95748.025 13q32
    AKAP11 42846.289 13q14.11
    ALOX5AP 31309.669 13q12
    ANKRD10 111530.888 13q34
    ARHGEF7 111767.624 13q34
    ARL11 50202.624 13q14.2
    ATP11A 113344.643 13q34
    ATP12A 25254.695 13q12.12|13q12.1-q12.3
    ATP7B 52506.806 13q14.3
    ATP8A2 25946.209 13q12
    C13orf15 42031.542 13q14.11
    C13orf18 46916.139 13q14.13
    C1QTNF9 24883.716 13q12.12
    C1QTNF9B 24465.429 13q12.12
    CAB39L 49882.787 13q14.2
    CCNA1 37006.409 13q12.3-q13
    CDC16 115000.362 13q34
    CDK8 26828.756 13q12
    CENPJ 25456.414 13q12.12
    CLDN10 96085.853 13q31-q34
    COL4A1 110801.311 13q34
    COL4A2 110959.631 13q34
    CPB2 46627.323 13q14.11
    CUL4A 113863.931 13q34
    DACH1 72012.098 13q22
    DCLK1 36343.123 13q13
    DCT 95091.843 13q32
    DLEU1 50656.572 13q14.3
    DLEU2 50613.144 13q14.3
    DLEU7 51286.759 13q14.3
    DNAJC15 43597.362 13q14.1
    DNAJC3 96329.402 13q32.1
    EDNRB 78469.616 13q22
    EFNB2 107142.098 13q33
    ELF1 41506.056 13q13
    EPSTI1 43462.122 13q13.3
    F10 113777.113 13q34
    F7 113760.105 13q34
    FAM10A4 50746.153 13q14.3
    FAM48A 37583.453 13q13.3
    FARP1 98795.434 13q32.2
    FGF14 102373.205 13q34
    FGF9 22245.215 13q11-q12
    FLT1 28959.688 13q12
    GAS6 114523.524 13q34
    GJB2 20761.606 13q11-q12
    GJB6 20796.102 13q11-q12.1|13q12
    GPC5 92050.935 13q32
    GRK1 114321.597 13q34
    GTF3A 27998.681 13q12.3-q13.1
    HMGB1 31032.881 13q12
    HTR2A 47407.513 13q14-q21
    IFT88 21141.208 13q12.1
    ING1 111367.359 13q34
    IPO5 98605.929 13q32.2
    IRS2 110406.186 13q34
    ITM2B 48807.274 13q14.3
    KBTBD7 41765.711 13q14.11
    KCNRG 50589.390 13q14.2
    KCTD12 77454.304 13q22.3
    KL 33590.571 13q12
    KLF12 74260.150 13q22
    KLHL1 70274.726 13q21
    KPNA3 50273.443 13q14.3
    LAMP1 113951.469 13q34
    LIG4 108859.794 13q33-q34
    LNX2 28120.052 13q12.2
    LPAR6 48985.184 13q14
    MCF2L 113622.757 13q34
    MIPEP 24304.329 13q12
    MTUS2 29598.748 13q12.3
    NBEA 35516.424 13q13
    NEK3 52706.780 13q14.13
    NEK5 52638.902 13q14.3
    OXGR1 97637.973 13q32.1
    PARP4 24995.075 13q11
    PCCA 100741.337 13q32
    PCDH17 58205.943 13q21.1
    PCDH8 53418.111 13q14.3-q21.1
    PCOTH 24463.028 13q12
    PDS5B 33160.592 13q12.3
    PDX1 28494.168 13q12.1
    PHF11 50069.801 13q14.2
    PIBF1 73356.230 13q22.1
    POSTN 38136.720 13q13.3
    PROZ 113812.968 13q34
    RAB20 111175.414 13q34
    RASA3 114747.195 13q34
    RASL11A 27844.464 13q12.2
    RBM26 79894.100 13q31.1
    RCBTB1 50106.082 13q14
    RCBTB2 49063.101 13q14.3
    RFC3 34392.206 13q12.3-q13
    RNASEH2B 51483.892 13q14.3
    RNF17 25338.301 13q12.12
    RNF6 26786.906 13q12.2
    SACS 23902.965 13q12
    SAP18 21714.653 13q12.11
    SCEL 78109.809 13q22
    SLC10A2 103696.350 13q33
    SLC15A1 99336.057 13q33-q34
    SMAD9 37418.969 13q12-q14
    SOX1 112721.913 13q34
    SPATA13 24734.861 13q12.12
    SPG20 36875.777 13q13.3
    SPRY2 80910.114 13q31.1
    STK24 99102.455 13q31.2-q32.3
    TBC1D4 75858.809 13q22.2
    TFDP1 114239.056 13q34
    THSD1 52951.305 13q14.3
    TNAP 40015.303 -
    TNFRSF19 24153.639 13q12.11-q12.3
    TNFSF11 43148.291 13q14
    TNFSF13B 108921.977 13q32-q34
    TPP2 103249.286 13q32-q33
    TPT1 45911.304 13q12-q14
    TRIM13 50571.143 13q14
    TRPC4 38210.775 13q13.1-q13.2
    TSC22D1 45007.661 13q14
    UCHL3 76123.927 13q22.2
    WASF3 27131.840 13q12
    ZIC2 100634.318 13q32

    GeneCards  

    Contributor(s)

    WrittenJul 2004Philippe Dessen, Sakari Knuutila, Jean-Loup Huret
    UpdatedJul 2010Jean-Loup Huret, Philippe Dessen

    Citation

    This paper should be referenced as such :
    Dessen P, Knuutila S, Huret JL . Chromosome . Atlas Genet Cytogenet Oncol Haematol. Jul 2004 .
    URL : http://AtlasGeneticsOncology.org/Indexbychrom/idxa_13.html
    Dessen P, Huret JL . Chromosome . Atlas Genet Cytogenet Oncol Haematol. Jul 2010 .
    URL : http://AtlasGeneticsOncology.org/Indexbychrom/idxa_13.html
    © Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology
    indexed on : Fri Jul 16 13:33:21 CEST 2010
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