Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology

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Chromosome 13

Chromosome 13 : G-banding, diagram and R-banding - Claude Léonard, Jean-Loup Huret

Leukaemia     

t(1;13)(q32;q14)
t(2;13)(p16;q12)
t(3;13)(q27;q14)
t(8;13)(p12;q12)
t(12;13)(p12;q12-14)
t(12;13)(p13;q12) (MPD; ETV6 and FLT3; rare)
t(12;13)(p13;q14) (B-ALL; ETV6 and TTL; rare)
+13,+13 or tetrasomy 13
del(13q) in ALL
del (13q) in chronic lymphoproliferative diseases
del(13q) in myeloid malignancies
del (13q)
del(13q) in multiple myeloma
del(13q) in non-Hodgkin's lymphoma

Solid Tumors     

t(1;13)(p36;q14)
t(1;13)(p36;q14)
t(2;13)(q35;q14)
t(2;13)(q35;q14)
t(11;16)(q13;p13)

Cancer prone diseases     

Retinoblastoma

All Genes by Location (Kb)
Chromosome 13 by location

Losses / Amplicons     

BONE/SOFT TISSUE

External links     

  • Chromosome 13 - HUGO Chromosomes
  • Chromosome 13 - GoldenPath - Santa Cruz
  • Chromosome 13 - Ensembl Project
  • Chromosome 13 - Map View - NCBI
  • Chromosome 13 - GDB (Genome Data Base)
  • Chromosome 13 - OMIM Gene map
  • Chromosome 13 - Genomic Variants
  • Chromosome 13 - HAPMAP Project
  • Chromosome 13 - Genome Channel - ORNL
  • Chromosome 13 - LaunchPad HGMIS
  • Chromosome 13 - Human Protein Atlas
  • Chromosome 13 - SpliceNest
  • Human BAC Resource (NCBI)
  • FISH-mapped BACs (CCAP)
  • Genetic Maps (CHLC)
  • YACs mapped by FISH (Bari)
  • PCP (Partial Chromosome Paints) (Bari)
  • Positional Cloning Project (Berlin Dahlem)
  • Mouse homology - OMIM - NCBI
  • Cancer GeneWeb
  • GeneCards (Weizmann)
  • Human Proteomics Initiative (Expasy)

    • Genes

    Annotated genes
    Ordered by Name Ordered by Location
     Kb pter-qter
    ZMYM2 19430.810 13q11-q12
    CDX2 27434.279 13q12.3
    FLT3 27475.411 13q12
    HSPH1 30608.765 13q12.3
    STARD13 32575.307 13q12-q13
    LHFP 38815.030 13q12
    LCP1 45598.060 13q14.3
    RB1 47775.884 13q14.2
    INTS6 50921.624 13q14.12-q14.2
    KLF5 72531.143 13q22.1
    POU4F1 78071.233 13q31.1
    RAP2A 96884.477 13q34
    ERCC5 102296.175 13q22|13q33
    Other genes
    possibly implicated
    in cancer
    Ordered by Name Ordered by Location
     Kb pter-qter
    GJB2 19659.606 13q11-q12
    GJB6 19694.101 13q11-q12.1|13q12
    IFT88 20039.208 13q12.1
    BRCD1 20039.208 -
    XRS 20039.208 13q14
    LATS2 20445.176 13q11-q12
    SAP18 20612.685 13q12.11
    FGF9 21143.875 13q11-q12
    SACS 22800.967 13q12
    TNFRSF19 23042.723 13q12.11-q12.3
    MIPEP 23202.328 13q12
    PCOTH 23361.028 13q12
    SPATA13 23632.887 13q12.12
    C1QTNF9 23781.716 13q12.12
    PARP4 23893.075 13q11
    ATP12A 24152.695 13q12.12|13q12.1-q12.3
    RNF17 24236.301 13q12.12
    CENPJ 24354.412 13q12.12
    ATP8A2 24844.209 13q12
    RNF6 25684.906 13q12.2
    CDK8 25726.756 13q12
    WASF3 26029.840 13q12
    RASL11A 26742.464 -
    GTF3A 26897.547 13q12.3-q13.1
    LNX2 27018.050 13q12.2
    PDX1 27392.157 13q12.1
    FLT1 27774.389 13q12
    HMGB1 29930.881 13q12
    ALOX5AP 30207.669 13q12
    BRCA2 31787.617 13q12.3
    PDS5B 32058.624 13q12.3
    RFC3 33290.206 13q12.3-q13
    NBEA 34414.456 13q13
    DCLK1 35243.478 13q13
    SPG20 35773.777 13q13.3
    CCNA1 35904.495 13q12.3-q13
    FAM48A 36481.453 13q13.3
    POSTN 37034.780 13q13.3
    TRPC4 37108.795 13q13.1-q13.2
    TNAP 38913.303 -
    FOXO1 40027.801 13q14.1
    ELF1 40404.165 13q13
    C13orf15 40929.542 13q14.11
    AKAP11 41744.289 13q14.11
    TNFSF11 42043.795 13q14
    EPSTI1 42360.122 13q13.3
    DNAJC15 42495.362 13q14.1
    TSC22D1 43905.661 13q14
    TPT1 44809.304 13q12-q14
    CPB2 45525.323 13q14.11
    HTR2A 46305.514 13q14-q21
    ITM2B 47705.309 13q14.3
    P2RY5 47883.185 13q14
    RCBTB2 47961.102 13q14.3
    PHF11 48968.529 13q14.3
    RCBTB1 49004.083 13q14
    ARL11 49100.625 13q14.3
    KPNA3 49171.463 13q14.3
    TRIM13 49469.144 13q14
    KCNRG 49487.391 13q14.3
    DLEU2 49511.144 13q14.3
    DLEU1 49554.573 13q14.3
    FAM10A4 49644.154 13q14.3
    DLEU7 50184.760 13q14.3
    RNASEH2B 50381.928 13q14.3
    ATP7B 51404.806 13q14.3
    NEK5 51536.903 13q14.3
    NEK3 51604.781 13q14.13
    OLFM4 52500.973 13q21.1
    PIBF1 72254.231 13q22.1
    KLF12 73158.151 13q22
    TBC1D4 74756.810 13q22.2
    UCHL3 75021.928 13q22.2
    SCEL 77007.860 13q22
    EDNRB 77368.544 13q22
    RBM26 78792.100 13q31.1
    SPRY2 79808.115 13q31.1
    GPC5 90848.888 13q32
    DCT 93889.842 13q32
    ABCC4 94470.084 13q32
    CLDN10 94883.859 13q31-q34
    DNAJC3 95127.484 13q32
    PSMC6P1 95541.094 8q12.1
    RANBP5 97403.930 13q32.2
    KRAS1P 97403.930 6p12-p11
    FARP1 97593.435 13q32.2
    STK24 97900.456 13q31.2-q32.3
    SLC15A1 98134.057 13q33-q34
    EBVS1 98744.791 1p35
    PCCA 99539.338 13q32
    FGF14 101173.038 13q34
    SLC10A2 102494.351 13q33
    EFNB2 105940.099 13q33
    LIG4 107657.794 13q33-q34
    TNFSF13B 107719.978 13q32-q34
    IRS2 109204.185 13q34
    COL4A1 109599.311 13q34
    COL4A2 109757.632 13q34
    RAB20 109973.415 13q34
    ING1 110163.084 13q34
    ANKRD10 110328.889 13q34
    ARHGEF7 110565.783 13q34
    SOX1 111769.914 13q34
    MCF2L 112704.069 13q34
    F7 112808.106 13q34
    F10 112825.114 13q34
    CUL4A 112911.087 13q34
    LAMP1 112999.470 13q34
    TFDP1 113287.057 13q34
    GRK1 113369.598 13q34
    GAS6 113546.913 13q34
    RASA3 113765.297 13q34
    CDC16 114018.464 13q34

    GeneCards   GDB - List of genes

    This page should be referenced as such :
    Dessen P, Knuutila S, Huret JL Chromosome 13. Atlas Genet Cytogenet Oncol Haematol. 2002.
    URL : http://AtlasGeneticsOncology.org/Indexbychrom/idxa_13.html
    © Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology
    indexed on : Tue Jul 1 08:53:57 2008
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