Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology

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Chromosome 20

Chromosome 20 : G-banding, diagram and R-banding - Claude Léonard, Jean-Loup Huret
Chromosome 20 diagrams ISCN 2009 - Courtesy Nicole Chia

Leukaemia     

t(8;20)(p11;q13)
t(X;20)(q13;q13.3)
t(11;20)(p15;q11)
t(11;20)(q23;q11)
t(12;20)(q15;q11.2).
dic(17;20)(p11.2;q11.2)
del(20q) in myeloid malignancies
ider(20q) in Myeloid Malignancies
t(20;21)(q11;q22)
t(20;21)(q13;q22)
dic(9;20)(p11-13;q11)

Solid Tumors     

t(X;20)(p11;q13)

Cancer prone diseases     

Alagille syndrome (AGS)
McCune Albright syndrome

All Genes by Location (Kb)
Chromosome 20 by location

Losses / Amplicons     

BONE/SOFT TISSUE

External links     

  • Chromosome 20 - HUGO Chromosomes
  • Chromosome 20 - GoldenPath - Santa Cruz
  • Chromosome 20 - Ensembl Project
  • Chromosome 20 - Map View - NCBI
  • Chromosome 20 - GDB (Genome Data Base)
  • Chromosome 20 - OMIM Gene map
  • Chromosome 20 - Genomic Variants
  • Chromosome 20 - HAPMAP Project
  • Chromosome 20 - Genome Channel - ORNL
  • Chromosome 20 - LaunchPad HGMIS
  • Chromosome 20 - Human Protein Atlas
  • Chromosome 20 - SpliceNest
  • Chromosome 20 - Array BAC clone - Roswell Park Cancer Institute
  • Chromosome 20 Human BAC Resource (NCBI)
  • Chromosome 20 FISH-mapped BACs (CCAP)
  • Genetic Maps (CHLC)
  • YACs mapped by FISH (Bari)
  • PCP (Partial Chromosome Paints) (Bari)
  • Mouse homology - OMIM - NCBI
  • Chromosome 20 Cancer GeneWeb
  • Chromosome 20 GeneCards (Weizmann)
  • Human Proteomics Initiative (Expasy)

    • Genes

    Annotated genes
    Ordered by Name Ordered by Location
     Kb pter-qter
    RASSF2 4708.670 20pter-p12.1
    PLCB1 8061.296 20p12
    JAG1 10566.332 20p12.1-p11.23
    NKX2-2 21439.652 20pter-q11.23
    BCL2L1 29715.922 20q11.21
    PLAGL2 30243.968 20q11.21
    MAPRE1 30871.360 20q11.1-q11.23
    E2F1 31726.953 20q11.2
    SRC 35406.502 20q12-q13
    BLCAP 35579.233 20q11.2-q12
    TOP1 39090.876 20q12-q13.1
    MYBL2 41729.123 20q13.1
    WISP2 42777.299 20q12-q13.1
    STK4 43028.534 20q11.2-q13.2
    UBE2C 43874.662 20q13.12
    MMP9 44070.954 20q11.2-q13.1
    NCOA3 45564.064 20q12
    PTGIS 47553.818 20q13.13
    BCAS4 48844.874 20q13.13
    ZNF217 51617.017 20q13.2
    AURKA 54377.852 20q13.2-q13.3
    SS18L1 60152.217 20q13.3
    EEF1A2 61589.810 20q13.3
    TNFRSF6B 61798.465 20q13.3
    Other genes
    possibly implicated
    in cancer
    Ordered by Name Ordered by Location
     Kb pter-qter
    NRSN2 275.370 20p13
    TRIB3 309.308 20p13-p12.2
    CSNK2A1 411.338 20p13
    TCF15 532.637 20p13
    ANGPT4 801.297 20p13
    RAD21L1 1154.764 20p13
    FKBP1A 1297.623 20p13
    SIRPB2 1403.236 20p13
    SIRPB1 1493.030 20p13
    SIRPG 1557.798 20p13
    SIRPA 1822.813 20p13
    PDYN 1907.402 20pter-p12
    STK35 2031.519 20p13
    TGM3 2224.613 20q11.2
    PTPRA 2792.841 20p13
    GNRH2 2972.268 20p13
    OXT 3000.266 20p13
    AVP 3011.202 20p13
    UBOX5 3036.219 20p13
    ITPA 3138.056 20p
    ADAM33 3596.620 20p13
    HSPA12B 3661.356 20p13
    CENPB 3712.498 20p13
    CDC25B 3724.401 20p13
    MAVS 3775.449 20p13
    RNF24 3860.069 20p13-p12.1
    SMOX 4077.450 20p13
    PRNP 4614.797 20p13
    PRND 4650.556 20pter-p12
    SLC23A2 4781.002 20p13
    PCNA 5043.599 20pter-p12
    CDS2 5055.482 20p13
    MCM8 5879.298 20p12.3
    BMP2 6696.745 20p12
    PLCB4 9024.932 20p12
    PAK7 9466.037 20p12
    SNAP25 10147.477 20p12-p11.2
    SPTLC3 12937.627 20p12.1
    OTOR 16677.003 20p12.1-p11.23
    PCSK2 17155.631 20p11.2
    DSTN 17498.599 20p12.1
    RRBP1 17542.323 20p12
    RBBP9 18415.188 20p11.2
    RIN2 19818.210 20p11.22
    INSM1 20296.765 20p11.2
    XRN2 21231.942 20p11.2-p11.1
    PAX1 21634.297 20p11.2
    FOXA2 22509.642 20p11
    SSTR4 22964.057 20p11.2
    THBD 22974.270 20p11.2
    CST3 23562.294 20p11.21
    CST1 23676.190 20p11.21
    CST5 23804.572 20p11.21
    CST7 24877.866 20p11.21
    PYGB 25176.706 20p11.2-p11.1
    NINL 25381.338 20p11.22-p11.1
    ID1 29656.753 20q11
    COX4I2 29689.352 20q11.21
    TPX2 29790.565 20q11.2
    MYLK2 29870.839 20q13.31
    HCK 30103.718 20q11-q12
    POFUT1 30259.357 20q11
    COMMD7 30754.154 20q11.21
    DNMT3B 30813.852 20q11.2
    BPIL1 31059.068 20q11.21
    RP11-49G10.8 31245.071 20q11.21
    PLUNC 31287.463 20q11.2
    C20orf114 31334.602 20q11.21
    CDK5RAP1 31410.306 20pter-q11.23
    CBFA2T2 31541.589 20q11
    ASIP 32311.832 20q11.2-q12
    AHCY 32331.737 20cen-q13.1
    ITCH 32414.723 20q11.22-q11.23
    DYNLRB1 32567.865 20q11.21
    MAP1LC3A 32610.180 20cen-q13
    PIGU 32612.007 20q11.22
    TP53INP2 32755.809 20q11.22
    NCOA6 32766.239 20q11
    GGT7 32896.184 20q11.22
    ACSS2 32926.406 20q11.22
    GSS 32979.897 20q11.2
    PROCR 33223.435 20q11.2
    MMP24 33278.117 20q11.2
    EIF6 33330.139 20q12
    UQCC 33353.795 20q11.22
    GDF5 33484.563 20q11.2
    ERGIC3 33593.192 20pter-q12
    CPNE1 33677.382 20q11.22
    ROMO1 33750.646 20q11.22
    RBM39 33754.945 20q11.22
    TGIF2 34635.424 20q11.2-q12
    SLA2 34674.336 20q11.23
    NDRG3 34713.583 20q11.21-q11.23
    RBL1 35059.592 20q11.2
    RPN2 35240.870 20q12-q13.1
    GHRH 35312.904 20q11.2
    NNAT 35583.021 20q11.2-q12
    CTNNBL1 35755.848 20q11.23-q12
    TGM2 36190.278 20q12
    BPI 36365.966 20q11.23-q12
    LBP 36408.299 20q11.23-q12
    ACTR5 36810.511 20q11.23
    PPP1R16B 36867.762 20q11.23
    DHX35 37024.414 20q11.22-q12
    MAFB 38747.931 20q11.2-q13.1
    PLCG1 39199.575 20q12-q13.1
    EMILIN3 39422.020 20q11.2-q12
    CHD6 39464.584 20q12
    PTPRT 40134.806 20q12-q13
    SFRS6 41519.918 20q12-q13.1
    L3MBTL 41576.467 20q13.12
    SGK2 41628.151 20q13.2
    HNF4A 42463.338 20q12-q13.1
    SERINC3 42561.315 20q13.1-q13.3
    ADA 42681.577 20q12-q13.11
    YWHAB 42947.758 20q13.1
    TOMM34 43004.185 -
    WFDC5 43171.507 20q13.12
    SEMG1 43269.088 20q12-q13.2
    SLPI 43314.293 20q12
    SDC4 43387.343 20q12
    PIGT 43478.138 20q12-q13.12
    WFDC2 43531.808 20q12-q13.2
    NEURL2 43950.674 20q13.12
    CTSA 43952.998 20q13.1
    NCOA5 44123.033 20q12-q13.12
    CD40 44180.313 20q12-q13.2
    CDH22 44235.783 20q13.1
    SLC35C2 44411.584 20q13.12
    TP53RK 44746.411 20q13.2
    EYA2 44956.916 20q13.1
    ZMYND8 45271.788 20q13.12
    SULF2 45719.559 20q12-q13.2
    PREX1 46674.200 20q13.13
    ARFGEF2 46971.682 20q13.13
    CSE1L 47096.245 20q13
    STAU1 47163.283 20q13.1
    DDX27 47269.239 20q13.13
    ZNFX1 47295.846 20q13.13
    B4GALT5 47682.890 20q13.1-q13.2
    SLC9A8 47862.657 20q13.13
    SNAI1 48032.934 20q13.1-q13.2
    TMEM189-UBE2V1 48131.068 20q13.2
    UBE2V1 48131.068 20q13.2
    CEBPB 48240.783 20q13.1
    PTPN1 48560.298 20q13.1-q13.2
    ADNP 48940.290 20q13.13
    NFATC2 49441.173 20q13.2-q13.3
    SALL4 49833.990 20q13.13-q13.2
    BCAS1 51993.486 20q13.2
    CYP24A1 52203.395 20q13
    CSTF1 54400.834 20q13.2
    TFAP2C 54637.765 20q13.2
    BMP7 55177.216 20q13
    CTCFL 55505.630 20q13.31
    ZBP1 55612.308 20q13.31
    PMEPA1 55656.858 20q13.31|20q13.31-q13.33
    C20orf85 56159.389 20q13.32
    PPP4R1L 56246.380 20q13.32
    RAB22A 56318.177 20q13.32
    GNAS 56899.821 20q13.3
    CTSZ 57003.638 20q13
    TUBB1 57027.704 20q13.32
    ATP5E 57037.128 20q13.32
    EDN3 57308.894 20q13.2-q13.3
    PPP1R3D 57945.282 20q13.3
    CDH4 59260.954 20q13.3
    PSMA7 60145.186 20q13.33
    HRH3 60223.412 20q13.33
    ADRM1 60311.422 20q13.33
    LAMA5 60317.516 20q13.2-q13.3
    GATA5 60471.948 20q13.33
    NTSR1 60810.634 20q13
    OGFR 60906.622 20q13.3
    DIDO1 61006.800 20q13.33
    BIRC7 61337.721 20q13.3
    CHRNA4 61445.109 20q13.2-q13.3
    PTK6 61630.220 20q13.3
    SRMS 61642.607 -
    RTEL1 61760.091 20q13.3
    ARFRP1 61800.440 20q13.3
    TPD52L2 61967.034 20q13.2-q13.3
    DNAJC5 61996.962 20q13.33
    UCKL1 62041.632 20q13.33
    PRPF6 62082.875 20q13.33
    RGS19 62174.979 20q13.33
    MYT1 62266.271 20q13.33

    GeneCards  

    Contributor(s)

    WrittenJul 2004Philippe Dessen, Sakari Knuutila, Jean-Loup Huret
    Updated Jean-Loup Huret, Philippe Dessen

    Citation

    This paper should be referenced as such :
    Dessen P, Knuutila S, Huret JL . Chromosome . Atlas Genet Cytogenet Oncol Haematol. Jul 2004 .
    URL : http://AtlasGeneticsOncology.org/Indexbychrom/idxa_.html
    Dessen P, Huret JL . Chromosome . Atlas Genet Cytogenet Oncol Haematol. .
    URL : http://AtlasGeneticsOncology.org/Indexbychrom/idxa_.html
    © Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology
    indexed on : Mon Mar 8 20:27:45 CET 2010
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