Chromosome 13

Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology


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ENTITIES: by Chromosome band

X Y 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22

Chromosome 13


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Band 13q11

chr13:17700000-18900000 (1200 Kb)

  • Chromosomal abnormalities in band 13q11
  • Genes in band 13q11 (reference hg38)
  • External links
  • References

    Chromosomal abnormalities in band 13q11

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    Band 1Band 2ClassEntityPartner 1Partner 2LinksTopographyMorphology[PubMed][Study]
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    13q1113q12dbCRIDdel(13)(q11q12)NM_015974.2 10907Developmental Delay[PubMed] 
    13q1113q14dbCRIDdel(13)(q11q14) 10642Chronic Lymphoblastic Leukemia[PubMed] 
      Mitelmandel(13)(q11q14)  Mitelman (ISB-CGC) Acute erythroleukemia (FAB type M6)  
      Mitelmandel(13)(q11q14)  Mitelman (ISB-CGC) Acute lymphoblastic leukemia/lymphoblastic lymphoma  
      Mitelmandel(13)(q11q14)  Mitelman (ISB-CGC) Acute myeloblastic leukemia without maturation (FAB type M1)  
      Mitelmandel(13)(q11q14)  Mitelman (ISB-CGC) Acute myeloid leukemia, NOS  
      Mitelmandel(13)(q11q14)  Mitelman (ISB-CGC) Chronic lymphocytic leukemia  
      Mitelmandel(13)(q11q21)  Mitelman (ISB-CGC) Diffuse large B-cell lymphoma  
      Mitelmandel(13)(q11q21)  Mitelman (ISB-CGC) Multiple myeloma  
      Mitelmander(12)t(12;13)(p11;q11)  Mitelman (ISB-CGC) Acute erythroleukemia (FAB type M6)  
      Mitelmander(12)t(12;13)(p11;q11)  Mitelman (ISB-CGC) Acute lymphoblastic leukemia/lymphoblastic lymphoma  
      Mitelmander(17)t(13;17)(q11;p11)  Mitelman (ISB-CGC) Chronic lymphocytic leukemia  
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      Mitelmant(12;13)(p11;q11)  Mitelman (ISB-CGC) Acute erythroleukemia (FAB type M6)  
      Mitelmant(12;13)(p11;q11)  Mitelman (ISB-CGC) Acute lymphoblastic leukemia/lymphoblastic lymphoma  
      Mitelmant(13;17)(q11;p11)  Mitelman (ISB-CGC) Chronic lymphocytic leukemia  
    13q1120q12dbCRIDt(13;20)(q11;q12) 10705B-Cell Acute Lymphoblastic Leukemia[PubMed] 
      Mitelmant(13;22)(q11;p11)  Mitelman (ISB-CGC)BreastAdenocarcinoma  
      Mitelmant(3;13)(q29;q11)  Mitelman (ISB-CGC) Mantle cell lymphoma  
    8p1113q11dbCRIDt(8;13)(p11;q11) 11546Atypical Myeloproliferative Disorder[PubMed] 
      Mitelmant(8;13)(p11;q11)  Mitelman (ISB-CGC) Chronic myeloproliferative disorder, NOS  
      Mitelmant(8;13)(p12;q11)  Mitelman (ISB-CGC) Acute lymphoblastic leukemia/lymphoblastic lymphoma  
    10q2113q11Cosmic_SVu(10;13)(q21;q11)  Cosmic_SV [COST520167]lung__NScarcinoma__adenocarcinoma  
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    18p1113q11Cosmic_SVu(18;13)(p11;q11)  Cosmic_SV [COST555687]skin__NScarcinoma__NS [COSU656]
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    18p1113q11Cosmic_SVu(18;13)(p11;q11)  Cosmic_SV [COST572276]prostate__NScarcinoma__adenocarcinoma [COSU537]
    18p1113q11Cosmic_SVu(18;13)(p11;q11)  Cosmic_SV [COST737739]prostate__NScarcinoma__adenocarcinoma [COSU537]
    21p1113q11Cosmic_SVu(21;13)(p11;q11)  Cosmic_SV [COST148157]ovary__NScarcinoma__mixed_adenosquamous_carcinoma [COSU585]
    21p1113q11Cosmic_SVu(21;13)(p11;q11)  Cosmic_SV [COST154809]ovary__NScarcinoma__mixed_adenosquamous_carcinoma [COSU585]
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    21p1113q11Cosmic_SVu(21;13)(p11;q11)  Cosmic_SV [COST759479]prostate__NScarcinoma__adenocarcinoma [COSU537]
    4p1513q11Cosmic_SVu(4;13)(p15;q11)  Cosmic_SV [COST750767]prostate__NScarcinoma__adenocarcinoma [COSU537]
    6p2213q11Cosmic_SVu(6;13)(p22;q11)  Cosmic_SV [COST353501]breast__NScarcinoma__ductal_carcinoma [COSU652]
    6p2213q11Cosmic_SVu(6;13)(p22;q11)  Cosmic_SV [COST369499]breast__NScarcinoma__ductal_carcinoma [COSU652]
    6p2213q11Cosmic_SVu(6;13)(p22;q11)  Cosmic_SV [COST565827]prostate__NScarcinoma__adenocarcinoma [COSU537]
    6p2413q11Cosmic_SVu(6;13)(p24;q11)  Cosmic_SV [COST405147]breast__NScarcinoma__ductal_carcinoma [COSU652]
    7p1113q11Cosmic_SVu(7;13)(p11;q11)  Cosmic_SV [COST348399]breast__NScarcinoma__ductal_carcinoma [COSU652]
    9p2113q11Cosmic_SVu(9;13)(p21;q11)  Cosmic_SV [COST213563]pancreas__NScarcinoma__ductal_carcinoma [COSU382]
    9q2213q11Cosmic_SVu(9;13)(q22;q11)  Cosmic_SV [COST130659]pancreas__NScarcinoma__ductal_carcinoma [COSU328]

    Genes in band 13q11

    (click on headers to reorder columns)
    GoldenPath hg38Band 1Band 2ClassCloneFusionPartner 1Partner 2LinksTopographyMorphologyPubmedOmimAccession
    chr13:18195297-18232016 + 13q11 20q13 Gene [CT]   FAM230C/ADNP FAM230C ADNP [ChiTaRS]       [Omim] [GenBank]
    chr13:18195297-18232016 + 13q11 1p13 Gene [CT]   IGSF3/FAM230C FAM230C IGSF3 [ChiTaRS]       [Omim] [GenBank]
    chr13:18195297-18232016 + 13q11   Gene [G]     FAM230C       [Omim] [Entrez]
    chr13:18738100-18740099 - 13q11   Gene [G]     LINC00417       [Omim] [Entrez]
    chr13:18811143-18871967 - 13q11   Gene [G]     ANKRD20A9P       [Omim] [Entrez]

    [ Bold normal : A; Italic normal :G; Italic small : E ]

    X Y 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22
    [previous]   13 13p 13q 13p13 13p12 13p11 13q11 13q12 13q13 13q14 13q21 13q22 13q31 13q32 13q33 13q34   [next]

    External links

    Mitelman Database [NCI] : Breakpoint 13q11

    [ UCSC ][ enSembl ][ MapView - NCBI ][ 1000Genomes ][ EVS ][ CGWB ][ DGV ][ DBVar ][ OMIM ][ HapMap ][ DECIPHER ] [ ECARUCA ]
    Gene Expression (MSigDB) in 13q11  [ HTC ]  [ NCI ]  [ INV ]

    Global tables

  • Anomalies list (tabulated txt file)
  • Genes list (tabulated txt file)
  • Anomalies list - limited to abnormalities with gene fusions(tabulated txt file)
  • Genes list - limited to genes fusions (tabulated txt file)
  • list of gene fusions for each gene (with origins of the data)
  • list of gene fusions by origin (with topography and morphology)

    References

    Contributor(s)

    Writtenmay 2012Philippe Dessen
      
    Updatedaoût 2020Philippe Dessen and Jean-Loup Huret

    Citation

    This paper should be referenced as such :
    Dessen P and Huret JL. Chromosomal band 13q11. Atlas Genet Cytogenet Oncol Haematol. July 2012.
    URL : http://atlasgeneticsoncology.org/Bands/13q11.html
    © Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology
    indexed on : jeu. août 27 11:35:46 CEST 2020


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