Chromosome 13

Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology


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X Y 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 NA

ENTITIES: by Chromosome band

X Y 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22

Chromosome 13


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Band 13q11

chr13:17900000-19500000 (1600 Kb)

  • Chromosomal abnormalities in band 13q11
  • Genes in band 13q11
  • External links
  • References

    Chromosomal abnormalities in band 13q11

    (click on headers to reorder columns)
    Band 1Band 2ClassEntityPartner 1Partner 2LinksTopographyMorphology[PubMed][Study]
    13q11 Cosmic_SVdel(13)(q11)  Cosmic_SV [COST160390]ovary__NScarcinoma__mixed_adenosquamous_carcinoma [COSU585]
    13q11 Cosmic_SVdel(13)(q11)  Cosmic_SV [COST187241]pancreas__NScarcinoid-endocrine_tumour__NS [COSU650]
    13q11 Cosmic_SVdel(13)(q11)  Cosmic_SV [COST187241]pancreas__NScarcinoid-endocrine_tumour__NS [COSU661]
    13q11 Cosmic_SVdel(13)(q11)  Cosmic_SV [COST194785]bone__NSEwings_sarcoma-peripheral_primitive_neuroectodermal_tumour__NS [COSU645]
    13q11 Cosmic_SVdel(13)(q11)  Cosmic_SV [COST27257]central_nervous_system__cerebellumprimitive_neuroectodermal_tumour-medulloblastoma__SHH_subtype[PubMed] 
    13q11 Cosmic_SVdel(13)(q11)  Cosmic_SV [COST27258]central_nervous_system__cerebellumprimitive_neuroectodermal_tumour-medulloblastoma__SHH_subtype[PubMed] 
    13q11 Cosmic_SVdel(13)(q11)  Cosmic_SV [COST466812]pancreas__NScarcinoma__NS [COSU382]
    13q11 Mitelmandel(13)(q11)  Mitelman (CGAP) Acute lymphoblastic leukemia/lymphoblastic lymphoma  
    13q1113q12dbCRIDdel(13)(q11q12)  10907Developmental Delay[PubMed] 
    13q1113q12Cosmic_SVdel(13)(q11q12)  Cosmic_SV [COST115032]pancreas__NScarcinoma__ductal_carcinoma [COSU328]
    13q1113q14dbCRIDdel(13)(q11q14)  10642Chronic Lymphoblastic Leukemia[PubMed] 
    13q1113q14Mitelmandel(13)(q11q14)  Mitelman (CGAP) Acute erythroleukemia (FAB type M6)  
    13q1113q14Mitelmandel(13)(q11q14)  Mitelman (CGAP) Acute lymphoblastic leukemia/lymphoblastic lymphoma  
    13q1113q14Mitelmandel(13)(q11q14)  Mitelman (CGAP) Acute myeloblastic leukemia without maturation (FAB type M1)  
    13q1113q14Mitelmandel(13)(q11q14)  Mitelman (CGAP) Acute myeloid leukemia, NOS  
    13q1113q14Mitelmandel(13)(q11q14)  Mitelman (CGAP) Chronic lymphocytic leukemia  
    13q1113q21Mitelmandel(13)(q11q21)  Mitelman (CGAP) Diffuse large B-cell lymphoma  
    13q1113q21Mitelmandel(13)(q11q21)  Mitelman (CGAP) Multiple myeloma  
    12p1113q11Mitelmander(12)t(12;13)(p11;q11)  Mitelman (CGAP) Acute erythroleukemia (FAB type M6)  
    12p1113q11Mitelmander(12)t(12;13)(p11;q11)  Mitelman (CGAP) Acute lymphoblastic leukemia/lymphoblastic lymphoma  
    13q1117p11Mitelmander(17)t(13;17)(q11;p11)  Mitelman (CGAP) Chronic lymphocytic leukemia  
    3q2913q11Mitelmander(3)t(3;13)(q29;q11)  Mitelman (CGAP) Mantle cell lymphoma  
    13q11 Cosmic_SVdup(13)(q11)  Cosmic_SV [COST388389]pancreas__NScarcinoma__NS [COSU382]
    13q11 Cosmic_SVdup(13)(q11)  Cosmic_SV [COST444765]pancreas__NScarcinoma__NS [COSU382]
    13q1113q11Cosmic_SVdup(13)(q11q11)  Cosmic_SV [COST118417]pancreas__NScarcinoma__ductal_carcinoma [COSU328]
    13q1113q12Cosmic_SVdup(13)(q11q12)  Cosmic_SV [COST127735]pancreas__NScarcinoma__ductal_carcinoma [COSU328]
    13q1113q11Cosmic_SVinv(13)(q11q11)  Cosmic_SV [COST119254]pancreas__NScarcinoid-endocrine_tumour__NS [COSU586]
    13q1113q11Cosmic_SVinv(13)(q11q11)  Cosmic_SV [COST119254]pancreas__NScarcinoma__ductal_carcinoma [COSU328]
    12p1113q11Mitelmant(12;13)(p11;q11)  Mitelman (CGAP) Acute erythroleukemia (FAB type M6)  
    12p1113q11Mitelmant(12;13)(p11;q11)  Mitelman (CGAP) Acute lymphoblastic leukemia/lymphoblastic lymphoma  
    13q1117p11Mitelmant(13;17)(q11;p11)  Mitelman (CGAP) Chronic lymphocytic leukemia  
    13q1120q12dbCRIDt(13;20)(q11;q12)  10705B-Cell Acute Lymphoblastic Leukemia[PubMed] 
    13q1122p11Mitelmant(13;22)(q11;p11)  Mitelman (CGAP)BreastAdenocarcinoma  
    3q2913q11Mitelmant(3;13)(q29;q11)  Mitelman (CGAP) Mantle cell lymphoma  
    8p1113q11dbCRIDt(8;13)(p11;q11)  11546Atypical Myeloproliferative Disorder[PubMed] 
    8p1113q11Mitelmant(8;13)(p11;q11)  Mitelman (CGAP) Chronic myeloproliferative disorder, NOS  
    11p1213q11Cosmic_SVu(11;13)(p12;q11)  Cosmic_SV [COST338063]breast__NScarcinoma__ductal_carcinoma [COSU652]
    11p1313q11Cosmic_SVu(11;13)(p13;q11)  Cosmic_SV [COST353652]breast__NScarcinoma__ductal_carcinoma [COSU652]
    11p1313q11Cosmic_SVu(11;13)(p13;q11)  Cosmic_SV [COST402630]breast__NScarcinoma__ductal_carcinoma [COSU652]
    1p1213q11Cosmic_SVu(1;13)(p12;q11)  Cosmic_SV [COST342286]breast__NScarcinoma__ductal_carcinoma [COSU652]
    1p1313q11Cosmic_SVu(1;13)(p13;q11)  Cosmic_SV [COST384359]breast__NScarcinoma__ductal_carcinoma [COSU652]
    13q1115q11Cosmic_SVu(13;15)(q11;q11)  Cosmic_SV [COST328869]breast__NScarcinoma__ductal_carcinoma [COSU652]
    13q1115q21Cosmic_SVu(13;15)(q11;q21)  Cosmic_SV [COST366042]breast__NScarcinoma__ductal_carcinoma [COSU652]
    13q1117p12Cosmic_SVu(13;17)(q11;p12)  Cosmic_SV [COST353621]breast__NScarcinoma__ductal_carcinoma [COSU652]
    13q1117q11Cosmic_SVu(13;17)(q11;q11)  Cosmic_SV [COST381780]breast__NScarcinoma__NS [COSU652]
    13q1118p11Cosmic_SVu(13;18)(q11;p11)  Cosmic_SV [COST192992]pancreas__NScarcinoma__ductal_carcinoma [COSU328]
    13q1120p13Cosmic_SVu(13;20)(q11;p13)  Cosmic_SV [COST403915]breast__NScarcinoma__ductal_carcinoma [COSU652]
    13q1121q11Cosmic_SVu(13;21)(q11;q11)  Cosmic_SV [COST366158]breast__NScarcinoma__ductal_carcinoma [COSU652]
    13q114p11Cosmic_SVu(13;4)(q11;p11)  Cosmic_SV [COST117571]pancreas__NScarcinoma__ductal_carcinoma [COSU328]
    13q119p21Cosmic_SVu(13;9)(q11;p21)  Cosmic_SV [COST346139]pancreas__NScarcinoma__ductal_carcinoma [COSU382]
    13q1113p13Cosmic_SVu(13)(q11;p13)  Cosmic_SV [COST344555]NS__NSNS__NS [COSU652]
    13q1113p13Cosmic_SVu(13)(q11;p13)  Cosmic_SV [COST465361]breast__NScarcinoma__HER-positive_carcinoma [COSU668]
    13q1113q12Cosmic_SVu(13)(q11;q12)  Cosmic_SV [COST315815]breast__NScarcinoma__ductal_carcinoma [COSU652]
    13q1113q12Cosmic_SVu(13)(q11;q12)  Cosmic_SV [COST332150]breast__NScarcinoma__ductal_carcinoma [COSU652]
    13q1113q12Cosmic_SVu(13)(q11;q12)  Cosmic_SV [COST333345]breast__NScarcinoma__ductal_carcinoma [COSU652]
    13q1113q12Cosmic_SVu(13)(q11;q12)  Cosmic_SV [COST348584]breast__NScarcinoma__ductal_carcinoma [COSU652]
    13q1113q12Cosmic_SVu(13)(q11;q12)  Cosmic_SV [COST355495]breast__NScarcinoma__ductal_carcinoma [COSU652]
    13q1113q12Cosmic_SVu(13)(q11;q12)  Cosmic_SV [COST385797]breast__NScarcinoma__ductal_carcinoma [COSU652]
    13q1113q13Cosmic_SVu(13)(q11;q13)  Cosmic_SV [COST385274]breast__NScarcinoma__ductal_carcinoma [COSU652]
    13q1113q21Cosmic_SVu(13)(q11;q21)  Cosmic_SV [COST316813]breast__NScarcinoma__ductal_carcinoma [COSU652]
    21p1113q11Cosmic_SVu(21;13)(p11;q11)  Cosmic_SV [COST148157]ovary__NScarcinoma__mixed_adenosquamous_carcinoma [COSU585]
    21q1113q11Cosmic_SVu(21;13)(q11;q11)  Cosmic_SV [COST154809]ovary__NScarcinoma__mixed_adenosquamous_carcinoma [COSU585]
    6p2213q11Cosmic_SVu(6;13)(p22;q11)  Cosmic_SV [COST353501]breast__NScarcinoma__ductal_carcinoma [COSU652]
    6p2213q11Cosmic_SVu(6;13)(p22;q11)  Cosmic_SV [COST369499]breast__NScarcinoma__ductal_carcinoma [COSU652]
    6p2413q11Cosmic_SVu(6;13)(p24;q11)  Cosmic_SV [COST405147]breast__NScarcinoma__ductal_carcinoma [COSU652]
    9p2113q11Cosmic_SVu(9;13)(p21;q11)  Cosmic_SV [COST213563]pancreas__NScarcinoma__ductal_carcinoma [COSU382]

    Genes in band 13q11

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    GoldenPath hg19 (Kb)Band 1Band 2ClassCloneFusionPartner 1Partner 2LinksTopographyMorphologyPubmedOmimAccession
    chr13:19312240-19314239 - 13q11   Gene [G]     LINC00417       [Omim] [Entrez]
    chr13:19385283-19446107 - 13q11   Gene [G]     ANKRD20A9P       [Omim] [Entrez]
    chr13:19479579-19500881 + 13q11   Gene [G]     LINC00408       [Omim] [Entrez]

    [ Bold normal : A; Italic normal :G; Italic small : E ]

    X Y 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22
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    External links

    Mitelman Database [NCI] : Breakpoint 13q11

    [ UCSC ][ enSembl ][ MapView - NCBI ][ 1000Genomes ][ EVS ][ CGWB ][ DGV ][ DBVar ][ OMIM ][ HapMap ][ DECIPHER ] [ ECARUCA ]

    Gene Expression (MSigDB) in 13q11  [ HTC ]  [ NCI ]  [ INV ]

    References

    Contributor(s)

    Writtenmay 2012Philippe Dessen
      
    Updatedjanv. 2017Philippe Dessen and Jean-Loup Huret

    Citation

    This paper should be referenced as such :
    Dessen P and Huret JL. Chromosomal band 13q11. Atlas Genet Cytogenet Oncol Haematol. July 2012.
    URL : http://atlasgeneticsoncology.org/Bands/13q11.html
    © Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology
    indexed on : mar. janv. 10 12:58:32 CET 2017


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