Chromosome 15

Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology


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X Y 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22

Chromosome 15


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Band 15q13

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    Chromosomal abnormalities in band 15q13

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    9q3115q13Cosmic_SVu(9;15)(q31;q13)  Cosmic_SV [COST171881]adrenal_gland__adrenal_glandadrenal_cortical_carcinoma__non_functioning[PubMed] 

    Genes in band 15q13

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    GoldenPath hg19 (Kb)Band 1Band 2ClassCloneFusionPartner 1Partner 2LinksTopographyMorphologyPubmedOmimAccession
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    [FusCancer]  
    Chronic myelogenous leukemia|Melanoma|Neuroblastoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr15:28356183-28567298 - 15q13 15q11 Gene [FC]   HERC2/HERC2P3 HERC2 HERC2P3 [Cosmic]
    [FusCancer]  
    Cervical cancer|Chronic myelogenous leukemia|Hepatocellular cancer|Neuroblastoma|Neuroblastoma|Neuroblastoma|Chronic myelogenous leukemia [PubMed] [Omim] [Entrez]
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    chr15:29213840-29410516 + 15q13 15q12 Gene [AM]   APBA2/GABRB3 APBA2 GABRB3 [Cosmic]
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    chr15:29213840-29410516 + 15q13 15q12 Gene [M]   APBA2/GABRB3 APBA2 GABRB3 [Cosmic]
    [Mitelman]
    Breast Adenocarcinoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr15:29213840-29410516 + 15q13 15q12 Gene [TF]   APBA2/GABRB3 APBA2 GABRB3 [Cosmic]
    [TCGA]
    [TCGA-BRCA]   [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr15:29213840-29410516 + 15q13   Gene [TF]   APBA2/RP11-536G4.1 APBA2 RP11-536G4.1 [Cosmic]
    [TCGA]
    [TCGA-LUAD]   [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr15:29412455-29862927 - 15q13   Gene [G]     FAM189A1   [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
    chr15:29412455-29862927 - 15q13 15q13 Gene [GT]   TJP1/FAM189A1 FAM189A1 TJP1 [Cosmic]
    [GenenTech]
    MX-1__Breast   [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr15:29560353-29562020 - 15q13   Gene [G]     NSMCE3       [Omim] [Entrez]
    chr15:29967139-29971367 + 15q13   Gene [G]     LOC100130111       [Omim] [Entrez]
    chr15:29991571-30261002 - 15q13 14q11 Gene [CT]   TJP1/RNASE1 TJP1 RNASE1 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr15:29991571-30261002 - 15q13 15q13 Gene [CT]   TJP1/TJP1 TJP1 TJP1 [Cosmic]
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        [Omim] [GenBank]
    chr15:29991571-30261002 - 15q13 15q13 Gene [CT]   TJP1/TJP1 TJP1 TJP1 [Cosmic]
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    chr15:29991571-30261002 - 15q13 15q15 Gene [CT]   TYRO3/TJP1 TJP1 TYRO3 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
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    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr15:29991571-30261002 - 15q13 2p23 Gene [CT]   TJP1/YPEL5 TJP1 YPEL5 [Cosmic]
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        [Omim] [GenBank]
    chr15:29991571-30261002 - 15q13 17q11 Gene [FC]   TJP1/VTN TJP1 VTN [Cosmic]
    [FusCancer]  
    Hepatocellular cancer [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr15:29991571-30261002 - 15q13   Gene [G]     TJP1   [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
    chr15:29991571-30261002 - 15q13 15q13 Gene [GT]   TJP1/FAM189A1 TJP1 FAM189A1 [Cosmic]
    [GenenTech]
    MX-1__Breast   [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr15:30114834-30116284 + 15q13   Gene [G]     LOC727808       [Omim] [Entrez]
    chr15:30375158-30388904 + 15q13   Gene [G]     GOLGA8J   [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
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    chr15:31293264-31453476 - 15q13   Gene [A]     TRPM1   [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
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    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
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    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr15:31619058-31727868 + 15q13   Gene [G]     KLF13   [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
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        [Omim] [GenBank]
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    chr15:31793612-32162875 - 15q13 6q16 Gene [M]   OTUD7A/ASCC3 OTUD7A ASCC3 [Cosmic]
    [Mitelman]
    Brain Astrocytoma, grade III-IV/Glioblastoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr15:31793612-32162875 - 15q13 22q13 Gene [M]   TBC1D22A/OTUD7A OTUD7A TBC1D22A [Cosmic]
    [Mitelman]
    Skin Malignant melanoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr15:31793612-32162875 - 15q13 22q13 Gene [TF]   TBC1D22A/OTUD7A OTUD7A TBC1D22A [Cosmic]
    [TCGA]
    [TCGA-SKCM]   [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr15:32267583-32270436 + 15q13   Gene [G]     LOC100130857       [Omim] [Entrez]
    chr15:32322686-32462384 + 15q13 15q13 Gene [CT]   CHRNA7/DKFZP434L187 CHRNA7 DKFZP434L187 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr15:32322686-32462384 + 15q13   Gene [G]     CHRNA7   [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
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    chr15:32681786-32695493 - 15q13   Gene [G]     GOLGA8K       [Omim] [Entrez]
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    chr15:32828960-32872810 + 15q13   Gene [G]     LOC100996255       [Omim] [Entrez]
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    [TCGA-CESC]     [Omim] [Entrez]
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    [TCGA-SKCM]     [Omim] [Entrez]
    chr15:32907345-32932138 + 15q13 15q13 Gene [AM]   ARHGAP11A/SCG5 ARHGAP11A SCG5 [Cosmic]
        [Omim] [Entrez]
    chr15:32907345-32932138 + 15q13 15q13 Gene [AM]   ARHGAP11A/SCG5 ARHGAP11A SCG5 [Cosmic]
        [Omim] [Entrez]
    chr15:32907345-32932138 + 15q13 1p31 Gene [CT]   SRSF11/ARHGAP11A ARHGAP11A SRSF11 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr15:32907345-32932138 + 15q13   Gene [G]     ARHGAP11A   [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
    chr15:32933814-32989299 + 15q13 15q13 Gene [AM]   ARHGAP11A/SCG5 SCG5 ARHGAP11A [Cosmic]
    [TCGA-BRCA]     [Omim] [Entrez]
    chr15:32933814-32989299 + 15q13 15q13 Gene [AM]   ARHGAP11A/SCG5 SCG5 ARHGAP11A [Cosmic]
    [TCGA-CESC]     [Omim] [Entrez]
    chr15:32933814-32989299 + 15q13 15q13 Gene [AM]   ARHGAP11A/SCG5 SCG5 ARHGAP11A [Cosmic]
    [TCGA-LUSC]     [Omim] [Entrez]
    chr15:32933814-32989299 + 15q13 15q13 Gene [AM]   ARHGAP11A/SCG5 SCG5 ARHGAP11A [Cosmic]
    [TCGA-SKCM]     [Omim] [Entrez]
    chr15:32933814-32989299 + 15q13 15q13 Gene [AM]   ARHGAP11A/SCG5 SCG5 ARHGAP11A [Cosmic]
        [Omim] [Entrez]
    chr15:32933814-32989299 + 15q13 15q13 Gene [AM]   ARHGAP11A/SCG5 SCG5 ARHGAP11A [Cosmic]
        [Omim] [Entrez]
    chr15:32933814-32989299 + 15q13 2q31 Gene [AM]   ZNF385B/SCG5 SCG5 ZNF385B [Cosmic]
    [TCGA-BRCA]     [Omim] [Entrez]
    chr15:32933814-32989299 + 15q13 2q31 Gene [AM]   ZNF385B/SCG5 SCG5 ZNF385B [Cosmic]
    [TCGA-BRCA]     [Omim] [Entrez]
    chr15:32933814-32989299 + 15q13 2q31 Gene [AM]   ZNF385B/SCG5 SCG5 ZNF385B [Cosmic]
    [TCGA-BRCA]     [Omim] [Entrez]
    chr15:32933814-32989299 + 15q13 16p13 Gene [CT]   SCG5/HBA2 SCG5 HBA2 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr15:32933814-32989299 + 15q13   Gene [G]     SCG5   [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
    chr15:32933814-32989299 + 15q13 15q22 Gene [M]   SNX1/SCG5 SCG5 SNX1 [Cosmic]
    [Mitelman]
    Skin Malignant melanoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr15:32933814-32989299 + 15q13 2q31 Gene [M]   ZNF385B/SCG5 SCG5 ZNF385B [Cosmic]
    [Mitelman]
    Breast Adenocarcinoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr15:32933814-32989299 + 15q13 15q22 Gene [TF]   SNX1/SCG5 SCG5 SNX1 [Cosmic]
    [TCGA]
    [TCGA-SKCM]   [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr15:32933814-32989299 + 15q13 2q31 Gene [TF]   ZNF385B/SCG5 SCG5 ZNF385B [Cosmic]
    [TCGA]
    [TCGA-BRCA]   [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr15:32957903-32965266 - 15q13   Gene [G]     LOC105370757       [Omim] [Entrez]
    chr15:33010205-33026870 + 15q13 20q13 Gene [CT]   GREM1/TP53RK GREM1 TP53RK [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr15:33010205-33026870 + 15q13   Gene [G]     GREM1   [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
    chr15:33010302-33011066 - 15q13   Gene [G]     LOC100131315       [Omim] [Entrez]
    chr15:33057745-33360233 - 15q13 14q22 Gene [AM]   FMN1/LGALS3 FMN1 LGALS3 [Cosmic]
    [TCGA-SKCM]     [Omim] [Entrez]
    chr15:33057745-33360233 - 15q13 7p22 Gene [CT]   ACTB/FMN1 FMN1 ACTB [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr15:33057745-33360233 - 15q13 12q13 Gene [CT]   FMN1/ATP5B FMN1 ATP5B [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr15:33057745-33360233 - 15q13 17q21 Gene [CT]   ITGB3/FMN1 FMN1 ITGB3 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr15:33057745-33360233 - 15q13 7p22 Gene [G]   ACTB/FMN1 FMN1 ACTB [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
    chr15:33528677-33539756 - 15q13 15q14 Gene [AM]   SPRED1/TMCO5B TMCO5B SPRED1     [Omim] [Entrez]
    chr15:33528677-33539756 - 15q13   Gene [G]     TMCO5B       [Omim] [Entrez]
    chr15:33595858-33602446 - 15q13   Gene [G]     LOC101928134       [Omim] [Entrez]

    [ Bold normal : A; Italic normal :G; Italic small : E ]

    X Y 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22
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    External links

    Mitelman Database [NCI] : Breakpoint 15q13

    [ UCSC ][ enSembl ][ MapView - NCBI ][ 1000Genomes ][ EVS ][ CGWB ][ DGV ][ DBVar ][ OMIM ][ HapMap ][ DECIPHER ] [ ECARUCA ]

    Gene Expression (MSigDB) in 15q13  [ HTC ]  [ NCI ]  [ INV ]

    References

    Contributor(s)

    Writtenmay 2012Philippe Dessen
      
    Updatedjanv. 2017Philippe Dessen and Jean-Loup Huret

    Citation

    This paper should be referenced as such :
    Dessen P and Huret JL. Chromosomal band 15q13. Atlas Genet Cytogenet Oncol Haematol. July 2012.
    URL : http://atlasgeneticsoncology.org/Bands/15q13.html
    © Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology
    indexed on : mar. janv. 10 12:59:52 CET 2017


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