Chromosome 15

Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology


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ENTITIES: by Chromosome band

X Y 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22

Chromosome 15


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Band 15q13

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  • Chromosomal abnormalities in band 15q13
  • Genes in band 15q13 (reference hg38)
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    Chromosomal abnormalities in band 15q13

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    7p1515q13Cosmic_SVu(7;15)(p15;q13)  Cosmic_SV [COST229877]breast__NScarcinoma__ductal_carcinoma[PubMed] 
    7p1515q13Cosmic_SVu(7;15)(p15;q13)  Cosmic_SV [COST333494]breast__NScarcinoma__ductal_carcinoma [COSU652]
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    8q2315q13Cosmic_SVu(8;15)(q23;q13)  Cosmic_SV [COST349216]breast__NScarcinoma__ductal_carcinoma [COSU652]
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    9q2115q13Cosmic_SVu(9;15)(q21;q13)  Cosmic_SV [COST334696]breast__NScarcinoma__ductal_carcinoma [COSU652]
    9q2115q13Cosmic_SVu(9;15)(q21;q13)  Cosmic_SV [COST371510]breast__NScarcinoma__ductal_carcinoma [COSU652]
    9q3115q13Cosmic_SVu(9;15)(q31;q13)  Cosmic_SV [COST171881]adrenal_gland__adrenal_glandadrenal_cortical_carcinoma__non_functioning[PubMed] 

    Genes in band 15q13

    (click on headers to reorder columns)
    GoldenPath hg38Band 1Band 2ClassCloneFusionPartner 1Partner 2LinksTopographyMorphologyPubmedOmimAccession
    chr15:28111037-28322152 - 15q13 15q13 Gene [AM]   HERC2P10/HERC2 HERC2 HERC2P10 [Cosmic]
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    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr15:28111037-28322152 - 15q13 1q42 Gene [CT]   HERC2/TBCE HERC2 TBCE [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr15:28111037-28322152 - 15q13 15q11 Gene [FC]   HERC2/HERC2P2 HERC2 HERC2P2 [Cosmic]
    [FusCancer]  
    Chronic myelogenous leukemia|Melanoma|Neuroblastoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr15:28111037-28322152 - 15q13   Gene [FC]   HERC2/HERC2P3 HERC2 HERC2P3 [Cosmic]
    [FusCancer]  
    Cervical cancer|Chronic myelogenous leukemia|Hepatocellular cancer|Neuroblastoma|Neuroblastoma|Neuroblastoma|Chronic myelogenous leukemia [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr15:28111037-28322152 - 15q13   Gene [G]     HERC2   [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
    chr15:28698696-28712421 - 15q13   Gene [G]     GOLGA8M   [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
    chr15:28702728-28719753 + 15q13   Gene [G]     LOC101928042       [Omim] [Entrez]
    chr15:28737583-28758362 + 15q13   Gene [G]     WHAMMP2       [Omim] [Entrez]
    chr15:28788243-28789392 + 15q13   Gene [G]     LOC100289656       [Omim] [Entrez]
    chr15:28789834-28856574 + 15q13   Gene [G]     PDCD6IPP2       [Omim] [Entrez]
    chr15:28844961-28848675 - 15q13   Gene [G]     GOLGA6L7P       [Omim] [Entrez]
    chr15:28921637-29118313 + 15q13 12p13 Gene [AM]   APBA2/CHD4 APBA2 CHD4 [Cosmic]
    [TCGA-GBM]     [Omim] [Entrez]
    chr15:28921637-29118313 + 15q13 12p13 Gene [AM]   APBA2/CHD4 APBA2 CHD4 [Cosmic]
    [TCGA-GBM]     [Omim] [Entrez]
    chr15:28921637-29118313 + 15q13 15q12 Gene [AM]   APBA2/GABRB3 APBA2 GABRB3 [Cosmic]
    [TCGA-BRCA]     [Omim] [Entrez]
    chr15:28921637-29118313 + 15q13 6q16 Gene [CT]   FBXL4/APBA2 APBA2 FBXL4 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr15:28921637-29118313 + 15q13   Gene [G]     APBA2   [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
    chr15:28921637-29118313 + 15q13 15q12 Gene [M]   APBA2/GABRB3 APBA2 GABRB3 [Cosmic]
    [Mitelman]
    Breast Adenocarcinoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr15:28921637-29118313 + 15q13 15q12 Gene [TF]   APBA2/GABRB3 APBA2 GABRB3 [Cosmic]
    [TCGA]
    [TCGA-BRCA]   [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr15:28921637-29118313 + 15q13   Gene [TF]   APBA2/RP11-536G4.1 APBA2 RP11-536G4.1 [Cosmic]
    [TCGA]
    [TCGA-LUAD]   [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr15:29120252-29570723 - 15q13   Gene [G]     FAM189A1   [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
    chr15:29120252-29570723 - 15q13 15q13 Gene [GT]   TJP1/FAM189A1 FAM189A1 TJP1 [Cosmic]
    [GenenTech]
    MX-1__Breast   [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr15:29268149-29269816 - 15q13   Gene [G]     NSMCE3       [Omim] [Entrez]
    chr15:29674935-29679163 + 15q13   Gene [G]     LOC100130111       [Omim] [Entrez]
    chr15:29699367-29968799 - 15q13 14q11 Gene [CT]   TJP1/RNASE1 TJP1 RNASE1 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr15:29699367-29968799 - 15q13 15q13 Gene [CT]   TJP1/TJP1 TJP1 TJP1 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr15:29699367-29968799 - 15q13 15q13 Gene [CT]   TJP1/TJP1 TJP1 TJP1 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr15:29699367-29968799 - 15q13 15q15 Gene [CT]   TYRO3/TJP1 TJP1 TYRO3 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr15:29699367-29968799 - 15q13 16p13 Gene [CT]   UNKL/TJP1 TJP1 UNKL [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr15:29699367-29968799 - 15q13 2p23 Gene [CT]   TJP1/YPEL5 TJP1 YPEL5 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr15:29699367-29968799 - 15q13 17q11 Gene [FC]   TJP1/VTN TJP1 VTN [Cosmic]
    [FusCancer]  
    Hepatocellular cancer [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr15:29699367-29968799 - 15q13   Gene [G]     TJP1   [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
    chr15:29699367-29968799 - 15q13 15q13 Gene [GT]   TJP1/FAM189A1 TJP1 FAM189A1 [Cosmic]
    [GenenTech]
    MX-1__Breast   [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr15:30103547-30131734 + 15q13   Gene [G]     ULK4P1       [Omim] [Entrez]
    chr15:30103547-30131734 + 15q13   Gene [G]     ULK4P2       [Omim] [Entrez]
    chr15:30103732-30131745 + 15q13   Gene [G]     ULK4P3       [Omim] [Entrez]
    chr15:30135787-30147192 + 15q13   Gene [G]     GOLGA8T       [Omim] [Entrez]
    chr15:30196036-30214540 + 15q13   Gene [E]     LINC02249       [Omim] [Entrez]
    chr15:30361240-30393661 - 15q13 Xp22 Gene [CT]   CHRFAM7A/CRLF2 CHRFAM7A CRLF2 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr15:30361240-30393661 - 15q13   Gene [G]     CHRFAM7A   [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
    chr15:30400562-30414260 - 15q13   Gene [G]     GOLGA8R   [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
    chr15:30471169-30490313 + 15q13   Gene [E]     LOC100288203       [Omim] [Entrez]
    chr15:30604030-30617826 + 15q13   Gene [G]     GOLGA8H   [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
    chr15:30604030-30617900 + 15q13   Gene [G]     GOLGA8N   [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
    chr15:30626676-30638810 + 15q13   Gene [G]     ARHGAP11B   [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
    chr15:30646115-30773006 + 15q13 19q13 Gene [CT]   RCN3/LOC100288637 LOC100288637 RCN3 [ChiTaRS]       [Omim] [GenBank]
    chr15:30646115-30773006 + 15q13   Gene [G]     LOC100288637       [Omim] [Entrez]
    chr15:30818036-30827783 + 15q13 15q13 Gene [AM]   HERC2P10/HERC2 HERC2P10 HERC2 [TCGA-BRCA]     [Omim] [Entrez]
    chr15:30818036-30827783 + 15q13   Gene [G]     HERC2P10       [Omim] [Entrez]
    chr15:30903873-30911788 + 15q13 15q13 Gene [CT]   FAN1/FAN1 FAN1 FAN1 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr15:30903873-30911788 + 15q13   Gene [G]     FAN1   [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
    chr15:30938941-30991604 - 15q13 12q24 Gene [CT]   RPLP0/MTMR10 MTMR10 RPLP0 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr15:30938941-30991604 - 15q13 10q23 Gene [CT]   MTMR10/TSPAN14 MTMR10 TSPAN14 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr15:30938941-30991604 - 15q13   Gene [G]     MTMR10   [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
    chr15:31001061-31161273 - 15q13   Gene [A]     TRPM1   [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
    chr15:31065032-31065141 - 15q13   Gene [A]     MIR211       [Omim] [Entrez]
    chr15:31216021-31225007 + 15q13   Gene [E]     LINC02352       [Omim] [Entrez]
    chr15:31222768-31230851 - 15q13   Gene [G]     LOC283710       [Omim] [Entrez]
    chr15:31326855-31435665 + 15q13 15q13 Gene [CT]   KLF13/KLF13 KLF13 KLF13 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr15:31326855-31435665 + 15q13 1q21 Gene [CT]   KLF13/NBPF14 KLF13 NBPF14 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr15:31326855-31435665 + 15q13   Gene [G]     KLF13   [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
    chr15:31501409-31870672 - 15q13 Yq11 Gene [CT]   UTY/OTUD7A OTUD7A UTY [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr15:31501409-31870672 - 15q13   Gene [G]     OTUD7A   [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
    chr15:31501409-31870672 - 15q13 6q16 Gene [M]   OTUD7A/ASCC3 OTUD7A ASCC3 [Cosmic]
    [Mitelman]
    Brain Astrocytoma, grade III-IV/Glioblastoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr15:31501409-31870672 - 15q13 22q13 Gene [M]   TBC1D22A/OTUD7A OTUD7A TBC1D22A [Cosmic]
    [Mitelman]
    Skin Malignant melanoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr15:31501409-31870672 - 15q13 22q13 Gene [TF]   TBC1D22A/OTUD7A OTUD7A TBC1D22A [Cosmic]
    [TCGA]
    [TCGA-SKCM]   [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr15:32030483-32170183 + 15q13   Gene [CT]   CHRNA7/DKFZP434L187 CHRNA7 DKFZP434L187 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr15:32030483-32170183 + 15q13   Gene [G]     CHRNA7   [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
    chr15:32389585-32403292 - 15q13   Gene [G]     GOLGA8K       [Omim] [Entrez]
    chr15:32441914-32455634 - 15q13   Gene [G]     GOLGA8O   [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
    chr15:32519848-32533741 - 15q13   Gene [G]     WHAMMP1       [Omim] [Entrez]
    chr15:32536759-32580609 + 15q13   Gene [E]     LINC02256       [Omim] [Entrez]
    chr15:32615144-32639937 + 15q13 15q13 Gene [AM]   ARHGAP11A/SCG5 ARHGAP11A SCG5 [Cosmic]
    [TCGA-BRCA]     [Omim] [Entrez]
    chr15:32615144-32639937 + 15q13 15q13 Gene [AM]   ARHGAP11A/SCG5 ARHGAP11A SCG5 [Cosmic]
    [TCGA-CESC]     [Omim] [Entrez]
    chr15:32615144-32639937 + 15q13 15q13 Gene [AM]   ARHGAP11A/SCG5 ARHGAP11A SCG5 [Cosmic]
    [TCGA-LUSC]     [Omim] [Entrez]
    chr15:32615144-32639937 + 15q13 15q13 Gene [AM]   ARHGAP11A/SCG5 ARHGAP11A SCG5 [Cosmic]
    [TCGA-SKCM]     [Omim] [Entrez]
    chr15:32615144-32639937 + 15q13 15q13 Gene [AM]   ARHGAP11A/SCG5 ARHGAP11A SCG5 [Cosmic]
        [Omim] [Entrez]
    chr15:32615144-32639937 + 15q13 15q13 Gene [AM]   ARHGAP11A/SCG5 ARHGAP11A SCG5 [Cosmic]
        [Omim] [Entrez]
    chr15:32615144-32639937 + 15q13 1p31 Gene [CT]   SRSF11/ARHGAP11A ARHGAP11A SRSF11 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr15:32615144-32639937 + 15q13   Gene [G]     ARHGAP11A   [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
    chr15:32641613-32697098 + 15q13 15q13 Gene [AM]   ARHGAP11A/SCG5 SCG5 ARHGAP11A [Cosmic]
    [TCGA-BRCA]     [Omim] [Entrez]
    chr15:32641613-32697098 + 15q13 15q13 Gene [AM]   ARHGAP11A/SCG5 SCG5 ARHGAP11A [Cosmic]
    [TCGA-CESC]     [Omim] [Entrez]
    chr15:32641613-32697098 + 15q13 15q13 Gene [AM]   ARHGAP11A/SCG5 SCG5 ARHGAP11A [Cosmic]
    [TCGA-LUSC]     [Omim] [Entrez]
    chr15:32641613-32697098 + 15q13 15q13 Gene [AM]   ARHGAP11A/SCG5 SCG5 ARHGAP11A [Cosmic]
    [TCGA-SKCM]     [Omim] [Entrez]
    chr15:32641613-32697098 + 15q13 15q13 Gene [AM]   ARHGAP11A/SCG5 SCG5 ARHGAP11A [Cosmic]
        [Omim] [Entrez]
    chr15:32641613-32697098 + 15q13 15q13 Gene [AM]   ARHGAP11A/SCG5 SCG5 ARHGAP11A [Cosmic]
        [Omim] [Entrez]
    chr15:32641613-32697098 + 15q13 2q31 Gene [AM]   ZNF385B/SCG5 SCG5 ZNF385B [Cosmic]
    [TCGA-BRCA]     [Omim] [Entrez]
    chr15:32641613-32697098 + 15q13 2q31 Gene [AM]   ZNF385B/SCG5 SCG5 ZNF385B [Cosmic]
    [TCGA-BRCA]     [Omim] [Entrez]
    chr15:32641613-32697098 + 15q13 2q31 Gene [AM]   ZNF385B/SCG5 SCG5 ZNF385B [Cosmic]
    [TCGA-BRCA]     [Omim] [Entrez]
    chr15:32641613-32697098 + 15q13 16p13 Gene [CT]   SCG5/HBA2 SCG5 HBA2 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr15:32641613-32697098 + 15q13   Gene [G]     SCG5   [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
    chr15:32641613-32697098 + 15q13 15q22 Gene [M]   SNX1/SCG5 SCG5 SNX1 [Cosmic]
    [Mitelman]
    Skin Malignant melanoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr15:32641613-32697098 + 15q13 2q31 Gene [M]   ZNF385B/SCG5 SCG5 ZNF385B [Cosmic]
    [Mitelman]
    Breast Adenocarcinoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr15:32641613-32697098 + 15q13 15q22 Gene [TF]   SNX1/SCG5 SCG5 SNX1 [Cosmic]
    [TCGA]
    [TCGA-SKCM]   [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr15:32641613-32697098 + 15q13 2q31 Gene [TF]   ZNF385B/SCG5 SCG5 ZNF385B [Cosmic]
    [TCGA]
    [TCGA-BRCA]   [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr15:32665702-32673065 - 15q13   Gene [G]     LOC105370757       [Omim] [Entrez]
    chr15:32718004-32734669 + 15q13 20q13 Gene [CT]   GREM1/TP53RK GREM1 TP53RK [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr15:32718004-32734669 + 15q13   Gene [G]     GREM1   [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
    chr15:32718101-32718865 - 15q13   Gene [G]     LOC100131315       [Omim] [Entrez]
    chr15:32765544-33068032 - 15q13 14q22 Gene [AM]   FMN1/LGALS3 FMN1 LGALS3 [Cosmic]
    [TCGA-SKCM]     [Omim] [Entrez]
    chr15:32765544-33068032 - 15q13 7p22 Gene [CT]   ACTB/FMN1 FMN1 ACTB [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr15:32765544-33068032 - 15q13 12q13 Gene [CT]   FMN1/ATP5B FMN1 ATP5B [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr15:32765544-33068032 - 15q13 17q21 Gene [CT]   ITGB3/FMN1 FMN1 ITGB3 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr15:32765544-33068032 - 15q13 7p22 Gene [G]   ACTB/FMN1 FMN1 ACTB [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
    chr15:33236476-33247555 - 15q13 15q14 Gene [AM]   SPRED1/TMCO5B TMCO5B SPRED1     [Omim] [Entrez]
    chr15:33236476-33247555 - 15q13   Gene [G]     TMCO5B       [Omim] [Entrez]
    chr15:33303657-33310245 - 15q13   Gene [G]     LOC101928134       [Omim] [Entrez]
    chr15:33310962-33866103 + 15q13 1p31 Gene [CT]   PRKACB/RYR3 RYR3 PRKACB [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr15:33310962-33866103 + 15q13   Gene [G]     RYR3   [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
    chr15:33310962-33866103 + 15q13 1p32 Gene [M]   RYR3/DAB1 RYR3 DAB1 [Cosmic]
    [Mitelman]
    Brain Astrocytoma, grade III-IV/Glioblastoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr15:33310962-33866103 + 15q13 12q13 Gene [M]   LARP4/RYR3 RYR3 LARP4 [Cosmic]
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    chr15:33310962-33866103 + 15q13 12q13 Gene [M]   RYR3/LARP4 RYR3 LARP4 [Cosmic]
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    chr15:33310962-33866103 + 15q13 12q13 Gene [TF]   RYR3/LARP4 RYR3 LARP4 [Cosmic]
    [TCGA]
    [TCGA-BRCA]   [PubMed] [Omim] [Entrez]

    [ Bold normal : A; Italic normal :G; Italic small : E ]

    X Y 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22
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    External links

    Mitelman Database [NCI] : Breakpoint 15q13

    [ UCSC ][ enSembl ][ MapView - NCBI ][ 1000Genomes ][ EVS ][ CGWB ][ DGV ][ DBVar ][ OMIM ][ HapMap ][ DECIPHER ] [ ECARUCA ]

    Gene Expression (MSigDB) in 15q13  [ HTC ]  [ NCI ]  [ INV ]

    References

    Contributor(s)

    Writtenmay 2012Philippe Dessen
      
    Updatedjuin 2017Philippe Dessen and Jean-Loup Huret

    Citation

    This paper should be referenced as such :
    Dessen P and Huret JL. Chromosomal band 15q13. Atlas Genet Cytogenet Oncol Haematol. July 2012.
    URL : http://atlasgeneticsoncology.org/Bands/15q13.html
    © Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology
    indexed on : mer. juin 7 12:30:00 CEST 2017


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