Chromosome 16

Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology


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X Y 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 NA

ENTITIES: by Chromosome band

X Y 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22

Chromosome 16


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Band 16q13

chr16:56700000-57400000 (700 Kb)

  • Chromosomal abnormalities in band 16q13
  • Genes in band 16q13
  • External links
  • References

    Chromosomal abnormalities in band 16q13

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    Band 1Band 2ClassEntityPartner 1Partner 2LinksTopographyMorphology[PubMed][Study]
    16q13 Cosmic_SVdel(16)(q13)  Cosmic_SV [COST137425]ovary__NScarcinoma__mixed_adenosquamous_carcinoma [COSU585]
    16q13 Cosmic_SVdel(16)(q13)  Cosmic_SV [COST145820]ovary__NScarcinoma__mixed_adenosquamous_carcinoma [COSU585]
    16q13 Cosmic_SVdel(16)(q13)  Cosmic_SV [COST149111]ovary__NScarcinoma__mixed_adenosquamous_carcinoma [COSU585]
    16q13 Cosmic_SVdel(16)(q13)  Cosmic_SV [COST154720]ovary__NScarcinoma__mixed_adenosquamous_carcinoma [COSU585]
    16q13 Cosmic_SVdel(16)(q13)  Cosmic_SV [COST159883]ovary__NScarcinoma__mixed_adenosquamous_carcinoma [COSU585]
    16q13 Cosmic_SVdel(16)(q13)  Cosmic_SV [COST164776]ovary__NScarcinoma__mixed_adenosquamous_carcinoma [COSU585]
    16q13 Cosmic_SVdel(16)(q13)  Cosmic_SV [COST222344]pancreas__NScarcinoma__ductal_carcinoma [COSU382]
    16q13 Cosmic_SVdel(16)(q13)  Cosmic_SV [COST225694]pancreas__NScarcinoma__ductal_carcinoma [COSU382]
    16q13 Mitelmandel(16)(q13)  Mitelman (CGAP) Acute lymphoblastic leukemia/lymphoblastic lymphoma  
    16q13 Mitelmandel(16)(q13)  Mitelman (CGAP) Acute myeloblastic leukemia with maturation (FAB type M2)  
    16q13 Mitelmandel(16)(q13)  Mitelman (CGAP) Acute myeloid leukemia, NOS  
    16q13 Mitelmandel(16)(q13)  Mitelman (CGAP) Acute myelomonocytic leukemia (FAB type M4)  
    16q13 Mitelmandel(16)(q13)  Mitelman (CGAP) Acute promyelocytic leukemia (FAB type M3)  
    16q13 Mitelmandel(16)(q13)  Mitelman (CGAP)BreastAdenocarcinoma  
    16q13 Mitelmandel(16)(q13)  Mitelman (CGAP)EyeRetinoblastoma  
    16q13 Mitelmandel(16)(q13)  Mitelman (CGAP) Mature B-cell neoplasm, NOS  
    16q13 Mitelmandel(16)(q13)  Mitelman (CGAP) Multiple myeloma  
    16q13 Mitelmandel(16)(q13)  Mitelman (CGAP) Refractory anemia with excess of blasts (FAB)  
    16q13 Mitelmandel(16)(q13)  Mitelman (CGAP)Soft tissueSpindle cell/pleomorphic lipoma  
    16q1316q21Cosmic_SVdel(16)(q13q21)  Cosmic_SV [COST185201]skin__NScarcinoma__NS [COSU656]
    1q2116q13Mitelmander(16)t(1;16)(q21;q13)  Mitelman (CGAP) Acute lymphoblastic leukemia/lymphoblastic lymphoma  
    1q2116q13Mitelmander(16)t(1;16)(q21;q13)  Mitelman (CGAP) Acute myeloid leukemia, NOS  
    1q2116q13Mitelmander(16)t(1;16)(q21;q13)  Mitelman (CGAP)KidneyWilms tumor[PubMed] 
    1q2116q13Mitelmander(16)t(1;16)(q21;q13)  Mitelman (CGAP) Multiple myeloma  
    1q2116q13Mitelmander(16)t(1;16)(q21;q13)  Mitelman (CGAP)SkeletonEwing sarcoma  
    1q2116q13Mitelmander(16)t(1;16)(q21;q13)  Mitelman (CGAP)Soft tissueAlveolar rhabdomyosarcoma  
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    16q13 Cosmic_SVdup(16)(q13)  Cosmic_SV [COST171927]adrenal_gland__adrenal_glandadrenal_cortical_carcinoma__virilizing_syndrome_producing[PubMed] 
    16q13 Cosmic_SVdup(16)(q13)  Cosmic_SV [COST171928]adrenal_gland__adrenal_glandadrenal_cortical_carcinoma__virilizing_syndrome_producing[PubMed] 
    16q13 Cosmic_SVdup(16)(q13)  Cosmic_SV [COST17362]breast__NScarcinoma__ductal_carcinoma[PubMed] 
    16q13 Cosmic_SVdup(16)(q13)  Cosmic_SV [COST28395]large_intestine__NScarcinoma__adenocarcinoma[PubMed] 
    16q13 Cosmic_SVdup(16)(q13)  Cosmic_SV [COST462580]liver__NScarcinoma__NS [COSU322]
    16q13 Cosmic_SVdup(16)(q13)  Cosmic_SV [COST471888]liver__NScarcinoma__NS [COSU322]
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    16q2116q13Cosmic_SVins(16)(q21q13)  Cosmic_SV [COST190056]prostate__NScarcinoma__adenocarcinoma [COSU538]
    16p1216q13Mitelmaninv(16)(p12q13)  Mitelman (CGAP) Acute myelomonocytic leukemia (FAB type M4)  
    16p1316q13Mitelmaninv(16)(p13q13)  Mitelman (CGAP) Acute myelomonocytic leukemia (FAB type M4)  
    16q13 Cosmic_SVinv(16)(q13)  Cosmic_SV [COST450131]liver__NScarcinoma__NS [COSU322]
    16q13 Cosmic_SVinv(16)(q13)  Cosmic_SV [COST458129]liver__NScarcinoma__NS [COSU322]
    16q13 Cosmic_SVinv(16)(q13)  Cosmic_SV [COST464049]liver__NScarcinoma__NS [COSU322]
    16q1316q21Cosmic_SVinv(16)(q13q21)  Cosmic_SV [COST177661]breast__NScarcinoma__ER-positive_carcinoma[PubMed] 
    16q1316q22Cosmic_SVinv(16)(q13q22)  Cosmic_SV [COST442582]liver__NScarcinoma__NS [COSU322]
    10q1116q13dbCRIDt(10;16)(q11;q13)  11209Leiomyosarcoma[PubMed] 
    11q1216q13Mitelmant(11;16)(q12;q13)GLYATNLRC5Mitelman (CGAP)NasopharynxAdenocarcinoma[PubMed] 
    1q2116q13Mitelmant(1;16)(q21;q13)  Mitelman (CGAP) Acute lymphoblastic leukemia/lymphoblastic lymphoma  
    1q2116q13Mitelmant(1;16)(q21;q13)  Mitelman (CGAP) Acute myeloid leukemia, NOS  
    1q2116q13Mitelmant(1;16)(q21;q13)  Mitelman (CGAP)BreastAdenocarcinoma  
    1q2116q13Mitelmant(1;16)(q21;q13)  Mitelman (CGAP)KidneyWilms tumor[PubMed] 
    1q2116q13Mitelmant(1;16)(q21;q13)  Mitelman (CGAP) Multiple myeloma  
    1q2116q13Mitelmant(1;16)(q21;q13)  Mitelman (CGAP)SkeletonEwing sarcoma  
    1q2116q13Mitelmant(1;16)(q21;q13)  Mitelman (CGAP)Soft tissueAlveolar rhabdomyosarcoma  
    16p1216q13Mitelmant(16;16)(p12;q13)FAM192AC16orf62Mitelman (CGAP)
    [TCGA]
    BreastAdenocarcinoma[PubMed] 
    16q1216q13Mitelmant(16;16)(q12;q13)NUP93GNAO1Mitelman (CGAP)
    [TCGA]
    BrainAstrocytoma, grade I-II[PubMed] 
    16q1319p13dbCRIDt(16;19)(q13.1;p13)  10807Hepatocellular Carcinoma[PubMed] 
    16q1321q22dbCRIDt(16;21)(q13;q22.3)  12212Prostate Cancer[PubMed] 
    16q1321q22Atlas - Solid Tumort(16;21)(q13;q22) HERPUD1/ERGHERPUD1ERGProstateOverviewID5041Male organs: ProstateProstate tumor[Biblio] 
    16q1321q22Mitelmant(16;21)(q13;q22)HERPUD1ERGMitelman (CGAP)ProstateAdenocarcinoma[PubMed] 
    16q1322q11dbCRIDt(16;22)(q13;q11.2)  10403Hepatocellular Carcinoma[PubMed] 
    8q2216q13dbCRIDt(8;16)(q22.1;q13)  10988[PubMed] 
    10q2316q13Cosmic_SVu(10;16)(q23;q13)  Cosmic_SV [COST470799]liver__NScarcinoma__NS [COSU322]
    11q1316q13Cosmic_SVu(11;16)(q13;q13)  Cosmic_SV [COST321198]breast__NScarcinoma__lobular_carcinoma [COSU652]
    11q1316q13Cosmic_SVu(11;16)(q13;q13)  Cosmic_SV [COST365386]breast__NScarcinoma__ductal_carcinoma [COSU652]
    11q1316q13Cosmic_SVu(11;16)(q13;q13)  Cosmic_SV [COST379273]breast__NScarcinoma__lobular_carcinoma [COSU652]
    11q1416q13Cosmic_SVu(11;16)(q14;q13)  Cosmic_SV [COST325506]breast__NScarcinoma__ductal_carcinoma [COSU652]
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    15q2616q13Cosmic_SVu(15;16)(q26;q13)  Cosmic_SV [COST16389]breast__NScarcinoma__ductal_carcinoma[PubMed] 
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    Genes in band 16q13

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    GoldenPath hg19 (Kb)Band 1Band 2ClassCloneFusionPartner 1Partner 2LinksTopographyMorphologyPubmedOmimAccession
    chr16:56700647-56701977 - 16q13 19p13 Gene [CT]   C3/MT1G MT1G C3 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr16:56700647-56701977 - 16q13 19p13 Gene [CT]   C3/MT1G MT1G C3 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr16:56700647-56701977 - 16q13 12q24 Gene [CT]   MT1G/DAO MT1G DAO [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr16:56700647-56701977 - 16q13 12q24 Gene [CT]   MT1G/DAO MT1G DAO [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr16:56700647-56701977 - 16q13 17q21 Gene [CT]   WNK4/MT1G MT1G WNK4 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr16:56700647-56701977 - 16q13   Gene [G]     MT1G   [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
    chr16:56703726-56705041 + 16q13   Gene [G]     MT1H   [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
    chr16:56710028-56711789 + 16q13   Gene [G]     MT1IP       [Omim] [Entrez]
    chr16:56716382-56718108 + 16q13 7p22 Gene [CT]   MT1X/RNF216 MT1X RNF216 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr16:56716382-56718108 + 16q13 1q22 Gene [CT]   RUSC1/MT1X MT1X RUSC1 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr16:56716382-56718108 + 16q13 2q14 Gene [CT]   STEAP3/MT1X MT1X STEAP3 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr16:56716382-56718108 + 16q13   Gene [G]     MT1X   [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
    chr16:56815704-56878861 + 16q13 6q16 Gene [CT]   MIR548H3/NUP93 NUP93 MIR548H3 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr16:56815704-56878861 + 16q13 16q24 Gene [CT]   USP10/NUP93 NUP93 USP10 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr16:56815704-56878861 + 16q13   Gene [G]     NUP93   [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
    chr16:56815704-56878861 + 16q13 16q22 Gene [GT]   NUP93/CYB5B NUP93 CYB5B [Cosmic]
    [GenenTech]
    LN-18__Brain   [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr16:56815704-56878861 + 16q13 16q12 Gene [M]   NUP93/GNAO1 NUP93 GNAO1 [Cosmic]
    [Mitelman]
    Brain Astrocytoma, grade I-II [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr16:56815704-56878861 + 16q13 16q12 Gene [TF]   NUP93/GNAO1 NUP93 GNAO1 [Cosmic]
    [TCGA]
    [TCGA-LGG]   [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr16:56892430-56892513 + 16q13   Gene [G]     MIR138-2       [Omim] [Entrez]
    chr16:56899119-56949762 + 16q13 16q13 Gene [CT]   SLC12A3/SLC12A3 SLC12A3 SLC12A3 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr16:56899119-56949762 + 16q13   Gene [G]     SLC12A3   [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
    chr16:56938176-56938265 + 16q13   Gene [G]     MIR6863       [Omim] [Entrez]
    chr16:56966002-56977793 + 16q13 21q22 Gene [K]   HERPUD1/ERG HERPUD1 ERG [Cosmic] Prostate Cancer [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr16:56966002-56977793 + 16q13   Gene [CEN]   HERPUD1/Dom HERPUD1 Dom [Cosmic]
    [Census]
    yes   [Omim] [Entrez]
    chr16:56966002-56977793 + 16q13 7q34 Gene [COF]   HERPUD1/BRAF HERPUD1 BRAF [Cosmic]
    [Fusion 1726]
    pancreas NS [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr16:56966002-56977793 + 16q13 7q34 Gene [COF]   HERPUD1/BRAF HERPUD1 BRAF [Cosmic]
    [Fusion 1727]
    pancreas NS [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr16:56966002-56977793 + 16q13 9q34 Gene [CT]   FUBP3/HERPUD1 HERPUD1 FUBP3 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr16:56966002-56977793 + 16q13 2p15 Gene [CT]   USP34/HERPUD1 HERPUD1 USP34 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr16:56966002-56977793 + 16q13 1p13 Gene [CT]   WDR77/HERPUD1 HERPUD1 WDR77 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr16:56966002-56977793 + 16q13 7q34 Gene [G]   HERPUD1/BRAF HERPUD1 BRAF [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
    chr16:56966002-56977793 + 16q13 21q22 Gene [M]   HERPUD1/ERG HERPUD1 ERG [Cosmic]
    [Mitelman]
    Prostate Adenocarcinoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr16:56995835-57017756 + 16q13   Gene [G]     CETP   [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
    chr16:56995835-57017756 + 16q13 16q21 Gene [TF]   CNOT1/CETP CETP CNOT1 [Cosmic]
    [TCGA]
    [TCGA-OV]   [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr16:57023397-57117436 + 16q13 3q13 Gene [CT]   HCLS1/NLRC5 NLRC5 HCLS1 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr16:57023397-57117436 + 16q13 1p35 Gene [CT]   NLRC5/PUM1 NLRC5 PUM1 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr16:57023397-57117436 + 16q13 1p35 Gene [CT]   PUM1/NLRC5 NLRC5 PUM1 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr16:57023397-57117436 + 16q13   Gene [G]     NLRC5   [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
    chr16:57023397-57117436 + 16q13 11q12 Gene [M]   GLYAT/NLRC5 NLRC5 GLYAT [Cosmic]
    [Mitelman]
    Nasopharynx Adenocarcinoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr16:57126455-57181878 + 16q13 12q13 Gene [AM]   CPNE2/PMEL CPNE2 PMEL [Cosmic]
    [TCGA-SKCM]     [Omim] [Entrez]
    chr16:57126455-57181878 + 16q13 16q13 Gene [CT]   CPNE2/CPNE2 CPNE2 CPNE2 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr16:57126455-57181878 + 16q13 10q26 Gene [CT]   PPP2R2D/CPNE2 CPNE2 PPP2R2D [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr16:57126455-57181878 + 16q13 10q26 Gene [CT]   PPP2R2D/CPNE2 CPNE2 PPP2R2D [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr16:57126455-57181878 + 16q13 1p13 Gene [CT]   CPNE2/SORT1 CPNE2 SORT1 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr16:57126455-57181878 + 16q13   Gene [G]     CPNE2   [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
    chr16:57174808-57178498 - 16q13   Gene [G]     LOC100130817       [Omim] [Entrez]
    chr16:57186378-57219976 - 16q13   Gene [G]     FAM192A   [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
    chr16:57186378-57219976 - 16q13 16p12 Gene [M]   FAM192A/C16orf62 FAM192A C16orf62 [Cosmic]
    [Mitelman]
    Breast Adenocarcinoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr16:57186378-57219976 - 16q13 16p12 Gene [TF]   FAM192A/C16orf62 FAM192A C16orf62 [Cosmic]
    [TCGA]
    [TCGA-BRCA]   [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr16:57220196-57274387 + 16q13 8p23 Gene [AM]   CTSB/RSPRY1 RSPRY1 CTSB [Cosmic]
    [TCGA-THCA]     [Omim] [Entrez]
    chr16:57220196-57274387 + 16q13 14q11 Gene [CT]   RSPRY1/MYH6 RSPRY1 MYH6 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr16:57220196-57274387 + 16q13   Gene [G]     RSPRY1   [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
    chr16:57279038-57287545 + 16q13 21q22 Gene [CT]   ARL2BP/PAXBP1 ARL2BP PAXBP1 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr16:57279038-57287545 + 16q13   Gene [G]     ARL2BP   [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
    chr16:57290009-57318584 - 16q13 12q13 Gene [AM]   PLLP/KRT5 PLLP KRT5 [Cosmic]
    [TCGA-HNSC]     [Omim] [Entrez]
    chr16:57290009-57318584 - 16q13 12q13 Gene [AM]   PLLP/KRT5 PLLP KRT5 [Cosmic]
    [TCGA-HNSC]     [Omim] [Entrez]
    chr16:57290009-57318584 - 16q13   Gene [G]     PLLP   [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
    chr16:57392695-57400102 + 16q13 1q24 Gene [CT]   TIPRL/CCL22 CCL22 TIPRL [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr16:57392695-57400102 + 16q13   Gene [G]     CCL22   [Cosmic]     [Omim] [Entrez]

    [ Bold normal : A; Italic normal :G; Italic small : E ]

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    External links

    Mitelman Database [NCI] : Breakpoint 16q13

    [ UCSC ][ enSembl ][ MapView - NCBI ][ 1000Genomes ][ EVS ][ CGWB ][ DGV ][ DBVar ][ OMIM ][ HapMap ][ DECIPHER ] [ ECARUCA ]

    Gene Expression (MSigDB) in 16q13  [ HTC ]  [ NCI ]  [ INV ]

    References

    Contributor(s)

    Writtenmay 2012Philippe Dessen
      
    Updatedjanv. 2017Philippe Dessen and Jean-Loup Huret

    Citation

    This paper should be referenced as such :
    Dessen P and Huret JL. Chromosomal band 16q13. Atlas Genet Cytogenet Oncol Haematol. July 2012.
    URL : http://atlasgeneticsoncology.org/Bands/16q13.html
    © Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology
    indexed on : mar. janv. 10 13:00:34 CET 2017


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