Chromosome 5

Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology


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X Y 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 NA

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X Y 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22

Chromosome 5


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Band 5q11

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  • Chromosomal abnormalities in band 5q11
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    Chromosomal abnormalities in band 5q11

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    5q11 Mitelmandel(5)(q11)  Mitelman (CGAP) Acute erythroleukemia (FAB type M6)  
    5q11 Mitelmandel(5)(q11)  Mitelman (CGAP) Acute myeloblastic leukemia with maturation (FAB type M2)  
    5q11 Mitelmandel(5)(q11)  Mitelman (CGAP) Acute myeloblastic leukemia without maturation (FAB type M1)  
    5q11 Mitelmandel(5)(q11)  Mitelman (CGAP) Acute myeloid leukemia, NOS  
    5q11 Mitelmandel(5)(q11)  Mitelman (CGAP)BreastAdenocarcinoma  
    5q11 Mitelmandel(5)(q11)  Mitelman (CGAP)Large intestineAdenocarcinoma  
    5q11 Mitelmandel(5)(q11)  Mitelman (CGAP)LungSquamous cell carcinoma  
    5q11 Mitelmandel(5)(q11)  Mitelman (CGAP)SkeletonOsteosarcoma, NOS  
    5q11 Mitelmandel(5)(q11)  Mitelman (CGAP)Soft tissueLeiomyosarcoma  
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    Genes in band 5q11

    (click on headers to reorder columns)
    GoldenPath hg19 (Kb)Band 1Band 2ClassCloneFusionPartner 1Partner 2LinksTopographyMorphologyPubmedOmimAccession
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    Adrenal Adenocarcinoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
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    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr5:52391509-52405602 - 5q11 2q34 Gene [CT]   MOCS2/PTH2R MOCS2 PTH2R [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
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    [Mitelman]
    Lung Squamous cell carcinoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr5:52391509-52405602 - 5q11 5q11 Gene [TF]   ARL15/MOCS2 MOCS2 ARL15 [Cosmic]
    [TCGA]
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    chr5:52405672-52410956 + 5q11   Gene [G]     LOC257396       [Omim] [Entrez]
    chr5:52776264-52782304 + 5q11 5q11 Gene [CT]   FST/FST FST FST [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
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    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr5:52776264-52782304 + 5q11   Gene [A]     FST   [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
    chr5:52776264-52782304 + 5q11 19p13 Gene [GT]   KDM4B/FST FST KDM4B [Cosmic]
    [GenenTech]
    HCC4006__Lung   [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr5:52856463-52979171 + 5q11 5q13 Gene [AM]   NDUFS4/HMGCR NDUFS4 HMGCR [Cosmic]
    [TCGA-SKCM]     [Omim] [Entrez]
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        [Omim] [GenBank]
    chr5:52856463-52979171 + 5q11   Gene [G]     NDUFS4   [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
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    [GenenTech]
    PE01__Ovary   [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr5:52856463-52979171 + 5q11 8p21 Gene [M]   NDUFS4/EXTL3 NDUFS4 EXTL3 [Cosmic]
    [Mitelman]
    Lung Squamous cell carcinoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr5:52856463-52979171 + 5q11 5q31 Gene [M]   NDUFS4/UBE2D2 NDUFS4 UBE2D2 [Cosmic]
    [Mitelman]
    Lung Adenocarcinoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr5:52856463-52979171 + 5q11 8p21 Gene [TF]   NDUFS4/EXTL3 NDUFS4 EXTL3 [Cosmic]
    [TCGA]
    [TCGA-LUSC]   [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr5:52856463-52979171 + 5q11 5q31 Gene [TF]   NDUFS4/UBE2D2 NDUFS4 UBE2D2 [Cosmic]
    [TCGA]
    [TCGA-LUAD]   [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr5:53180614-53606403 - 5q11 5q12 Gene [AM]   ERBIN/ARL15 ARL15 ERBIN [Cosmic]
    [TCGA-SKCM]     [Omim] [Entrez]
    chr5:53180614-53606403 - 5q11 5q11 Gene [CT]   ARL15/ARL15 ARL15 ARL15 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
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    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr5:53180614-53606403 - 5q11   Gene [G]     ARL15   [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
    chr5:53180614-53606403 - 5q11 5q23 Gene [M]   ARL15/CDC42SE2 ARL15 CDC42SE2 [Cosmic]
    [Mitelman]
    Breast Adenocarcinoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
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    [ChiTaRS]  
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    [ChiTaRS]  
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    chr5:55760576-55762100 - 5q11   Gene [G]     LOC100509780       [Omim] [Entrez]
    chr5:55807221-55902059 - 5q11   Gene [G]     C5orf67       [Omim] [Entrez]
    chr5:56110900-56191978 + 5q11   Gene [CEN]     MAP3K1   [Cosmic]
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    chr5:56110900-56191978 + 5q11   Gene [G]     MAP3K1   [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
    chr5:56110900-56191978 + 5q11 5q12 Gene [GT]   MAP3K1/NDUFAF2 MAP3K1 NDUFAF2 [Cosmic]
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    chr5:56471275-56560506 + 5q11 16p12 Gene [CT]   GPBP1/ERI2 GPBP1 ERI2 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr5:56471275-56560506 + 5q11 5q11 Gene [CT]   GPBP1/GPBP1 GPBP1 GPBP1 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr5:56471275-56560506 + 5q11 19p13 Gene [CT]   MIR639/GPBP1 GPBP1 MIR639 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr5:56471275-56560506 + 5q11 19p13 Gene [CT]   MIR639/GPBP1 GPBP1 MIR639 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr5:56471275-56560506 + 5q11 20q13 Gene [CT]   GPBP1/NKAIN4 GPBP1 NKAIN4 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr5:56471275-56560506 + 5q11 6q27 Gene [CT]   PSMB1/GPBP1 GPBP1 PSMB1 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr5:56471275-56560506 + 5q11   Gene [G]     GPBP1   [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
    chr5:56471275-56560506 + 5q11 11p14 Gene [M]   GPBP1/BDNF GPBP1 BDNF [Cosmic]
    [Mitelman]
    Lung Adenocarcinoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
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    [TCGA]
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    chr5:56471275-56560506 + 5q11 5p15 Gene [TF]   GPBP1/MTRR GPBP1 MTRR [Cosmic]
    [TCGA]
    [TCGA-PRAD]   [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr5:56560080-56561651 + 5q11   Gene [G]     LOC340085       [Omim] [Entrez]
    chr5:56775843-56778636 - 5q11   Gene [G]     ACTBL2   [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
    chr5:56866169-56913254 + 5q11   Gene [G]     LINCR-0003       [Omim] [Entrez]
    chr5:56946487-56966816 + 5q11   Gene [G]     LOC101928505       [Omim] [Entrez]
    chr5:57039437-57047544 + 5q11   Gene [G]     LOC401188       [Omim] [Entrez]
    chr5:57186158-57194989 - 5q11   Gene [G]     LOC101928539       [Omim] [Entrez]
    chr5:57403459-57418168 - 5q11   Gene [E]     LINC02101       [Omim] [Entrez]
    chr5:57749810-57755966 - 5q11   Gene [G]     PLK2   [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
    chr5:57749810-57755966 - 5q11   Gene [PM]   / PLK2   [Cosmic]   [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr5:57787262-57792185 + 5q11   Gene [G]     GAPT   [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
    chr5:57825870-57825936 - 5q11 9q21 Gene [CT]   ANXA1/MIR548AE2 MIR548AE2 ANXA1 [ChiTaRS]       [Omim] [GenBank]
    chr5:57825870-57825936 - 5q11 17q24 Gene [CT]   MIR548AE2/GNA13 MIR548AE2 GNA13 [ChiTaRS]       [Omim] [GenBank]
    chr5:57825870-57825936 - 5q11 5q11 Gene [CT]   MIR548AE2/MIR548AE2 MIR548AE2 MIR548AE2 [ChiTaRS]       [Omim] [GenBank]
    chr5:57825870-57825936 - 5q11 16q21 Gene [CT]   MIR548AE2/NDRG4 MIR548AE2 NDRG4 [ChiTaRS]       [Omim] [GenBank]
    chr5:57825870-57825936 - 5q11 1p34 Gene [CT]   ZMYM6/MIR548AE2 MIR548AE2 ZMYM6 [ChiTaRS]       [Omim] [GenBank]
    chr5:57825870-57825936 - 5q11   Gene [G]     MIR548AE2       [Omim] [Entrez]
    chr5:57837394-57854070 - 5q11   Gene [E]     LINC02108       [Omim] [Entrez]
    chr5:57878015-58155222 + 5q11 8p21 Gene [CT]   CLU/RAB3C RAB3C CLU [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr5:57878015-58155222 + 5q11   Gene [G]     RAB3C   [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
    chr5:58264866-59189621 - 5q11 5q12 Gene [AM]   DEPDC1B/PDE4D PDE4D DEPDC1B [Cosmic]
    [TCGA-BRCA]     [Omim] [Entrez]
    chr5:58264866-59189621 - 5q11 5q12 Gene [AM]   PDE4D/DEPDC1B PDE4D DEPDC1B [Cosmic]
    [TCGA-PRAD]     [Omim] [Entrez]
    chr5:58264866-59189621 - 5q11 5p15 Gene [AM]   PDE4D/LINC01511 PDE4D LINC01511 [Cosmic]
    [TCGA-LUAD]     [Omim] [Entrez]
    chr5:58264866-59189621 - 5q11 16p13 Gene [AM]   MYH11/PDE4D PDE4D MYH11 [Cosmic]
        [Omim] [Entrez]
    chr5:58264866-59189621 - 5q11 6q26 Gene [CT]   PDE4D/AGPAT4 PDE4D AGPAT4 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr5:58264866-59189621 - 5q11 17q25 Gene [CT]   PDE4D/KCTD2 PDE4D KCTD2 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr5:58264866-59189621 - 5q11 10p12 Gene [CT]   PDE4D/KIAA1217 PDE4D KIAA1217 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr5:58264866-59189621 - 5q11 5q11 Gene [CT]   PDE4D/PDE4D PDE4D PDE4D [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr5:58264866-59189621 - 5q11 5q11 Gene [CT]   PDE4D/PDE4D PDE4D PDE4D [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr5:58264866-59189621 - 5q11 17q25 Gene [CT]   RAB37/PDE4D PDE4D RAB37 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr5:58264866-59189621 - 5q11 6q24 Gene [CT]   REPS1/PDE4D PDE4D REPS1 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr5:58264866-59189621 - 5q11 10q21 Gene [CT]   PDE4D/SLC16A9 PDE4D SLC16A9 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr5:58264866-59189621 - 5q11 6q25 Gene [CT]   TAB2/PDE4D PDE4D TAB2 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr5:58264866-59189621 - 5q11   Gene [G]     PDE4D   [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
    chr5:58264866-59189621 - 5q11 5q12 Gene [GT]   DEPDC1B/PDE4D PDE4D DEPDC1B [Cosmic]
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    [ Bold normal : A; Italic normal :G; Italic small : E ]

    X Y 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22
    [previous]   5 5p 5q 5p15 5p14 5p13 5p12 5p11 5p10 5q10 5q11 5q12 5q13 5q14 5q15 5q21 5q22 5q23 5q31 5q32 5q33 5q34 5q35   [next]

    External links

    Mitelman Database [NCI] : Breakpoint 5q11

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    Gene Expression (MSigDB) in 5q11  [ HTC ]  [ NCI ]  [ INV ]

    References

    Contributor(s)

    Writtenmay 2012Philippe Dessen
      
    Updatedjanv. 2017Philippe Dessen and Jean-Loup Huret

    Citation

    This paper should be referenced as such :
    Dessen P and Huret JL. Chromosomal band 5q11. Atlas Genet Cytogenet Oncol Haematol. July 2012.
    URL : http://atlasgeneticsoncology.org/Bands/5q11.html
    © Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology
    indexed on : mar. janv. 10 12:52:46 CET 2017


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