Chromosome 5

Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology


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X Y 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 NA

ENTITIES: by Chromosome band

X Y 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22

Chromosome 5


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Band 5q13

chr5:67400000-77600000 (10200 Kb)

  • Chromosomal abnormalities in band 5q13
  • Genes in band 5q13 (reference hg38)
  • External links
  • References

    Chromosomal abnormalities in band 5q13

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    Band 1Band 2ClassEntityPartner 1Partner 2LinksTopographyMorphology[PubMed][Study]
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    5q115q13Mitelmandel(5)(q11q13)  Mitelman (CGAP)PleuraMesothelioma  
    5q115q13Mitelmandel(5)(q11q13)ordel(5)(q13q15)  Mitelman (CGAP) Hairy cell leukemia  
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    5q13 Mitelmandel(5)(q13)  Mitelman (CGAP) Acute lymphoblastic leukemia/lymphoblastic lymphoma  
    5q13 Mitelmandel(5)(q13)  Mitelman (CGAP) Acute megakaryoblastic leukemia (FAB type M7)  
    5q13 Mitelmandel(5)(q13)  Mitelman (CGAP) Acute monoblastic leukemia (FAB type M5)  
    5q13 Mitelmandel(5)(q13)  Mitelman (CGAP) Acute myeloblastic leukemia with minimal differentiation (FAB type M0)  
    5q13 Mitelmandel(5)(q13)  Mitelman (CGAP) Acute myelomonocytic leukemia (FAB type M4)  
    5q13 Mitelmandel(5)(q13)  Mitelman (CGAP) Acute undifferentiated leukemia  
    5q13 Mitelmandel(5)(q13)  Mitelman (CGAP)BladderTransitional cell carcinoma  
    5q13 Mitelmandel(5)(q13)  Mitelman (CGAP) Diffuse large B-cell lymphoma  
    5q13 Mitelmandel(5)(q13)  Mitelman (CGAP) Follicular lymphoma  
    5q13 Mitelmandel(5)(q13)  Mitelman (CGAP)KidneyAdenocarcinoma  
    5q13 Mitelmandel(5)(q13)  Mitelman (CGAP)LungSquamous cell carcinoma  
    5q13 Mitelmandel(5)(q13)  Mitelman (CGAP)LungUndifferentiated carcinoma  
    5q13 Mitelmandel(5)(q13)  Mitelman (CGAP) Multiple myeloma  
    5q13 Mitelmandel(5)(q13)  Mitelman (CGAP) Mycosis fungoides/SÚzary syndrome  
    5q13 Mitelmandel(5)(q13)  Mitelman (CGAP) Myelodysplastic syndrome, NOS  
    5q13 Mitelmandel(5)(q13)  Mitelman (CGAP)Oral cavitySquamous cell carcinoma  
    5q13 Mitelmandel(5)(q13)  Mitelman (CGAP) Refractory anemia  
    5q13 Mitelmandel(5)(q13)  Mitelman (CGAP) Refractory anemia with excess blasts-2  
    5q13 Mitelmandel(5)(q13)  Mitelman (CGAP) Refractory anemia with excess of blasts (FAB)  
    5q13 Mitelmandel(5)(q13)  Mitelman (CGAP)SkeletonChondrosarcoma, NOS  
    5q13 Mitelmandel(5)(q13)  Mitelman (CGAP)Soft tissueSynovial sarcoma  
    5q13 Mitelmandel(5)(q13)  Mitelman (CGAP)TestisCombined germ cell tumors  
    5q13 Mitelmandel(5)(q13)  Mitelman (CGAP)TestisTeratoma (mature and immature)  
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    5q135q15Mitelmandel(5)(q13q15)  Mitelman (CGAP) Acute lymphoblastic leukemia/lymphoblastic lymphoma  
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    5q135q22Mitelmandel(5)(q13q22)  Mitelman (CGAP) Acute lymphoblastic leukemia/lymphoblastic lymphoma  
    5q135q22Mitelmandel(5)(q13q22)  Mitelman (CGAP) Acute megakaryoblastic leukemia (FAB type M7)  
    5q135q22Mitelmandel(5)(q13q22)  Mitelman (CGAP) Acute myeloid leukemia, NOS  
    5q135q22Mitelmandel(5)(q13q22)  Mitelman (CGAP) Adult T-cell lymphoma/leukemia (HTLV-1+)  
    5q135q22Mitelmandel(5)(q13q22)  Mitelman (CGAP)BreastAdenocarcinoma  
    5q135q22Mitelmandel(5)(q13q22)  Mitelman (CGAP) Chronic myeloid leukemia, t(9;22)  
    5q135q22Mitelmandel(5)(q13q22)  Mitelman (CGAP) Multiple myeloma  
    5q135q22Mitelmandel(5)(q13q22)  Mitelman (CGAP) Myelodysplastic syndrome, NOS  
    5q135q22Mitelmandel(5)(q13q22)  Mitelman (CGAP) Refractory anemia  
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    5q135q23Mitelmandel(5)(q13q23)  Mitelman (CGAP) Refractory anemia  
    5q135q31dbCRIDdel(5)(q13q31)  10380Acute Myelocytic Leukemia[PubMed] 
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    5q135q31Cosmic_SVdel(5)(q13q31)  Cosmic_SV [COST185128]skin__NScarcinoma__NS [COSU656]
    5q135q31Cosmic_SVdel(5)(q13q31)  Cosmic_SV [COST216979]pancreas__NScarcinoma__ductal_carcinoma [COSU382]
    5q135q31Cosmic_SVdel(5)(q13q31)  Cosmic_SV [COST452558]liver__NScarcinoma__NS [COSU322]
    5q135q31Cosmic_SVdel(5)(q13q31)  Cosmic_SV [COST502148]pancreas__NScarcinoma__ductal_carcinoma [COSU382]
    5q135q31Mitelmandel(5)(q13q31)  Mitelman (CGAP) Acute erythroleukemia (FAB type M6)  
    5q135q31Mitelmandel(5)(q13q31)  Mitelman (CGAP) Acute lymphoblastic leukemia/lymphoblastic lymphoma  
    5q135q31Mitelmandel(5)(q13q31)  Mitelman (CGAP) Acute megakaryoblastic leukemia (FAB type M7)  
    5q135q31Mitelmandel(5)(q13q31)  Mitelman (CGAP) Acute monoblastic leukemia (FAB type M5)  
    5q135q31Mitelmandel(5)(q13q31)  Mitelman (CGAP) Acute myeloblastic leukemia with minimal differentiation (FAB type M0)  
    5q135q31Mitelmandel(5)(q13q31)  Mitelman (CGAP) Acute myeloblastic leukemia without maturation (FAB type M1)  
    5q135q31Mitelmandel(5)(q13q31)  Mitelman (CGAP) Acute myelomonocytic leukemia (FAB type M4)  
    5q135q31Mitelmandel(5)(q13q31)  Mitelman (CGAP) Acute undifferentiated leukemia  
    5q135q31Mitelmandel(5)(q13q31)  Mitelman (CGAP) Chronic myeloid leukemia, t(9;22)  
    5q135q31Mitelmandel(5)(q13q31)  Mitelman (CGAP) Idiopathic myelofibrosis  
    5q135q31Mitelmandel(5)(q13q31)  Mitelman (CGAP) Multiple myeloma  
    5q135q31Mitelmandel(5)(q13q31)  Mitelman (CGAP) Myelodysplastic syndrome, NOS  
    5q135q31Mitelmandel(5)(q13q31)  Mitelman (CGAP) Refractory anemia  
    5q135q31Mitelmandel(5)(q13q31)  Mitelman (CGAP) Refractory anemia with excess blasts-2  
    5q135q31Mitelmandel(5)(q13q31)  Mitelman (CGAP) Refractory anemia with excess of blasts (FAB)  
    5q135q31Mitelmandel(5)(q13q31)  Mitelman (CGAP) Refractory anemia with ringed sideroblasts  
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    5q135q32Mitelmandel(5)(q13q32)  Mitelman (CGAP) Acute myeloid leukemia, NOS  
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    5q135q32Mitelmandel(5)(q13q32)  Mitelman (CGAP) Refractory anemia with excess of blasts (FAB)  
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    5q135q31Cosmic_SVu(5)(q13;q31)  Cosmic_SV [COST317167]breast__NScarcinoma__lobular_carcinoma [COSU652]
    5q135q31Cosmic_SVu(5)(q13;q31)  Cosmic_SV [COST327765]breast__NScarcinoma__lobular_carcinoma [COSU652]
    5q135q31Cosmic_SVu(5)(q13;q31)  Cosmic_SV [COST364683]breast__NScarcinoma__lobular_carcinoma [COSU652]
    5q135q31Cosmic_SVu(5)(q13;q31)  Cosmic_SV [COST366953]breast__NScarcinoma__ductal_carcinoma [COSU652]
    5q135q31Cosmic_SVu(5)(q13;q31)  Cosmic_SV [COST380734]breast__NScarcinoma__ductal_carcinoma [COSU652]
    5q135q31Cosmic_SVu(5)(q13;q31)  Cosmic_SV [COST385590]breast__NScarcinoma__lobular_carcinoma [COSU652]
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    5q135q33Cosmic_SVu(5)(q13;q33)  Cosmic_SV [COST339674]breast__NScarcinoma__basal_(triple-negative)_carcinoma [COSU652]
    5q135q35Cosmic_SVu(5)(q13;q35)  Cosmic_SV [COST369081]breast__NScarcinoma__ductal_carcinoma [COSU652]
    5q13Xp22Cosmic_SVu(5;X)(q13;p22)  Cosmic_SV [COST343918]breast__NScarcinoma__ductal_carcinoma [COSU652]
    5q13Xq22Cosmic_SVu(5;X)(q13;q22)  Cosmic_SV [COST225272]pancreas__NScarcinoma__ductal_carcinoma [COSU382]
    5q13Xq22Cosmic_SVu(5;X)(q13;q22)  Cosmic_SV [COST508876]pancreas__NScarcinoma__ductal_carcinoma [COSU382]
    5q13Xq24Cosmic_SVu(5;X)(q13;q24)  Cosmic_SV [COST223647]pancreas__NScarcinoma__ductal_carcinoma [COSU382]
    7p215q13Cosmic_SVu(7;5)(p21;q13)  Cosmic_SV [COST137140]ovary__NScarcinoma__mixed_adenosquamous_carcinoma [COSU585]
    7p215q13Cosmic_SVu(7;5)(p21;q13)  Cosmic_SV [COST137160]ovary__NScarcinoma__mixed_adenosquamous_carcinoma [COSU585]
    7p215q13Cosmic_SVu(7;5)(p21;q13)  Cosmic_SV [COST175406]central_nervous_system__brainglioma__astrocytoma_Grade_IV[PubMed] 
    8q245q13Cosmic_SVu(8;5)(q24;q13)  Cosmic_SV [COST155263]ovary__NScarcinoma__mixed_adenosquamous_carcinoma [COSU585]
    Xp115q13Cosmic_SVu(X;5)(p11;q13)  Cosmic_SV [COST118237]pancreas__NScarcinoma__ductal_carcinoma [COSU328]
    Xq245q13Cosmic_SVu(X;5)(q24;q13)  Cosmic_SV [COST361863]pancreas__NScarcinoma__ductal_carcinoma [COSU382]

    Genes in band 5q13

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    GoldenPath hg38Band 1Band 2ClassCloneFusionPartner 1Partner 2LinksTopographyMorphologyPubmedOmimAccession
    chr5:68288424-68298573 + 5q13   Gene [AM]   IGF2/PIK3R1 PIK3R1 IGF2 [Cosmic]
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    chr5:68288424-68298573 + 5q13   Gene [CEN]     PIK3R1   [Cosmic]
    [Census]
        [Omim] [Entrez]
    chr5:68288424-68298573 + 5q13   Gene [CT]   IGHG1/PIK3R1 PIK3R1 IGHG1 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr5:68288424-68298573 + 5q13 13q14 Gene [CT]   LRCH1/PIK3R1 PIK3R1 LRCH1 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr5:68288424-68298573 + 5q13   Gene [CT]   NFIA/PIK3R1 PIK3R1 NFIA [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr5:68288424-68298573 + 5q13 5q13 Gene [CT]   PIK3R1/PIK3R1 PIK3R1 PIK3R1 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr5:68288424-68298573 + 5q13 9p24 Gene [M]   PIK3R1/KANK1 PIK3R1 KANK1 [Cosmic]
    [Mitelman]
    Salivary gland Adenoid cystic carcinoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr5:68288424-68298573 + 5q13 19p13 Gene [M]   PIK3R1/NDUFB7 PIK3R1 NDUFB7 [Cosmic]
    [Mitelman]
    Breast Adenocarcinoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr5:68288424-68298573 + 5q13 9p24 Gene [A]   PIK3R1/KANK1 PIK3R1 KANK1 [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
    chr5:68288424-68298573 + 5q13   Gene [A]   NFIA/PIK3R1 PIK3R1 NFIA [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
    chr5:68288424-68298573 + 5q13 19p13 Gene [TF]   PIK3R1/NDUFB7 PIK3R1 NDUFB7 [Cosmic]
    [TCGA]
    [TCGA-BRCA]   [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr5:68967741-69029927 - 5q13   Gene [G]     LINC02198       [Omim] [Entrez]
    chr5:69116171-69130067 + 5q13 4q31 Gene [CT]   TMEM131L/SLC30A5 SLC30A5 TMEM131L [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr5:69116171-69130067 + 5q13   Gene [G]     SLC30A5   [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
    chr5:69189635-69209799 + 5q13 2q21 Gene [CT]   CENPH/MGAT5 CENPH MGAT5 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr5:69189635-69209799 + 5q13 2q21 Gene [G]   CENPH/MGAT5 CENPH MGAT5 [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
    chr5:72198227-72198722 + 5q13 2q36 Gene [AM]   SERPINE2/MAP1B MAP1B SERPINE2 [Cosmic]
    [TCGA-SKCM]     [Omim] [Entrez]
    chr5:72198227-72198722 + 5q13 9q21 Gene [CT]   MAP1B/C9orf85 MAP1B C9orf85 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr5:72198227-72198722 + 5q13 12p13 Gene [CT]   MAP1B/CACNA1C MAP1B CACNA1C [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr5:72198227-72198722 + 5q13 1q25 Gene [CT]   COLGALT2/MAP1B MAP1B COLGALT2 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr5:72198227-72198722 + 5q13 5q13 Gene [CT]   MAP1B/MAP1B MAP1B MAP1B [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr5:72198227-72198722 + 5q13 5q13 Gene [CT]   MAP1B/MAP1B MAP1B MAP1B [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr5:72198227-72198722 + 5q13 5q13 Gene [CT]   MAP1B/MAP1B MAP1B MAP1B [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr5:72198227-72198722 + 5q13 12q24 Gene [CT]   MED13L/MAP1B MAP1B MED13L [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr5:72198227-72198722 + 5q13 6q15 Gene [CT]   MAP1B/RARS2 MAP1B RARS2 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr5:72198227-72198722 + 5q13 3p21 Gene [CT]   RBM6/MAP1B MAP1B RBM6 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr5:72198227-72198722 + 5q13 20p13 Gene [CT]   SNPH/MAP1B MAP1B SNPH [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr5:72198227-72198722 + 5q13 3p21 Gene [G]   RBM6/MAP1B MAP1B RBM6 [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
    chr5:72198227-72198722 + 5q13   Gene [M]   MAP1B/C3orf67 MAP1B C3orf67 [Cosmic]
    [Mitelman]
    Kidney Adenocarcinoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr5:72198227-72198722 + 5q13 15q21 Gene [M]   MAP1B/SLC27A2 MAP1B SLC27A2 [Cosmic]
    [Mitelman]
    Prostate Adenocarcinoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr5:72198227-72198722 + 5q13   Gene [TF]   MAP1B/C3orf67 MAP1B C3orf67 [Cosmic]
    [TCGA]
    [TCGA-KIRC]   [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr5:72198227-72198722 + 5q13 15q21 Gene [TF]   MAP1B/SLC27A2 MAP1B SLC27A2 [Cosmic]
    [TCGA]
    [TCGA-PRAD]   [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr5:72219528-72320239 - 5q13 5q13 Gene [CT]   MRPS27/MRPS27 MRPS27 MRPS27 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr5:72219528-72320239 - 5q13   Gene [CT]   RNF217/MRPS27 MRPS27 RNF217 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr5:72219528-72320239 - 5q13   Gene [CT]   RNF217/MRPS27 MRPS27 RNF217 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr5:72219528-72320239 - 5q13   Gene [G]     MRPS27   [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
    chr5:72219528-72320239 - 5q13 5q12 Gene [M]   MAST4/MRPS27 MRPS27 MAST4 [Cosmic]
    [Mitelman]
    Lung Adenocarcinoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr5:72219528-72320239 - 5q13 5q12 Gene [TF]   MAST4/MRPS27 MRPS27 MAST4 [Cosmic]
    [TCGA]
    [TCGA-LUAD]   [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr5:72439899-72442387 - 5q13 7p14 Gene [CT]   POU6F2/ZNF366 ZNF366 POU6F2 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr5:72439899-72442387 - 5q13   Gene [G]     ZNF366   [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
    chr5:72912138-72914387 + 5q13 8p11 Gene [CT]   TNPO1/IKBKB TNPO1 IKBKB [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr5:72912138-72914387 + 5q13 15q15 Gene [CT]   TNPO1/ZNF106 TNPO1 ZNF106 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr5:72912138-72914387 + 5q13 15q15 Gene [CT]   TNPO1/ZNF106 TNPO1 ZNF106 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr5:72912138-72914387 + 5q13 15q15 Gene [CT]   ZNF106/TNPO1 TNPO1 ZNF106 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr5:72912138-72914387 + 5q13 15q15 Gene [CT]   ZNF106/TNPO1 TNPO1 ZNF106 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr5:72912138-72914387 + 5q13 15q15 Gene [CT]   ZNF106/TNPO1 TNPO1 ZNF106 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr5:72912138-72914387 + 5q13   Gene [G]     TNPO1   [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
    chr5:72912138-72914387 + 5q13   Gene [GT]   TNPO1/MCCC2 TNPO1 MCCC2 [Cosmic]
    [GenenTech]
    JIMT-1__Breast   [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr5:72912138-72914387 + 5q13   Gene [M]   TNPO1/GTF2H1 TNPO1 GTF2H1 [Cosmic]
    [Mitelman]
    Breast Adenocarcinoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr5:72912138-72914387 + 5q13 8p11 Gene [M]   TNPO1/IKBKB TNPO1 IKBKB [Cosmic]
    [Mitelman]
    Prostate Adenocarcinoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr5:72912138-72914387 + 5q13 5q14 Gene [M]   TNPO1/MEF2C TNPO1 MEF2C [Cosmic]
    [Mitelman]
    Adrenal Adenocarcinoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr5:72912138-72914387 + 5q13   Gene [TF]   TNPO1/GTF2H1 TNPO1 GTF2H1 [Cosmic]
    [TCGA]
    [TCGA-BRCA]   [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr5:72956051-73088299 + 5q13 17q23 Gene [CT]   CLTC/FCHO2 FCHO2 CLTC [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr5:72956051-73088299 + 5q13 17q23 Gene [CT]   FCHO2/CSH1 FCHO2 CSH1 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr5:72956051-73088299 + 5q13 5q13 Gene [CT]   FCHO2/FCHO2 FCHO2 FCHO2 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr5:72956051-73088299 + 5q13   Gene [CT]   GART/FCHO2 FCHO2 GART [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr5:72956051-73088299 + 5q13 18q12 Gene [CT]   FCHO2/ZNF271P FCHO2 ZNF271P [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr5:72956051-73088299 + 5q13   Gene [G]   ETV6/FCHO2 FCHO2 ETV6 [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
    chr5:73120575-73131814 + 5q13   Gene [G]     TMEM171   [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
    chr5:73173214-73175141 + 5q13   Gene [G]     TMEM174   [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
    chr5:73195290-73201961 - 5q13   Gene [G]     LOC340090       [Omim] [Entrez]
    chr5:73446966-73448362 - 5q13 11q22 Gene [CT]   RDX/FOXD1 FOXD1 RDX [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr5:73446966-73448362 - 5q13   Gene [G]     FOXD1   [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
    chr5:73498452-73505495 + 5q13   Gene [AM]   LINC01385/BTF3 BTF3 LINC01385 [Cosmic]
    [TCGA-GBM]     [Omim] [Entrez]
    chr5:73498452-73505495 + 5q13   Gene [AM]   LINC01385/BTF3 BTF3 LINC01385 [Cosmic]
    [TCGA-GBM]     [Omim] [Entrez]
    chr5:73498452-73505495 + 5q13   Gene [AM]   LINC01385/BTF3 BTF3 LINC01385 [Cosmic]
    [TCGA-LUAD]     [Omim] [Entrez]
    chr5:73498452-73505495 + 5q13   Gene [AM]   LINC01385/BTF3 BTF3 LINC01385 [Cosmic]
    [TCGA-LUAD]     [Omim] [Entrez]
    chr5:73498452-73505495 + 5q13   Gene [AM]   LINC01385/BTF3 BTF3 LINC01385 [Cosmic]
    [TCGA-LUSC]     [Omim] [Entrez]
    chr5:73498452-73505495 + 5q13   Gene [AM]   LINC01385/BTF3 BTF3 LINC01385 [Cosmic]
        [Omim] [Entrez]
    chr5:73498452-73505495 + 5q13 22q13 Gene [CT]   BTF3/GGA1 BTF3 GGA1 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr5:73498452-73505495 + 5q13 22q13 Gene [CT]   BTF3/GGA1 BTF3 GGA1 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr5:73498452-73505495 + 5q13 22q13 Gene [CT]   BTF3/GGA1 BTF3 GGA1 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr5:73498452-73505495 + 5q13 1p36 Gene [CT]   SH3BGRL3/BTF3 BTF3 SH3BGRL3 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr5:73498452-73505495 + 5q13 20q13 Gene [CT]   BTF3/STAU1 BTF3 STAU1 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr5:73498452-73505495 + 5q13   Gene [G]     BTF3   [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
    chr5:73552338-73565673 - 5q13   Gene [G]     ANKRA2   [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
    chr5:73552338-73565673 - 5q13 5q22 Gene [M]   TMEM232/ANKRA2 ANKRA2 TMEM232 [Cosmic]
    [Mitelman]
    Lung Squamous cell carcinoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr5:73552338-73565673 - 5q13 5q22 Gene [TF]   TMEM232/ANKRA2 ANKRA2 TMEM232 [Cosmic]
    [TCGA]
    [TCGA-LUSC]   [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr5:73572497-73581969 + 5q13 14q13 Gene [CT]   UTP15/EGLN3 UTP15 EGLN3 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr5:73572497-73581969 + 5q13 6p21 Gene [CT]   LRFN2/UTP15 UTP15 LRFN2 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr5:73572497-73581969 + 5q13   Gene [G]     UTP15   [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
    chr5:73572497-73581969 + 5q13 5q13 Gene [M]   ARHGEF28/UTP15 UTP15 ARHGEF28 [Cosmic]
    [Mitelman]
    Lung Adenocarcinoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr5:73684838-73855732 + 5q13 18p11 Gene [CT]   ARHGEF28/ANKRD20A5P ARHGEF28 ANKRD20A5P [ChiTaRS]       [Omim] [GenBank]
    chr5:73684838-73855732 + 5q13 5q13 Gene [CT]   ARHGEF28/ARHGEF28 ARHGEF28 ARHGEF28 [ChiTaRS]       [Omim] [GenBank]
    chr5:73684838-73855732 + 5q13 2p22 Gene [CT]   SRSF7/ARHGEF28 ARHGEF28 SRSF7 [ChiTaRS]       [Omim] [GenBank]
    chr5:73684838-73855732 + 5q13   Gene [G]     ARHGEF28       [Omim] [Entrez]
    chr5:73684838-73855732 + 5q13 5q13 Gene [M]   ARHGEF28/UTP15 ARHGEF28 UTP15 [Mitelman] Lung Adenocarcinoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr5:74322486-74328357 + 5q13   Gene [CT]   LINC01333/COL3A1 LINC01333 COL3A1 [ChiTaRS]       [Omim] [GenBank]
    chr5:74322486-74328357 + 5q13   Gene [G]     LINC01333       [Omim] [Entrez]
    chr5:74629925-74640649 - 5q13 5q13 Gene [CT]   ENC1/ENC1 ENC1 ENC1 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr5:74629925-74640649 - 5q13   Gene [CT]   ENC1/GNAS ENC1 GNAS [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr5:74629925-74640649 - 5q13   Gene [CT]   ENC1/LRBA ENC1 LRBA [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr5:74629925-74640649 - 5q13   Gene [CT]   ENC1/LRBA ENC1 LRBA [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr5:74629925-74640649 - 5q13 1q21 Gene [CT]   MLLT11/ENC1 ENC1 MLLT11 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr5:74629925-74640649 - 5q13 4p16 Gene [CT]   NSG1/ENC1 ENC1 NSG1 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr5:74629925-74640649 - 5q13 19p13 Gene [CT]   PRKCSH/ENC1 ENC1 PRKCSH [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr5:74629925-74640649 - 5q13 5q13 Gene [H2]   ENC1/ENC1 ENC1 ENC1 [Cosmic] Sandhoff disease [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr5:74629925-74640649 - 5q13 5q13 Gene [H3]   ENC1/ENC1 ENC1 ENC1 [Cosmic] Sandhoff disease [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr5:74629925-74640649 - 5q13   Gene [A]   ENC1/LRBA ENC1 LRBA [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
    chr5:74629925-74640649 - 5q13 1q21 Gene [A]   MLLT11/ENC1 ENC1 MLLT11 [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
    chr5:74685203-74721288 + 5q13   Gene [AM]   NSA2/HEXB HEXB NSA2 [Cosmic]
    [TCGA-BRCA]     [Omim] [Entrez]
    chr5:74685203-74721288 + 5q13 11q12 Gene [CT]   HEXB/SSRP1 HEXB SSRP1 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr5:74685203-74721288 + 5q13   Gene [G]     HEXB   [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
    chr5:74685203-74721288 + 5q13   Gene [M]   NSA2/HEXB HEXB NSA2 [Cosmic]
    [Mitelman]
    Breast Adenocarcinoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr5:74685203-74721288 + 5q13 5q22 Gene [M]   TRIM36/HEXB HEXB TRIM36 [Cosmic]
    [Mitelman]
    Breast Adenocarcinoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr5:74685203-74721288 + 5q13   Gene [TF]   NSA2/HEXB HEXB NSA2 [Cosmic]
    [TCGA]
    [TCGA-BRCA]   [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr5:74685203-74721288 + 5q13 5q22 Gene [TF]   TRIM36/HEXB HEXB TRIM36 [Cosmic]
    [TCGA]
    [TCGA-BRCA]   [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr5:74779634-74866790 - 5q13 1q25 Gene [CT]   TNFSF4/FAM169A FAM169A TNFSF4 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr5:74779634-74866790 - 5q13   Gene [G]     FAM169A   [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
    chr5:74779634-74866790 - 5q13 5q13 Gene [M]   FAM169A/ANKRD31 FAM169A ANKRD31 [Cosmic]
    [Mitelman]
    Bladder Transitional cell carcinoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr5:74779634-74866790 - 5q13 5q13 Gene [TF]   FAM169A/ANKRD31 FAM169A ANKRD31 [Cosmic]
    [TCGA]
    [TCGA-BLCA]   [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr5:74779634-74866790 - 5q13 5q13 Gene [TF]   FAM169A/ANKRD31 FAM169A ANKRD31 [Cosmic]
    [TCGA]
    [TCGA-BLCA]   [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr5:74865893-74867276 + 5q13   Gene [G]     LOC441086       [Omim] [Entrez]
    chr5:75027464-75030899 - 5q13   Gene [G]     GCNT4   [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
    chr5:75147237-75236878 - 5q13   Gene [G]     ANKRD31   [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
    chr5:75147237-75236878 - 5q13 5q13 Gene [M]   FAM169A/ANKRD31 ANKRD31 FAM169A [Cosmic]
    [Mitelman]
    Bladder Transitional cell carcinoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr5:75147237-75236878 - 5q13 5q12 Gene [M]   NDUFAF2/ANKRD31 ANKRD31 NDUFAF2 [Cosmic]
    [Mitelman]
    Breast Adenocarcinoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr5:75147237-75236878 - 5q13 5p13 Gene [M]   RICTOR/ANKRD31 ANKRD31 RICTOR [Cosmic]
    [Mitelman]
    Adrenal Adenocarcinoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr5:75147237-75236878 - 5q13 5q13 Gene [TF]   FAM169A/ANKRD31 ANKRD31 FAM169A [Cosmic]
    [TCGA]
    [TCGA-BLCA]   [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr5:75147237-75236878 - 5q13 5q13 Gene [TF]   FAM169A/ANKRD31 ANKRD31 FAM169A [Cosmic]
    [TCGA]
    [TCGA-BLCA]   [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr5:75147237-75236878 - 5q13 5q12 Gene [TF]   NDUFAF2/ANKRD31 ANKRD31 NDUFAF2 [Cosmic]
    [TCGA]
    [TCGA-BRCA]   [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr5:75379240-75511615 - 5q13 5q12 Gene [AM]   COL4A3BP/ELOVL7 COL4A3BP ELOVL7 [Cosmic]
    [TCGA-SKCM]     [Omim] [Entrez]
    chr5:75379240-75511615 - 5q13   Gene [G]     COL4A3BP   [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
    chr5:75547023-75598037 + 5q13   Gene [G]     POLK   [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
    chr5:75611476-75671153 + 5q13   Gene [G]     ANKDD1B       [Omim] [Entrez]
    chr5:75674431-75712425 - 5q13   Gene [G]     POC5   [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
    chr5:75674431-75712425 - 5q13   Gene [M]   POC5/CUL5 POC5 CUL5 [Cosmic]
    [Mitelman]
    Skin Malignant melanoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr5:75717640-76464131 + 5q13   Gene [G]     LOC441087       [Omim] [Entrez]
    chr5:76195078-76330064 + 5q13 8p11 Gene [CT]   RAB11FIP1/SV2C SV2C RAB11FIP1 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr5:76195078-76330064 + 5q13   Gene [G]     SV2C   [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
    chr5:76195078-76330064 + 5q13 12q14 Gene [M]   PPM1H/SV2C SV2C PPM1H [Cosmic]
    [Mitelman]
    Brain Astrocytoma, grade III-IV/Glioblastoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr5:76606207-76708127 + 5q13 7q31 Gene [CT]   CAV1/IQGAP2 IQGAP2 CAV1 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr5:76606207-76708127 + 5q13 15q15 Gene [CT]   IQGAP2/CCDC32 IQGAP2 CCDC32 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr5:76606207-76708127 + 5q13 22q13 Gene [CT]   IQGAP2/PDGFB IQGAP2 PDGFB [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr5:76606207-76708127 + 5q13   Gene [CT]   RPL10/IQGAP2 IQGAP2 RPL10 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr5:76606207-76708127 + 5q13   Gene [G]     IQGAP2   [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
    chr5:76606207-76708127 + 5q13 5q14 Gene [M]   IQGAP2/ACOT12 IQGAP2 ACOT12 [Cosmic]
    [Mitelman]
    Breast Adenocarcinoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr5:76606207-76708127 + 5q13 10q25 Gene [M]   IQGAP2/ATRNL1 IQGAP2 ATRNL1 [Cosmic]
    [Mitelman]
    Oral cavity Squamous cell carcinoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr5:76606207-76708127 + 5q13 5q33 Gene [M]   PWWP2A/IQGAP2 IQGAP2 PWWP2A [Cosmic]
    [Mitelman]
    Breast Adenocarcinoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr5:76606207-76708127 + 5q13 5q14 Gene [TF]   IQGAP2/ACOT12 IQGAP2 ACOT12 [Cosmic]
    [TCGA]
    [TCGA-BRCA]   [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr5:76606207-76708127 + 5q13 10q25 Gene [TF]   IQGAP2/ATRNL1 IQGAP2 ATRNL1 [Cosmic]
    [TCGA]
    [TCGA-HNSC]   [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr5:76606207-76708127 + 5q13 5q33 Gene [TF]   PWWP2A/IQGAP2 IQGAP2 PWWP2A [Cosmic]
    [TCGA]
    [TCGA-BRCA]   [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr5:76606611-76608969 - 5q13   Gene [G]     LOC101929109       [Omim] [Entrez]
    chr5:76617373-76623413 - 5q13   Gene [G]     F2RL2   [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
    chr5:76716083-76733946 + 5q13   Gene [CT]   ADAMTS4/F2R F2R ADAMTS4 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr5:76716083-76733946 + 5q13 11p15 Gene [CT]   AKIP1/F2R F2R AKIP1 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr5:76716083-76733946 + 5q13   Gene [CT]   MIR548G/F2R F2R MIR548G [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr5:76716083-76733946 + 5q13   Gene [CT]   F2R/SERINC3 F2R SERINC3 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr5:76716083-76733946 + 5q13   Gene [G]   F2R/SERINC3 F2R SERINC3 [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
    chr5:76716083-76733946 + 5q13 5q11 Gene [TF]   MTREX/F2R F2R MTREX [Cosmic]
    [TCGA]
    [TCGA-PRAD]   [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr5:76819102-76833801 + 5q13   Gene [G]     F2RL1   [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
    chr5:76875303-76921026 + 5q13   Gene [G]     S100Z   [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
    chr5:76952978-76969302 + 5q13   Gene [G]     CRHBP   [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
    chr5:77077109-77087219 - 5q13   Gene [G]     ZBED3   [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
    chr5:77088059-77148523 + 5q13   Gene [G]     ZBED3-AS1       [Omim] [Entrez]
    chr5:77210917-77426633 + 5q13 6p25 Gene [COF]   GMDS/PDE8B PDE8B GMDS [Cosmic]
    [Fusion 713]
    breast NS [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr5:77210917-77426633 + 5q13 6p25 Gene [COF]   GMDS/PDE8B PDE8B GMDS [Cosmic]
    [Fusion 715]
    breast NS [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr5:77210917-77426633 + 5q13   Gene [CT]   PDE8B/TERF2IP PDE8B TERF2IP [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr5:77210917-77426633 + 5q13   Gene [G]     PDE8B   [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
    chr5:77210917-77426633 + 5q13 6p25 Gene [URK]   GMDS/PDE8B PDE8B GMDS [Cosmic]   [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr5:77432244-77492289 - 5q13   Gene [CT]   WDR41/HMGCR WDR41 HMGCR [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr5:77432244-77492289 - 5q13 11p15 Gene [CT]   TEAD1/WDR41 WDR41 TEAD1 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr5:77432244-77492289 - 5q13 5q13 Gene [CT]   WDR41/WDR41 WDR41 WDR41 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr5:77432244-77492289 - 5q13 5q13 Gene [CT]   WDR41/WDR41 WDR41 WDR41 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr5:77432244-77492289 - 5q13   Gene [G]     WDR41   [Cosmic]     [Omim] [Entrez]

    [ Bold normal : A; Italic normal :G; Italic small : E ]

    X Y 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22
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    External links

    Mitelman Database [NCI] : Breakpoint 5q13

    [ UCSC ][ enSembl ][ MapView - NCBI ][ 1000Genomes ][ EVS ][ CGWB ][ DGV ][ DBVar ][ OMIM ][ HapMap ][ DECIPHER ] [ ECARUCA ]

    Gene Expression (MSigDB) in 5q13  [ HTC ]  [ NCI ]  [ INV ]

    References

    Contributor(s)

    Writtenmay 2012Philippe Dessen
      
    Updatedjanv. 2018Philippe Dessen and Jean-Loup Huret

    Citation

    This paper should be referenced as such :
    Dessen P and Huret JL. Chromosomal band 5q13. Atlas Genet Cytogenet Oncol Haematol. July 2012.
    URL : http://atlasgeneticsoncology.org/Bands/5q13.html
    © Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology
    indexed on : mar. janv. 23 16:33:24 CET 2018


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