Chromosome 6

Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology

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X Y 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22

Chromosome 6


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Band 6q13

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  • Chromosomal abnormalities in band 6q13
  • Genes in band 6q13 (reference hg38)
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    Chromosomal abnormalities in band 6q13

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    6q13 Mitelmandel(6)(q13)  Mitelman (CGAP)BrainAstrocytoma, grade III-IV/Glioblastoma  
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    6q13 Mitelmandel(6)(q13)  Mitelman (CGAP) Follicular lymphoma  
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    6q13 Mitelmandel(6)(q13)  Mitelman (CGAP)KidneyAdenocarcinoma  
    6q13 Mitelmandel(6)(q13)  Mitelman (CGAP)Large intestineAdenocarcinoma  
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    6q13 Mitelmandel(6)(q13)  Mitelman (CGAP)SkinMalignant melanoma  
    6q13 Mitelmandel(6)(q13)  Mitelman (CGAP)Soft tissueMalignant peripheral nerve sheath tumor/Triton  
    6q13 Mitelmandel(6)(q13)  Mitelman (CGAP)TestisCombined germ cell tumors  
    6q13 Mitelmandel(6)(q13)  Mitelman (CGAP)TestisTeratoma (mature and immature)  
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    Genes in band 6q13

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    GoldenPath hg38Band 1Band 2ClassCloneFusionPartner 1Partner 2LinksTopographyMorphologyPubmedOmimAccession
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    chr6:70413404-70561174 + 6q13 6q16 Gene [M]   FAM135A/FBXL4 FAM135A FBXL4 [Mitelman] Unknown site Mesenchymal tumor, NOS [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr6:70413404-70561174 + 6q13 6q22 Gene [M]   FAM135A/LAMA2 FAM135A LAMA2 [Mitelman] Oesophagus Adenocarcinoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
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    chr6:70566922-70588903 + 6q13 18q21 Gene [M]   CTIF/SDHAF4 SDHAF4 CTIF [Mitelman] Lung Adenocarcinoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
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    chr6:73515750-73521032 - 6q13 3p21 Gene [FC]   RNF123/EEF1A1 EEF1A1 RNF123 [FusCancer]   Chronic myelogenous leukemia [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr6:73515750-73521032 - 6q13 11q24 Gene [FC]   VWA5A/EEF1A1 EEF1A1 VWA5A [FusCancer]   Chronic myelogenous leukemia [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr6:73515750-73521032 - 6q13 5q35 Gene [GT]   CANX/EEF1A1 EEF1A1 CANX [GenenTech] OUMS-23__Colo-Rectal   [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr6:73515750-73521032 - 6q13 19p13 Gene [GT]   EEF1A1/DDX49 EEF1A1 DDX49 [GenenTech] Panc05.04__Pancreas   [PubMed] [Omim] [Entrez]
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    chr6:73696085-73828317 + 6q13   Gene [A]     CD109       [Omim] [Entrez]
    chr6:73696085-73828317 + 6q13 11p11 Gene [CT]   CD109/CELF1 CD109 CELF1 [ChiTaRS]       [Omim] [GenBank]
    chr6:73696085-73828317 + 6q13 2q24 Gene [CT]   DPP4/CD109 CD109 DPP4 [ChiTaRS]       [Omim] [GenBank]
    chr6:73696085-73828317 + 6q13 2q13 Gene [CT]   CD109/NPHP1 CD109 NPHP1 [ChiTaRS]       [Omim] [GenBank]
    chr6:73696085-73828317 + 6q13 6q13 Gene [GT]   CD109/MTO1 CD109 MTO1 [GenenTech] UCSD-242l__Skin   [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr6:74069451-74690727 + 6q13   Gene [G]     LOC101928516       [Omim] [Entrez]
    chr6:75084326-75205907 - 6q13 2q32 Gene [AM]   COL3A1/COL12A1 COL12A1 COL3A1     [Omim] [Entrez]
    chr6:75084326-75205907 - 6q13 1q31 Gene [CT]   CFH/COL12A1 COL12A1 CFH [ChiTaRS]       [Omim] [GenBank]
    chr6:75084326-75205907 - 6q13 6q13 Gene [CT]   COL12A1/COL12A1 COL12A1 COL12A1 [ChiTaRS]       [Omim] [GenBank]
    chr6:75084326-75205907 - 6q13 6q13 Gene [CT]   COL12A1/COL12A1 COL12A1 COL12A1 [ChiTaRS]       [Omim] [GenBank]
    chr6:75084326-75205907 - 6q13 6q13 Gene [CT]   COL12A1/COL12A1 COL12A1 COL12A1 [ChiTaRS]       [Omim] [GenBank]
    chr6:75084326-75205907 - 6q13 11p15 Gene [CT]   INS-IGF2/COL12A1 COL12A1 INS-IGF2 [ChiTaRS]       [Omim] [GenBank]
    chr6:75084326-75205907 - 6q13 1p36 Gene [CT]   KAZN/COL12A1 COL12A1 KAZN [ChiTaRS]       [Omim] [GenBank]
    chr6:75084326-75205907 - 6q13 5q12 Gene [CT]   MAST4/COL12A1 COL12A1 MAST4 [ChiTaRS]       [Omim] [GenBank]
    chr6:75084326-75205907 - 6q13 11q24 Gene [CT]   PRDM10/COL12A1 COL12A1 PRDM10 [ChiTaRS]       [Omim] [GenBank]
    chr6:75084326-75205907 - 6q13 11q23 Gene [CT]   COL12A1/TAGLN COL12A1 TAGLN [ChiTaRS]       [Omim] [GenBank]
    chr6:75084326-75205907 - 6q13 16p12 Gene [CT]   COL12A1/TMC5 COL12A1 TMC5 [ChiTaRS]       [Omim] [GenBank]
    chr6:75084326-75205907 - 6q13   Gene [G]     COL12A1       [Omim] [Entrez]
    chr6:75084326-75205907 - 6q13 Xq22 Gene [H2]   COL12A1/COL4A5 COL12A1 COL4A5 subungual exostosis [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr6:75084326-75205907 - 6q13 6q24 Gene [M]   COL12A1/GRM1 COL12A1 GRM1 [Mitelman] Skeleton Chondromyxoid fibroma [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr6:75084326-75205907 - 6q13 7p22 Gene [M]   RAC1/COL12A1 COL12A1 RAC1 [Mitelman] Acute myeloblastic leukemia with maturation (FAB type M2) [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr6:75128709-75128782 - 6q13   Gene [G]     SNORD156       [Omim] [Entrez]

    [ Bold normal : A; Italic normal :G; Italic small : E ]

    X Y 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22
    [previous]   6 6p 6q 6p25 6p24 6p23 6p22 6p21 6p12 6p11 6q11 6q12 6q13 6q14 6q15 6q16 6q21 6q22 6q23 6q24 6q25 6q26 6q27   [next]

    External links

    Mitelman Database [NCI] : Breakpoint 6q13

    [ UCSC ][ enSembl ][ MapView - NCBI ][ 1000Genomes ][ EVS ][ CGWB ][ DGV ][ DBVar ][ OMIM ][ HapMap ][ DECIPHER ] [ ECARUCA ]
    Gene Expression (MSigDB) in 6q13  [ HTC ]  [ NCI ]  [ INV ]

    Global tables

  • Anomalies list (tabulated txt file)
  • Gene list (tabulated txt file)
  • list of gene fusions for each gene (with origins of the data)
  • list of gene fusions by origin (with topography and morphology)

    References

    Contributor(s)

    Writtenmay 2012Philippe Dessen
      
    Updatedaoût 2018Philippe Dessen and Jean-Loup Huret

    Citation

    This paper should be referenced as such :
    Dessen P and Huret JL. Chromosomal band 6q13. Atlas Genet Cytogenet Oncol Haematol. July 2012.
    URL : http://atlasgeneticsoncology.org/Bands/6q13.html
    © Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology
    indexed on : jeu. août 16 10:01:35 CEST 2018

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