Chromosome 6

Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology


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X Y 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22

Chromosome 6


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Band 6q13

chr6:69200000-75200000 (6000 Kb)

  • Chromosomal abnormalities in band 6q13
  • Genes in band 6q13 (reference hg38)
  • External links
  • References

    Chromosomal abnormalities in band 6q13

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    Band 1Band 2ClassEntityPartner 1Partner 2LinksTopographyMorphology[PubMed][Study]
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    6q13 Mitelmandel(6)(q13)  Mitelman (CGAP) Acute myeloblastic leukemia with maturation (FAB type M2)  
    6q13 Mitelmandel(6)(q13)  Mitelman (CGAP) Adult T-cell lymphoma/leukemia (HTLV-1+)  
    6q13 Mitelmandel(6)(q13)  Mitelman (CGAP)BladderTransitional cell carcinoma  
    6q13 Mitelmandel(6)(q13)  Mitelman (CGAP)BrainAstrocytoma, grade III-IV/Glioblastoma  
    6q13 Mitelmandel(6)(q13)  Mitelman (CGAP) Burkitt lymphoma/leukemia  
    6q13 Mitelmandel(6)(q13)  Mitelman (CGAP) Chronic lymphocytic leukemia  
    6q13 Mitelmandel(6)(q13)  Mitelman (CGAP) Chronic myeloid leukemia, t(9;22)  
    6q13 Mitelmandel(6)(q13)  Mitelman (CGAP) Diffuse large B-cell lymphoma  
    6q13 Mitelmandel(6)(q13)  Mitelman (CGAP)EyeMalignant melanoma  
    6q13 Mitelmandel(6)(q13)  Mitelman (CGAP) Follicular lymphoma  
    6q13 Mitelmandel(6)(q13)  Mitelman (CGAP)Gallbladder/Biliary systemAdenocarcinoma  
    6q13 Mitelmandel(6)(q13)  Mitelman (CGAP)KidneyAdenocarcinoma  
    6q13 Mitelmandel(6)(q13)  Mitelman (CGAP)Large intestineAdenocarcinoma  
    6q13 Mitelmandel(6)(q13)  Mitelman (CGAP)LungAdenocarcinoma  
    6q13 Mitelmandel(6)(q13)  Mitelman (CGAP) Mantle cell lymphoma  
    6q13 Mitelmandel(6)(q13)  Mitelman (CGAP) Mature B-cell neoplasm, NOS  
    6q13 Mitelmandel(6)(q13)  Mitelman (CGAP) Mature T- and NK-cell neoplasm, NOS  
    6q13 Mitelmandel(6)(q13)  Mitelman (CGAP) Multiple myeloma  
    6q13 Mitelmandel(6)(q13)  Mitelman (CGAP) Myelodysplastic syndrome, NOS  
    6q13 Mitelmandel(6)(q13)  Mitelman (CGAP)OvaryAdenocarcinoma  
    6q13 Mitelmandel(6)(q13)  Mitelman (CGAP)PancreasAdenocarcinoma  
    6q13 Mitelmandel(6)(q13)  Mitelman (CGAP)SkeletonOsteosarcoma, NOS  
    6q13 Mitelmandel(6)(q13)  Mitelman (CGAP)SkinMalignant melanoma  
    6q13 Mitelmandel(6)(q13)  Mitelman (CGAP)Soft tissueMalignant peripheral nerve sheath tumor/Triton  
    6q13 Mitelmandel(6)(q13)  Mitelman (CGAP)TestisCombined germ cell tumors  
    6q13 Mitelmandel(6)(q13)  Mitelman (CGAP)TestisTeratoma (mature and immature)  
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    6q136q14dbCRIDdel(6)(q13q14.2)  11052[PubMed] 
    6q136q14Cosmic_SVdel(6)(q13q14)  Cosmic_SV [COST227609]haematopoietic_and_lymphoid_tissue__NSlymphoid_neoplasm__adult_T_cell_lymphoma-leukaemia[PubMed] 
    6q136q14dbCRIDdel(6)(q13q14.3)  11049[PubMed] 
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    6q136q23Mitelmandel(6)(q13q23)  Mitelman (CGAP) Follicular lymphoma  
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    6q136q25Mitelmandel(6)(q13q25)  Mitelman (CGAP) Follicular lymphoma  
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    Genes in band 6q13

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    Breast Adenocarcinoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
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    Lung cancer|Lung cancer [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr6:70413404-70561174 + 6q13   Gene [G]     FAM135A   [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
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    [Mitelman]
    Breast Adenocarcinoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr6:70667771-70862013 + 6q13 6q14 Gene [M]   SMAP1/CGA SMAP1 CGA [Cosmic]
    [Mitelman]
    Prostate Adenocarcinoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr6:70667771-70862013 + 6q13 12p11 Gene [M]   SMAP1/FAR2 SMAP1 FAR2 [Cosmic]
    [Mitelman]
    Skin Malignant melanoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr6:70667771-70862013 + 6q13 11q23 Gene [M]   KMT2A/SMAP1 SMAP1 KMT2A [Cosmic]
    [Mitelman]
    Acute myeloid leukemia, NOS [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr6:70667771-70862013 + 6q13 6q13 Gene [A]   B3GAT2/SMAP1 SMAP1 B3GAT2 [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
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    [Mitelman]
    Breast Adenocarcinoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
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    [GenenTech]
    DMS454__Lung   [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr6:72621843-73198850 + 6q13 8q24 Gene [H3]   KCNQ5/KCNQ3 KCNQ5 KCNQ3 [Cosmic] benign neonatal convulsion [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr6:72621843-73198850 + 6q13 2p23 Gene [M]   KCNQ5/ALK KCNQ5 ALK [Cosmic]
    [Mitelman]
    Skin Malignant melanoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr6:72621843-73198850 + 6q13 6p12 Gene [M]   KCNQ5/DST KCNQ5 DST [Cosmic]
    [Mitelman]
    Lung Squamous cell carcinoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr6:72621843-73198850 + 6q13 2p23 Gene [TF]   KCNQ5/ALK KCNQ5 ALK [Cosmic]
    [TCGA]
    [TCGA-SKCM]   [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr6:72621843-73198850 + 6q13 6p12 Gene [TF]   KCNQ5/DST KCNQ5 DST [Cosmic]
    [TCGA]
    [TCGA-LUSC]   [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr6:72630495-72678558 + 6q13   Gene [G]     KCNQ5-IT1       [Omim] [Entrez]
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        [Omim] [GenBank]
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    chr6:73241315-73310215 - 6q13 17q11 Gene [M]   KHDC1/NLK KHDC1 NLK [Cosmic]
    [Mitelman]
    Breast Adenocarcinoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr6:73241315-73310215 - 6q13 17q11 Gene [TF]   KHDC1/NLK KHDC1 NLK [Cosmic]
    [TCGA]
    [TCGA-BRCA]   [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr6:73241315-73310215 - 6q13 6q13 Gene [TF]   KHDC1/OOEP KHDC1 OOEP [Cosmic]
    [TCGA]
    [TCGA-BRCA]   [PubMed] [Omim] [Entrez]
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    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr6:73368557-73369792 - 6q13   Gene [G]     OOEP   [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
    chr6:73368557-73369792 - 6q13 11q12 Gene [M]   EEF1G/OOEP OOEP EEF1G [Cosmic]
    [Mitelman]
    Acute lymphoblastic leukemia/lymphoblastic lymphoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr6:73368557-73369792 - 6q13 6q14 Gene [M]   SENP6/OOEP OOEP SENP6 [Cosmic]
    [Mitelman]
    Prostate Adenocarcinoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr6:73368557-73369792 - 6q13 6q13 Gene [TF]   KHDC1/OOEP OOEP KHDC1 [Cosmic]
    [TCGA]
    [TCGA-BRCA]   [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr6:73368557-73369792 - 6q13 6q14 Gene [TF]   SENP6/OOEP OOEP SENP6 [Cosmic]
    [TCGA]
    [TCGA-PRAD]   [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr6:73394562-73417566 + 6q13 7p13 Gene [CT]   DDX43/NUDCD3 DDX43 NUDCD3 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr6:73394562-73417566 + 6q13   Gene [A]     DDX43   [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
    chr6:73425133-73452320 - 6q13 11p15 Gene [CT]   IPO7/MB21D1 MB21D1 IPO7 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr6:73425133-73452320 - 6q13   Gene [G]     MB21D1   [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
    chr6:73461731-73501456 + 6q13   Gene [G]     MTO1   [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
    chr6:73461731-73501456 + 6q13 6q13 Gene [GT]   CD109/MTO1 MTO1 CD109 [Cosmic]
    [GenenTech]
    UCSD-242l__Skin   [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr6:73461731-73501456 + 6q13 6q13 Gene [GT]   MTO1/KCNQ5 MTO1 KCNQ5 [Cosmic]
    [GenenTech]
    DMS454__Lung   [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr6:73515750-73521032 - 6q13 12p13 Gene [CT]   APOLD1/EEF1A1 EEF1A1 APOLD1 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr6:73515750-73521032 - 6q13 14q32 Gene [CT]   BTBD7/EEF1A1 EEF1A1 BTBD7 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr6:73515750-73521032 - 6q13 14q32 Gene [CT]   BTBD7/EEF1A1 EEF1A1 BTBD7 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr6:73515750-73521032 - 6q13 6q22 Gene [CT]   CEP85L/EEF1A1 EEF1A1 CEP85L [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr6:73515750-73521032 - 6q13 6p21 Gene [CT]   HCG25/EEF1A1 EEF1A1 HCG25 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr6:73515750-73521032 - 6q13 6p22 Gene [CT]   HIST1H1E/EEF1A1 EEF1A1 HIST1H1E [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr6:73515750-73521032 - 6q13 6p22 Gene [CT]   HIST1H2AM/EEF1A1 EEF1A1 HIST1H2AM [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr6:73515750-73521032 - 6q13 6p22 Gene [CT]   HIST1H2BH/EEF1A1 EEF1A1 HIST1H2BH [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr6:73515750-73521032 - 6q13 9p21 Gene [CT]   EEF1A1/IFT74 EEF1A1 IFT74 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr6:73515750-73521032 - 6q13 17q12 Gene [CT]   LASP1/EEF1A1 EEF1A1 LASP1 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr6:73515750-73521032 - 6q13 2q32 Gene [CT]   EEF1A1/PMS1 EEF1A1 PMS1 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr6:73515750-73521032 - 6q13 12p13 Gene [CT]   EEF1A1/PRH1-PRR4 EEF1A1 PRH1-PRR4 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr6:73515750-73521032 - 6q13 12q13 Gene [CT]   EEF1A1/RPL41 EEF1A1 RPL41 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr6:73515750-73521032 - 6q13 17q25 Gene [CT]   EEF1A1/SEC14L1 EEF1A1 SEC14L1 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr6:73515750-73521032 - 6q13 11q12 Gene [CT]   SNHG1/EEF1A1 EEF1A1 SNHG1 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr6:73515750-73521032 - 6q13 1q21 Gene [CT]   EEF1A1/TPM3 EEF1A1 TPM3 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr6:73515750-73521032 - 6q13 1q21 Gene [A]   EEF1A1/TPM3 EEF1A1 TPM3 [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
    chr6:73515750-73521032 - 6q13 3p21 Gene [FC]   RNF123/EEF1A1 EEF1A1 RNF123 [Cosmic]
    [FusCancer]  
    Chronic myelogenous leukemia [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr6:73515750-73521032 - 6q13 11q24 Gene [FC]   VWA5A/EEF1A1 EEF1A1 VWA5A [Cosmic]
    [FusCancer]  
    Chronic myelogenous leukemia [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr6:73515750-73521032 - 6q13 5q35 Gene [GT]   CANX/EEF1A1 EEF1A1 CANX [Cosmic]
    [GenenTech]
    OUMS-23__Colo-Rectal   [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr6:73515750-73521032 - 6q13 19p13 Gene [GT]   EEF1A1/DDX49 EEF1A1 DDX49 [Cosmic]
    [GenenTech]
    Panc05.04__Pancreas   [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr6:73515750-73521032 - 6q13 8q24 Gene [GT]   EEF1A1/EXT1 EEF1A1 EXT1 [Cosmic]
    [GenenTech]
    SNU-423__Liver   [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr6:73515750-73521032 - 6q13 2q24 Gene [GT]   EEF1A1/PSMD14 EEF1A1 PSMD14 [Cosmic]
    [GenenTech]
    OUMS-23__Colo-Rectal   [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr6:73593379-73654014 - 6q13 16p13 Gene [AM]   SLC17A5/NTAN1 SLC17A5 NTAN1 [Cosmic]
    [TCGA-LUSC]     [Omim] [Entrez]
    chr6:73593379-73654014 - 6q13 5q22 Gene [CT]   ATG12/SLC17A5 SLC17A5 ATG12 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr6:73593379-73654014 - 6q13   Gene [G]     SLC17A5   [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
    chr6:73593379-73654014 - 6q13 16p13 Gene [M]   NTAN1/SLC17A5 SLC17A5 NTAN1 [Cosmic]
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    Lung Squamous cell carcinoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr6:73693903-73696131 - 6q13   Gene [G]     LOC101928489       [Omim] [Entrez]
    chr6:73696085-73828317 + 6q13   Gene [A]     CD109   [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
    chr6:73696085-73828317 + 6q13 11p11 Gene [CT]   CD109/CELF1 CD109 CELF1 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr6:73696085-73828317 + 6q13 2q24 Gene [CT]   DPP4/CD109 CD109 DPP4 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr6:73696085-73828317 + 6q13 2q13 Gene [CT]   CD109/NPHP1 CD109 NPHP1 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr6:73696085-73828317 + 6q13 6q13 Gene [GT]   CD109/MTO1 CD109 MTO1 [Cosmic]
    [GenenTech]
    UCSD-242l__Skin   [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr6:74069451-74690727 + 6q13   Gene [G]     LOC101928516       [Omim] [Entrez]
    chr6:75084326-75205907 - 6q13 2q32 Gene [AM]   COL3A1/COL12A1 COL12A1 COL3A1 [Cosmic]
        [Omim] [Entrez]
    chr6:75084326-75205907 - 6q13 1q31 Gene [CT]   CFH/COL12A1 COL12A1 CFH [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr6:75084326-75205907 - 6q13 6q13 Gene [CT]   COL12A1/COL12A1 COL12A1 COL12A1 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr6:75084326-75205907 - 6q13 6q13 Gene [CT]   COL12A1/COL12A1 COL12A1 COL12A1 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr6:75084326-75205907 - 6q13 6q13 Gene [CT]   COL12A1/COL12A1 COL12A1 COL12A1 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr6:75084326-75205907 - 6q13 11p15 Gene [CT]   INS-IGF2/COL12A1 COL12A1 INS-IGF2 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr6:75084326-75205907 - 6q13 1p36 Gene [CT]   KAZN/COL12A1 COL12A1 KAZN [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr6:75084326-75205907 - 6q13 5q12 Gene [CT]   MAST4/COL12A1 COL12A1 MAST4 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr6:75084326-75205907 - 6q13 11q24 Gene [CT]   PRDM10/COL12A1 COL12A1 PRDM10 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr6:75084326-75205907 - 6q13 11q23 Gene [CT]   COL12A1/TAGLN COL12A1 TAGLN [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr6:75084326-75205907 - 6q13 16p12 Gene [CT]   COL12A1/TMC5 COL12A1 TMC5 [Cosmic]
    [ChiTaRS]  
        [Omim] [GenBank]
    chr6:75084326-75205907 - 6q13 Xq22 Gene [G]   COL12A1/COL4A5 COL12A1 COL4A5 [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
    chr6:75084326-75205907 - 6q13 Xq22 Gene [H2]   COL12A1/COL4A5 COL12A1 COL4A5 [Cosmic] subungual exostosis [PubMed] [Omim] [Entrez]
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    Acute myeloblastic leukemia with maturation (FAB type M2) [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr6:75128709-75128782 - 6q13   Gene [E]     SNORD156       [Omim] [Entrez]

    [ Bold normal : A; Italic normal :G; Italic small : E ]

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    External links

    Mitelman Database [NCI] : Breakpoint 6q13

    [ UCSC ][ enSembl ][ MapView - NCBI ][ 1000Genomes ][ EVS ][ CGWB ][ DGV ][ DBVar ][ OMIM ][ HapMap ][ DECIPHER ] [ ECARUCA ]

    Gene Expression (MSigDB) in 6q13  [ HTC ]  [ NCI ]  [ INV ]

    References

    Contributor(s)

    Writtenmay 2012Philippe Dessen
      
    Updatedjuin 2017Philippe Dessen and Jean-Loup Huret

    Citation

    This paper should be referenced as such :
    Dessen P and Huret JL. Chromosomal band 6q13. Atlas Genet Cytogenet Oncol Haematol. July 2012.
    URL : http://atlasgeneticsoncology.org/Bands/6q13.html
    © Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology
    indexed on : mer. juin 7 12:24:46 CEST 2017


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