Chromosome 6

Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology

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X Y 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22

Chromosome 6


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Band 6q13

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  • Chromosomal abnormalities in band 6q13
  • Genes in band 6q13 (reference hg38)
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    Chromosomal abnormalities in band 6q13

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    6q13 Mitelmandel(6)(q13)  Mitelman (CGAP)BrainAstrocytoma, grade III-IV/Glioblastoma  
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    6q13 Mitelmandel(6)(q13)  Mitelman (CGAP) Follicular lymphoma  
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    6q13 Mitelmandel(6)(q13)  Mitelman (CGAP)KidneyAdenocarcinoma  
    6q13 Mitelmandel(6)(q13)  Mitelman (CGAP)Large intestineAdenocarcinoma  
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    6q13 Mitelmandel(6)(q13)  Mitelman (CGAP)SkinMalignant melanoma  
    6q13 Mitelmandel(6)(q13)  Mitelman (CGAP)Soft tissueMalignant peripheral nerve sheath tumor/Triton  
    6q13 Mitelmandel(6)(q13)  Mitelman (CGAP)TestisCombined germ cell tumors  
    6q13 Mitelmandel(6)(q13)  Mitelman (CGAP)TestisTeratoma (mature and immature)  
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    Genes in band 6q13

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    chr6:70413404-70561174 + 6q13 6q16 Gene [M]   FAM135A/FBXL4 FAM135A FBXL4 [Mitelman] Unknown site Mesenchymal tumor, NOS [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr6:70413404-70561174 + 6q13 6q22 Gene [M]   FAM135A/LAMA2 FAM135A LAMA2 [Mitelman] Oesophagus Adenocarcinoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
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    chr6:70566922-70588903 + 6q13 18q21 Gene [M]   CTIF/SDHAF4 SDHAF4 CTIF [Mitelman] Lung Adenocarcinoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr6:70566922-70588903 + 6q13 6q14 Gene [M]   SDHAF4/SH3BGRL2 SDHAF4 SH3BGRL2 [Mitelman] Skin Malignant melanoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
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    chr6:70667771-70862013 + 6q13 17q21 Gene [M]   DCAKD/SMAP1 SMAP1 DCAKD [Mitelman] Skin Malignant melanoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr6:70667771-70862013 + 6q13 12p11 Gene [M]   SMAP1/FAR2 SMAP1 FAR2 [Mitelman] Skin Malignant melanoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr6:70667771-70862013 + 6q13 11q23 Gene [M]   KMT2A/SMAP1 SMAP1 KMT2A [Mitelman] Acute myeloid leukemia, NOS [PubMed] [Omim] [Entrez]
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    chr6:71886703-72403143 + 6q13 4q13 Gene [CT]   HTN3/RIMS1 RIMS1 HTN3 [ChiTaRS]       [Omim] [GenBank]
    chr6:71886703-72403143 + 6q13 1p21 Gene [CT]   OLFM3/RIMS1 RIMS1 OLFM3 [ChiTaRS]       [Omim] [GenBank]
    chr6:71886703-72403143 + 6q13 6q13 Gene [CT]   RIMS1/RIMS1 RIMS1 RIMS1 [ChiTaRS]       [Omim] [GenBank]
    chr6:71886703-72403143 + 6q13   Gene [G]     RIMS1       [Omim] [Entrez]
    chr6:72621843-73198850 + 6q13 6p12 Gene [AM]   KCNQ5/DST KCNQ5 DST [TCGA-LUSC]     [Omim] [Entrez]
    chr6:72621843-73198850 + 6q13 7q31 Gene [CT]   GRM8/KCNQ5 KCNQ5 GRM8 [ChiTaRS]       [Omim] [GenBank]
    chr6:72621843-73198850 + 6q13 6q13 Gene [CT]   KCNQ5/KCNQ5 KCNQ5 KCNQ5 [ChiTaRS]       [Omim] [GenBank]
    chr6:72621843-73198850 + 6q13 2p23 Gene [G]   KCNQ5/ALK KCNQ5 ALK     [Omim] [Entrez]
    chr6:72621843-73198850 + 6q13 6q13 Gene [GT]   MTO1/KCNQ5 KCNQ5 MTO1 [GenenTech] DMS454__Lung   [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr6:72621843-73198850 + 6q13 8q24 Gene [H3]   KCNQ5/KCNQ3 KCNQ5 KCNQ3 benign neonatal convulsion [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr6:72621843-73198850 + 6q13 2p23 Gene [M]   KCNQ5/ALK KCNQ5 ALK [Mitelman] Skin Malignant melanoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr6:72621843-73198850 + 6q13 7p14 Gene [M]   KCNQ5/AMPH KCNQ5 AMPH [Mitelman] Lung Squamous cell carcinoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr6:72621843-73198850 + 6q13 13q12 Gene [M]   KCNQ5/CRYL1 KCNQ5 CRYL1 [Mitelman] Bladder Transitional cell carcinoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr6:72621843-73198850 + 6q13 6p12 Gene [M]   KCNQ5/DST KCNQ5 DST [Mitelman] Lung Squamous cell carcinoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr6:72621843-73198850 + 6q13 11q22 Gene [M]   DYNC2H1/KCNQ5 KCNQ5 DYNC2H1 [Mitelman] Breast Adenocarcinoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr6:72621843-73198850 + 6q13 6q14 Gene [M]   FILIP1/KCNQ5 KCNQ5 FILIP1 [Mitelman] Eye Malignant melanoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr6:72621843-73198850 + 6q13 2p23 Gene [TF]   KCNQ5/ALK KCNQ5 ALK [TCGA] [TCGA-SKCM]   [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr6:72621843-73198850 + 6q13 6p12 Gene [TF]   KCNQ5/DST KCNQ5 DST [TCGA] [TCGA-LUSC]   [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr6:72630495-72678558 + 6q13   Gene [G]     KCNQ5-IT1       [Omim] [Entrez]
    chr6:72967687-72967753 - 6q13   Gene [G]     MIR4282       [Omim] [Entrez]
    chr6:73134803-73143514 - 6q13   Gene [G]     KCNQ5-AS1       [Omim] [Entrez]
    chr6:73223545-73225452 - 6q13   Gene [G]     KHDC1L       [Omim] [Entrez]
    chr6:73241315-73263196 - 6q13 15q22 Gene [CT]   PDCD7/KHDC1 KHDC1 PDCD7 [ChiTaRS]       [Omim] [GenBank]
    chr6:73241315-73263196 - 6q13   Gene [G]     KHDC1       [Omim] [Entrez]
    chr6:73241315-73263196 - 6q13 17q11 Gene [M]   KHDC1/NLK KHDC1 NLK [Mitelman] Breast Adenocarcinoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr6:73241315-73263196 - 6q13 17q11 Gene [TF]   KHDC1/NLK KHDC1 NLK [TCGA] [TCGA-BRCA]   [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr6:73241315-73263196 - 6q13 6q13 Gene [TF]   KHDC1/OOEP KHDC1 OOEP [TCGA] [TCGA-BRCA]   [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr6:73353062-73354276 - 6q13   Gene [G]     DPPA5       [Omim] [Entrez]
    chr6:73362677-73364175 + 6q13   Gene [G]     KHDC3L       [Omim] [Entrez]
    chr6:73368557-73369792 - 6q13 1p36 Gene [AM]   RERE/OOEP OOEP RERE [TCGA-PRAD]     [Omim] [Entrez]
    chr6:73368557-73369792 - 6q13 10q26 Gene [CT]   OOEP/EIF3A OOEP EIF3A [ChiTaRS]       [Omim] [GenBank]
    chr6:73368557-73369792 - 6q13 10q26 Gene [G]   OOEP/EIF3A OOEP EIF3A     [Omim] [Entrez]
    chr6:73368557-73369792 - 6q13 6q14 Gene [G]   SENP6/OOEP OOEP SENP6     [Omim] [Entrez]
    chr6:73368557-73369792 - 6q13 11q12 Gene [M]   EEF1G/OOEP OOEP EEF1G [Mitelman] Acute lymphoblastic leukemia/lymphoblastic lymphoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr6:73368557-73369792 - 6q13 6p25 Gene [M]   EXOC2/OOEP OOEP EXOC2 [Mitelman] Bladder Transitional cell carcinoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr6:73368557-73369792 - 6q13 12q14 Gene [M]   FAM19A2/OOEP OOEP FAM19A2 [Mitelman] Breast Adenocarcinoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr6:73368557-73369792 - 6q13 1p36 Gene [M]   RERE/OOEP OOEP RERE [Mitelman] Prostate Adenocarcinoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr6:73368557-73369792 - 6q13 6q14 Gene [M]   SENP6/OOEP OOEP SENP6 [Mitelman] Prostate Adenocarcinoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr6:73368557-73369792 - 6q13 6q13 Gene [TF]   KHDC1/OOEP OOEP KHDC1 [TCGA] [TCGA-BRCA]   [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr6:73368557-73369792 - 6q13 6q14 Gene [TF]   SENP6/OOEP OOEP SENP6 [TCGA] [TCGA-PRAD]   [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr6:73394562-73417566 + 6q13 7p13 Gene [CT]   DDX43/NUDCD3 DDX43 NUDCD3 [ChiTaRS]       [Omim] [GenBank]
    chr6:73394562-73417566 + 6q13   Gene [A]     DDX43       [Omim] [Entrez]
    chr6:73425133-73452320 - 6q13   Gene [G]     CGAS       [Omim] [Entrez]
    chr6:73461731-73501456 + 6q13   Gene [G]     MTO1       [Omim] [Entrez]
    chr6:73461731-73501456 + 6q13 6q13 Gene [GT]   CD109/MTO1 MTO1 CD109 [GenenTech] UCSD-242l__Skin   [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr6:73461731-73501456 + 6q13 6q13 Gene [GT]   MTO1/KCNQ5 MTO1 KCNQ5 [GenenTech] DMS454__Lung   [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr6:73515750-73521032 - 6q13 12p13 Gene [CT]   APOLD1/EEF1A1 EEF1A1 APOLD1 [ChiTaRS]       [Omim] [GenBank]
    chr6:73515750-73521032 - 6q13 14q32 Gene [CT]   BTBD7/EEF1A1 EEF1A1 BTBD7 [ChiTaRS]       [Omim] [GenBank]
    chr6:73515750-73521032 - 6q13 14q32 Gene [CT]   BTBD7/EEF1A1 EEF1A1 BTBD7 [ChiTaRS]       [Omim] [GenBank]
    chr6:73515750-73521032 - 6q13 6q22 Gene [CT]   CEP85L/EEF1A1 EEF1A1 CEP85L [ChiTaRS]       [Omim] [GenBank]
    chr6:73515750-73521032 - 6q13 6p21 Gene [CT]   HCG25/EEF1A1 EEF1A1 HCG25 [ChiTaRS]       [Omim] [GenBank]
    chr6:73515750-73521032 - 6q13 6p22 Gene [CT]   HIST1H1E/EEF1A1 EEF1A1 HIST1H1E [ChiTaRS]       [Omim] [GenBank]
    chr6:73515750-73521032 - 6q13 6p22 Gene [CT]   HIST1H2AM/EEF1A1 EEF1A1 HIST1H2AM [ChiTaRS]       [Omim] [GenBank]
    chr6:73515750-73521032 - 6q13 6p22 Gene [CT]   HIST1H2BH/EEF1A1 EEF1A1 HIST1H2BH [ChiTaRS]       [Omim] [GenBank]
    chr6:73515750-73521032 - 6q13 9p21 Gene [CT]   EEF1A1/IFT74 EEF1A1 IFT74 [ChiTaRS]       [Omim] [GenBank]
    chr6:73515750-73521032 - 6q13 17q12 Gene [CT]   LASP1/EEF1A1 EEF1A1 LASP1 [ChiTaRS]       [Omim] [GenBank]
    chr6:73515750-73521032 - 6q13 2q32 Gene [CT]   EEF1A1/PMS1 EEF1A1 PMS1 [ChiTaRS]       [Omim] [GenBank]
    chr6:73515750-73521032 - 6q13 12p13 Gene [CT]   EEF1A1/PRH1-PRR4 EEF1A1 PRH1-PRR4 [ChiTaRS]       [Omim] [GenBank]
    chr6:73515750-73521032 - 6q13 12q13 Gene [CT]   EEF1A1/RPL41 EEF1A1 RPL41 [ChiTaRS]       [Omim] [GenBank]
    chr6:73515750-73521032 - 6q13 17q25 Gene [CT]   EEF1A1/SEC14L1 EEF1A1 SEC14L1 [ChiTaRS]       [Omim] [GenBank]
    chr6:73515750-73521032 - 6q13 11q12 Gene [CT]   SNHG1/EEF1A1 EEF1A1 SNHG1 [ChiTaRS]       [Omim] [GenBank]
    chr6:73515750-73521032 - 6q13 1q21 Gene [CT]   EEF1A1/TPM3 EEF1A1 TPM3 [ChiTaRS]       [Omim] [GenBank]
    chr6:73515750-73521032 - 6q13 1q21 Gene [A]   EEF1A1/TPM3 EEF1A1 TPM3     [Omim] [Entrez]
    chr6:73515750-73521032 - 6q13 3p21 Gene [FC]   RNF123/EEF1A1 EEF1A1 RNF123 [FusCancer]   Chronic myelogenous leukemia [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr6:73515750-73521032 - 6q13 11q24 Gene [FC]   VWA5A/EEF1A1 EEF1A1 VWA5A [FusCancer]   Chronic myelogenous leukemia [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr6:73515750-73521032 - 6q13 5q35 Gene [GT]   CANX/EEF1A1 EEF1A1 CANX [GenenTech] OUMS-23__Colo-Rectal   [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr6:73515750-73521032 - 6q13 19p13 Gene [GT]   EEF1A1/DDX49 EEF1A1 DDX49 [GenenTech] Panc05.04__Pancreas   [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr6:73515750-73521032 - 6q13 8q24 Gene [GT]   EEF1A1/EXT1 EEF1A1 EXT1 [GenenTech] SNU-423__Liver   [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr6:73515750-73521032 - 6q13 2q24 Gene [GT]   EEF1A1/PSMD14 EEF1A1 PSMD14 [GenenTech] OUMS-23__Colo-Rectal   [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr6:73593379-73654014 - 6q13 16p13 Gene [AM]   SLC17A5/NTAN1 SLC17A5 NTAN1 [TCGA-LUSC]     [Omim] [Entrez]
    chr6:73593379-73654014 - 6q13 5q22 Gene [CT]   ATG12/SLC17A5 SLC17A5 ATG12 [ChiTaRS]       [Omim] [GenBank]
    chr6:73593379-73654014 - 6q13   Gene [G]     SLC17A5       [Omim] [Entrez]
    chr6:73593379-73654014 - 6q13 16p13 Gene [M]   NTAN1/SLC17A5 SLC17A5 NTAN1 [Mitelman] Lung Squamous cell carcinoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr6:73693903-73696131 - 6q13   Gene [G]     LOC101928489       [Omim] [Entrez]
    chr6:73696085-73828317 + 6q13   Gene [A]     CD109       [Omim] [Entrez]
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    chr6:73696085-73828317 + 6q13 2q24 Gene [CT]   DPP4/CD109 CD109 DPP4 [ChiTaRS]       [Omim] [GenBank]
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    chr6:73696085-73828317 + 6q13 6q13 Gene [GT]   CD109/MTO1 CD109 MTO1 [GenenTech] UCSD-242l__Skin   [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr6:74069451-74690727 + 6q13   Gene [G]     LOC101928516       [Omim] [Entrez]
    chr6:75084326-75205907 - 6q13 2q32 Gene [AM]   COL3A1/COL12A1 COL12A1 COL3A1     [Omim] [Entrez]
    chr6:75084326-75205907 - 6q13 1q31 Gene [CT]   CFH/COL12A1 COL12A1 CFH [ChiTaRS]       [Omim] [GenBank]
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    chr6:75084326-75205907 - 6q13 11q23 Gene [CT]   COL12A1/TAGLN COL12A1 TAGLN [ChiTaRS]       [Omim] [GenBank]
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    chr6:75084326-75205907 - 6q13   Gene [G]     COL12A1       [Omim] [Entrez]
    chr6:75084326-75205907 - 6q13 Xq22 Gene [H2]   COL12A1/COL4A5 COL12A1 COL4A5 subungual exostosis [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr6:75084326-75205907 - 6q13 6q24 Gene [M]   COL12A1/GRM1 COL12A1 GRM1 [Mitelman] Skeleton Chondromyxoid fibroma [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr6:75084326-75205907 - 6q13 7p22 Gene [M]   RAC1/COL12A1 COL12A1 RAC1 [Mitelman] Acute myeloblastic leukemia with maturation (FAB type M2) [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr6:75128709-75128782 - 6q13   Gene [G]     SNORD156       [Omim] [Entrez]

    [ Bold normal : A; Italic normal :G; Italic small : E ]

    X Y 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22
    [previous]   6 6p 6q 6p25 6p24 6p23 6p22 6p21 6p12 6p11 6q11 6q12 6q13 6q14 6q15 6q16 6q21 6q22 6q23 6q24 6q25 6q26 6q27   [next]

    External links

    Mitelman Database [NCI] : Breakpoint 6q13

    [ UCSC ][ enSembl ][ MapView - NCBI ][ 1000Genomes ][ EVS ][ CGWB ][ DGV ][ DBVar ][ OMIM ][ HapMap ][ DECIPHER ] [ ECARUCA ]
    Gene Expression (MSigDB) in 6q13  [ HTC ]  [ NCI ]  [ INV ]

    Global tables

  • Anomalies list (tabulated txt file)
  • Gene list (tabulated txt file)
  • list of gene fusions for each gene (with origins of the data)
  • list of gene fusions by origin (with topography and morphology)

    References

    Contributor(s)

    Writtenmay 2012Philippe Dessen
      
    Updatedjuil. 2018Philippe Dessen and Jean-Loup Huret

    Citation

    This paper should be referenced as such :
    Dessen P and Huret JL. Chromosomal band 6q13. Atlas Genet Cytogenet Oncol Haematol. July 2012.
    URL : http://atlasgeneticsoncology.org/Bands/6q13.html
    © Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology
    indexed on : lun. juil. 16 09:15:45 CEST 2018

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