Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology


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ALB (albumin)

Identity

Other aliasHSA
PRO0883
PRO0903
PRO1341
HGNC (Hugo) ALB
LocusID (NCBI) 213
Atlas_Id 45575
Location 4q13.3  [Link to chromosome band 4q13]
Location_base_pair Starts at 73404239 and ends at 73421484 bp from pter ( according to hg38-Dec_2013)
Fusion genes
(updated 2016)
ABLIM3 (5q32) / ALB (4q13.3)ACTR3 (2q14.1) / ALB (4q13.3)AHSG (3q27.3) / ALB (4q13.3)
ALAS2 (Xp11.21) / ALB (4q13.3)ALB (4q13.3) / ALB (4q13.3)ALB (4q13.3) / APP (21q21.3)
ALB (4q13.3) / MALAT1 (11q13.1)ALB (4q13.3) / RPS4Y1 (Yp11.31)ALB (4q13.3) / SERPING1 (11q12.1)
ALB (4q13.3) / SETD4 (21q22.12)ALB (4q13.3) / SIAE (11q24.2)ALB (4q13.3) / TF (3q22.1)
ALB (4q13.3) / VPS13B (8q22.2)ALB (4q13.3) / ZDHHC2 (8p22)AOX1 (2q33.1) / ALB (4q13.3)
APOB (2p24.1) / ALB (4q13.3)ARID4B (1q42.3) / ALB (4q13.3)C3 (19p13.3) / ALB (4q13.3)
CMAS (12p12.1) / ALB (4q13.3)EBNA1BP2 (1p34.2) / ALB (4q13.3)GABPA (21q21.3) / ALB (4q13.3)
KNG1 (3q27.3) / ALB (4q13.3)MATR3 (5q31.2) / ALB (4q13.3)MSL3 (Xp22.2) / ALB (4q13.3)
MYO18A (17q11.2) / ALB (4q13.3)RABGAP1L (1q25.1) / ALB (4q13.3)SASH3 (Xq26.1) / ALB (4q13.3)
STK38L (12p11.23) / ALB (4q13.3)TF (3q22.1) / ALB (4q13.3)TXNL4B (16q22.2) / ALB (4q13.3)
ZNF536 (19q12) / ALB (4q13.3)ALB 4q13.3 / SIAE 11q24.2

Note

Non-annotated gene. Preliminary data : if you are an author
who wish to write a full paper/card on this gene, go to  How to contribute

DNA/RNA

 


Other Solid tumors implicated (Data extracted from papers in the Atlas) [ 1 ]
  Liver: Fibrolamellar carcinoma


External links

Nomenclature
HGNC (Hugo)ALB   399
Cards
Entrez_Gene (NCBI)ALB  213  albumin
AliasesHSA; PRO0883; PRO0903; PRO1341
GeneCards (Weizmann)ALB
Ensembl hg19 (Hinxton)ENSG00000163631 [Gene_View]
Ensembl hg38 (Hinxton)ENSG00000163631 [Gene_View]  chr4:73404239-73421484 [Contig_View]  ALB [Vega]
ICGC DataPortalENSG00000163631
TCGA cBioPortalALB
AceView (NCBI)ALB
Genatlas (Paris)ALB
WikiGenes213
SOURCE (Princeton)ALB
Genetics Home Reference (NIH)ALB
Genomic and cartography
GoldenPath hg38 (UCSC)ALB  -     chr4:73404239-73421484 +  4q13.3   [Description]    (hg38-Dec_2013)
GoldenPath hg19 (UCSC)ALB  -     4q13.3   [Description]    (hg19-Feb_2009)
EnsemblALB - 4q13.3 [CytoView hg19]  ALB - 4q13.3 [CytoView hg38]
Mapping of homologs : NCBIALB [Mapview hg19]  ALB [Mapview hg38]
OMIM103600   615999   616000   
Gene and transcription
Genbank (Entrez)###############################################################################################################################################################################################################################################################
RefSeq transcript (Entrez)NM_000477
RefSeq genomic (Entrez)
Consensus coding sequences : CCDS (NCBI)ALB
Cluster EST : UnigeneHs.592379 [ NCBI ]
CGAP (NCI)Hs.592379
Alternative Splicing GalleryENSG00000163631
Gene ExpressionALB [ NCBI-GEO ]   ALB [ EBI - ARRAY_EXPRESS ]   ALB [ SEEK ]   ALB [ MEM ]
Gene Expression Viewer (FireBrowse)ALB [ Firebrowse - Broad ]
SOURCE (Princeton)Expression in : [Datasets]   [Normal Tissue Atlas]  [carcinoma Classsification]  [NCI60]
GenevisibleExpression in : [tissues]  [cell-lines]  [cancer]  [perturbations]  
BioGPS (Tissue expression)213
GTEX Portal (Tissue expression)ALB
Protein : pattern, domain, 3D structure
UniProt/SwissProtP02768   [function]  [subcellular_location]  [family_and_domains]  [pathology_and_biotech]  [ptm_processing]  [expression]  [interaction]
NextProtP02768  [Sequence]  [Exons]  [Medical]  [Publications]
With graphics : InterProP02768
Splice isoforms : SwissVarP02768
PhosPhoSitePlusP02768
Domaine pattern : Prosite (Expaxy)ALBUMIN_1 (PS00212)    ALBUMIN_2 (PS51438)   
Domains : Interpro (EBI)ALB/AFP/VDB    Serum_albumin-like    Serum_albumin/AFP/Afamin    Serum_albumin_CS    Serum_albumin_N   
Domain families : Pfam (Sanger)Serum_albumin (PF00273)   
Domain families : Pfam (NCBI)pfam00273   
Domain families : Smart (EMBL)ALBUMIN (SM00103)  
Conserved Domain (NCBI)ALB
DMDM Disease mutations213
Blocks (Seattle)ALB
PDB (SRS)###############################################################################################################################################################################################################################################################   
PDB (PDBSum)###############################################################################################################################################################################################################################################################   
PDB (IMB)###############################################################################################################################################################################################################################################################   
PDB (RSDB)###############################################################################################################################################################################################################################################################   
Structural Biology KnowledgeBase###############################################################################################################################################################################################################################################################   
SCOP (Structural Classification of Proteins)###############################################################################################################################################################################################################################################################   
CATH (Classification of proteins structures)###############################################################################################################################################################################################################################################################   
SuperfamilyP02768
Human Protein AtlasENSG00000163631
Peptide AtlasP02768
HPRD00062
IPIIPI00745872   IPI00384697   IPI00022434   IPI00908876   IPI00816012   IPI00216773   IPI00878517   IPI00878282   IPI00953582   IPI00965074   IPI00965577   IPI00966829   IPI00965913   
Protein Interaction databases
DIP (DOE-UCLA)P02768
IntAct (EBI)P02768
FunCoupENSG00000163631
BioGRIDALB
STRING (EMBL)ALB
ZODIACALB
Ontologies - Pathways
QuickGOP02768
Ontology : AmiGOretina homeostasis  platelet degranulation  DNA binding  fatty acid binding  fatty acid binding  copper ion binding  protein binding  extracellular region  extracellular region  extracellular space  nucleus  endoplasmic reticulum  Golgi apparatus  transport  receptor-mediated endocytosis  drug binding  drug binding  cellular response to starvation  toxic substance binding  bile acid and bile salt transport  antioxidant activity  oxygen binding  hemolysis by symbiont of host erythrocytes  pyridoxal phosphate binding  platelet alpha granule lumen  lipoprotein metabolic process  identical protein binding  negative regulation of apoptotic process  negative regulation of programmed cell death  myelin sheath  protein complex  sodium-independent organic anion transport  chaperone binding  maintenance of mitochondrion location  extracellular exosome  blood microparticle  cellular oxidant detoxification  
Ontology : EGO-EBIretina homeostasis  platelet degranulation  DNA binding  fatty acid binding  fatty acid binding  copper ion binding  protein binding  extracellular region  extracellular region  extracellular space  nucleus  endoplasmic reticulum  Golgi apparatus  transport  receptor-mediated endocytosis  drug binding  drug binding  cellular response to starvation  toxic substance binding  bile acid and bile salt transport  antioxidant activity  oxygen binding  hemolysis by symbiont of host erythrocytes  pyridoxal phosphate binding  platelet alpha granule lumen  lipoprotein metabolic process  identical protein binding  negative regulation of apoptotic process  negative regulation of programmed cell death  myelin sheath  protein complex  sodium-independent organic anion transport  chaperone binding  maintenance of mitochondrion location  extracellular exosome  blood microparticle  cellular oxidant detoxification  
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HOGENOMP02768
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Homology/Alignments : Family Browser (UCSC)ALB
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Fusion : MitelmanALB/SIAE [4q13.3/11q24.2]  
Fusion: TCGAALB 4q13.3 SIAE 11q24.2 BRCA
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dbSNP Single Nucleotide Polymorphism (NCBI)ALB
dbVarALB
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DECIPHERALB [patients]   [syndromes]   [variants]   [genes]  
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TCGA Data PortalALB 
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LOVD (Leiden Open Variation Database)LOVD 3.0 shared installation
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