Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology


Home   Genes   Leukemias   Solid Tumours   Cancer-Prone   Deep Insight   Case Reports   Journals  Portal   Teaching   

X Y 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 NA

HBB (hemoglobin, beta)

Identity

Other namesCD113t-C
beta-globin
HGNC (Hugo) HBB
LocusID (NCBI) 3043
Location 11p15.4
Location_base_pair Starts at 5246696 and ends at 5248301 bp from pter ( according to hg19-Feb_2009)
Note

Non-annotated gene. Preliminary data : if you are an author
who wish to write a full paper/card on this gene, go to  How to contribute

DNA/RNA

 

External links

Nomenclature
HGNC (Hugo)HBB   4827
Cards
Entrez_Gene (NCBI)HBB  3043  hemoglobin, beta
GeneCards (Weizmann)HBB
Ensembl (Hinxton)ENSG00000244734 [Gene_View]  chr11:5246696-5248301 [Contig_View]  HBB [Vega]
ICGC DataPortalENSG00000244734
cBioPortalHBB
AceView (NCBI)HBB
Genatlas (Paris)HBB
WikiGenes3043
SOURCE (Princeton)NM_000518
Genomic and cartography
GoldenPath (UCSC)HBB  -  11p15.4   chr11:5246696-5248301 -  11p15.4   [Description]    (hg19-Feb_2009)
EnsemblHBB - 11p15.4 [CytoView]
Mapping of homologs : NCBIHBB [Mapview]
OMIM140700   141749   141900   603902   603903   604131   611162   613985   
Gene and transcription
Genbank (Entrez)AF117710 AF181832 AF181989 AF349114 AK311825
RefSeq transcript (Entrez)NM_000518
RefSeq genomic (Entrez)AC_000143 NC_000011 NC_018922 NG_000007 NT_009237 NW_001838021 NW_004929378
Consensus coding sequences : CCDS (NCBI)HBB
Cluster EST : UnigeneHs.523443 [ NCBI ]
CGAP (NCI)Hs.523443
Alternative Splicing : Fast-db (Paris)GSHG0005510
Alternative Splicing GalleryENSG00000244734
Gene ExpressionHBB [ NCBI-GEO ]     HBB [ SEEK ]   HBB [ MEM ]
Protein : pattern, domain, 3D structure
UniProt/SwissProtP68871 (Uniprot)
NextProtP68871  [Medical]
With graphics : InterProP68871
Splice isoforms : SwissVarP68871 (Swissvar)
Domaine pattern : Prosite (Expaxy)GLOBIN (PS01033)   
Domains : Interpro (EBI)Globin [organisation]   Globin-like [organisation]   Globin_dom [organisation]   Haemoglobin_b [organisation]  
Related proteins : CluSTrP68871
Domain families : Pfam (Sanger)Globin (PF00042)   
Domain families : Pfam (NCBI)pfam00042   
DMDM Disease mutations3043
Blocks (Seattle)P68871
PDB (SRS)1A00    1A01    1A0U    1A0Z    1A3N    1A3O    1ABW    1ABY    1AJ9    1B86    1BAB    1BBB    1BIJ    1BUW    1BZ0    1BZ1    1BZZ    1C7B    1C7C    1C7D    1CBL    1CBM    1CH4    1CLS    1CMY    1COH    1DKE    1DXT    1DXU    1DXV    1FN3    1G9V    1GBU    1GBV    1GLI    1GZX    1HAB    1HAC    1HBA    1HBB    1HBS    1HCO    1HDB    1HGA    1HGB    1HGC    1HHO    1IRD    1J3Y    1J3Z    1J40    1J41    1J7S    1J7W    1J7Y    1JY7    1K0Y    1K1K    1KD2    1LFL    1LFQ    1LFT    1LFV    1LFY    1LFZ    1LJW    1M9P    1MKO    1NEJ    1NIH    1NQP    1O1I    1O1J    1O1K    1O1L    1O1M    1O1N    1O1O    1O1P    1QI8    1QSH    1QSI    1QXD    1QXE    1R1X    1R1Y    1RPS    1RQ3    1RQ4    1RQA    1RVW    1SDK    1SDL    1THB    1UIW    1VWT    1XXT    1XY0    1XYE    1XZ2    1XZ4    1XZ5    1XZ7    1XZU    1XZV    1Y09    1Y0A    1Y0C    1Y0D    1Y0T    1Y0W    1Y22    1Y2Z    1Y31    1Y35    1Y45    1Y46    1Y4B    1Y4F    1Y4G    1Y4P    1Y4Q    1Y4R    1Y4V    1Y5F    1Y5J    1Y5K    1Y7C    1Y7D    1Y7G    1Y7Z    1Y83    1Y85    1Y8W    1YDZ    1YE0    1YE1    1YE2    1YEN    1YEO    1YEQ    1YEU    1YEV    1YFF    1YG5    1YGD    1YGF    1YH9    1YHE    1YHR    1YIE    1YIH    1YVQ    1YVT    1YZI    2D5Z    2D60    2DN1    2DN2    2DN3    2DXM    2H35    2HBC    2HBD    2HBE    2HBF    2HBS    2HCO    2HHB    2HHD    2HHE    2M6Z    2W6V    2W72    2YRS    3B75    3D17    3D7O    3DUT    3HHB    3HXN    3IC0    3IC2    3KMF    3NL7    3NMM    3ODQ    3ONZ    3OO4    3OO5    3P5Q    3QJB    3QJC    3QJD    3QJE    3R5I    3S65    3S66    3SZK    3W4U    3WCP    4FC3    4HHB    4IJ2    4L7Y    4MQC    4MQG    4MQH    4MQI    4N7N    4N7O    4N7P    6HBW   
PDB (PDBSum)1A00    1A01    1A0U    1A0Z    1A3N    1A3O    1ABW    1ABY    1AJ9    1B86    1BAB    1BBB    1BIJ    1BUW    1BZ0    1BZ1    1BZZ    1C7B    1C7C    1C7D    1CBL    1CBM    1CH4    1CLS    1CMY    1COH    1DKE    1DXT    1DXU    1DXV    1FN3    1G9V    1GBU    1GBV    1GLI    1GZX    1HAB    1HAC    1HBA    1HBB    1HBS    1HCO    1HDB    1HGA    1HGB    1HGC    1HHO    1IRD    1J3Y    1J3Z    1J40    1J41    1J7S    1J7W    1J7Y    1JY7    1K0Y    1K1K    1KD2    1LFL    1LFQ    1LFT    1LFV    1LFY    1LFZ    1LJW    1M9P    1MKO    1NEJ    1NIH    1NQP    1O1I    1O1J    1O1K    1O1L    1O1M    1O1N    1O1O    1O1P    1QI8    1QSH    1QSI    1QXD    1QXE    1R1X    1R1Y    1RPS    1RQ3    1RQ4    1RQA    1RVW    1SDK    1SDL    1THB    1UIW    1VWT    1XXT    1XY0    1XYE    1XZ2    1XZ4    1XZ5    1XZ7    1XZU    1XZV    1Y09    1Y0A    1Y0C    1Y0D    1Y0T    1Y0W    1Y22    1Y2Z    1Y31    1Y35    1Y45    1Y46    1Y4B    1Y4F    1Y4G    1Y4P    1Y4Q    1Y4R    1Y4V    1Y5F    1Y5J    1Y5K    1Y7C    1Y7D    1Y7G    1Y7Z    1Y83    1Y85    1Y8W    1YDZ    1YE0    1YE1    1YE2    1YEN    1YEO    1YEQ    1YEU    1YEV    1YFF    1YG5    1YGD    1YGF    1YH9    1YHE    1YHR    1YIE    1YIH    1YVQ    1YVT    1YZI    2D5Z    2D60    2DN1    2DN2    2DN3    2DXM    2H35    2HBC    2HBD    2HBE    2HBF    2HBS    2HCO    2HHB    2HHD    2HHE    2M6Z    2W6V    2W72    2YRS    3B75    3D17    3D7O    3DUT    3HHB    3HXN    3IC0    3IC2    3KMF    3NL7    3NMM    3ODQ    3ONZ    3OO4    3OO5    3P5Q    3QJB    3QJC    3QJD    3QJE    3R5I    3S65    3S66    3SZK    3W4U    3WCP    4FC3    4HHB    4IJ2    4L7Y    4MQC    4MQG    4MQH    4MQI    4N7N    4N7O    4N7P    6HBW   
PDB (IMB)1A00    1A01    1A0U    1A0Z    1A3N    1A3O    1ABW    1ABY    1AJ9    1B86    1BAB    1BBB    1BIJ    1BUW    1BZ0    1BZ1    1BZZ    1C7B    1C7C    1C7D    1CBL    1CBM    1CH4    1CLS    1CMY    1COH    1DKE    1DXT    1DXU    1DXV    1FN3    1G9V    1GBU    1GBV    1GLI    1GZX    1HAB    1HAC    1HBA    1HBB    1HBS    1HCO    1HDB    1HGA    1HGB    1HGC    1HHO    1IRD    1J3Y    1J3Z    1J40    1J41    1J7S    1J7W    1J7Y    1JY7    1K0Y    1K1K    1KD2    1LFL    1LFQ    1LFT    1LFV    1LFY    1LFZ    1LJW    1M9P    1MKO    1NEJ    1NIH    1NQP    1O1I    1O1J    1O1K    1O1L    1O1M    1O1N    1O1O    1O1P    1QI8    1QSH    1QSI    1QXD    1QXE    1R1X    1R1Y    1RPS    1RQ3    1RQ4    1RQA    1RVW    1SDK    1SDL    1THB    1UIW    1VWT    1XXT    1XY0    1XYE    1XZ2    1XZ4    1XZ5    1XZ7    1XZU    1XZV    1Y09    1Y0A    1Y0C    1Y0D    1Y0T    1Y0W    1Y22    1Y2Z    1Y31    1Y35    1Y45    1Y46    1Y4B    1Y4F    1Y4G    1Y4P    1Y4Q    1Y4R    1Y4V    1Y5F    1Y5J    1Y5K    1Y7C    1Y7D    1Y7G    1Y7Z    1Y83    1Y85    1Y8W    1YDZ    1YE0    1YE1    1YE2    1YEN    1YEO    1YEQ    1YEU    1YEV    1YFF    1YG5    1YGD    1YGF    1YH9    1YHE    1YHR    1YIE    1YIH    1YVQ    1YVT    1YZI    2D5Z    2D60    2DN1    2DN2    2DN3    2DXM    2H35    2HBC    2HBD    2HBE    2HBF    2HBS    2HCO    2HHB    2HHD    2HHE    2M6Z    2W6V    2W72    2YRS    3B75    3D17    3D7O    3DUT    3HHB    3HXN    3IC0    3IC2    3KMF    3NL7    3NMM    3ODQ    3ONZ    3OO4    3OO5    3P5Q    3QJB    3QJC    3QJD    3QJE    3R5I    3S65    3S66    3SZK    3W4U    3WCP    4FC3    4HHB    4IJ2    4L7Y    4MQC    4MQG    4MQH    4MQI    4N7N    4N7O    4N7P    6HBW   
PDB (RSDB)1A00    1A01    1A0U    1A0Z    1A3N    1A3O    1ABW    1ABY    1AJ9    1B86    1BAB    1BBB    1BIJ    1BUW    1BZ0    1BZ1    1BZZ    1C7B    1C7C    1C7D    1CBL    1CBM    1CH4    1CLS    1CMY    1COH    1DKE    1DXT    1DXU    1DXV    1FN3    1G9V    1GBU    1GBV    1GLI    1GZX    1HAB    1HAC    1HBA    1HBB    1HBS    1HCO    1HDB    1HGA    1HGB    1HGC    1HHO    1IRD    1J3Y    1J3Z    1J40    1J41    1J7S    1J7W    1J7Y    1JY7    1K0Y    1K1K    1KD2    1LFL    1LFQ    1LFT    1LFV    1LFY    1LFZ    1LJW    1M9P    1MKO    1NEJ    1NIH    1NQP    1O1I    1O1J    1O1K    1O1L    1O1M    1O1N    1O1O    1O1P    1QI8    1QSH    1QSI    1QXD    1QXE    1R1X    1R1Y    1RPS    1RQ3    1RQ4    1RQA    1RVW    1SDK    1SDL    1THB    1UIW    1VWT    1XXT    1XY0    1XYE    1XZ2    1XZ4    1XZ5    1XZ7    1XZU    1XZV    1Y09    1Y0A    1Y0C    1Y0D    1Y0T    1Y0W    1Y22    1Y2Z    1Y31    1Y35    1Y45    1Y46    1Y4B    1Y4F    1Y4G    1Y4P    1Y4Q    1Y4R    1Y4V    1Y5F    1Y5J    1Y5K    1Y7C    1Y7D    1Y7G    1Y7Z    1Y83    1Y85    1Y8W    1YDZ    1YE0    1YE1    1YE2    1YEN    1YEO    1YEQ    1YEU    1YEV    1YFF    1YG5    1YGD    1YGF    1YH9    1YHE    1YHR    1YIE    1YIH    1YVQ    1YVT    1YZI    2D5Z    2D60    2DN1    2DN2    2DN3    2DXM    2H35    2HBC    2HBD    2HBE    2HBF    2HBS    2HCO    2HHB    2HHD    2HHE    2M6Z    2W6V    2W72    2YRS    3B75    3D17    3D7O    3DUT    3HHB    3HXN    3IC0    3IC2    3KMF    3NL7    3NMM    3ODQ    3ONZ    3OO4    3OO5    3P5Q    3QJB    3QJC    3QJD    3QJE    3R5I    3S65    3S66    3SZK    3W4U    3WCP    4FC3    4HHB    4IJ2    4L7Y    4MQC    4MQG    4MQH    4MQI    4N7N    4N7O    4N7P    6HBW   
Human Protein AtlasENSG00000244734 [gene] [tissue] [antibody] [cell] [cancer]
Peptide AtlasP68871
HPRD00786
IPIIPI00654755   IPI01018020   IPI00815947   IPI00816644   IPI01018810   IPI00796636   
Protein Interaction databases
DIP (DOE-UCLA)P68871
IntAct (EBI)P68871
FunCoupENSG00000244734
BioGRIDHBB
InParanoidP68871
Interologous Interaction database P68871
IntegromeDBHBB
STRING (EMBL)HBB
Ontologies - Pathways
Ontology : AmiGOperoxidase activity  oxygen transporter activity  iron ion binding  protein binding  extracellular region  cytosol  hemoglobin complex  hemoglobin complex  hemoglobin complex  blood coagulation  regulation of blood pressure  positive regulation of cell death  oxygen transport  oxygen transport  bicarbonate transport  oxygen binding  heme binding  nitric oxide transport  hemoglobin binding  haptoglobin binding  haptoglobin-hemoglobin complex  response to hydrogen peroxide  hydrogen peroxide catabolic process  small molecule metabolic process  positive regulation of nitric oxide biosynthetic process  regulation of blood vessel size  protein heterooligomerization  oxidation-reduction process  extracellular vesicular exosome  renal absorption  endocytic vesicle lumen  blood microparticle  
Ontology : EGO-EBIperoxidase activity  oxygen transporter activity  iron ion binding  protein binding  extracellular region  cytosol  hemoglobin complex  hemoglobin complex  hemoglobin complex  blood coagulation  regulation of blood pressure  positive regulation of cell death  oxygen transport  oxygen transport  bicarbonate transport  oxygen binding  heme binding  nitric oxide transport  hemoglobin binding  haptoglobin binding  haptoglobin-hemoglobin complex  response to hydrogen peroxide  hydrogen peroxide catabolic process  small molecule metabolic process  positive regulation of nitric oxide biosynthetic process  regulation of blood vessel size  protein heterooligomerization  oxidation-reduction process  extracellular vesicular exosome  renal absorption  endocytic vesicle lumen  blood microparticle  
Pathways : BIOCARTAHemoglobin's Chaperone [Genes]   
Pathways : KEGGAfrican trypanosomiasis    Malaria   
Protein Interaction DatabaseHBB
Wikipedia pathwaysHBB
Gene fusion - rearrangments
Polymorphisms : SNP, mutations, diseases
SNP Single Nucleotide Polymorphism (NCBI)HBB
snp3D : Map Gene to Disease3043
SNP (GeneSNP Utah)HBB
SNP : HGBaseHBB
Genetic variants : HAPMAPHBB
Exome VariantHBB
1000_GenomesHBB 
ICGC programENSG00000244734 
Somatic Mutations in Cancer : COSMICHBB 
CONAN: Copy Number AnalysisHBB 
Mutations and Diseases : HGMDHBB
Mutations and Diseases : intOGenHBB
Genomic VariantsHBB  HBB [DGVbeta]
dbVarHBB
ClinVarHBB
Pred. of missensesPolyPhen-2  SIFT(SG)  SIFT(JCVI)  Align-GVGD  MutAssessor  Mutanalyser  
Pred. splicesGeneSplicer  Human Splicing Finder  MaxEntScan  
Diseases
OMIM140700    141749    141900    603902    603903    604131    611162    613985   
MedgenHBB
GENETestsHBB
Disease Genetic AssociationHBB
Huge Navigator HBB [HugePedia]  HBB [HugeCancerGEM]
General knowledge
Homologs : HomoloGeneHBB
Homology/Alignments : Family Browser (UCSC)HBB
Phylogenetic Trees/Animal Genes : TreeFamHBB
Chemical/Protein Interactions : CTD3043
Chemical/Pharm GKB GenePA29202
Clinical trialHBB
Cancer Resource (Charite)ENSG00000244734
Other databases
Probes
Litterature
PubMed499 Pubmed reference(s) in Entrez
CoreMineHBB
iHOPHBB
OncoSearchHBB
Genes in titleautomatic search in PubMed
REVIEW articlesautomatic search in PubMed
Last year publicationsautomatic search in PubMed

Search in all EBI   NCBI

Contributor(s)

Written09-2002Dessen P, Le Minor S
Updated12-2013Dessen P

© Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology
indexed on : Tue Aug 26 16:49:07 CEST 2014

Home   Genes   Leukemias   Solid Tumours   Cancer-Prone   Deep Insight   Case Reports   Journals  Portal   Teaching   

For comments and suggestions or contributions, please contact us

jlhuret@AtlasGeneticsOncology.org.