Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology


Home   Genes   Leukemias   Solid Tumors   Cancer-Prone   Deep Insight   Case Reports   Journals  Portal   Teaching   

X Y 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 NA

TRAC (T-cell receptor alpha constant)

Identity

Alias_namesT cell receptor alpha constant
Other aliasIMD7
TCRA
TRA
TRCA
HGNC (Hugo) TRAC
LocusID (NCBI) 28755
Atlas_Id 75098
Location 14q11.2  [Link to chromosome band 14q11]
Location_base_pair Starts at 21894433 and ends at 22552149 bp from pter ( according to hg38-Dec_2013)
Fusion genes
(updated 2017)
Data from Atlas, Mitelman, Cosmic Fusion, Fusion Cancer, TCGA fusion databases with official HUGO symbols (see references in chromosomal bands)
Note

Non-annotated gene. Preliminary data : if you are an author
who wish to write a full paper/card on this gene, go to  How to contribute


External links

Nomenclature
HGNC (Hugo)TRAC   12029
Cards
Entrez_Gene (NCBI)TRAC  28755  T-cell receptor alpha constant
AliasesIMD7; TCRA; TRA; TRCA
GeneCards (Weizmann)TRAC
Ensembl hg19 (Hinxton) [Gene_View]
Ensembl hg38 (Hinxton) [Gene_View]  chr14:21894433-22552149 [Contig_View]  TRAC [Vega]
TCGA cBioPortalTRAC
AceView (NCBI)TRAC
Genatlas (Paris)TRAC
WikiGenes28755
SOURCE (Princeton)TRAC
Genetics Home Reference (NIH)TRAC
Genomic and cartography
GoldenPath hg38 (UCSC)TRAC  -     chr14:21894433-22552149 +  14q11.2   [Description]    (hg38-Dec_2013)
GoldenPath hg19 (UCSC)TRAC  -     14q11.2   [Description]    (hg19-Feb_2009)
EnsemblTRAC - 14q11.2 [CytoView hg19]  TRAC - 14q11.2 [CytoView hg38]
Mapping of homologs : NCBITRAC [Mapview hg19]  TRAC [Mapview hg38]
OMIM186880   615387   
Gene and transcription
Genbank (Entrez)X02592
RefSeq transcript (Entrez)
RefSeq genomic (Entrez)
Consensus coding sequences : CCDS (NCBI)TRAC
Cluster EST : UnigeneHs.74647 [ NCBI ]
CGAP (NCI)Hs.74647
Gene ExpressionTRAC [ NCBI-GEO ]   TRAC [ EBI - ARRAY_EXPRESS ]   TRAC [ SEEK ]   TRAC [ MEM ]
Gene Expression Viewer (FireBrowse)TRAC [ Firebrowse - Broad ]
SOURCE (Princeton)Expression in : [Datasets]   [Normal Tissue Atlas]  [carcinoma Classsification]  [NCI60]
GenevestigatorExpression in : [tissues]  [cell-lines]  [cancer]  [perturbations]  
BioGPS (Tissue expression)28755
GTEX Portal (Tissue expression)TRAC
Protein : pattern, domain, 3D structure
UniProt/SwissProtP01848   [function]  [subcellular_location]  [family_and_domains]  [pathology_and_biotech]  [ptm_processing]  [expression]  [interaction]
NextProtP01848  [Sequence]  [Exons]  [Medical]  [Publications]
With graphics : InterProP01848
Splice isoforms : SwissVarP01848
PhosPhoSitePlusP01848
Domains : Interpro (EBI)Ig-like_dom    Ig-like_fold    TCR_alpha_C   
Domain families : Pfam (Sanger)DUF1968 (PF09291)   
Domain families : Pfam (NCBI)pfam09291   
Conserved Domain (NCBI)TRAC
DMDM Disease mutations28755
Blocks (Seattle)TRAC
PDB (SRS)1AO7    1BD2    1FYT    1J8H    1KGC    1MI5    1OGA    1QRN    1QSF    1YMM    1ZGL    2AK4    2BNQ    2BNR    2BNU    2CDF    2CDG    2ESV    2EYR    2EYS    2EYT    2F53    2F54    2GJ6    2IAL    2IAM    2IAN    2NX5    2P5E    2P5W    2PO6    2PYE    2PYF    2VLJ    2VLK    2VLM    2VLR    2XN9    2XNA    3ARB    3ARD    3ARE    3ARF    3ARG    3D39    3DX9    3DXA    3FFC    3GSN    3HE7    3HG1    3KPR    3KPS    3KXF    3O4L    3O6F    3O8X    3O9W    3PWP    3QDG    3QDJ    3QDM    3QEQ    3QEU    3QIB    3QJF    3QUX    3SCM    3SDA    3SDC    3SDD    3SDX    3SJV    3SKN    3T0E    3TN0    3TVM    4APQ    4C56    4G8E    4G8F    4IRS    4JFD    4JFE    4JFF    4JFH    4JRX    4JRY    4MVB    4MXQ    4N0C    4N5E    4NHU    4ONH    4P4K    4PRH    4PRI    4PRP    4UDT    4UDU    4WW1    4WW2    4WWK    4X6B    4X6C    4X6D    4Y16    4Y2D    4Y4F    4Y4H    4Y4K    4ZDH    4ZEZ    5BRZ    5BS0    5C07    5C08    5C09    5C0A    5C0B    5C0C    5EU6    5FK9    5FKA    5HHM    5HHO    5HYJ    5KS9    5KSA    5KSB   
PDB (PDBSum)1AO7    1BD2    1FYT    1J8H    1KGC    1MI5    1OGA    1QRN    1QSF    1YMM    1ZGL    2AK4    2BNQ    2BNR    2BNU    2CDF    2CDG    2ESV    2EYR    2EYS    2EYT    2F53    2F54    2GJ6    2IAL    2IAM    2IAN    2NX5    2P5E    2P5W    2PO6    2PYE    2PYF    2VLJ    2VLK    2VLM    2VLR    2XN9    2XNA    3ARB    3ARD    3ARE    3ARF    3ARG    3D39    3DX9    3DXA    3FFC    3GSN    3HE7    3HG1    3KPR    3KPS    3KXF    3O4L    3O6F    3O8X    3O9W    3PWP    3QDG    3QDJ    3QDM    3QEQ    3QEU    3QIB    3QJF    3QUX    3SCM    3SDA    3SDC    3SDD    3SDX    3SJV    3SKN    3T0E    3TN0    3TVM    4APQ    4C56    4G8E    4G8F    4IRS    4JFD    4JFE    4JFF    4JFH    4JRX    4JRY    4MVB    4MXQ    4N0C    4N5E    4NHU    4ONH    4P4K    4PRH    4PRI    4PRP    4UDT    4UDU    4WW1    4WW2    4WWK    4X6B    4X6C    4X6D    4Y16    4Y2D    4Y4F    4Y4H    4Y4K    4ZDH    4ZEZ    5BRZ    5BS0    5C07    5C08    5C09    5C0A    5C0B    5C0C    5EU6    5FK9    5FKA    5HHM    5HHO    5HYJ    5KS9    5KSA    5KSB   
PDB (IMB)1AO7    1BD2    1FYT    1J8H    1KGC    1MI5    1OGA    1QRN    1QSF    1YMM    1ZGL    2AK4    2BNQ    2BNR    2BNU    2CDF    2CDG    2ESV    2EYR    2EYS    2EYT    2F53    2F54    2GJ6    2IAL    2IAM    2IAN    2NX5    2P5E    2P5W    2PO6    2PYE    2PYF    2VLJ    2VLK    2VLM    2VLR    2XN9    2XNA    3ARB    3ARD    3ARE    3ARF    3ARG    3D39    3DX9    3DXA    3FFC    3GSN    3HE7    3HG1    3KPR    3KPS    3KXF    3O4L    3O6F    3O8X    3O9W    3PWP    3QDG    3QDJ    3QDM    3QEQ    3QEU    3QIB    3QJF    3QUX    3SCM    3SDA    3SDC    3SDD    3SDX    3SJV    3SKN    3T0E    3TN0    3TVM    4APQ    4C56    4G8E    4G8F    4IRS    4JFD    4JFE    4JFF    4JFH    4JRX    4JRY    4MVB    4MXQ    4N0C    4N5E    4NHU    4ONH    4P4K    4PRH    4PRI    4PRP    4UDT    4UDU    4WW1    4WW2    4WWK    4X6B    4X6C    4X6D    4Y16    4Y2D    4Y4F    4Y4H    4Y4K    4ZDH    4ZEZ    5BRZ    5BS0    5C07    5C08    5C09    5C0A    5C0B    5C0C    5EU6    5FK9    5FKA    5HHM    5HHO    5HYJ    5KS9    5KSA    5KSB   
PDB (RSDB)1AO7    1BD2    1FYT    1J8H    1KGC    1MI5    1OGA    1QRN    1QSF    1YMM    1ZGL    2AK4    2BNQ    2BNR    2BNU    2CDF    2CDG    2ESV    2EYR    2EYS    2EYT    2F53    2F54    2GJ6    2IAL    2IAM    2IAN    2NX5    2P5E    2P5W    2PO6    2PYE    2PYF    2VLJ    2VLK    2VLM    2VLR    2XN9    2XNA    3ARB    3ARD    3ARE    3ARF    3ARG    3D39    3DX9    3DXA    3FFC    3GSN    3HE7    3HG1    3KPR    3KPS    3KXF    3O4L    3O6F    3O8X    3O9W    3PWP    3QDG    3QDJ    3QDM    3QEQ    3QEU    3QIB    3QJF    3QUX    3SCM    3SDA    3SDC    3SDD    3SDX    3SJV    3SKN    3T0E    3TN0    3TVM    4APQ    4C56    4G8E    4G8F    4IRS    4JFD    4JFE    4JFF    4JFH    4JRX    4JRY    4MVB    4MXQ    4N0C    4N5E    4NHU    4ONH    4P4K    4PRH    4PRI    4PRP    4UDT    4UDU    4WW1    4WW2    4WWK    4X6B    4X6C    4X6D    4Y16    4Y2D    4Y4F    4Y4H    4Y4K    4ZDH    4ZEZ    5BRZ    5BS0    5C07    5C08    5C09    5C0A    5C0B    5C0C    5EU6    5FK9    5FKA    5HHM    5HHO    5HYJ    5KS9    5KSA    5KSB   
Structural Biology KnowledgeBase1AO7    1BD2    1FYT    1J8H    1KGC    1MI5    1OGA    1QRN    1QSF    1YMM    1ZGL    2AK4    2BNQ    2BNR    2BNU    2CDF    2CDG    2ESV    2EYR    2EYS    2EYT    2F53    2F54    2GJ6    2IAL    2IAM    2IAN    2NX5    2P5E    2P5W    2PO6    2PYE    2PYF    2VLJ    2VLK    2VLM    2VLR    2XN9    2XNA    3ARB    3ARD    3ARE    3ARF    3ARG    3D39    3DX9    3DXA    3FFC    3GSN    3HE7    3HG1    3KPR    3KPS    3KXF    3O4L    3O6F    3O8X    3O9W    3PWP    3QDG    3QDJ    3QDM    3QEQ    3QEU    3QIB    3QJF    3QUX    3SCM    3SDA    3SDC    3SDD    3SDX    3SJV    3SKN    3T0E    3TN0    3TVM    4APQ    4C56    4G8E    4G8F    4IRS    4JFD    4JFE    4JFF    4JFH    4JRX    4JRY    4MVB    4MXQ    4N0C    4N5E    4NHU    4ONH    4P4K    4PRH    4PRI    4PRP    4UDT    4UDU    4WW1    4WW2    4WWK    4X6B    4X6C    4X6D    4Y16    4Y2D    4Y4F    4Y4H    4Y4K    4ZDH    4ZEZ    5BRZ    5BS0    5C07    5C08    5C09    5C0A    5C0B    5C0C    5EU6    5FK9    5FKA    5HHM    5HHO    5HYJ    5KS9    5KSA    5KSB   
SCOP (Structural Classification of Proteins)1AO7    1BD2    1FYT    1J8H    1KGC    1MI5    1OGA    1QRN    1QSF    1YMM    1ZGL    2AK4    2BNQ    2BNR    2BNU    2CDF    2CDG    2ESV    2EYR    2EYS    2EYT    2F53    2F54    2GJ6    2IAL    2IAM    2IAN    2NX5    2P5E    2P5W    2PO6    2PYE    2PYF    2VLJ    2VLK    2VLM    2VLR    2XN9    2XNA    3ARB    3ARD    3ARE    3ARF    3ARG    3D39    3DX9    3DXA    3FFC    3GSN    3HE7    3HG1    3KPR    3KPS    3KXF    3O4L    3O6F    3O8X    3O9W    3PWP    3QDG    3QDJ    3QDM    3QEQ    3QEU    3QIB    3QJF    3QUX    3SCM    3SDA    3SDC    3SDD    3SDX    3SJV    3SKN    3T0E    3TN0    3TVM    4APQ    4C56    4G8E    4G8F    4IRS    4JFD    4JFE    4JFF    4JFH    4JRX    4JRY    4MVB    4MXQ    4N0C    4N5E    4NHU    4ONH    4P4K    4PRH    4PRI    4PRP    4UDT    4UDU    4WW1    4WW2    4WWK    4X6B    4X6C    4X6D    4Y16    4Y2D    4Y4F    4Y4H    4Y4K    4ZDH    4ZEZ    5BRZ    5BS0    5C07    5C08    5C09    5C0A    5C0B    5C0C    5EU6    5FK9    5FKA    5HHM    5HHO    5HYJ    5KS9    5KSA    5KSB   
CATH (Classification of proteins structures)1AO7    1BD2    1FYT    1J8H    1KGC    1MI5    1OGA    1QRN    1QSF    1YMM    1ZGL    2AK4    2BNQ    2BNR    2BNU    2CDF    2CDG    2ESV    2EYR    2EYS    2EYT    2F53    2F54    2GJ6    2IAL    2IAM    2IAN    2NX5    2P5E    2P5W    2PO6    2PYE    2PYF    2VLJ    2VLK    2VLM    2VLR    2XN9    2XNA    3ARB    3ARD    3ARE    3ARF    3ARG    3D39    3DX9    3DXA    3FFC    3GSN    3HE7    3HG1    3KPR    3KPS    3KXF    3O4L    3O6F    3O8X    3O9W    3PWP    3QDG    3QDJ    3QDM    3QEQ    3QEU    3QIB    3QJF    3QUX    3SCM    3SDA    3SDC    3SDD    3SDX    3SJV    3SKN    3T0E    3TN0    3TVM    4APQ    4C56    4G8E    4G8F    4IRS    4JFD    4JFE    4JFF    4JFH    4JRX    4JRY    4MVB    4MXQ    4N0C    4N5E    4NHU    4ONH    4P4K    4PRH    4PRI    4PRP    4UDT    4UDU    4WW1    4WW2    4WWK    4X6B    4X6C    4X6D    4Y16    4Y2D    4Y4F    4Y4H    4Y4K    4ZDH    4ZEZ    5BRZ    5BS0    5C07    5C08    5C09    5C0A    5C0B    5C0C    5EU6    5FK9    5FKA    5HHM    5HHO    5HYJ    5KS9    5KSA    5KSB   
SuperfamilyP01848
Peptide AtlasP01848
Protein Interaction databases
DIP (DOE-UCLA)P01848
IntAct (EBI)P01848
BioGRIDTRAC
STRING (EMBL)TRAC
ZODIACTRAC
Ontologies - Pathways
QuickGOP01848
Ontology : AmiGOplasma membrane  integral component of membrane  T cell costimulation  regulation of immune response  T cell receptor signaling pathway  
Ontology : EGO-EBIplasma membrane  integral component of membrane  T cell costimulation  regulation of immune response  T cell receptor signaling pathway  
NDEx NetworkTRAC
Atlas of Cancer Signalling NetworkTRAC
Wikipedia pathwaysTRAC
Orthology - Evolution
OrthoDB28755
Phylogenetic Trees/Animal Genes : TreeFamTRAC
HOVERGENP01848
HOGENOMP01848
Homologs : HomoloGeneTRAC
Homology/Alignments : Family Browser (UCSC)TRAC
Gene fusions - Rearrangements
Fusion: Tumor Portal TRAC
Polymorphisms : SNP and Copy number variants
NCBI Variation ViewerTRAC [hg38]
dbSNP Single Nucleotide Polymorphism (NCBI)TRAC
dbVarTRAC
ClinVarTRAC
1000_GenomesTRAC 
Exome Variant ServerTRAC
ExAC (Exome Aggregation Consortium)
Genetic variants : HAPMAP28755
Genomic Variants (DGV)TRAC [DGVbeta]
DECIPHERTRAC [patients]   [syndromes]   [variants]   [genes]  
CONAN: Copy Number AnalysisTRAC 
Mutations
ICGC Data PortalTRAC 
TCGA Data PortalTRAC 
Broad Tumor PortalTRAC
OASIS PortalTRAC [ Somatic mutations - Copy number]
Mutations and Diseases : HGMDTRAC
BioMutasearch TRAC
DgiDB (Drug Gene Interaction Database)TRAC
DoCM (Curated mutations)TRAC (select the gene name)
CIViC (Clinical Interpretations of Variants in Cancer)TRAC (select a term)
intoGenTRAC
Cancer3DTRAC(select the gene name)
Impact of mutations[PolyPhen2] [SIFT Human Coding SNP] [Buck Institute : MutDB] [Mutation Assessor] [Mutanalyser]
Diseases
OMIM186880    615387   
Orphanet22712   
MedgenTRAC
Genetic Testing Registry TRAC
NextProtP01848 [Medical]
TSGene28755
GENETestsTRAC
Target ValidationTRAC
Huge Navigator TRAC [HugePedia]
snp3D : Map Gene to Disease28755
BioCentury BCIQTRAC
ClinGenTRAC
Clinical trials, drugs, therapy
Chemical/Protein Interactions : CTD28755
Chemical/Pharm GKB GenePA36706
Clinical trialTRAC
Miscellaneous
canSAR (ICR)TRAC (select the gene name)
Probes
Litterature
PubMed15 Pubmed reference(s) in Entrez
GeneRIFsGene References Into Functions (Entrez)
CoreMineTRAC
EVEXTRAC
GoPubMedTRAC
iHOPTRAC
Genes in titleautomatic search in PubMed
REVIEW articlesautomatic search in PubMed
Last year publicationsautomatic search in PubMed

Search in all EBI   NCBI

© Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology
indexed on : Thu Nov 9 12:33:44 CET 2017

Home   Genes   Leukemias   Solid Tumors   Cancer-Prone   Deep Insight   Case Reports   Journals  Portal   Teaching   

For comments and suggestions or contributions, please contact us

jlhuret@AtlasGeneticsOncology.org.