Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology


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UVRAG (UV radiation resistance associated)

Identity

Alias_namesUV radiation resistance associated gene
Alias_symbol (synonym)VPS38
Other aliasDHTX
p63
HGNC (Hugo) UVRAG
LocusID (NCBI) 7405
Atlas_Id 42778
Location 11q13.5  [Link to chromosome band 11q13]
Location_base_pair Starts at 75815167 and ends at 76144238 bp from pter ( according to hg38-Dec_2013)
Fusion genes
(updated 2016)
ACER3 (11q13.5) / UVRAG (11q13.5)ARRB1 (11q13.4) / UVRAG (11q13.5)EMSY (11q13.5) / UVRAG (11q13.5)
FAM168A (11q13.4) / UVRAG (11q13.5)LRP5 (11q13.2) / UVRAG (11q13.5)LRTOMT (11q13.4) / UVRAG (11q13.5)
MED27 (9q34.13) / UVRAG (11q13.5)MTHFD1 (14q23.3) / UVRAG (11q13.5)PGM2L1 (11q13.4) / UVRAG (11q13.5)
POLB (8p11.21) / UVRAG (11q13.5)PPME1 (11q13.4) / UVRAG (11q13.5)RAD51B (14q24.1) / UVRAG (11q13.5)
UVRAG (11q13.5) / DGAT2 (11q13.5)UVRAG (11q13.5) / FAM168A (11q13.4)UVRAG (11q13.5) / INTS4 (11q14.1)
UVRAG (11q13.5) / KCNE3 (11q13.4)UVRAG (11q13.5) / KIRREL3 (11q24.2)UVRAG (11q13.5) / LRTOMT (11q13.4)
UVRAG (11q13.5) / MAP6 (11q13.5)UVRAG (11q13.5) / MOGAT2 (11q13.5)UVRAG (11q13.5) / PAK1 (11q13.5)
UVRAG (11q13.5) / RAD51B (14q24.1)UVRAG (11q13.5) / TRIM29 (11q23.3)UVRAG (11q13.5) / ZMAT4 (8p11.21)
cytochrome_b () / UVRAG (11q13.5)ACER3 11q13.5 / UVRAG 11q13.5ARRB1 11q13.4 / UVRAG 11q13.5
C11orf30 11q13.5 / UVRAG 11q13.5FAM168A 11q13.4 / UVRAG 11q13.5LRP5 11q13.2 / UVRAG 11q13.5
LRTOMT 11q13.4 / UVRAG 11q13.5PGM2L1 11q13.4 / UVRAG 11q13.5POLB 8p11.21 / UVRAG 11q13.5
PPME1 11q13.4 / UVRAG 11q13.5RAD51B 14q24.1 / UVRAG 11q13.5UVRAG 11q13.5 / DGAT2 11q13.5
UVRAG 11q13.5 / FAM168A 11q13.4UVRAG 11q13.5 / INTS4 11q14.1UVRAG 11q13.5 / KCNE3 11q13.4
UVRAG 11q13.5 / KIRREL3 11q24.2UVRAG 11q13.5 / LRTOMT 11q13.4UVRAG 11q13.5 / MAP6 11q13.5
UVRAG 11q13.5 / PAK1 11q13.5UVRAG 11q13.5 / RAD51B 14q24.1UVRAG 11q13.5 / TRIM29 11q23.3
UVRAG 11q13.5 / ZMAT4 8p11.21

Note

Non-annotated gene. Preliminary data : if you are an author
who wish to write a full paper/card on this gene, go to  How to contribute

DNA/RNA

 


External links

Nomenclature
HGNC (Hugo)UVRAG   12640
Cards
Entrez_Gene (NCBI)UVRAG  7405  UV radiation resistance associated
AliasesDHTX; VPS38; p63
GeneCards (Weizmann)UVRAG
Ensembl hg19 (Hinxton)ENSG00000198382 [Gene_View]
Ensembl hg38 (Hinxton)ENSG00000198382 [Gene_View]  chr11:75815167-76144238 [Contig_View]  UVRAG [Vega]
ICGC DataPortalENSG00000198382
TCGA cBioPortalUVRAG
AceView (NCBI)UVRAG
Genatlas (Paris)UVRAG
WikiGenes7405
SOURCE (Princeton)UVRAG
Genetics Home Reference (NIH)UVRAG
Genomic and cartography
GoldenPath hg38 (UCSC)UVRAG  -     chr11:75815167-76144238 +  11q13.5   [Description]    (hg38-Dec_2013)
GoldenPath hg19 (UCSC)UVRAG  -     11q13.5   [Description]    (hg19-Feb_2009)
EnsemblUVRAG - 11q13.5 [CytoView hg19]  UVRAG - 11q13.5 [CytoView hg38]
Mapping of homologs : NCBIUVRAG [Mapview hg19]  UVRAG [Mapview hg38]
OMIM602493   
Gene and transcription
Genbank (Entrez)AB012958 AK095352 AK222772 AK291011 AK293782
RefSeq transcript (Entrez)NM_003369
RefSeq genomic (Entrez)
Consensus coding sequences : CCDS (NCBI)UVRAG
Cluster EST : UnigeneHs.202470 [ NCBI ]
CGAP (NCI)Hs.202470
Alternative Splicing GalleryENSG00000198382
Gene ExpressionUVRAG [ NCBI-GEO ]   UVRAG [ EBI - ARRAY_EXPRESS ]   UVRAG [ SEEK ]   UVRAG [ MEM ]
Gene Expression Viewer (FireBrowse)UVRAG [ Firebrowse - Broad ]
SOURCE (Princeton)Expression in : [Datasets]   [Normal Tissue Atlas]  [carcinoma Classsification]  [NCI60]
GenevisibleExpression in : [tissues]  [cell-lines]  [cancer]  [perturbations]  
BioGPS (Tissue expression)7405
GTEX Portal (Tissue expression)UVRAG
Protein : pattern, domain, 3D structure
UniProt/SwissProtQ9P2Y5   [function]  [subcellular_location]  [family_and_domains]  [pathology_and_biotech]  [ptm_processing]  [expression]  [interaction]
NextProtQ9P2Y5  [Sequence]  [Exons]  [Medical]  [Publications]
With graphics : InterProQ9P2Y5
Splice isoforms : SwissVarQ9P2Y5
PhosPhoSitePlusQ9P2Y5
Domains : Interpro (EBI)C2_dom    UV_resistance/autophagy_Atg14   
Domain families : Pfam (Sanger)Atg14 (PF10186)   
Domain families : Pfam (NCBI)pfam10186   
Domain families : Smart (EMBL)C2 (SM00239)  
Conserved Domain (NCBI)UVRAG
DMDM Disease mutations7405
Blocks (Seattle)UVRAG
SuperfamilyQ9P2Y5
Human Protein AtlasENSG00000198382
Peptide AtlasQ9P2Y5
HPRD03929
IPIIPI00002614   IPI00922526   IPI00984598   IPI00983446   IPI00977153   IPI00984137   
Protein Interaction databases
DIP (DOE-UCLA)Q9P2Y5
IntAct (EBI)Q9P2Y5
FunCoupENSG00000198382
BioGRIDUVRAG
STRING (EMBL)UVRAG
ZODIACUVRAG
Ontologies - Pathways
QuickGOQ9P2Y5
Ontology : AmiGOSNARE binding  chromosome, centromeric region  protein binding  cytoplasm  lysosome  early endosome  late endosome  endoplasmic reticulum  centrosome  DNA repair  retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to ER  autophagy  spindle organization  chromosome segregation  centrosome cycle  SH3 domain binding  midbody  HOPS complex  regulation of cytokinesis  receptor catabolic process  SNARE complex assembly  phagocytic vesicle  viral entry into host cell  maintenance of Golgi location  regulation of vesicle-mediated transport  DNA-dependent protein kinase complex  regulation of protein serine/threonine kinase activity  multivesicular body sorting pathway  double-strand break repair via classical nonhomologous end joining  positive regulation of autophagosome maturation  
Ontology : EGO-EBISNARE binding  chromosome, centromeric region  protein binding  cytoplasm  lysosome  early endosome  late endosome  endoplasmic reticulum  centrosome  DNA repair  retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to ER  autophagy  spindle organization  chromosome segregation  centrosome cycle  SH3 domain binding  midbody  HOPS complex  regulation of cytokinesis  receptor catabolic process  SNARE complex assembly  phagocytic vesicle  viral entry into host cell  maintenance of Golgi location  regulation of vesicle-mediated transport  DNA-dependent protein kinase complex  regulation of protein serine/threonine kinase activity  multivesicular body sorting pathway  double-strand break repair via classical nonhomologous end joining  positive regulation of autophagosome maturation  
NDEx NetworkUVRAG
Atlas of Cancer Signalling NetworkUVRAG
Wikipedia pathwaysUVRAG
Orthology - Evolution
OrthoDB7405
GeneTree (enSembl)ENSG00000198382
Phylogenetic Trees/Animal Genes : TreeFamUVRAG
HOVERGENQ9P2Y5
HOGENOMQ9P2Y5
Homologs : HomoloGeneUVRAG
Homology/Alignments : Family Browser (UCSC)UVRAG
Gene fusions - Rearrangements
Fusion : MitelmanACER3/UVRAG [11q13.5/11q13.5]  [t(11;11)(q13;q13)]  
Fusion : MitelmanARRB1/UVRAG [11q13.4/11q13.5]  [t(11;11)(q13;q13)]  
Fusion : MitelmanC11orf30/UVRAG [11q13.5/11q13.5]  [t(11;11)(q13;q13)]  
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Fusion : MitelmanLRP5/UVRAG [11q13.2/11q13.5]  [t(11;11)(q13;q13)]  
Fusion : MitelmanLRTOMT/UVRAG [11q13.4/11q13.5]  [t(11;11)(q13;q13)]  
Fusion : MitelmanPGM2L1/UVRAG [11q13.4/11q13.5]  [t(11;11)(q13;q13)]  
Fusion : MitelmanPOLB/UVRAG [8p11.21/11q13.5]  [t(8;11)(p11;q13)]  
Fusion : MitelmanPPME1/UVRAG [11q13.4/11q13.5]  [t(11;11)(q13;q13)]  
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Fusion : MitelmanUVRAG/FAM168A [11q13.5/11q13.4]  [t(11;11)(q13;q13)]  
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Fusion: TCGAACER3 11q13.5 UVRAG 11q13.5 BRCA
Fusion: TCGAARRB1 11q13.4 UVRAG 11q13.5 BRCA
Fusion: TCGAC11orf30 11q13.5 UVRAG 11q13.5 BRCA
Fusion: TCGAFAM168A 11q13.4 UVRAG 11q13.5 BRCA
Fusion: TCGALRP5 11q13.2 UVRAG 11q13.5 SKCM
Fusion: TCGALRTOMT 11q13.4 UVRAG 11q13.5 BRCA
Fusion: TCGAPGM2L1 11q13.4 UVRAG 11q13.5 BRCA
Fusion: TCGAPOLB 8p11.21 UVRAG 11q13.5 LUAD
Fusion: TCGAPPME1 11q13.4 UVRAG 11q13.5 SKCM
Fusion: TCGARAD51B 14q24.1 UVRAG 11q13.5 BRCA
Fusion: TCGAUVRAG 11q13.5 DGAT2 11q13.5 BRCA
Fusion: TCGAUVRAG 11q13.5 FAM168A 11q13.4 OV
Fusion: TCGAUVRAG 11q13.5 INTS4 11q14.1 BRCA
Fusion: TCGAUVRAG 11q13.5 KCNE3 11q13.4 LUAD
Fusion: TCGAUVRAG 11q13.5 KIRREL3 11q24.2 BRCA
Fusion: TCGAUVRAG 11q13.5 LRTOMT 11q13.4 BRCA
Fusion: TCGAUVRAG 11q13.5 MAP6 11q13.5 BRCA
Fusion: TCGAUVRAG 11q13.5 PAK1 11q13.5 BRCA
Fusion: TCGAUVRAG 11q13.5 RAD51B 14q24.1 BRCA
Fusion: TCGAUVRAG 11q13.5 TRIM29 11q23.3 OV
Fusion: TCGAUVRAG 11q13.5 ZMAT4 8p11.21 BRCA
Fusion Cancer (Beijing)cytochrome_b [UVRAG]  -  11q13.5 [FUSC000405]
Polymorphisms : SNP and Copy number variants
NCBI Variation ViewerUVRAG [hg38]
dbSNP Single Nucleotide Polymorphism (NCBI)UVRAG
dbVarUVRAG
ClinVarUVRAG
1000_GenomesUVRAG 
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ExAC (Exome Aggregation Consortium)UVRAG (select the gene name)
Genetic variants : HAPMAP7405
Genomic Variants (DGV)UVRAG [DGVbeta]
DECIPHERUVRAG [patients]   [syndromes]   [variants]   [genes]  
CONAN: Copy Number AnalysisUVRAG 
Mutations
ICGC Data PortalUVRAG 
TCGA Data PortalUVRAG 
Broad Tumor PortalUVRAG
OASIS PortalUVRAG [ Somatic mutations - Copy number]
Somatic Mutations in Cancer : COSMICUVRAG  [overview]  [genome browser]  [tissue]  [distribution]  
Mutations and Diseases : HGMDUVRAG
LOVD (Leiden Open Variation Database)Whole genome datasets
LOVD (Leiden Open Variation Database)LOVD - Leiden Open Variation Database
LOVD (Leiden Open Variation Database)LOVD 3.0 shared installation
BioMutasearch UVRAG
DgiDB (Drug Gene Interaction Database)UVRAG
DoCM (Curated mutations)UVRAG (select the gene name)
CIViC (Clinical Interpretations of Variants in Cancer)UVRAG (select a term)
intoGenUVRAG
Cancer3DUVRAG(select the gene name)
Impact of mutations[PolyPhen2] [SIFT Human Coding SNP] [Buck Institute : MutDB] [Mutation Assessor] [Mutanalyser]
Diseases
OMIM602493   
Orphanet
MedgenUVRAG
Genetic Testing Registry UVRAG
NextProtQ9P2Y5 [Medical]
TSGene7405
GENETestsUVRAG
Huge Navigator UVRAG [HugePedia]
snp3D : Map Gene to Disease7405
BioCentury BCIQUVRAG
ClinGenUVRAG
Clinical trials, drugs, therapy
Chemical/Protein Interactions : CTD7405
Chemical/Pharm GKB GenePA37264
Clinical trialUVRAG
Miscellaneous
canSAR (ICR)UVRAG (select the gene name)
Probes
Litterature
PubMed57 Pubmed reference(s) in Entrez
GeneRIFsGene References Into Functions (Entrez)
CoreMineUVRAG
EVEXUVRAG
GoPubMedUVRAG
iHOPUVRAG
Genes in titleautomatic search in PubMed
REVIEW articlesautomatic search in PubMed
Last year publicationsautomatic search in PubMed

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indexed on : Fri May 19 12:43:40 CEST 2017

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