Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology


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Chromosome 12

Chromosome 12 : G-banding, diagram and R-banding; left: endoreplication - Claude Léonard, Jean-Loup Huret
Chromosome 12 diagrams ISCN 2009 - Courtesy Nicole Chia

Leukaemia     

12p13 rearrangements (ETV6) in treatment related leukemia
12p rearrangements (ETV6) in ALL
12p abnormalities in myeloid malignancies
12p rearrangements in CLL
dic(9;12)(p13;p13) PAX5/ETV6
dic(9;12)(p13;p12) PAX5/SLCO1B3
+12 or trisomy 12
inv(12)(p13q15) ETV6/PTPRR
ins(12;8)(p11;p12p22)
t(1;12)(p36;p13) ETV6/MDS2
t(1;12)(q21;p13) ETV6/ARNT
t(1;12)(q21;q24)
t(1;12)(q25;p13) ETV6/ABL2
t(2;12)(p12;p13) IGK/CCND2
t(2;12)(q31;p13) ETV6/?
t(3;12)(q26;p13) ETV6/MECOM
t(3;12)(q26;q21) ?/MECOM
t(3;12)(q27;p13) GAPDH/BCL6
t(3;12)(q27;p12) LRMP/BCL6
t(4;12)(p16;p13) ETV6/FGFR3
t(4;12)(q12;p13) CHIC2/ETV6
t(4;12)(q12;p13) PDGFRA/ETV6
t(5;12)(p13;p13) NIPBL/ETV6
t(5;12)(q13;p13) ?/ETV6
t(5;12)(q31;p13) ETV6/ACSL6 in MDS,AML and AEL
t(5;12)(q33;p13) ETV6/PDGFRB
t(5;12)(q33;p13) ERC1/PDGFRB
t(5;12)(q33;q24) GIT2/PDGFRB
t(6;12)(p21;p13) CCND3/ETV6 in lymphoid malignancies
t(7;12)(p12;q13) HMGA2 truncated
t(7;12)(q34;p13) TRB/CCND2
t(7;12)(q36;p13) MNX1/ETV6
t(8;12)(p12;p11) FGFR1OP2/FGFR1
t(8;12)(p12;q15) CPSF6/FGFR1
t(8;12)(q12;p13)
t(8;12)(q13;p13) ETV6/NCOA2
t(8;12)(q22;q13) HMGA2/?
t(8;12)(q24;p12) LRMP/MYC
t(8;12)(q24;q22) BTG1/MYC
t(9;12)(p24;p13) ETV6/JAK2
t(9;12)(q22;p12) ETV6/SYK
t(9;12)(q34;p13) ETV6/ABL1
t(10;12)(q24;p13) ETV6/GOT1
t(11;12)(p15;p13) NUP98/KDM5A
t(11;12)(p15;q13) NUP98/?
t(11;12)(q23;q13) /HMGA2
t(11;12)(q23;q13) KMT2A/SARNP
t(12;12)(p13;q13) HMGA2/?
t(12;12)(p13;q13) ETV6/BAZ2A
t(12;13)(p13;q12) ETV6/FLT3
t(12;13)(p13;q14) LIN00598/ETV6
t(12;14)(p13;q11)
t(12;14)(p13;q32) IGH/ETV6
t(12;14)(p13;q32) IGH/CCND2
t(12;14)(q13;q31) HMGA2/?
t(12;15)(p13;q25) ETV6/NTRK3
t(12;17)(p13;p13) ETV6/PER1
t(12;17)(p13;q11) TAF15/ZNF384
t(12;17)(p11;q11) in AML
t(12;18)(p13;q12) ETV6/SETBP1
t(12;19)(p13;p13) TCF3/ZNF384
t(12;19)(q13;q13)
t(12;20)(q15;q11.2) HMGA2 truncated
t(12;21)(p13;q22) ETV6/RUNX1
t(12;21)(q12;q22) RUNX1 truncated
t(12;21)(q24;q22) RUNX1/?
t(12;22)(p13;q11) IGL/CCND2
t(12;22)(p13;q12) MN1/ETV6
t(12;22)(p13;q12) EWSR1/ZNF384

Solid Tumors     

del(12)(p13p13) ANO2/FBXL14
del(12)(q12q13) RPAP3/SCAF11
inv(12)(p13p13) C12orf4/CD9
inv(12)(p13p13) ERC1/ANO2
inv(12)(q13q13) NAB2/STAT6
t(1;12)(p34;q24) TRIT1/EP400
t(1;12)(p32;q14) PPAP2B/HMGA2
t(1;12)(p32;q14) PPAP2B/HMGA2
t(2;12)(p23;p13) CACNA2D4/WDR43
t(2;12)(p23;p11) PPFIBP1/ALK
t(2;12)(p23;p11) PPFIBP1/ALK
t(2;12)(q37;q14) HMGA2/ACKR3
t(2;12)(q37;q14) HMGA2/ACKR3
t(3;12)(q13;p11) NAA50/MRPS35
t(3;12)(q27;q15) HMGA2/LPP
t(3;12)(q28;q15) HMGA2/LPP
t(3;12)(q28;q15) HMGA2/LPP
t(4;12)(q12;q12) SCAF11/PDGFRA
t(5;12)(q33;q14) HMGA2/EBF1
t(5;12)(q33;q14) HMGA2/EBF1
t(5;12)(q33;q14) GRIP1/TNIP1
t(6;12)(p21;q24) EP400/PHF1
t(6;12)(q22;q14.1) LRIG3/ROS1
t(6;12)(q22;q14) LRIG3/ROS1
t(7;12)(p22;q13) ACTB/GLI1
t(7;12)(p22;q13) ACTB/GLI1
t(7;12)(q31;q14) HMGA2/COG5
t(8;12)(p12;q15) HMGA2
t(8;12)(p12;q15) HMGA2
t(8;12)(q22;q14) HMGA2/COX6C
t(9;12)(p22;q14) HMGA2/NFIB
t(9;12)(p22;q14) HMGA2/NFIB
t(9;12)(p13;q23) APAF1/TLN1
t(9;12)(p13;q23) APAF1/UNC13B
t(10;12)(q26;q24) FGFR2/CIT
t(11;12)(q23;q15) HMGA2
t(11;12)(q23;q15) HMGA2
t(12;12)(p13;p13) ENO2/ACRBP
t(12;12)(q13;q14) SLC16A7/MUCL1
t(12;12)(q14;q21) PAWR/GNS
t(12;12)(q15;q21) RAB21/FRS2
t(12;12)(q23;q23) CHPT1/UTP20
t(12;12)(q23;q24) TXNRD1/GPR133
t(12;12)(q24;q24) CIT/RFC5
t(12;12)(q24;q24) NCOR2/SCARB1
t(12;13)(q14;q13) HMGA2/LHFP
t(12;13)(q14;q13) HMGA2/LHFP
t(12;14)(q14;q11) HMGA2/CCNB1IP1
t(12;14)(q14;q24) HMGA2/RAD51B
t(12;14)(q15;q24) HMGA2
t(12;15)(p13;q25) ETV6/NTRK3
t(12;15)(p13;q25) ETV6/NTRK3
t(12;15)(p13;q26) ETV6/NTRK3
t(12;16)(p12;q23) KRAS/CDH13
t(12;16)(q13;p11) FUS/ATF1
t(12;16)(q13;p11) FUS/DDIT3
t(12;16)(q13;p11) FUS/DDIT3
t(12;16)(q13;p11) FUS/ATF1
t(12;16)(q13;p11) FUS/DDIT3
t(12;16)(q24;q24) ZDHHC7/ABCB9
t(12;17)(q14;q25) RASSF3/TTYH2
t(12;22)(q13;q12) EWSR1/ATF1
t(12;22)(q13;q12) EWSR1/ATF1
t(12;22)(q13;q12) EWSR1/DDIT3
t(12;22)(q13;q12) EWSR1/ATF1
t(12;22)(q13;q12) EWSR1/DDIT3
t(12;22)(q13;q12) EWSR1/ATF1
t(12;22)(q13;q12) EWSR1/DDIT3
t(12;22)(q13;q12) EWSR1/ATF1

Cancer prone diseases     

Familial liver adenomatosis
LEOPARD syndrome
Noonan syndrome

All Genes by Location (Kb)

Chromosome 12 by location

Losses / Amplicons     

BONE/SOFT TISSUE



External links     

  • Chromosome 12 - HUGO Chromosomes
  • Chromosome 12 - GoldenPath - Santa Cruz
  • Chromosome 12 - Ensembl Project
  • Chromosome 12 - Map View - NCBI
  • Chromosome 12 - OMIM Gene map
  • Chromosome 12 - Genomic Variants
  • Chromosome 12 - HAPMAP Project
  • Chromosome 12 - Genome Channel - ORNL
  • Chromosome 12 - LaunchPad HGMIS
  • Chromosome 12 - Human Protein Atlas
  • Chromosome 12 - Array BAC clone - Roswell Park Cancer Institute
  • Chromosome 12 - Human BAC Resource (NCBI)
  • Chromosome 12 FISH-mapped BACs (CCAP)
  • Genetic Maps (CHLC)
  • YACs mapped by FISH (Bari)
  • PCP (Partial Chromosome Paints) (Bari)
  • Mouse homology - OMIM - NCBI
  • Chromosome 12 Cancer GeneWeb
  • Human Proteomics Initiative (UniProt)
  • Cytogenetic marker FISH (Abbott)
  • FISH Probes DAKO
  • SureFISH Probes
  • CytoCell
  • Kreatech Diagnostic/

  • Genes

    Annotated genes
    Ordered by Name Ordered by Location
     Kb pter-qter
    ACVRL1 52301.202 12q13.13
    AGAP2 58118.076 12q13.2
    ALDH2 112204.691 12q24.12
    APAF1 99039.078 12q23
    ASCL1 103351.452 12q22-q23
    ATF1 51157.789 12q13
    BCL2L14 12224.402 12p13-p12
    C12orf5 4430.359 12p13.32
    CD9 6309.482 12p13
    CDK4 58141.510 12q13
    CDKN1B 12870.204 12p13.1-p12
    CHFR 133416.938 12q24.33
    CHST11 104850.692 12q23.3
    CLEC1B 10145.662 12p13.31
    CPM 69244.956 12q15
    DDIT3 57910.371 12q13.1-q13.2
    DENR 123237.371 12q24.31
    DGKA 56324.946 12q13.3
    DIABLO 122692.209 12q24.31
    DRAM1 102271.105 12q23.2
    DUSP6 89741.602 12q22-q23
    EIF4B 53400.062 12q13.13
    EP400 132434.465 12q24.33
    EPS8 15773.075 12p12.3
    ERBB3 56473.892 12q13
    ERC1 1100.404 12p13.3
    ETV6 11802.788 12p13
    FOXM1 2966.847 12p13
    GALNT6 51745.833 12q13
    GLI1 57853.918 12q13.2-q13.3
    GPRC5A 13043.956 12p13-p12.3
    GUCY2C 14765.568 12p12
    HMGA2 66218.240 12q15
    HOXC13 54332.576 12q13.13
    HOXC8 54402.890 12q13.13
    HRK 117298.225 12q24.2
    HSPB8 119616.595 12q24.23
    IGF1 102789.645 12q23.2
    IGFBP6 53491.436 12q13
    IL22 68642.025 12q15
    IL23A 56732.663 12q13.13
    ING4 6759.704 12p13.32
    KDM5A 389.223 12p13.33
    KITLG 88886.570 12q22
    KLRK1 10524.952 12p13.2-p12.3
    KRAS 25357.723 12p12.1
    LRIG3 59265.937 12q13.2
    MDM2 69202.797 12q13-q14
    METAP2 95867.822 12q22
    MIR141 7073.260 12p13.31
    MIR200C 7072.862 12p13.31
    MIR331 95702.196 12q22
    MMP19 56229.214 12q14
    MYO1A 57422.301 12q13-q15
    NANOG 7941.995 12p13.31
    NR1H4 100867.551 12q23.1
    NR4A1 52416.616 12q13
    NUAK1 106457.125 12q23.3
    P2RX7 121570.631 12q24
    PA2G4 56498.103 12q13.2
    PAWR 79985.745 12q21.2
    PEBP1 118573.870 12q24
    PHLDA1 76419.227 12q15
    PIWIL1 130822.433 12q24.33
    PRKAB1 120105.761 12q24.1-q24.3
    PTHLH 28115.254 12p12.1-p11.2
    PTPN11 112856.536 12q24.1
    PTPN6 7060.434 12p13.31
    PTPRR 71031.853 12q15
    PXN 120648.242 12q24
    RAD52 1021.255 12p13-p12.2
    RAN 131356.617 12
    RAP1B 69004.619 12q14
    RECQL 21621.844 12p12.1
    SARNP 56151.054 12q13.2
    SLC5A8 101549.994 12q23.1
    SOCS2 93964.175 12q
    TBX3 115108.059 12q24.1
    TRIAP1 120881.764 12q24.31
    TSPAN8 71518.877 12q14.1-q21.1
    USP15 62654.121 12q14
    WIF1 65444.404 12q14.2
    WNT1 49372.236 12q13
    ZNF384 6775.643 12p12
    Other genes
    possibly implicated
    in cancer
    Ordered by Name Ordered by Location
     Kb pter-qter
    A2M 9220.304 12p13.31
    A2M-AS1 9217.773 12p13.31
    A2ML1 8997.600 12p13
    A2MP1 9381.129 12p13.31
    AAAS 53701.240 12q13
    AACS 125549.925 12q24.31
    ABCB9 123413.539 12q24
    ABCC9 21958.108 12p12.1
    ABCD2 39945.022 12q12
    ACACB 109577.202 12q24.1
    ACAD10 112123.857 12q24.12
    ACADS 121163.571 12q24.31
    ACRBP 6747.242 12p13.31
    ACSM4 7456.928 12p13.31
    ACSS3 81471.809 12q21.31
    ACTR6 100593.865 12q23.1
    ACVR1B 52345.451 12q13
    ADAM1A 112336.867 12q24.13
    ADAMTS20 43748.012 12q12
    ADCY6 49159.975 12q12-q13
    ADIPOR2 1800.247 12p13
    AEBP2 19592.608 12p12.3
    AGAP2-AS1 58120.023 12q14.1
    AICDA 8754.762 12p13
    AKAP3 4724.674 12p13.3
    ALDH1L2 105413.562 12q23.3
    ALG10 34175.216 12p11.21
    ALG10B 38710.557 12q12
    ALKBH2 109525.993 12q24.11
    ALX1 85674.036 12q21.31
    AMDHD1 96337.071 12q23.1
    AMHR2 53817.639 12q13
    AMIGO2 47470.383 12q13.11
    AMN1 31824.071 12p11.21
    ANAPC5 121746.048 12q24
    ANAPC7 110813.272 12q13.12
    ANHX 133794.898 12q24.33
    ANKLE2 133302.253 12q24.33
    ANKRD13A 110437.235 12q24.12
    ANKRD33 52281.793 12q13.13
    ANKRD52 56631.591 12q13.3
    ANKS1B 99137.752 12q23.1
    ANO2 5671.817 12p13.3
    ANO4 101188.374 12q23.3
    ANO6 45609.770 12q12-q13.11
    ANP32D 48866.448 12q13.12
    APOBEC1 7801.996 12p13.1
    APOF 56754.355 12q13
    APOLD1 12878.851 12p13.2
    APPL2 105567.075 12q24.1
    AQP2 50344.524 12q12-q13
    AQP5 50355.279 12q13
    AQP6 50366.620 12q13
    ARF3 49329.992 12q13.12
    ARHGAP9 57866.038 12q13.3
    ARHGDIB 15094.950 12p12.3
    ARHGEF25 58003.963 12q13.3
    ARID2 46123.620 12q13.11
    ARL1 101786.903 12q23.3
    ARL6IP4 123464.607 12q24.31
    ARNTL2 27485.787 12p12.2-p11.2
    ARNTL2-AS1 27542.722 12p11.23
    ARPC3 110872.695 12q24
    ART4 14982.245 12q13.2-q13.3
    ASB8 48541.572 12q13.11
    ASCL4 108168.162 12q24.11
    ASIC1 50451.420 12q12
    ASUN 27058.112 12p12.3
    ATF7 53905.843 12q13
    ATF7IP 14518.566 12p13.1
    ATG101 52463.758 12q13.13
    ATN1 7033.626 12p
    ATP2A2 110719.032 12q24.11
    ATP2B1 89981.826 12q21.33
    ATP5B 57031.959 12p13.3
    ATP5G2 54058.944 12q13.13
    ATP6V0A2 124196.865 12q24.31
    ATXN2 111890.018 12q23-q24.1
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    AVIL 58191.160 12q13.11
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    ZNF84 133613.872 12q24.33
    ZNF891 133696.555 12q24.33

    Contributor(s)

    WrittenJul 2004Philippe Dessen, Sakari Knuutila, Jean-Loup Huret
    UpdatedDec 2014Philippe Dessen, Jean-Loup Huret

    Citation

    This paper should be referenced as such :
    Dessen P, Knuutila S, Huret JL . Chromosome . Atlas Genet Cytogenet Oncol Haematol. Jul 2004 .
    URL : http://AtlasGeneticsOncology.org/Indexbychrom/idxa_12.html
    Dessen P, Huret JL . Chromosome . Atlas Genet Cytogenet Oncol Haematol. Dec 2014 .
    URL : http://AtlasGeneticsOncology.org/Indexbychrom/idxa_12.html
    © Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology
    indexed on : Sun Dec 21 03:38:56 CET 2014


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