Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology


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Chromosome 12

Chromosome 12 : G-banding, diagram and R-banding; left: endoreplication - Claude Léonard, Jean-Loup Huret

Leukaemia     

t(1;12)(q25;p13)
t(1;12)(p36;p13)
t(1;12)(q21;p13) (AML, ALL; ARNT and ETV6; rare)
t(2;12)(q31;p13)
t(3;12)(q26;p13)
t(3;12)(q26;q21)
t(3;12)(q27;p13) (NHL; BCL6 and GAPD; rare)
t(3;12)(q27;q12) (NHL; BCL6 and LRMP; rare)
t(3;12)(q27;q23) (NHL; BCL6 and NACA; rare)
t(4;12)(q11-q21;p13)
t(4;12)(p16;p13)
t(5;12)(q33;p13)
t(5;12)(q31;p13) in MDS, AML and AEL
t(6;12)(p21;p13) in lymphoid malignancies
t(6;12)(q15;p13)/NHL (AML, T-CLD; - ; rare)
t(6;12)(q21-22;p13) (AML, B-ALL, T-ALL, CLD; FRK and ETV6 in AML; rare)
t(6;12)(q22-23;p13) (Cell line (B-ALL); STL and ETV6; rare)
t(7;12)(q36;p13)
t(7;12)(p12;q13)
t(7;12)(q34;p13)
t(8;12)(p12;p11)
t(8;12)(q12;p13)
t(8;12)(q22;q13)
t(8;12)(q24;q22)
t(9;12)(p24;p13)
dic(9;12)(p13;p13)
t(9;12)(q22;p12)
t(9;12)(q34;p13)
t(11;12)(p15;p13)
t(11;12)(q23;q13) (/HMGA2)
t(11;12)(q23;q13) (MLL/CIP29)
12p13 rearrangements in treatment related leukemia
12p rearrangements in ALL
12p abnormalities in myeloid malignancies
12p rearrangements in CLL
+12 or trisomy 12
t(12;12)(p13;q13)
t(12;13)(p12;q12-14)
t(12;13)(p13;q12) (MPD; ETV6 and FLT3; rare)
t(12;13)(p13;q14) (B-ALL; ETV6 and TTL; rare)
t(12;14)(p13;q11)
t(12;14)(p13;q32)
t(12;14)(q13;q31)
t(12;15)(p13;q25)
t(12;17)(p11;q11) in AML
t(12;17)(p13;q11-21) in ALL
t(12;20)(q15;q11.2).
t(12;21)(p12;q22)
t(12;21)(q12;q22)
t(12;21)(q24;q22)
t(12;22)(p13;q11-12)
t(12;22)(p13;q11) (NHL; CCND2 and IgL; rare)
t(12;22)(p13;q11) (AML; MN1 and ETV6; rare)
t(14;22)(q32;q11) (MPD, AML, ALL, T-NHL, CLD; -; not rare)

Solid Tumors     

t(3;12)(q27;q15)
t(3;12)(q28;q15)
t(3;12)(q27;q15)
t(7;12)(q22;q13-14)
t(7;12)(p22;q13)
t(8;12)(p12;q15)
t(11;12)(q23;q15)
+12
t(11;16)(q13;p13)
t(12;14)(q15;q24)
t(12;14)(q14-15;q22-24)
t(12;15)(p13;q25)
t(11;22)(q24;q12)
t(12;16)(q13;p11)
t(12;16)(q13;p11)
t(12;16)(q13;p11)
t(12;15)(p13;q26)
t(12;22)(q13;q12)
t(12;22)(q13;q12)
t(12;22)(q13;q12)
t(12;22)(q13;q12)
t(12;22)(q13;q12)
t(12;16)(q13;p11)

Cancer prone diseases     

Familial liver adenomatosis
LEOPARD syndrome
Noonan syndrome

All Genes by Location (Kb)

Chromosome 12 by location

Losses / Amplicons     

BONE/SOFT TISSUE



External links     

  • Chromosome 12 - HUGO Chromosomes
  • Chromosome 12 - GoldenPath - Santa Cruz
  • Chromosome 12 - Ensembl Project
  • Chromosome 12 - Map View - NCBI
  • Chromosome 12 - GDB (Genome Data Base)
  • Chromosome 12 - OMIM Gene map
  • Chromosome 12 - Genomic Variants
  • Chromosome 12 - HAPMAP Project
  • Chromosome 12 - Genome Channel - ORNL
  • Chromosome 12 - LaunchPad HGMIS
  • Chromosome 12 - Human Protein Atlas
  • Chromosome 12 - SpliceNest
  • Human BAC Resource (NCBI)
  • FISH-mapped BACs (CCAP)
  • Genetic Maps (CHLC)
  • YACs mapped by FISH (Bari)
  • PCP (Partial Chromosome Paints) (Bari)
  • Positional Cloning Project (Berlin Dahlem)
  • Mouse homology - OMIM - NCBI
  • Cancer GeneWeb
  • GeneCards (Weizmann)
  • Human Proteomics Initiative (Expasy)

  • Genes

    Annotated genes
    Ordered by Name Ordered by Location
     Kb pter-qter
    ALDH2 110688.729 12q24.2
    APAF1 97563.209 12q23
    ASCL1 101875.594 12q22-q23
    ATF1 49444.086 12q13
    CDK4 56428.272 12q14
    CDKN1B 12761.576 12p13.1-p12
    CENTG1 56405.262 12q14.1
    CHFR 131927.011 12q24.33
    CIP29 54437.325 12q13.2
    DDIT3 56196.640 12q13.1-q13.2
    DRAM 100795.236 12q23.2
    EP400 131000.461 12q24.33
    ERC1 970.665 12p13.3
    ETV6 11694.055 12p13
    FOXM1 2837.111 12p13
    GLI1 56140.201 12q13.2-q13.3
    HMGA2 64504.507 12q15
    JARID1A 259.484 12p11
    KITLG 87410.700 12q22
    KLRK1 10416.220 12p13.2-p12.3
    KRAS 25249.447 12p12.1
    MDM2 67488.247 12q14.3-q15
    P2RX7 120055.061 12q24
    PAWR 78509.878 12q21
    PEBP1 117058.253 12q24.23
    PRKAB1 118590.144 12q24.1
    PTHLH 28006.522 12p12.1-p11.2
    PTPN11 111340.919 12q24
    RAP1B 67290.919 12q14
    RECQL 21514.354 12p12
    SOCS2 92487.729 12q
    ZNF384 6645.905 12p12
    Other genes
    possibly implicated
    in cancer
    Ordered by Name Ordered by Location
     Kb pter-qter
    A2M 9111.571 12p13.3-p12.3
    ABCB9 121979.492 12q24
    ACACB 108061.585 12q24.11
    ACCN2 48737.754 12q12
    ACRBP 6617.503 12p13.31
    ACVR1B 50631.753 12q13
    ACVRL1 50592.380 12q11-q14
    ADAMTS20 42034.279 12q12
    ADCY6 47446.248 12q12-q13
    ADIPOR2 1670.508 12p13.31
    AICDA 8646.029 12p13
    AKAP3 4594.938 12p13.3
    ALKBH2 108010.379 12q24.11
    AMHR2 52103.908 12q13
    AMIGO2 45755.757 12q13.11
    ANAPC5 120230.544 12q24.31
    ANAPC7 109296.333 12q24.11
    ANKS1B 97653.202 12q23.1
    ANP32D 47152.715 12q13.11
    APOBEC1 7693.264 12p13.1
    APPL2 104091.205 12q24.1
    ARF3 47616.260 12q13
    ARHGAP9 56152.305 12q14
    ARHGDIB 14986.217 12p12.3
    ARL1 100311.053 12q23.2
    ATP2A2 109203.815 12q23-q24.1
    ATP2B1 88505.959 12q21.3
    B4GALNT1 56305.818 12q13.3
    B4GALNT3 439.804 12p13.33
    BCAT1 24855.548 12pter-q12
    BCL2L14 12115.669 12p13-p12
    BCL7A 120944.244 12q24.13
    BLOC1S1 54396.088 12q13-q14
    BRAP 110566.279 12q24
    BTG1 91061.034 12q22
    C12orf49 115637.979 12q24.22
    CACNA1C 2032.725 12p13.3
    CAMKK2 120159.880 12q24.2
    CASC1 25152.490 12p12.1
    CBX5 52921.678 12q13.13
    CCDC41 93226.189 12q22
    CCND2 4253.199 12p13
    CCNT1 47373.019 12pter-qter
    CD27 6424.312 12p13
    CD4 6768.912 12pter-p12
    CD63 54405.498 12q12-q13
    CD69 9796.353 12p13-p12
    CD9 6179.816 12p13.3
    CDK2 54646.826 12q13
    CDK2AP1 122311.493 12q24.31
    CHD4 6549.510 12p13
    CHPT1 100615.548 12q
    CIT 118607.981 12q24
    CKAP4 105155.922 12q23.3
    CLEC12A 10015.281 12p13.2
    CLEC1B 10036.929 12p13.2
    CLIP1 121321.934 12q24.3
    CLLU1 91341.866 12q22
    CLLU1OS 91338.001 12q22
    CNOT2 68923.044 12q15
    CNTN1 39372.625 12q11-q12
    COL2A1 46653.016 12q13.11-q13.2
    COPS7A 6703.482 12p13.31
    CPNE8 37332.269 12q12
    CRADD 92595.282 12q21.33-q23.1
    CREBL2 12656.098 12p13
    CRY1 105909.272 12q23-q24.1
    CS 54951.750 12q13.2-q13.3
    CSAD 51837.715 12q13.11-q14.3
    CSAG4 91341.866 Xq28
    CSDA 10742.956 12p13.1
    CSRP2 75776.627 12q21.1
    CTDSP2 56499.978 12q13-q15
    CYP27B1 56442.385 12q13.1-q13.3
    DCD 53324.644 12q13.1
    DCN 90063.167 12q21.33
    DCTN2 56210.361 12q13.2-q13.3
    DDX11 31118.046 12p11
    DDX12 9461.568 12p13.31
    DDX23 47509.807 12q13.12
    DDX47 12857.547 12p13.1
    DDX51 131187.093 12q24.33
    DDX54 112079.369 12q24.13
    DDX55 122652.625 12q24.31
    DGKA 54612.079 12q13.3
    DHX37 123997.326 12q24.31
    DIABLO 121258.163 12q24.31
    DNAJC14 54501.011 12q13.2
    DPPA3 7755.356 12p13.31
    DTX1 111980.045 12q24.13
    DUSP6 88265.970 12q22-q23
    DYNLL1 119418.242 12q24.23
    DYRK2 66328.779 12q15
    DYRK4 4569.505 12p13.32
    E2F7 75939.157 12q21.2
    EEA1 91690.417 12q22
    ELK3 95112.338 12q23
    EMP1 13240.924 12p12.3
    ENO2 6893.875 12p13
    EPS8 15664.343 12q13
    ERBB3 54760.159 12q13
    ERGIC2 29384.846 12p11.22
    ERP29 110935.535 12q24.13
    ESPL1 51948.350 12q
    FAIM2 48546.947 12q13
    FAM119B 56452.650 12q14.1
    FGD4 32546.361 12p11.21
    FGF23 4347.654 12p13.3
    FGF6 4413.569 12p13
    FGFR1OP2 26982.583 12p11.23
    FKBP4 2774.414 12p13.33
    FLJ13236 48027.308 12q13.12
    FOXJ2 8076.626 12p13.31
    FOXN4 108200.167 12q24.11
    FZD10 129212.985 12q24.33
    GAPDH 6513.918 12p13
    GDF11 54423.334 12q13.2
    GDF3 7733.649 12p13.1
    GEFT 56291.485 12q13.3
    GIT2 108851.992 12q24.1
    GLIPR1 74160.780 12q21.2
    GLS2 55151.004 12q13
    GNB3 6819.636 12p13
    GNS 63393.491 12q14
    GOLGA3 131855.568 12q24.33
    GPR19 12705.263 12p12.3
    GPRC5A 12935.223 12p13-p12.3
    GRIN2B 13605.411 12p12
    GRIP1 65029.066 12q14.3
    GTF2H3 122684.334 12q24.31
    GUCY2C 14656.843 12p12
    HDAC7 46462.774 12q13.1
    HIST4H4 14814.922 12p12.3
    HNF1A 119900.932 12q22-qter|12q24.2
    HNRNPA1 52960.755 12q13.1
    HOXC10 52665.213 12q13.3
    HOXC11 52653.177 12q13.3
    HOXC13 52618.843 12q13.3
    HOXC6 52696.909 12q13.3
    HOXC8 52689.157 12q13.3
    HRK 115783.411 12q24.22
    HSP90B1 102848.319 12q24.2-q24.3
    HSPB8 118100.978 12q24.23
    IAPP 21417.085 12p12.3-p12.1
    IFFO 6518.956 12p13.3
    IFNG 66834.817 12q14
    IFT81 109046.687 12q24.13
    IGF1 101316.718 12q22-q23
    IGFBP6 51777.703 12q13
    IKIP 97531.314 12q23.1
    IL23A 55018.930 12q13.2
    ING4 6629.707 12p13.31
    INHBC 56114.810 12q13.1
    IPO8 30673.190 12p11.21
    IRAK3 64869.284 12q14.3
    IRAK4 42439.047 12q12
    ITGA5 53075.314 12q11-q13
    ITGA7 54364.623 12q13
    ITGB7 51871.375 12q13.13
    ITPR2 26379.554 12p11
    KCNA5 5023.346 12p13
    KLRB1 9639.138 12p13
    KLRC1 10489.904 12p13
    KLRC2 10474.471 12p13
    KLRC3 10459.450 12p13
    KLRC4 10451.252 12p13.2-p12.3
    KLRG1 9033.488 12p12-p13
    KNTC1 121577.762 12q24.31
    KRT18 51628.922 12q13
    KRT5 51194.628 12q12-q13
    KRT6A 51167.225 12q12-q13
    KRT7 50913.221 12q12-q13
    KRT8 51577.238 12q13
    KRT80 50849.047 12q13.13
    KRT81 50965.966 12q13
    KRT86 50981.916 12q13
    KSR2 116375.222 12q24.22-q24.23
    LACRT 53310.890 12q13
    LAG3 6751.931 12p13.32
    LALBA 47247.735 12q13
    LDHB 21679.545 12p12.2-p12.1
    LEMD3 63849.638 12q14
    LETMD1 49728.351 12q13.13
    LGR5 70120.080 12q22-q23
    LIMA1 48855.840 12q13
    LMO3 16592.574 12p12.3
    LOC204010 64438.094 12q14.3
    LOC359794 7755.317 Yp11.2
    LOH12CR1 12401.322 12p12
    LRIG3 57552.205 12q14.1
    LRMP 25096.508 12p12.1
    LRP1 55808.549 12q13-q14
    LRP6 12160.228 12p11-p13
    LRRK2 38905.081 12q12
    LTA4H 94918.742 12q22
    LTBR 6363.618 12p13
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    ZNF10 132217.287 12q24.33

    GeneCards   GDB - List of genes


    This page should be referenced as such :
    Dessen P, Knuutila S, Huret JL Chromosome 12. Atlas Genet Cytogenet Oncol Haematol. 2002.
    URL : http://AtlasGeneticsOncology.org/Indexbychrom/idxa_12.html
    © Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology
    indexed on : Tue Jul 1 08:53:35 2008

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