Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology


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Chromosome 12

Chromosome 12 : G-banding, diagram and R-banding; left: endoreplication - Claude Léonard, Jean-Loup Huret
Chromosome 12 diagrams ISCN 2009 - Courtesy Nicole Chia

Leukaemia     

12p13 rearrangements (ETV6) in treatment related leukemia
12p rearrangements (ETV6) in ALL
12p abnormalities in myeloid malignancies
12p rearrangements in CLL
dic(9;12)(p13;p13) PAX5/ETV6
dic(9;12)(p13;p12) PAX5/SLCO1B3
+12 or trisomy 12
inv(12)(p13q15) ETV6/PTPRR
ins(12;8)(p11;p12p22)
t(1;12)(p36;p13) ETV6/MDS2
t(1;12)(q21;p13) ETV6/ARNT
t(1;12)(q21;q24)
t(1;12)(q25;p13) ETV6/ABL2
t(2;12)(p12;p13) IGH/CCND2
t(2;12)(q31;p13) ETV6/?
t(3;12)(q26;p13) ETV6/MECOM
t(3;12)(q26;q21) ?/MECOM
t(3;12)(q27;p13) GAPDH/BCL6
t(3;12)(q27;p12) LRMP/BCL6
t(4;12)(p16;p13) ETV6/FGFR3
t(4;12)(q12;p13) PDGFRA/ETV6
t(4;12)(q12;p13) CHIC2/ETV6
t(5;12)(p13;p13) NIPBL/ETV6
t(5;12)(q13;p13) ?/ETV6
t(5;12)(q31;p13) ETV6/ACSL6 in MDS,AML and AEL
t(5;12)(q33;p13) ERC1/PDGFRB
t(5;12)(q33;p13) ETV6/PDGFRB
t(5;12)(q33;q24) GIT2/PDGFRB
t(6;12)(p21;p13) CCND3/ETV6 in lymphoid malignancies
t(7;12)(p12;q13) HMGA2 truncated
t(7;12)(q34;p13) TRB/CCND2
t(7;12)(q36;p13) MNX1/ETV6
t(8;12)(p12;p11) FGFR1OP2/FGFR1
t(8;12)(p12;q15) CPSF6/FGFR1
t(8;12)(q12;p13)
t(8;12)(q13;p13) ETV6/NCOA2
t(8;12)(q22;q13) HMGA2/?
t(8;12)(q24;p12) LRMP/MYC
t(8;12)(q24;q22) BTG1/MYC
t(9;12)(p24;p13) ETV6/JAK2
t(9;12)(q22;p12) ETV6/SYK
t(9;12)(q34;p13) ETV6/ABL1
t(10;12)(q24;p13) ETV6/GOT1
t(11;12)(p15;p13) NUP98/KDM5A
t(11;12)(p15;q13) NUP98/?
t(11;12)(q23;q13) /HMGA2
t(11;12)(q23;q13) KTM2A/SARNP
t(12;12)(p13;q13) HMGA2/?
t(12;12)(p13;q13) ETV6/BAZ2A
t(12;13)(p13;q12) ETV6/FLT3
t(12;13)(p13;q14) LIN00598/ETV6
t(12;13)(p12;q12-14) ETV6/CDX2
t(12;14)(p13;q11)
t(12;14)(p13;q32) IGH/ETV6
t(12;14)(p13;q32)
t(12;14)(q13;q31) HMGA2/?
t(12;15)(p13;q25) ETV6/NTRK3
t(12;17)(p13;p13) ETV6/PER1
t(12;17)(p13;q11) TAF15/ZNF384
t(12;17)(p13;q11-21) in ALL
t(12;17)(p11;q11) in AML
t(12;18)(p13;q12) ETV6/SETBP1
t(12;19)(p13;p13) TCF3/ZNF384
t(12;19)(q13;q13)
t(12;20)(q15;q11.2) HMGA2 truncated
t(12;21)(p13;q22) ETV6/RUNX1
t(12;21)(q12;q22) RUNX1 truncated
t(12;21)(q24;q22) RUNX1/?
t(12;22)(p13;q11)
t(12;22)(p13;q12) EWSR1/ZNF384
t(12;22)(p13;q12) MN1/ETV6

Solid Tumors     

inv(12)(q13q13) NAB2/STAT6
t(1;12)(p32;q14) PPAP2/HMGA2
t(1;12)(p32;q14) PPAP2B/HMGA2
t(2;12)(p23;p11) PPFIBP1/ALK
t(2;12)(p23;p11) PPFIBP1/ALK
t(2;12)(q37;q14) HMGA2/ACKR3
t(2;12)(q37;q14) HMGA2/ACKR3
t(3;12)(q27;q15) HMGA2/LPP
t(3;12)(q28;q15) HMGA2/LPP
t(3;12)(q28;q15) HMGA2/LPP
t(5;12)(q33;q14) HMGA2/EBF1
t(5;12)(q33;q14) HMGA2/EBF1
t(6;12)(p21;q24) EP400/PHF1
t(6;12)(q22;q14.1) LRIG3/ROS1
t(7;12)(p22;q13) ACTB/GLI1
t(7;12)(p22;q13) ACTB/GLI1
t(7;12)(q22;q13-14) HMGA2
t(7;12)(q22;q13-14) HMGA2
t(7;12)(q31;q14) HMGA2/COG5
t(8;12)(p12;q15) HMGA2
t(8;12)(p12;q15) HMGA2
t(8;12)(q22;q14) HMGA2/COX6C
t(9;12)(p22;q14) HMGA2/NFIB
t(9;12)(p22;q14) HMGA2/NFIB
t(11;12)(q23;q15) HMGA2
t(11;12)(q23;q15) HMGA2
t(12;13)(q14;q13) HMGA2/LHFP
t(12;13)(q14;q13) HMGA2/LHFP
t(12;14)(q14;q11) HMGA2/CCNB1IP1
t(12;14)(q14;q24) HMGA2/RAD51B
t(12;14)(q15;q24) HMGA2
t(12;15)(p13;q25) ETV6/NTRK3
t(12;15)(p13;q25) ETV6/NTRK3
t(12;15)(p13;q26) ETV6/NTRK3
t(12;16)(q13;p11) FUS/ATF1
t(12;16)(q13;p11) FUS/DDIT3
t(12;16)(q13;p11) FUS/DDIT3
t(12;16)(q13;p11) FUS/ATF1
t(12;16)(q13;p11) FUS/DDIT3
t(12;16)(q24;q24) ZDHHC7/ABCB9
t(12;22)(q13;q12) EWSR1/ATF1
t(12;22)(q13;q12) EWSR1/ATF1
t(12;22)(q13;q12) EWSR1/DDIT3
t(12;22)(q13;q12) EWSR1/ATF1
t(12;22)(q13;q12) EWSR1/DDIT3
t(12;22)(q13;q12) EWSR1/ATF1
t(12;22)(q13;q12) EWSR1/DDIT3
t(12;22)(q13;q12) EWSR1/ATF1

Cancer prone diseases     

Familial liver adenomatosis
LEOPARD syndrome
Noonan syndrome

All Genes by Location (Kb)

Chromosome 12 by location

Losses / Amplicons     

BONE/SOFT TISSUE



External links     

  • Chromosome 12 - HUGO Chromosomes
  • Chromosome 12 - GoldenPath - Santa Cruz
  • Chromosome 12 - Ensembl Project
  • Chromosome 12 - Map View - NCBI
  • Chromosome 12 - OMIM Gene map
  • Chromosome 12 - Genomic Variants
  • Chromosome 12 - HAPMAP Project
  • Chromosome 12 - Genome Channel - ORNL
  • Chromosome 12 - LaunchPad HGMIS
  • Chromosome 12 - Human Protein Atlas
  • Chromosome 12 - Array BAC clone - Roswell Park Cancer Institute
  • Chromosome 12 - Human BAC Resource (NCBI)
  • Chromosome 12 FISH-mapped BACs (CCAP)
  • Genetic Maps (CHLC)
  • YACs mapped by FISH (Bari)
  • PCP (Partial Chromosome Paints) (Bari)
  • Mouse homology - OMIM - NCBI
  • Chromosome 12 Cancer GeneWeb
  • Chromosome 12 GeneCards (Weizmann)
  • Human Proteomics Initiative (UniProt)
  • Cytogenetic marker FISH (Abbott)
  • FISH Probes DAKO
  • SureFISH Probes
  • CytoCell
  • Kreatech Diagnostic/
  • Pathology Outlines
  • PubMed Search Chromosome 12

  • Genes

    Annotated genes
    Ordered by Name Ordered by Location
     Kb pter-qter
    ACVRL1 52301.202 12q13.13
    AGAP2 58118.076 12q13.2
    ALDH2 112204.691 12q24.12
    APAF1 99039.078 12q23
    ASCL1 103351.452 12q22-q23
    ATF1 51157.789 12q13
    BCL2L14 12224.402 12p13-p12
    C12orf5 4430.359 12p13.32
    CD9 6309.482 12p13
    CDK4 58141.510 12q13
    CDKN1B 12870.302 12p13.1-p12
    CHFR 133416.938 12q24.33
    CHST11 104850.692 12q23.3
    CLEC1B 10145.662 12p13.31
    CPM 69244.956 12q15
    DDIT3 57910.371 12q13.1-q13.2
    DENR 123237.371 12q24.31
    DGKA 56324.946 12q13.3
    DIABLO 122692.209 12q24.31
    DRAM1 102271.105 12q23.2
    DUSP6 89741.837 12q22-q23
    EP400 132434.465 12q24.33
    EPS8 15773.075 12p12.3
    ERBB3 56473.892 12q13
    ERC1 1100.404 12p13.3
    ETV6 11802.788 12p13
    FOXM1 2966.847 12p13
    GALNT6 51745.833 12q13
    GLI1 57853.918 12q13.2-q13.3
    GPRC5A 13043.956 12p13-p12.3
    GUCY2C 14765.568 12p12
    HMGA2 66218.240 12q15
    HOXC13 54332.576 12q13.13
    HRK 117298.225 12q24.2
    HSPB8 119616.595 12q24.23
    IGF1 102789.645 12q23.2
    IGFBP6 53491.436 12q13
    IL22 68642.025 12q15
    IL23A 56732.663 12q13.13
    ING4 6759.704 12p13.32
    KDM5A 389.223 12p13.33
    KITLG 88886.570 12q22
    KLRK1 10524.952 12p13.2-p12.3
    KRAS 25358.180 12p12.1
    MDM2 69202.797 12q13-q14
    METAP2 95867.822 12q22
    MIR141 7073.260 12p13.31
    MIR200C 7072.862 12p13.31
    MIR331 95702.196 12q22
    MMP19 56229.214 12q14
    MYO1A 57422.301 12q13-q15
    NANOG 7941.995 12p13.31
    NR1H4 100867.551 12q23.1
    NR4A1 52416.616 12q13
    NUAK1 106457.125 12q23.3
    P2RX7 121570.631 12q24
    PA2G4 56498.103 12q13.2
    PAWR 79985.745 12q21.2
    PEBP1 118573.870 12q24
    PHLDA1 76419.227 12q15
    PIWIL1 130822.433 12q24.33
    PRKAB1 120105.761 12q24.1-q24.3
    PTHLH 28115.254 12p12.1-p11.2
    PTPN11 112856.536 12q24.1
    PTPN6 7060.434 12p13.31
    PTPRR 71031.853 12q15
    PXN 120648.242 12q24
    RAD52 1021.255 12p13-p12.2
    RAN 131356.617 12
    RAP1B 69004.619 12q14
    RECQL 21621.844 12p12.1
    SARNP 56151.054 12q13.2
    SLC5A8 101549.994 12q23.1
    SOCS2 93964.175 12q
    TBX3 115108.059 12q24.1
    TRIAP1 120881.764 12q24.31
    TSPAN8 71518.877 12q14.1-q21.1
    USP15 62654.121 12q14
    WIF1 65444.404 12q14.2
    WNT1 49372.236 12q13
    ZNF384 6775.643 12p12
    Other genes
    possibly implicated
    in cancer
    Ordered by Name Ordered by Location
     Kb pter-qter
    A2M 9220.304 12p13.31
    A2MP1 9381.129 12p13.31
    AAAS 53701.240 12q13
    ABCB9 123413.539 12q24
    ABCC9 21958.108 12p12.1
    ACACB 109577.202 12q24.1
    ACRBP 6747.242 12p13.31
    ACVR1B 52345.451 12q13
    ADAMTS20 43748.012 12q12
    ADCY6 49159.975 12q12-q13
    ADIPOR2 1800.247 12p13
    AICDA 8754.762 12p13
    AKAP3 4724.674 12p13.3
    ALKBH2 109525.993 12q24.11
    ALX1 85674.036 12q21.31
    AMHR2 53817.639 12q13
    AMIGO2 47470.383 12q13.11
    ANAPC5 121746.048 12q24
    ANAPC7 110813.272 12q13.12
    ANKS1B 99137.752 12q23.1
    ANP32D 48866.448 12q13.12
    APOBEC1 7801.996 12p13.1
    APOF 56754.355 12q13
    APPL2 105567.075 12q24.1
    AQP2 50344.524 12q12-q13
    AQP5 50355.279 12q13
    ARF3 49329.992 12q13.12
    ARHGAP9 57866.038 12q13.3
    ARHGDIB 15094.950 12p12.3
    ARHGEF25 58003.963 12q13.3
    ARID2 46123.620 12q13.11
    ARL1 101786.903 12q23.3
    ARNTL2 27485.787 12p12.2-p11.2
    ASIC1 50451.420 12q12
    ATF7 53905.843 12q13
    ATF7IP 14518.611 12p13.1
    ATG101 52463.758 12q13.13
    ATP2A2 110719.032 12q24.11
    ATP2B1 89981.826 12q21.33
    ATP5B 57031.959 12p13.3
    ATP6V0A2 124196.865 12q24.31
    ATXN2 111890.018 12q23-q24.1
    AVPR1A 63536.539 12q14-q15
    B4GALNT1 58019.678 12q13.3
    B4GALNT3 569.543 12p13.33
    BAZ2A 56989.380 12q13.3
    BCAT1 24962.958 12p12.1
    BCDIN3D 50229.826 12q13.13
    BCL7A 122459.861 12q24.1
    BHLHE41 26272.959 12p12.1
    BLOC1S1 56109.818 12q13-q14
    BRAP 112079.950 12q24
    BTG1 92534.054 12q21.33
    C12orf42 103695.719 12q23.2
    C12orf49 117153.596 12q24.22
    C12orf75 105724.414 12q23.3
    CACNA1C 2162.416 12p13.3
    CACNA2D4 1901.123 12p13.33
    CAMKK2 121675.495 12q24.2
    CAND1 67663.061 12q14
    CASC1 25261.223 12p12.1
    CASC18 106097.981 -
    CBX5 54624.731 12q13.13
    CCDC41 94702.056 12q22
    CCDC62 123259.056 12q24.31
    CCND2 4382.902 12p13
    CCNT1 49082.241 12q13.11
    CD163 7623.412 12p13
    CD27 6554.051 12p13
    CD4 6898.638 12p13.31
    CD63 56119.227 12q12-q13
    CD69 9905.082 12p13
    CDCA3 6957.972 12p13.31
    CDK17 96672.039 12q23.1
    CDK2 56360.556 12q13
    CDK2AP1 123745.517 12q24
    CERS5 50523.089 12q13.12
    CHD4 6679.248 12p13
    CHPT1 102091.417 12q
    CIT 120123.595 12q24.23
    CKAP4 106631.659 12q23.3
    CLEC12A 10103.915 12p13.31
    CLEC2A 10065.826 12p13.31
    CLEC2B 10004.968 12p13-p12
    CLEC4C 7882.011 12p13.2-p12.3
    CLEC7A 10269.376 12p13.2-p12.3
    CLECL1 9868.456 12p13.31
    CLIP1 122755.981 12q24.3
    CLLU1 92817.735 12q22
    CLLU1OS 92813.870 12q22
    CNOT2 70636.810 12q15
    CNTN1 41086.244 12q11-q12
    COL2A1 48366.748 12q12-q13.2
    COPS7A 6833.449 12p13.31
    COPZ1 54718.874 12q13.2-q13.3
    CORO1C 109038.885 12q24.1
    CPNE8 39046.002 12q12
    CPSF6 69633.317 12q15
    CRADD 94071.151 12q21.33-q23.1
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    SRSF9 120899.471 12q24.31
    SSH1 109185.695 12q24.12
    SSPN 26348.269 12p11.2
    ST8SIA1 22346.325 12p12.1-p11.2
    STAB2 103981.069 12q23.3
    STAT2 56735.382 12q13.2
    STAT6 57489.187 12q13
    STK38L 27397.078 12p11.22
    STRAP 16035.288 12p13.1
    STX2 131274.145 12q24
    STYK1 10771.538 12p13.2
    SUDS3 118814.358 12q24.23
    SUOX 56391.043 12q13.13
    SYCP3 102122.426 12q23.2
    SYT1 79257.773 12cen-q21
    TAOK3 118587.606 12q
    TAPBPL 6561.177 12p13.31
    TARBP2 53894.705 12q13.13
    TAS2R14 11090.853 12p13
    TBK1 64845.840 12q14.2
    TBX5 114791.735 12q24.1
    TCHP 110338.079 12q24.11
    TCP11L2 106696.569 12q23.3
    TDG 104359.593 12q24.1
    TEAD4 3068.478 12p13.3-p13.2
    TENC1 53442.733 12q13.13
    TFCP2 51487.539 12q13
    TIMELESS 56810.157 12q13.3
    TMBIM4 66530.716 12q14.1-q15
    TMBIM6 50135.592 12q12-q13
    TMED2 124069.076 12q24.31
    TMPO 98909.351 12q22
    TNFRSF1A 6437.923 12p13.2
    TPI1 6976.693 12p13.31
    TRPV4 110220.892 12q24.1
    TSPAN31 58138.784 12q13.3
    TUBA1A 49578.578 12q13.12
    TUBA1B 49521.567 12q13.12
    TUBA1C 49658.865 12q13.12
    TULP3 3000.033 12p13
    TWF1 44187.526 12q12
    TXNRD1 104609.557 12q23-q24.1
    UBC 125396.192 12q24.3
    UBE2N 93802.088 12q22
    UBE3B 109915.428 12q24.12
    ULK1 132379.279 12q24.3
    UNG 109535.923 12q23-q24.1
    USP44 95910.336 12q21.33
    USP5 6961.285 12p13
    UTP20 101673.905 12q23
    VAMP1 6571.404 12p
    VDR 48235.320 12q13.11
    VEZT 95611.522 12q22
    VPS33A 122716.094 12q24.31
    VWF 6058.040 12p13.3
    WDR66 122356.463 12q24.31
    WNT10B 49359.123 12q13
    WNT5B 1726.222 12p13.3
    WSB2 118470.497 12q24.23
    XPOT 64798.153 12q14.1
    XRCC6BP1 58335.445 12q14.1
    YAF2 42550.907 12q12
    YBX3 10851.676 12p13.1
    YEATS4 69753.532 12q13-q15
    ZC3H10 56512.030 12q13.2
    ZDHHC17 77157.854 12q21.2
    ZNF10 133707.214 12q24.33
    ZNF268 133758.060 12q24.33

    GeneCards  

    Contributor(s)

    WrittenJul 2004Philippe Dessen, Sakari Knuutila, Jean-Loup Huret
    UpdatedJul 2014Philippe Dessen, Jean-Loup Huret

    Citation

    This paper should be referenced as such :
    Dessen P, Knuutila S, Huret JL . Chromosome . Atlas Genet Cytogenet Oncol Haematol. Jul 2004 .
    URL : http://AtlasGeneticsOncology.org/Indexbychrom/idxa_12.html
    Dessen P, Huret JL . Chromosome . Atlas Genet Cytogenet Oncol Haematol. Jul 2014 .
    URL : http://AtlasGeneticsOncology.org/Indexbychrom/idxa_12.html
    © Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology
    indexed on : Fri Jul 11 17:37:30 CEST 2014


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