Chromosome

Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology


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Chromosome 13

chr13:1-114364328 (114364.328 Kb)

Chromosome 13 : G-banding, diagram and R-banding - Claude Léonard, Jean-Loup Huret

Chromosome 13 diagrams ISCN 2009 - Courtesy Nicole Chia

ENTITIES: by Chromosome band

13 13p 13q 13p13 13p12 13p11 13q11 13q12 13q13 13q14 13q21 13q22 13q31 13q32 13q33 13q34

Leukaemia     

Unbalanced whole-arm translocation der(1;13) in hematologic malignancies
del (13q)
del(13q) in ALL
del(13q) in chronic lymphoproliferative diseases
del(13q) in chronic lymphocytic leukemia
del(13q) in myeloid malignancies
del(13q) in multiple myeloma
del(13q) in non-Hodgkin's lymphoma
+13,+13 or tetrasomy 13
+13 or trisomy 13
t(1;13)(q32;q14)
t(2;13)(p16;q12) SPTBN1/FLT3
t(3;13)(q27;q14) LCP1/BCL6
t(8;13)(p11;q12) ZMYM2/FGFR1
t(9;13)(p12;q21) PAX5/DACH1
t(12;13)(p13;q12) ETV6/FLT3
t(12;13)(p13;q14) LIN00598/ETV6
t(12;13)(p12;q12-14) ETV6/CDX2
t(13;19)(q14;p13) TCF3/?

Solid Tumors     

Esophagus: Barrett's esophagus, dysplasia and adenocarcinoma
Bone: Conventional Osteosarcoma
Fallopian tube tumors: an overview
Head and Neck: Squamous cell carcinoma: an overview
Pancreatic tumors: an overview
Eye: Retinoma
del(13)(q14) RB1 (Head and neck)
t(1;13)(p36;q14) PAX7/FOXO1 (Soft Tissues)
t(1;13)(p36;q14) PAX7/FOXO1 (Soft Tissues)
t(1;13)(p36;q14) PAX7/FOXO1 (Soft tissue tumors)
t(1;13)(p36;q14) PAX7/FOXO1 (Soft Tissues)
t(2;13)(q35;q14) PAX3/FOXO1 (Soft Tissues)
t(2;13)(q35;q14) PAX3/FOXO1 (Soft Tissues)
t(2;13)(q35;q14) PAX3/FOXO1 (Soft tissue tumors)
t(2;13)(q35;q14) PAX3/FOXO1 (Soft Tissues)
t(3;13)(q21;q33) TNFSF13B/MYLK (Lung)
t(6;13)(p21;q12) RPL7L1/CDK8 (Lung)
t(8;13)(p11;q14) FOXO1/FGFR1 (Soft Tissues)
t(8;13)(p11;q14) FOXO1/FGFR1 (Soft Tissues)
t(8;13)(p11;q14) FOXO1/FGFR1 (Soft tissue tumors)
t(11;13)(q24;q14) APLP2/TNFSF11 (Lung)
t(12;13)(q14;q13) HMGA2/LHFP (Soft Tissues)
t(12;13)(q14;q13) HMGA2/LHFP (Soft tissue tumors)
t(13;13)(q12;q14) DLEU2/PSPC1 (Prostate tumors)

Cancer prone diseases     

Retinoblastoma

All Genes by Location (Kb)

Chromosome 13 by location


External links     

  • Chromosome 13 - HUGO Chromosomes
  • Chromosome 13 - GoldenPath - UCSC
  • Chromosome 13 - Ensembl Project
  • Chromosome 13 - Map View - NCBI
  • Chromosome 13 - Genomics Home Reference
  • Chromosome 13 - DECIPHER
  • Chromosome 13 - OMIM Gene map
  • Chromosome 13 - Genomic Variants
  • Chromosome 13 - HAPMAP Project
  • Chromosome 13 - 1000 Genomes
  • Genetic Maps (CHLC)
  • YACs mapped by FISH (Bari)
  • PCP (Partial Chromosome Paints) (Bari)
  • Mouse homology - OMIM - NCBI
  • Chromosome 13 Cancer GeneWeb

  • Chromosome 13 - Human Protein Atlas
  • Chromosome 13 - Human UniProtKB

    FISH probes

  • Chromosome 13 - FISH-mapped BACs (CCAP)
  • Chromosome 13 - Empire Genomics FISH clones [ chromosome ]  [ genes ]
  • Chromosome 13 - Human BAC Resource (NCBI)
  • Chromosome 13 - Vysis FISHCytogenetic marker (Abbott)
  • FISH Probes DAKO (Agilent)
  • SureFISH Probes (Agilent)
  • CytoCell  [ haematology ]  [ pathology ]
  • Kreatech Diagnostic
  • Metasystems

  • Genes

    Annotated genes
    Symbol(↓)Location hg38 (Kb)(↓)    Band(↓)
    BRCA2 32315.480     13q13.1
    CCNA1 36432.272     13q13.3
    CDX2 27962.068     13q12.2
    CLDN10 95433.599     13q32.1
    ERCC5 102845.841     13q33.1
    FLT3 28003.274     13q12.2
    FOXO1 40555.664     13q14.11
    GPC5 91398.619     13q31.3
    HSPH1 31134.974     13q12.3
    ING1 110715.437     13q34
    INTS6 51361.565     13q14.3
    IRS2 109753.837     13q34
    KLF5 73054.976     13q22.1
    LATS2 20973.036     13q12.11
    LCP1 46125.923     13q14.13
    LHFP 39342.892     13q13.3-q14.11
    LINC00598 40450.934     13q14.11
    OLFM4 53028.741     13q14.3
    PDX1 27920.031     13q12.2
    POU4F1 78599.095     13q31.1
    RAP2A 97434.221     13q32.1
    RB1 48303.747     13q14.2
    STARD13 33117.548     13q13.1-q13.2
    ZMYM2 19958.708     13q12.11

    Other genes
    Symbol(↓)Location hg38 (Kb)(↓)    Band(↓)
    ABCC4 95095.771     13q32.1
    ABHD13 108218.415     13q33.3
    ACOD1 76952.489     13q22.3
    ADPRHL1 113421.940     13q34
    AKAP11 42272.153     13q14.11
    ALG11 52012.387     13q14.3
    ALG5 36949.771     13q13.3
    ALOX5AP 30713.478     13q12.3
    AMER2 25161.679     13q12.13
    ANKRD10 110892.692     13q34
    ANKRD10-IT1 110898.773     -
    ANKRD20A19P 23907.284     13q12.12
    ANKRD20A9P 18811.143     13q11
    ANKRD26P3 19262.800     13q12.11
    ARGLU1 106543.314     13q33.3
    ARHGEF7 111114.619     13q34
    ARHGEF7-AS1 111144.305     13q34
    ARHGEF7-AS2 111113.812     13q34
    ARHGEF7-IT1 111122.652     13q34
    ARL11 49628.299     13q14.2
    ATP11A 112690.329     13q34
    ATP11A-AS1 112745.449     13q34
    ATP11AUN 112647.044     13q34
    ATP12A 24680.411     13q12.12|13q12.1-q12.3
    ATP4B 113648.806     13q34
    ATP5EP2 27945.206     13q12.2
    ATP7B 51932.671     13q14.3
    ATP8A2 25468.774     13q12.13
    ATXN8 70137.832     13q21
    ATXN8OS 70107.213     13q21.33
    B3GLCT 31199.975     13q12.3
    BASP1P1 22897.030     13q12.12
    BIVM 102799.049     13q33.1
    BIVM-ERCC5 102807.146     13q33.1
    BORA 72727.904     13q21.33
    BTF3P11 76928.451     13q22.3
    C1QTNF9 24309.578     13q12.12
    C1QTNF9B 23891.099     13q12.12
    CAB39L 49308.650     13q14.2
    CARS2 110641.410     13q34
    CCDC122 43836.353     13q14.11
    CCDC168 102729.367     13q33.1
    CCDC169 36230.775     13q13.3
    CCDC169-SOHLH2 36168.208     13q13.3
    CCDC70 51861.948     13q14.3
    CDADC1 49247.911     13q14.2
    CDC16 114234.845     13q34
    CDK8 26254.104     13q12.13
    CENPJ 24882.274     13q12.12-q12.13
    CHAMP1 114314.335     13q34
    CKAP2 52455.360     13q14.3
    CLDN10-AS1 95479.444     13q32.1
    CLN5 76991.924     13q22.3
    CLYBL 99606.664     13q32.3
    CLYBL-AS1 99726.243     13q32.3
    CLYBL-AS2 99690.098     13q32.3
    CNMD 52703.266     13q14.3
    COG3 45464.895     13q14.13
    COG6 39655.627     13q14.11
    COL4A1 110190.741     13q34
    COL4A2 110307.267     13q34
    COL4A2-AS1 110502.576     13q34
    COL4A2-AS2 110456.397     13q34
    COMMD6 75525.219     13q22.2
    CPB2 46053.187     13q14.13
    CPB2-AS1 46052.848     13q14.13
    CRYL1 20403.667     13q12.11
    CSNK1A1L 37103.260     13q13.3
    CTAGE10P 49890.409     13q14.2
    CTAGE11P 75237.753     13q22.2
    CTAGE3P 51907.821     13q14.3
    CUL4A 113209.505     13q34
    CYSLTR2 48653.711     13q14.2
    DACH1 71437.966     13q21.33
    DAOA 105466.216     13q33.2|13q34
    DAOA-AS1 105459.056     13q33.2|13q34
    DCLK1 35768.652     13q13.3
    DCT 94437.304     13q32.1
    DCUN1D2 113455.819     13q34
    DGKH 42040.036     13q14.11
    DHRS12 51770.777     13q14.3
    DIAPH3 59665.589     13q21.2
    DIAPH3-AS1 60012.718     13q21.2
    DIAPH3-AS2 60144.698     13q21.2
    DIS3 72755.402     13q21.33
    DLEU1 50082.437     13q14.2-q14.3
    DLEU1-AS1 50520.933     13q14.3
    DLEU2 49982.552     13q14.2
    DLEU7 50822.905     13q14.3
    DLEU7-AS1 50807.855     13q14.3
    DNAJC15 43023.226     13q14.11
    DNAJC3 95677.139     13q32.1
    DNAJC3-AS1 95672.838     13q32.1
    DOCK9 98793.487     13q32.3
    DOCK9-AS1 98832.084     13q32.3
    DOCK9-AS2 99086.723     13q32.3
    DZIP1 95578.202     13q32.1
    EBPL 49660.676     13q14.2
    EDNRB 77895.481     13q22.3
    EDNRB-AS1 77818.937     13q22.3
    EEF1AKMT1 20728.931     13q12.11
    EEF1DP3 31950.159     13q13.1
    EFNB2 106489.731     13q33.3
    ELF1 40931.919     13q14.11
    ENOX1 43213.133     13q14.11
    ENOX1-AS2 43448.852     13q14.11
    EPSTI1 42886.388     13q14.11
    ERICH6B 45541.297     13q14.13
    ESD 46771.256     13q14.2
    EXOSC8 37000.541     13q13.3
    F10 113122.799     13q34
    F10-AS1 113128.155     13q34
    F7 113105.788     13q34
    FAM124A 51222.334     13q14.3
    FAM155A 107168.531     13q33.3
    FAM155A-IT1 107787.361     13q33.3
    FAM216B 42781.550     13q14.11
    FAM230C 18195.297     13q11
    FAM58DP 19382.208     13q12.11
    FARP1 98143.098     13q32.2
    FBXL3 77005.254     13q22.3
    FGF14 101720.855     13q33.1
    FGF14-AS1 102367.530     13q33.1
    FGF14-AS2 102394.578     13q33.1
    FGF14-IT1 102292.320     13q33.1
    FGF9 21671.076     13q12.11
    FKSG29 99351.420     13q32.3
    FLT1 28385.551     13q12.3
    FNDC3A 48975.912     13q14.2
    FREM2 38687.036     13q13.3
    FRY 32031.300     13q13.1
    FRY-AS1 32024.056     13q13.1
    GAS6 113820.549     13q34
    GAS6-AS2 113864.177     13q34
    GGACT 100530.164     13q32.3
    GJA3 20138.256     13q12.11
    GJB2 20187.465     13q12.11
    GJB6 20221.962     13q12.11
    GPALPP1 44989.530     13q14.12
    GPC5-AS1 92701.389     13q31.3
    GPC5-AS2 92339.794     13q31.3
    GPC6 93226.808     13q31.3-q32.1
    GPC6-AS1 94154.193     13q31.3
    GPC6-AS2 93818.424     13q31.3
    GPR12 26755.201     13q12.13
    GPR180 94601.850     13q32.1
    GPR18 99254.713     13q32.3
    GPR183 99294.535     13q32.3
    GRK1 113667.282     13q34
    GRK6P1 21319.036     13q12.11
    GRTP1 113324.843     13q34
    GRTP1-AS1 113351.673     13q34
    GSX1 27792.643     13q12.2
    GTF2F2 45120.496     13q14.12-q14.13
    GTF3A 27424.544     13q12.2
    GUCY1B2 50994.633     13q14.3
    HMGB1 30457.916     13q12.3
    HNRNPA1L2 52617.470     13q14.3
    HS6ST3 96090.839     13q32.1
    HSP90AB6P 96883.842     13q32.1
    HTR2A 46831.542     13q14.2
    HTR2A-AS1 46852.140     13q14.2
    IFT88 20566.816     13q12.11
    IL17D 20703.343     13q12.11
    INTS6-AS1 51453.345     13q14.3
    IPO5 97953.675     13q32.2
    ITGBL1 101452.593     13q33.1
    ITM2B 48233.138     13q14.2
    KATNAL1 30202.630     13q12.3
    KBTBD6 41127.573     13q14.11
    KBTBD7 41191.406     13q14.11
    KCNRG 50015.254     13q14.2
    KCTD12 76880.169     13q22.3
    KCTD4 45192.853     13q14.12-q14.13
    KDELC1 102784.281     13q33.1
    KL 33016.433     13q13.1
    KLF12 73686.012     13q22.1
    KLHL1 69700.593     13q21.33
    KPNA3 49699.307     13q14.2
    LACC1 43879.284     13q14.11
    LAMP1 113297.154     13q34
    LIG4 108207.444     13q33.3
    LINC00282 51813.347     13q14.3
    LINC00284 44022.335     13q14.11
    LINC00297 29872.613     13q12.3
    LINC00327 23469.512     13q12.12
    LINC00330 44799.504     13q14.12
    LINC00331 78787.319     13q31.1
    LINC00332 40181.809     13q14.11
    LINC00333 84140.602     13q31.1
    LINC00343 105706.830     13q33.2
    LINC00346 110869.213     13q34
    LINC00347 74552.843     13q22.1
    LINC00348 71015.141     13q21.33
    LINC00350 19587.118     13q12.11
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    TPTE2P3 52488.993     13q14.3
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    ZIC5 99962.964     13q32.3
    ZMYM5 19837.453     13q12.11

    Contributor(s)

    WrittenJul 2004Philippe Dessen, Jean-Loup Huret
    UpdatedJun 2017Philippe Dessen, Jean-Loup Huret

    Citation

    This paper should be referenced as such :
    Dessen P, Knuutila S, Huret JL . Chromosome . Atlas Genet Cytogenet Oncol Haematol. Jul 2004 .
    URL : http://AtlasGeneticsOncology.org/Indexbychrom/idxa_13.html
    Dessen P, Huret JL . Chromosome . Atlas Genet Cytogenet Oncol Haematol. Jun 2017 .
    URL : http://AtlasGeneticsOncology.org/Indexbychrom/idxa_13.html
    © Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology
    indexed on : Mon Jun 26 18:56:33 CEST 2017


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