Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology


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Chromosome 13

Chromosome 13 : G-banding, diagram and R-banding - Claude Léonard, Jean-Loup Huret
Chromosome 13 diagrams ISCN 2009 - Courtesy Nicole Chia

Leukaemia     

del(13q) in ALL
del(13q) in chronic lymphoproliferative diseases
del(13q) in myeloid malignancies
del(13q)
del(13q) in multiple myeloma
del(13q) in non-Hodgkin's lymphoma
+13 or trisomy 13
t(1;13)(q32;q14)
t(2;13)(p16;q12) SPTBN1/FLT3
t(3;13)(q27;q14) LCP1/BCL6
t(8;13)(p11;q12) ZMYM2/FGFR1
t(9;13)(p12;q21) PAX5/DACH1
t(12;13)(p13;q12) ETV6/FLT3
t(12;13)(p13;q14) LIN00598/ETV6
t(13;19)(q14;p13) TCF3/?

Solid Tumors     

del(13)(q14) RB1
t(1;13)(p36;q14) PAX7/FOXO1
t(1;13)(p36;q14) PAX7/FOXO1
t(1;13)(p36;q14) PAX7/FOXO1
t(1;13)(p36;q14) PAX7/FOXO1
t(2;13)(q35;q14) PAX3/FOXO1
t(2;13)(q35;q14) PAX3/FOXO1
t(2;13)(q35;q14) PAX3/FOXO1
t(2;13)(q35;q14) PAX3/FOXO1
t(8;13)(p11;q14) FOXO1/FGFR1
t(8;13)(p11;q14) FOXO1/FGFR1
t(8;13)(p11;q14) FOXO1/FGFR1
t(11;13)(q24;q14) APLP2/TNFSF11
t(12;13)(q14;q13) HMGA2/LHFP
t(12;13)(q14;q13) HMGA2/LHFP
t(13;13)(q12;q14) DLEU2/PSPC1

Cancer prone diseases     

Retinoblastoma

All Genes by Location (Kb)

Chromosome 13 by location

Losses / Amplicons     

BONE/SOFT TISSUE



External links     

  • Chromosome 13 - HUGO Chromosomes
  • Chromosome 13 - GoldenPath - Santa Cruz
  • Chromosome 13 - Ensembl Project
  • Chromosome 13 - Map View - NCBI
  • Chromosome 13 - OMIM Gene map
  • Chromosome 13 - Genomic Variants
  • Chromosome 13 - HAPMAP Project
  • Chromosome 13 - Genome Channel - ORNL
  • Chromosome 13 - LaunchPad HGMIS
  • Chromosome 13 - Human Protein Atlas
  • Chromosome 13 - Array BAC clone - Roswell Park Cancer Institute
  • Chromosome 13 - Human BAC Resource (NCBI)
  • Chromosome 13 FISH-mapped BACs (CCAP)
  • Genetic Maps (CHLC)
  • YACs mapped by FISH (Bari)
  • PCP (Partial Chromosome Paints) (Bari)
  • Mouse homology - OMIM - NCBI
  • Chromosome 13 Cancer GeneWeb
  • Human Proteomics Initiative (UniProt)
  • Cytogenetic marker FISH (Abbott)
  • FISH Probes DAKO
  • SureFISH Probes
  • CytoCell
  • Kreatech Diagnostic/

  • Genes

    Annotated genes
    Ordered by Name Ordered by Location
     Kb pter-qter
    BRCA2 32889.617 13q12-q13
    CCNA1 37006.409 13q12.3-q13
    CDX2 28536.205 13q12.2
    CLDN10 96085.853 13q31-q34
    ERCC5 103498.191 13q22-q34
    FLT3 28577.411 13q12
    FOXO1 41129.801 13q14.1
    GPC5 92050.873 13q32
    HSPH1 31709.111 13q12.2-q13.3
    INTS6 51935.701 13q14.3
    KLF5 73629.114 13q21.3
    LATS2 21547.176 13q11-q12
    LCP1 46700.058 13q14.3
    LHFP 39917.029 13q12
    LINC00598 41025.071 13q14.11
    OLFM4 53602.876 13q14
    PDX1 28494.168 13q12.1
    POU4F1 79173.230 13q31.1
    RAP2A 98086.475 13q34
    RB1 48877.883 13q14.2
    STARD13 33691.685 13q13.1
    ZMYM2 20532.848 13q11-q12
    Other genes
    possibly implicated
    in cancer
    Ordered by Name Ordered by Location
     Kb pter-qter
    ABCC4 95748.025 13q31
    ABHD13 108870.763 13q33.2
    ADPRHL1 114076.255 13q34
    AKAP11 42846.289 13q
    ALG11 52586.523 13q14.3
    ALG5 37523.908 13q13.1
    ALOX5AP 31287.615 13q12
    AMER2 25735.817 13q12.13
    ANKRD10 111545.039 13q33.3
    ANKRD10-IT1 111552.342 13q34
    ANKRD20A19P 24481.423 13q12.12
    ANKRD20A9P 19408.543 13q11
    ANKRD26P3 19836.940 13q12.11
    ARGLU1 107195.662 13q33.3
    ARHGEF7 111767.624 13q33.3
    ARHGEF7-AS1 111796.652 13q34
    ARHGEF7-AS2 111766.159 13q34
    ARHGEF7-IT1 111774.999 13q34
    ARL11 50202.435 13q14.12
    ATP11A 113344.643 13q34
    ATP11A-AS1 113399.763 13q34
    ATP11AUN 113301.358 13q34
    ATP12A 25254.549 13q11-q12.1
    ATP4B 114303.122 13q34
    ATP5EP2 28519.343 13q12
    ATP7B 52506.806 13q14.3
    ATP8A2 25946.209 13q12
    ATXN8 70711.964 13q21.33
    ATXN8OS 70681.345 13q21
    B3GALTL 31774.112 13q12.3
    BASP1P1 23471.169 13q12.12
    BIVM 103451.399 13q33.1
    BIVM-ERCC5 103459.496 13q33.1
    BORA 73302.042 13q22.1
    BTF3P11 77502.585 13q22
    C1QTNF9 24883.716 13q12.12
    C1QTNF9B 24465.238 13q12.12
    C1QTNF9B-AS1 24463.028 13q12.12
    CAB39L 49882.786 13q14.11
    CARKD 111267.931 13q34
    CARS2 111293.757 13q34
    CCDC122 44410.489 13q14.11
    CCDC168 103381.717 13q33.1
    CCDC169 36804.912 13q13.3
    CCDC169-SOHLH2 36742.345 13q13.3
    CCDC70 52436.117 13q14.3
    CDADC1 49822.047 13q14.11
    CDC16 115000.362 13q34
    CDK8 26828.756 13q12
    CENPJ 25456.412 13q12.12
    CHAMP1 115079.965 13q34
    CKAP2 53029.495 13q14
    CLDN10-AS1 96131.698 -
    CLN5 77566.059 13q21.2-q32
    CLYBL 100258.918 13q32.3
    CLYBL-AS1 100378.497 13q22.3
    CLYBL-AS2 100342.352 13q32.3
    COG3 46039.030 13q14.11
    COG6 40229.764 13q13.2
    COL4A1 110801.310 13q34
    COL4A2 110959.631 13q34
    COL4A2-AS1 111154.923 -
    COL4A2-AS2 111108.744 13q34
    COMMD6 76099.355 13q22
    CPB2 46627.322 13q14.11
    CPB2-AS1 46626.983 13q14.13
    CRYL1 20977.806 13q11
    CSNK1A1L 37677.397 13q13.2
    CTAGE10P 50464.545 13q14.3
    CTAGE11P 75811.889 13q22.2
    CTAGE3P 52481.957 13q14.2
    CUL4A 113863.819 13q34
    CYSLTR2 49280.951 13q14.2
    DACH1 72012.098 13q22
    DAOA 106118.565 13q33.2
    DAOA-AS1 106111.406 13q33.2
    DCLK1 36342.789 13q13.3
    DCT 95091.841 13q32
    DCUN1D2 114110.134 13q34
    DGKH 42614.172 13q13.3
    DHRS12 52344.913 13q14.3
    DIAPH3 60239.723 13q21.2
    DIAPH3-AS1 60586.852 -
    DIAPH3-AS2 60718.832 -
    DIS3 73329.540 13q21.32
    DKFZp451A211 114054.786 13q34
    DLEU1 50656.573 13q14.3
    DLEU1-AS1 51095.069 13q14.3
    DLEU2 50556.688 13q14
    DLEU7 51286.759 13q14.3
    DLEU7-AS1 51381.991 -
    DNAJC15 43597.362 13q14.1
    DNAJC3 96329.393 13q32
    DOCK9 99445.741 13q32.3
    DOCK9-AS1 99484.338 13q32.3
    DOCK9-AS2 99738.977 13q32.3
    DZIP1 96230.456 13q32.1
    EBPL 50234.812 13q12-q13
    EDNRB 78469.616 13q22
    EDNRB-AS1 78393.072 13q22.3
    EEF1DP3 32524.296 13q13.1
    EFNB2 107142.079 13q33
    ELF1 41506.055 13q13
    ENOX1 43787.700 13q14.11
    ENOX1-AS2 44022.988 13q14.11
    EPSTI1 43460.524 13q13.3
    ERICH6B 46115.432 13q14.13
    ERVK-19 46858.132 19q11
    ERVK-4 46858.132 3q21.2
    ESD 47345.391 13q14.1-q14.2
    EXOSC8 37574.678 13q13.1
    F10 113777.113 13q34
    F7 113760.102 13q34
    FAM124A 51796.470 13q14.3
    FAM155A 107820.879 13q33.3
    FAM155A-IT1 108439.709 13q33.3
    FAM216B 43355.686 13q14.11
    FARP1 98795.352 13q32.2
    FBXL3 77579.389 13q22
    FGF14 102373.205 13q34
    FGF14-AS1 103019.880 13q33.1
    FGF14-AS2 103046.928 13q33.1
    FGF14-IT1 102944.670 13q33.1
    FGF9 22245.215 13q11-q12
    FKSG29 100003.674 13q32.3
    FLJ25694 64402.980 13q21.31
    FLJ26086 28533.758 13q12.2
    FLJ31945 50699.952 13q14.2
    FLT1 28959.688 13q12
    FNDC3A 49550.048 13q14.12
    FREM2 39261.173 13q13.3
    FRY 32605.437 13q13.1
    FRY-AS1 32598.196 13q13.1
    GAS6 114523.522 13q34
    GAS6-AS2 114567.150 13q34
    GGACT 101182.418 13q32.3
    GJA3 20712.395 13q12.11
    GJB2 20761.604 13q11-q12
    GJB6 20796.101 13q12
    GPALPP1 45563.687 13q14.12
    GPC5-AS1 93353.642 -
    GPC5-AS2 92992.047 13q31.3
    GPC6 93879.078 13q32
    GPC6-AS1 94806.447 13q31.3
    GPC6-AS2 94470.677 -
    GPR12 27329.339 13q12
    GPR180 95254.104 13q32.1
    GPR18 99906.967 13q32
    GPR183 99946.789 13q32.3
    GRK1 114321.597 13q34
    GRTP1 113979.158 13q34
    GRTP1-AS1 114005.988 13q34
    GSX1 28366.780 13q12.2
    GTF2F2 45694.631 13q14
    GTF3A 27998.681 13q12.3-q13.1
    GUCY1B2 51568.769 13q14.3
    HMGB1 31032.879 13q12
    HNRNPA1L2 53191.605 13q14.3
    HS6ST3 96743.093 13q32.2
    HSP90AB6P 97536.096 13q32.1
    HTR2A 47405.677 13q14-q21
    HTR2A-AS1 47426.275 13q14.2
    IFT88 21141.208 13q12.1
    IL17D 21277.482 13q11
    ING1 111367.784 13q34
    INTS6-AS1 52027.481 13q14.3
    IPO5 98605.929 13q32.2
    IRG1 77526.624 13q22.3
    IRS2 110406.184 13q34
    ITGBL1 102104.944 13q33
    ITM2B 48807.274 13q14.2
    KATNAL1 30776.767 13q12.3
    KBTBD6 41701.709 13q13.3
    KBTBD7 41765.711 13q13.3
    KCNRG 50589.390 13q14.2
    KCTD12 77454.304 13q21
    KCTD4 45766.988 13q14.12-q14.13
    KDELC1 103436.631 13q33
    KIAA0226L 46916.135 13q14.11
    KL 33590.571 13q12
    KLF12 74260.149 13q22
    KLHL1 70274.725 13q21
    KPNA3 50273.443 13q14.3
    LACC1 44453.420 13q14.11
    LAMP1 113951.469 13q34
    LECT1 53277.400 13q14.3
    LIG4 108859.792 13q33-q34
    LINC00282 52387.483 13q14.3
    LINC00284 44596.471 13q14.11
    LINC00297 30446.750 -
    LINC00327 24043.651 13q12.12
    LINC00330 45373.640 13q14.12
    LINC00331 79361.454 -
    LINC00332 40755.946 -
    LINC00333 84714.737 -
    LINC00343 106359.179 13q33.2
    LINC00346 111521.560 13q34
    LINC00347 75126.980 13q22.1
    LINC00348 71589.273 13q21.33
    LINC00351 85937.738 -
    LINC00353 90201.048 13q31.3
    LINC00354 112547.692 13q34
    LINC00355 64560.504 13q21.31
    LINC00358 62577.658 13q21.31
    LINC00359 97593.535 13q32.1
    LINC00366 39141.861 -
    LINC00367 21512.703 13q12.11
    LINC00368 111748.185 13q34
    LINC00371 51656.984 13q14.3
    LINC00377 81592.526 13q31.1
    LINC00378 61247.089 13q21.2
    LINC00379 91779.867 -
    LINC00380 91739.509 13q31.3
    LINC00381 74993.310 13q22.1
    LINC00382 80446.721 13q31.1
    LINC00383 69796.478 13q21.33
    LINC00384 30726.024 13q12.3
    LINC00392 74138.381 13q22.1
    LINC00395 64241.815 13q21.31
    LINC00397 88453.298 13q31.2
    LINC00398 31377.343 -
    LINC00400 43687.301 13q14.11
    LINC00403 112626.624 13q34
    LINC00408 19479.579 13q11
    LINC00410 91543.208 13q31.3
    LINC00411 101591.775 13q32.3
    LINC00412 27810.419 13q12.2
    LINC00417 19312.240 13q11
    LINC00421 19919.189 13q12.11
    LINC00423 33383.328 -
    LINC00424 22446.935 -
    LINC00426 30914.403 13q12.3
    LINC00433 89193.084 -
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    TMEM255B 114462.216 13q34
    TMTC4 101256.090 13q32.3
    TNAP 40015.302 -
    TNFRSF19 24153.499 13q12.11-q12.3
    TNFSF11 43148.291 13q14
    TNFSF13B 108921.977 13q32-q34
    TPP2 103249.286 13q32-q33
    TPT1 45907.606 13q14
    TPT1-AS1 45915.480 13q14.13
    TPTE2 19997.019 13q12.11
    TPTE2P1 25507.882 13q12.12-q12.13
    TPTE2P2 52793.484 13q14.3
    TPTE2P3 53063.128 13q14.3
    TPTE2P5 41371.121 13q14.11
    TPTE2P6 25154.346 13q12.12
    TRIM13 50571.143 13q14
    TRPC4 38210.773 13q13.3
    TSC22D1 45006.279 13q14
    TSC22D1-AS1 45150.032 13q14.11
    TUBA3C 19747.910 13q12.11
    TUBGCP3 113139.319 13q34
    TUSC8 44974.386 13q14.11
    UBAC2 99852.679 13q32.3
    UBAC2-AS1 99848.628 13q32.3
    UBL3 30338.545 13q12-q13
    UCHL3 76123.616 13q21.33
    UFM1 38923.908 13q13.3
    UGGT2 96453.836 13q32.1
    UPF3A 115047.059 13q34
    URAD 28552.243 13q12.2
    USP12 27640.287 13q12.13
    USP12-AS1 27699.670 13q12.13
    USP12-AS2 27746.396 13q12.13
    USPL1 31191.830 13q12-q14
    UTP14C 52598.827 13q12.2-q13.3
    VPS36 52986.737 13q14.13
    VWA8 42293.473 13q14.11
    VWA8-AS1 42535.305 13q14.11
    WASF3 27131.840 13q12
    WBP4 41635.697 13q13.3
    WDFY2 52158.484 13q14.12
    XPO4 21351.468 13q11
    ZAR1L 32877.908 13q13.1
    ZC3H13 46536.314 13q14.11
    ZDHHC20 21946.710 13q12.11
    ZIC2 100634.026 13q32
    ZIC5 100615.275 13q32.2
    ZMYM5 20411.593 13q12

    Contributor(s)

    WrittenJul 2004Philippe Dessen, Sakari Knuutila, Jean-Loup Huret
    UpdatedDec 2014Philippe Dessen, Jean-Loup Huret

    Citation

    This paper should be referenced as such :
    Dessen P, Knuutila S, Huret JL . Chromosome . Atlas Genet Cytogenet Oncol Haematol. Jul 2004 .
    URL : http://AtlasGeneticsOncology.org/Indexbychrom/idxa_13.html
    Dessen P, Huret JL . Chromosome . Atlas Genet Cytogenet Oncol Haematol. Dec 2014 .
    URL : http://AtlasGeneticsOncology.org/Indexbychrom/idxa_13.html
    © Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology
    indexed on : Fri Dec 12 19:25:22 CET 2014


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