Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology


Home   Genes   Leukemias   Solid Tumours   Cancer-Prone   Deep Insight   Case reports   Journals   Portal   Teaching   

X Y 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 NA

Chromosome 13

Chromosome 13 : G-banding, diagram and R-banding - Claude Léonard, Jean-Loup Huret
Chromosome 13 diagrams ISCN 2009 - Courtesy Nicole Chia

Leukaemia     

t(1;13)(q32;q14)
t(2;13)(p16;q12) SPTBN1/FLT3
t(3;13)(q27;q14) LCP1/BCL6
t(8;13)(p11;q12) ZMYM2/FGFR1
t(9;13)(p12;q21) PAX5/DACH1
t(12;13)(p12;q12-14) ETV6/CDX2
t(12;13)(p13;q12) ETV6/FLT3
t(12;13)(p13;q14) LIN00598/ETV6
del(13q) in ALL
del(13q) in chronic lymphoproliferative diseases
del(13q) in myeloid malignancies
del (13q)
del(13q) in multiple myeloma
del(13q) in non-Hodgkin's lymphoma
+13,+13 or tetrasomy 13
+13 or trisomy 13
t(13;19)(q14;p13) TCF3/?

Solid Tumors     

t(1;13)(p36;q14)
t(1;13)(p36;q14)
t(1;13)(p36;q14)
t(1;13)(p36;q14)
t(2;13)(q35;q14)
t(2;13)(q35;q14)
t(2;13)(q35;q14)
t(2;13)(q35;q14)
t(11;16)(q13;p13)

Cancer prone diseases     

Retinoblastoma

All Genes by Location (Kb)

Chromosome 13 by location

Losses / Amplicons     

BONE/SOFT TISSUE



External links     

  • Chromosome 13 - HUGO Chromosomes
  • Chromosome 13 - GoldenPath - Santa Cruz
  • Chromosome 13 - Ensembl Project
  • Chromosome 13 - Map View - NCBI
  • Chromosome 13 - OMIM Gene map
  • Chromosome 13 - Genomic Variants
  • Chromosome 13 - HAPMAP Project
  • Chromosome 13 - Genome Channel - ORNL
  • Chromosome 13 - LaunchPad HGMIS
  • Chromosome 13 - Human Protein Atlas
  • Chromosome 13 - Array BAC clone - Roswell Park Cancer Institute
  • Chromosome 13 - Human BAC Resource (NCBI)
  • Chromosome 13 FISH-mapped BACs (CCAP)
  • Genetic Maps (CHLC)
  • YACs mapped by FISH (Bari)
  • PCP (Partial Chromosome Paints) (Bari)
  • Mouse homology - OMIM - NCBI
  • Chromosome 13 Cancer GeneWeb
  • Chromosome 13 GeneCards (Weizmann)
  • Human Proteomics Initiative (Expasy)

  • Genes

    Annotated genes
    Ordered by Name Ordered by Location
     Kb pter-qter
    BRCA2 32889.617 13q12-q13
    CCNA1 37006.409 13q12.3-q13
    CDX2 28536.205 13q12.2
    CLDN10 96085.853 13q31-q34
    ERCC5 103498.191 13q22-q34
    FLT3 28577.411 13q12
    FOXO1 41129.801 13q14.1
    GPC5 92050.935 13q32
    HSPH1 31710.763 13q12.2-q13.3
    INTS6 51935.701 13q14.3
    KLF5 73633.142 13q21.3
    LATS2 21547.176 13q11-q12
    LCP1 46700.058 13q14.3
    LHFP 39917.029 13q12
    LINC00598 41025.071 13q14.11
    OLFM4 53602.876 13q14
    PDX1 28494.168 13q12.1
    POU4F1 79173.230 13q31.1
    RAP2A 98086.475 13q34
    RB1 48877.883 13q14.2
    STARD13 33691.685 13q13.1
    ZMYM2 20532.848 13q11-q12
    Other genes
    possibly implicated
    in cancer
    Ordered by Name Ordered by Location
     Kb pter-qter
    ABCC4 95748.025 13q31
    ALOX5AP 31287.615 13q12
    ANKRD10 111530.887 13q33.3
    ARGLU1 107195.662 13q33.3
    ARHGEF7 111767.624 13q33.3
    ARL11 50202.435 13q14.12
    ATP11A 113344.643 13q34
    ATP12A 25254.549 13q11-q12.1
    ATP4B 114303.122 13q34
    ATP7B 52506.806 13q14.3
    ATP8A2 25946.209 13q12
    C1QTNF9 24883.716 13q12.12
    C1QTNF9B 24465.428 13q12.12
    C1QTNF9B-AS1 24463.028 13q12.12
    CAB39L 49882.786 13q14.11
    CDC16 115000.362 13q34
    CDK8 26828.756 13q12
    CENPJ 25456.412 13q12.12
    COL4A1 110801.310 13q34
    COL4A2 110959.631 13q34
    CPB2 46627.322 13q14.11
    CTAGE3P 52481.957 13q14.2
    CUL4A 113863.819 13q34
    CYSLTR2 49280.951 13q14.2
    DACH1 72012.098 13q22
    DCLK1 36342.789 13q13.3
    DCT 95091.841 13q32
    DIAPH3 60239.723 13q21.2
    DIS3 73329.540 13q21.32
    DLEU1 50656.573 13q14.3
    DLEU2 50556.688 13q14
    DLEU7 51286.759 13q14.3
    DNAJC15 43597.362 13q14.1
    DNAJC3 96329.393 13q32
    EDNRB 78469.616 13q22
    EFNB2 107142.079 13q33
    ELF1 41506.055 13q13
    EPSTI1 43460.524 13q13.3
    ESD 47345.391 13q14.1-q14.2
    F10 113777.113 13q34
    F7 113760.102 13q34
    FARP1 98795.434 13q32.2
    FGF14 102373.205 13q34
    FGF9 22245.215 13q11-q12
    FLT1 28959.688 13q12
    FREM2 39261.173 13q13.3
    GAS6 114523.522 13q34
    GJA3 20712.395 13q12.11
    GJB2 20761.604 13q11-q12
    GJB6 20796.101 13q12
    GPR18 99906.967 13q32
    GRK1 114321.597 13q34
    GTF3A 27998.681 13q12.3-q13.1
    HMGB1 31032.879 13q12
    HTR2A 47405.677 13q14-q21
    IFT88 21141.208 13q12.1
    IL17D 21277.482 13q11
    ING1 111367.784 13q34
    IPO5 98605.929 13q32.2
    IRG1 77526.624 13q22.3
    IRS2 110406.184 13q34
    ITM2B 48807.274 13q14.2
    KBTBD7 41765.711 13q13.3
    KCNRG 50589.390 13q14.2
    KCTD12 77454.304 13q21
    KIAA0226L 46916.137 13q14.11
    KL 33590.571 13q12
    KLF12 74260.149 13q22
    KLHL1 70274.725 13q21
    KPNA3 50273.443 13q14.3
    LAMP1 113951.469 13q34
    LIG4 108859.792 13q33-q34
    LMO7 76194.570 13q22.2
    LNX2 28120.050 13q12.2
    LPAR6 48985.182 13q14
    MCF2L 113623.535 13q34
    MIPEP 24304.328 13q12
    MIR1297 54886.107 13
    MIR15A 50623.255 13q14.2
    MIR16-1 50623.109 13q14.2
    MIR17 92002.859 13q31.3
    MIR17HG 92000.074 13q31.3
    MIR18A 92003.005 13q31.3
    MIR19A 92003.145 13q31.3
    MIR19B1 92003.446 13q31.3
    MIR20A 92003.319 13q31.3
    MIR622 90883.436 13q31.3
    MIR92A1 92003.568 13q31.3
    MPHOSPH8 20207.788 13q12.11
    MTUS2 29598.748 13q12.3
    NBEA 36050.886 13q13
    NEK3 52706.779 13q14.2-q21.1
    NEK5 52638.900 13q14.2
    OXGR1 97637.973 13q32.2
    PARP4 24995.069 13q11
    PCCA 100741.269 13q32
    PCDH17 58205.789 13q21.1
    PCDH8 53418.109 13q21.1
    PCDH9 66876.966 13q21.32
    PDS5B 33160.564 13q12.3
    PHF11 50069.801 13q14.11
    PIBF1 73356.230 13q21.33
    POSTN 38136.719 13q13.3
    PROZ 113812.968 13q34
    PSPC1 20277.009 13q11
    RAB20 111175.413 13q34
    RASA3 114747.194 13q34
    RASL11A 27844.464 13q12.2
    RBM26 79894.100 13q31.1
    RCBTB1 50106.082 13q14
    RCBTB2 49063.099 13q14.3
    RFC3 34392.206 13q13.2
    RGCC 42031.542 13q14.11
    RNASEH2B 51483.814 13q14.3
    RNF17 25338.301 13q12.13
    RNF6 26786.905 13q12.2
    RXFP2 32313.679 13q12.3
    SACS 23902.962 13q11
    SAP18 21714.653 13q12.11
    SCEL 78109.809 13q22
    SLC10A2 103696.348 13q33
    SLC15A1 99336.055 13q32.3
    SMAD9 37418.968 13q12-q14
    SOX1 112721.913 13q34
    SOX21 95361.879 13q31-q32
    SPATA13 24734.861 13q12.13
    SPG20 36875.775 13q13.1
    SPRY2 80910.112 13q31.1
    ST13P4 50746.154 13q14
    STK24 99102.455 13q31.2-q32.3
    STOML3 39540.062 13q13.3
    SUGT1 53226.831 13q12.2-q13.3
    SUPT20H 37583.451 13q13
    TBC1D4 75858.809 13q22.2
    TFDP1 114239.056 13q34
    THSD1 52951.303 13q14.13
    TNAP 40015.302 -
    TNFRSF19 24153.499 13q12.11-q12.3
    TNFSF11 43148.291 13q14
    TNFSF13B 108921.977 13q32-q34
    TPP2 103249.286 13q32-q33
    TPT1 45911.304 13q14
    TPTE2 19997.019 13q12.11
    TRIM13 50571.143 13q14
    TRPC4 38210.773 13q13.3
    TSC22D1 45006.279 13q14
    TUSC8 44974.386 13q14.11
    UCHL3 76123.616 13q21.33
    USP12 27640.287 13q12.13
    USPL1 31191.830 13q12-q14
    UTP14C 52598.827 13q12.2-q13.3
    WASF3 27131.840 13q12
    XPO4 21351.468 13q11
    ZDHHC20 21946.710 13q12.11
    ZIC2 100634.026 13q32

    GeneCards  

    Contributor(s)

    WrittenJul 2004Philippe Dessen, Sakari Knuutila, Jean-Loup Huret
    UpdatedApr 2014Jean-Loup Huret, Philippe Dessen

    Citation

    This paper should be referenced as such :
    Dessen P, Knuutila S, Huret JL . Chromosome . Atlas Genet Cytogenet Oncol Haematol. Jul 2004 .
    URL : http://AtlasGeneticsOncology.org/Indexbychrom/idxa_13.html
    Dessen P, Huret JL . Chromosome . Atlas Genet Cytogenet Oncol Haematol. Apr 2014 .
    URL : http://AtlasGeneticsOncology.org/Indexbychrom/idxa_13.html
    © Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology
    indexed on : Fri Apr 18 17:44:24 CEST 2014

    Home   Genes   Leukemias   Solid Tumours   Cancer-Prone   Deep Insight   Case reports   Journals   Portal   Teaching   

    X Y 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 NA