Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology

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Chromosome 13

Chromosome 13 : G-banding, diagram and R-banding - Claude Léonard, Jean-Loup Huret
Chromosome 13 diagrams ISCN 2009 - Courtesy Nicole Chia

Leukaemia     

t(1;13)(q32;q14)
t(2;13)(p16;q12)
t(3;13)(q27;q14)
t(8;13)(p12;q12)
t(12;13)(p12;q12-14) ETV6/CDX2
t(12;13)(p13;q12) ETV6/FLT3
t(12;13)(p13;q14)
del(13q) in ALL
del (13q) in chronic lymphoproliferative diseases
del(13q) in myeloid malignancies
del (13q)
del(13q) in multiple myeloma
del(13q) in non-Hodgkin's lymphoma
+13,+13 or tetrasomy 13

Solid Tumors     

t(1;13)(p36;q14)
t(1;13)(p36;q14)
t(1;13)(p36;q14)
t(2;13)(q35;q14)
t(2;13)(q35;q14)
t(2;13)(q35;q14)
t(11;16)(q13;p13)

Cancer prone diseases     

Retinoblastoma

All Genes by Location (Kb)
Chromosome 13 by location

Losses / Amplicons     

BONE/SOFT TISSUE

External links     

  • Chromosome 13 - HUGO Chromosomes
  • Chromosome 13 - GoldenPath - Santa Cruz
  • Chromosome 13 - Ensembl Project
  • Chromosome 13 - Map View - NCBI
  • Chromosome 13 - OMIM Gene map
  • Chromosome 13 - Genomic Variants
  • Chromosome 13 - HAPMAP Project
  • Chromosome 13 - Genome Channel - ORNL
  • Chromosome 13 - LaunchPad HGMIS
  • Chromosome 13 - Human Protein Atlas
  • Chromosome 13 - Array BAC clone - Roswell Park Cancer Institute
  • Chromosome 13 - Human BAC Resource (NCBI)
  • Chromosome 13 FISH-mapped BACs (CCAP)
  • Genetic Maps (CHLC)
  • YACs mapped by FISH (Bari)
  • PCP (Partial Chromosome Paints) (Bari)
  • Mouse homology - OMIM - NCBI
  • Chromosome 13 Cancer GeneWeb
  • Chromosome 13 GeneCards (Weizmann)
  • Human Proteomics Initiative (Expasy)

    • Genes

    Annotated genes
    Ordered by Name Ordered by Location
     Kb pter-qter
    BRCA2 32889.641 13q12.3
    CDX2 28536.278 13q12.3
    ERCC5 103498.233 13q33
    FOXO1 41129.818 13q14.1
    HSPH1 31710.764 13q12.3
    INTS6 51939.363 13q14.3
    KLF5 73633.263 13q22.1
    LATS2 21548.766 13q11-q12
    LCP1 46701.475 13q14.3
    LHFP 39917.029 13q12
    LOC646982 41043.672 13q14.11
    OLFM4 53602.979 13q14.3
    POU4F1 79175.547 13q31.1
    RAP2A 98086.707 13q34
    RB1 48877.951 13q14.2
    ZMYM2 20600.661 13q11-q12
    Other genes
    possibly implicated
    in cancer
    Ordered by Name Ordered by Location
     Kb pter-qter
    ABCC4 95748.198 13q32
    AKAP11 42874.767 13q14.11
    ALOX5AP 31287.614 13q12
    ANKRD10 111530.887 13q34
    ARL11 50202.434 13q14.2
    ATP11A 113439.504 13q34
    ATP12A 25254.548 13q12.12|13q12.1-q12.3
    ATP8A2 26043.158 13q12
    C13orf15 42031.711 13q14.11
    C13orf18 46917.100 13q14.13
    C1QTNF9 24883.720 13q12.12
    C1QTNF9B 24465.237 13q12.12
    CDC16 115000.720 13q34
    CDK8 26956.966 13q12
    CENPJ 25457.171 13q12.12
    CLDN10 96229.523 13q31-q34
    COL4A1 110801.317 13q34
    COL4A2 111158.814 13q34
    CUL4A 113888.238 13q34
    DCLK1 36345.477 13q13
    DCT 95117.710 13q32
    DLEU1 50656.572 13q14.3
    DLEU2 50613.144 13q14.3
    DLEU7 51286.036 13q14.3
    DNAJC15 43597.338 13q14.1
    EDNRB 78469.623 13q22
    EFNB2 107145.337 13q33
    ELF1 41506.164 13q13
    F10 113777.149 13q34
    FAM48A 37583.633 13q13.3
    FARP1 98795.721 13q32.2
    FGF14 102375.036 13q34
    FGF9 22276.373 13q11-q12
    FLT1 28877.002 13q12
    GAS6 114523.523 13q34
    GJA3 20716.119 13q12.11
    GJB6 20796.102 13q11-q12.1|13q12
    GPC5 92051.219 13q32
    GRK1 114321.469 13q34
    GTF3A 27999.547 13q12.3-q13.1
    IFT88 21179.194 13q12.1
    IPO5 98674.539 13q32.2
    IRS2 110406.185 13q34
    ITM2B 48807.380 13q14.3
    KBTBD7 41765.709 13q14.11
    KCNRG 50594.566 13q14.2
    KCTD12 77455.982 13q22.3
    KLF12 74387.015 13q22
    KLHL1 70274.725 13q21
    KPNA3 50275.701 13q14.3
    LAMP1 113959.246 13q34
    LNX2 28120.051 13q12.2
    LOC445341 40015.303 -
    LPAR6 48985.485 13q14
    MCF2L 113622.813 13q34
    MIPEP 24304.328 13q12
    MIR17HG 92000.073 13q31.3
    MTUS2 29598.747 13q12.3
    NBEA 35806.734 13q13
    NEK3 52707.182 13q14.13
    NEK5 52653.617 13q14.3
    OXGR1 97638.939 13q32.1
    PARP4 24995.069 13q11
    PCCA 100741.336 13q32
    PCDH17 58205.943 13q21.1
    PCDH8 53418.110 13q21.1
    PCOTH 24465.767 13q12
    PDS5B 33160.641 13q12.3
    PHF11 50070.096 13q14.2
    PIBF1 73356.236 13q22.1
    PROZ 113812.971 13q34
    RAB20 111176.012 13q34
    RASA3 114747.194 13q34
    RASL11A 27844.463 13q12.2
    RBM26 79894.099 13q31.1
    RCBTB2 49063.100 13q14.3
    RNASEH2B 51483.926 13q14.3
    RNF17 25338.338 13q12.12
    RNF6 26706.252 13q12.2
    SACS 23902.971 13q12
    SAP18 21714.713 13q12.11
    SCEL 78109.893 13q22
    SLC10A2 103697.605 13q33
    SLC15A1 99353.942 13q33-q34
    SMAD9 37422.633 13q12-q14
    SPATA13 24734.886 13q12.12
    SPRY2 80910.113 13q31.1
    ST13P4 50746.153 13q14.3
    STK24 99104.831 13q31.2-q32.3
    TBC1D4 75859.252 13q22.2
    TFDP1 114239.012 13q34
    THSD1 52951.305 13q14.3
    TNFRSF19 24164.286 13q12.11-q12.3
    TNFSF13B 108922.126 13q32-q34
    TPP2 103309.296 13q32-q33
    TPT1 45911.312 13q14
    TRIM13 50571.202 13q14
    TRPC4 38211.001 13q13.3
    TSC22D1 45007.660 13q14
    UCHL3 76123.895 13q22.2
    WASF3 27187.096 13q12
    ZIC2 100634.318 13q32

    GeneCards  

    Contributor(s)

    WrittenJul 2004Philippe Dessen, Sakari Knuutila, Jean-Loup Huret
    Updated Jean-Loup Huret, Philippe Dessen

    Citation

    This paper should be referenced as such :
    Dessen P, Knuutila S, Huret JL . Chromosome . Atlas Genet Cytogenet Oncol Haematol. Jul 2004 .
    URL : http://AtlasGeneticsOncology.org/Indexbychrom/idxa_13.html
    Dessen P, Huret JL . Chromosome . Atlas Genet Cytogenet Oncol Haematol. .
    URL : http://AtlasGeneticsOncology.org/Indexbychrom/idxa_13.html
    © Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology
    indexed on : Wed Sep 1 08:32:00 CEST 2010
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