Chromosome

Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology


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Chromosome 13

Chromosome 13 : G-banding, diagram and R-banding - Claude Léonard, Jean-Loup Huret

Chromosome 13 diagrams ISCN 2009 - Courtesy Nicole Chia

ENTITIES: by Chromosome band

13 13p 13q 13p13 13p12 13p11 13p10 13q10 13q11 13q12 13q13 13q14 13q21 13q22 13q31 13q32 13q33 13q34

Leukaemia     

der(1;13)(q10;q10)
del(13q) in ALL
del(13q) in chronic lymphoproliferative diseases
del(13q) in myeloid malignancies
del(13q)
del(13q) in multiple myeloma
del(13q) in non-Hodgkin's lymphoma
+13 or trisomy 13
t(1;13)(q32;q14)
t(2;13)(p16;q12) SPTBN1/FLT3
t(3;13)(q27;q14) LCP1/BCL6
t(8;13)(p11;q12) ZMYM2/FGFR1
t(9;13)(p12;q21) PAX5/DACH1
t(12;13)(p13;q12) ETV6/FLT3
t(12;13)(p13;q14) LIN00598/ETV6
t(12;13)(p12;q12) ETV6/CDX2
t(13;19)(q14;p13) TCF3/?

Solid Tumors     

del(13)(q14) RB1
t(1;13)(p36;q14) PAX7/FOXO1
t(1;13)(p36;q14) PAX7/FOXO1
t(1;13)(p36;q14) PAX7/FOXO1
t(1;13)(p36;q14) PAX7/FOXO1
t(2;13)(q35;q14) PAX3/FOXO1
t(2;13)(q35;q14) PAX3/FOXO1
t(2;13)(q35;q14) PAX3/FOXO1
t(2;13)(q35;q14) PAX3/FOXO1
t(3;13)(q21;q33) TNFSF13B/MYLK
t(6;13)(p21;q12) RPL7L1/CDK8
t(8;13)(p11;q14) FOXO1/FGFR1
t(8;13)(p11;q14) FOXO1/FGFR1
t(8;13)(p11;q14) FOXO1/FGFR1
t(11;13)(q24;q14) APLP2/TNFSF11
t(12;13)(q14;q13) HMGA2/LHFP
t(12;13)(q14;q13) HMGA2/LHFP
t(13;13)(q12;q14) DLEU2/PSPC1
t(13;20)(q12;p12) MACROD2/MPHOSPH8

Cancer prone diseases     

Retinoblastoma

All Genes by Location (Kb)

Chromosome 13 by location

Losses / Amplicons     

BONE/SOFT TISSUE



External links     

  • Chromosome 13 - HUGO Chromosomes
  • Chromosome 13 - GoldenPath - Santa Cruz
  • Chromosome 13 - Ensembl Project
  • Chromosome 13 - Map View - NCBI
  • Chromosome 13 - Genome Home Reference
  • Chromosome 13 - OMIM Gene map
  • Chromosome 13 - Genomic Variants
  • Chromosome 13 - HAPMAP Project
  • Chromosome 13 - Genome Channel - ORNL
  • Chromosome 13 - LaunchPad HGMIS
  • Chromosome 13 - Human Protein Atlas
  • Chromosome 13 - Array BAC clone - Roswell Park Cancer Institute
  • Chromosome 13 - Human BAC Resource (NCBI)
  • Chromosome 13 FISH-mapped BACs (CCAP)
  • Genetic Maps (CHLC)
  • YACs mapped by FISH (Bari)
  • PCP (Partial Chromosome Paints) (Bari)
  • Mouse homology - OMIM - NCBI
  • Chromosome 13 Cancer GeneWeb
  • Human Proteomics Initiative (UniProt)
  • Cytogenetic marker FISH (Abbott)
  • FISH Probes DAKO
  • SureFISH Probes
  • CytoCell
  • Kreatech Diagnostic/

  • Genes

    Annotated genes
    Symbol(↓)Location hg19 (Kb)(↓)    Band(↓)
    BRCA2 32889.617     13q12.3
    CCNA1 37006.409     13q12.3-q13
    CDX2 28536.205     13q12.3
    CLDN10 96085.853     13q31-q34
    ERCC5 103498.191     13q33
    FLT3 28577.411     13q12
    FOXO1 41129.801     13q14.1
    GPC5 92050.873     13q32
    HSPH1 31709.111     13q12.3
    ING1 111367.784     13q34
    INTS6 51935.701     13q14.3
    KLF5 73629.114     13q22.1
    LATS2 21547.176     13q12.11
    LCP1 46700.058     13q14.3
    LHFP 39917.029     13q12
    LINC00598 41025.071     13q14.11
    OLFM4 53602.876     13q14.3
    PDX1 28494.168     13q12.1
    POU4F1 79173.230     13q31.1
    RAP2A 98086.475     13q34
    RB1 48877.883     13q14.2
    STARD13 33691.685     13q13.1
    ZMYM2 20532.848     13q11-q12

    Other genes
    Symbol(↓)Location hg19 (Kb)(↓)    Band(↓)
    ABCC4 95748.025     13q32
    ABHD13 108870.763     13q33.3
    ADPRHL1 114076.255     13q34
    AKAP11 42846.289     13q14.11
    ALG11 52586.523     13q14.2
    ALG5 37523.908     13q13.3
    ALOX5AP 31287.615     13q12
    AMER2 25735.817     13q12.13
    ANKRD10 111545.039     13q34
    ANKRD10-IT1 111552.342     -
    ANKRD20A19P 24481.423     13q12.12
    ANKRD20A9P 19408.543     13q11
    ANKRD26P3 19836.940     13q12.11
    ARGLU1 107195.662     13q33.3
    ARHGEF7 111767.624     13q34
    ARHGEF7-AS1 111796.652     13q34
    ARHGEF7-AS2 111766.159     13q34
    ARHGEF7-IT1 111774.999     13q34
    ARL11 50202.435     13q14.2
    ATP11A 113344.643     13q34
    ATP11A-AS1 113399.763     13q34
    ATP11AUN 113301.358     13q34
    ATP12A 25254.549     13q12.12|13q12.1-q12.3
    ATP4B 114303.122     13q34
    ATP5EP2 28519.343     13q12
    ATP7B 52506.806     13q14.3
    ATP8A2 25946.209     13q12
    ATXN8 70711.964     13q21
    ATXN8OS 70681.345     13q21
    B3GLCT 31774.112     13q12.3
    BASP1P1 23471.169     13q12.12
    BIVM 103451.399     13q33.1
    BIVM-ERCC5 103459.496     13q
    BORA 73302.042     13q22.1
    BTF3P11 77502.585     13q22
    C1QTNF9 24883.716     13q12.12
    C1QTNF9B 24465.238     13q12.12
    C1QTNF9B-AS1 24463.028     13q12
    CAB39L 49882.786     13q14.2
    CARKD 111267.931     13q34
    CARS2 111293.757     13q34
    CCDC122 44410.489     13q14.11
    CCDC168 103381.717     13q33.1
    CCDC169 36804.912     13q13.3
    CCDC169-SOHLH2 36742.345     13q
    CCDC70 52436.117     13q14.3
    CDADC1 49822.047     13q14.2
    CDC16 115000.362     13q34
    CDK8 26828.756     13q12
    CENPJ 25456.412     13q12.12
    CHAMP1 115079.965     13q34
    CKAP2 53029.495     13q14
    CLDN10-AS1 96131.698     -
    CLN5 77566.059     13q21.1-q32
    CLYBL 100258.918     13q32
    CLYBL-AS1 100378.497     13q22.3
    CLYBL-AS2 100342.352     13q32.3
    COG3 46039.030     13q14.13
    COG6 40229.764     13q14.11
    COL4A1 110843.088     13q34
    COL4A2 110959.631     13q34
    COL4A2-AS1 111154.923     -
    COL4A2-AS2 111108.744     13q34
    COMMD6 76099.355     13q22
    CPB2 46627.322     13q14.11
    CPB2-AS1 46626.983     -
    CRYL1 20977.806     13q12.11
    CSNK1A1L 37677.397     13q13.3
    CTAGE10P 50464.545     13q14.2
    CTAGE11P 75811.889     13q22.2
    CTAGE3P 52481.957     13q14.3
    CUL4A 113863.819     13q34
    CYSLTR2 49227.847     13q14.2
    DACH1 72012.098     13q22
    DAOA 106118.565     13q33.2|13q34
    DAOA-AS1 106111.406     13q33.2|13q34
    DCLK1 36342.789     13q13
    DCT 95091.841     13q32
    DCUN1D2 114110.134     13q34
    DGKH 42614.172     13q14.11
    DHRS12 52344.913     13q14.3
    DIAPH3 60239.723     13q21.2
    DIAPH3-AS1 60586.852     -
    DIAPH3-AS2 60718.832     -
    DIS3 73329.540     13q22.1
    DLEU1 50656.573     13q14.3
    DLEU1-AS1 51095.069     13q14.3
    DLEU2 50556.688     13q14.3
    DLEU7 51397.041     13q14.3
    DLEU7-AS1 51381.991     -
    DNAJC15 43597.362     13q14.1
    DNAJC3 96329.393     13q32.1
    DNAJC3-AS1 96325.092     13q32.1
    DOCK9 99445.741     13q32.3
    DOCK9-AS1 99484.338     13q32.3
    DOCK9-AS2 99738.977     13q32.3
    DZIP1 96230.456     13q32.1
    EBPL 50234.812     13q12-q13
    EDNRB 78469.616     13q22
    EDNRB-AS1 78393.072     -
    EEF1DP3 32524.296     13q13.1
    EFNB2 107142.079     13q33
    ELF1 41506.055     13q13
    ENOX1 43787.700     13q14.11
    ENOX1-AS2 44022.988     13q14.11
    EPSTI1 43460.524     13q13.3
    ERICH6B 46115.432     13q14.13
    ERVK-19 46858.132     19q11
    ERVK-4 46858.132     3q21.2
    ESD 47345.391     13q14.1-q14.2
    EXOSC8 37574.678     13q13.1
    F10 113777.113     13q34
    F10-AS1 113782.469     13q34
    F7 113760.102     13q34
    FAM124A 51796.470     13q14.3
    FAM155A 107820.879     13q33.3
    FAM155A-IT1 108439.709     13q33.3
    FAM216B 43355.686     13q14.11
    FAM58DP 19956.348     -
    FARP1 98795.352     13q32.2
    FBXL3 77579.389     13q22
    FGF14 102373.205     13q34
    FGF14-AS1 103019.880     13q33.1
    FGF14-AS2 103046.928     13q33.1
    FGF14-IT1 102944.670     13q33.1
    FGF9 22245.215     13q11-q12
    FKSG29 100003.674     13q32.3
    FLJ26086 28533.758     13q12.2
    FLJ31945 50699.952     13q14.2
    FLT1 28959.688     13q12
    FNDC3A 49550.048     13q14.2
    FREM2 39261.173     13q13.3
    FRY 32605.437     13q13.1
    FRY-AS1 32598.196     13q13.1
    GAS6 114523.522     13q34
    GAS6-AS2 114567.150     13q34
    GGACT 101182.418     13q32.3
    GJA3 20712.395     13q12.11
    GJB2 20761.604     13q11-q12
    GJB6 20796.101     13q12
    GPALPP1 45563.687     13q14.12
    GPC5-AS1 93353.642     -
    GPC5-AS2 92992.047     13q31.3
    GPC6 93879.078     13q32
    GPC6-AS1 94806.447     13q31.3
    GPC6-AS2 94470.677     -
    GPR12 27329.339     13q12
    GPR180 95254.104     13q32.1
    GPR18 99906.967     13q32
    GPR183 99946.789     13q32.3
    GRK1 114321.597     13q34
    GRK6P1 21893.231     13q12.11
    GRTP1 113979.158     13q34
    GRTP1-AS1 114005.988     13q34
    GSX1 28366.780     13q12.2
    GTF2F2 45694.631     13q14
    GTF3A 27998.681     13q12.3-q13.1
    GUCY1B2 51568.769     13q14.3
    HMGB1 31032.879     13q12
    HNRNPA1L2 53191.605     13q14.3
    HS6ST3 96743.093     13q32.1
    HSP90AB6P 97536.096     13q32.1
    HTR2A 47405.677     13q14-q21
    HTR2A-AS1 47426.275     13q14.2
    IFT88 21141.208     13q12.1
    IL17D 21277.482     13q11
    INTS6-AS1 52027.481     -
    IPO5 98605.929     13q32.2
    IRG1 77526.624     13q22.3
    IRS2 110406.184     13q34
    ITGBL1 102104.944     13q33
    ITM2B 48807.274     13q14.3
    KATNAL1 30776.767     13q12.3
    KBTBD6 41701.709     13q14.11
    KBTBD7 41765.711     13q14.11
    KCNRG 50589.390     13q14.2
    KCTD12 77454.304     13q22.3
    KCTD4 45766.988     13q14.12
    KDELC1 103436.631     13q33
    KIAA0226L 46916.135     13q14.13
    KL 33590.571     13q12
    KLF12 74260.149     13q22
    KLHL1 70274.725     13q21
    KPNA3 50273.443     13q14.3
    LACC1 44453.420     13q14.11
    LAMP1 113951.469     13q34
    LECT1 53277.400     13q14.3
    LIG4 108859.792     13q33-q34
    LINC00282 52387.483     13q14.3
    LINC00284 44596.471     13q14.11
    LINC00297 30446.750     -
    LINC00327 24043.651     -
    LINC00330 45373.640     13q14.11
    LINC00331 79361.454     -
    LINC00332 40755.946     -
    LINC00333 84714.737     -
    LINC00343 106359.179     13q33.2
    LINC00346 111521.560     13q34
    LINC00347 75126.980     13q21.33
    LINC00348 71589.273     13q21.33
    LINC00351 85937.738     -
    LINC00353 90201.048     -
    LINC00354 112547.692     13q34
    LINC00355 64560.504     13q21.31
    LINC00358 62577.658     13q21.31
    LINC00359 97593.535     13q
    LINC00363 93697.594     13q31.3
    LINC00364 67946.519     13q21.32
    LINC00365 30677.315     13q12.3
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    STK24 99102.453     13q31.2-q32.3
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    SUGT1 53226.831     13q14.3
    SUGT1P3 41486.025     13q14.11
    SUPT20H 37583.451     13q13.3
    TBC1D4 75858.800     13q22.2
    TDRD3 60971.427     13q21.2
    TEX26 31506.834     13q12.3
    TEX26-AS1 31456.972     -
    TEX29 111968.532     13q34
    TEX30 103418.238     13q33.1
    TFDP1 114239.056     13q34
    TGDS 95226.308     13q32.1
    THSD1 52951.303     13q14.3
    TM9SF2 100153.628     13q32.3
    TMCO3 114145.308     13q34
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    TMTC4 101256.090     13q32.3
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    TNFRSF19 24153.499     13q12.11-q12.3
    TNFSF11 43148.291     13q14
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    TPT1 45907.606     13q14
    TPT1-AS1 45915.480     13q14.13
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    TPTE2P2 52793.484     13q14.3
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    TPTE2P5 41371.121     13q14.11
    TPTE2P6 25154.346     13q12.12
    TRIM13 50571.143     13q14
    TRPC4 38210.773     13q13.3
    TSC22D1 45006.279     13q14
    TSC22D1-AS1 45150.032     13q14.11
    TUBA3C 19747.910     13q11
    TUBGCP3 113139.319     13q34
    TUSC8 44974.386     13q14.11
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    UBAC2-AS1 99848.628     13q32.3
    UBL3 30338.545     13q12-q13
    UCHL3 76123.616     13q22.2
    UFM1 38923.908     13q13.3
    UGGT2 96453.836     13q32.1
    UPF3A 115047.059     13q34
    URAD 28552.243     13q12.2
    USP12 27640.287     13q12.13
    USP12-AS1 27699.670     13q12.13
    USP12-AS2 27746.396     13q12.13
    USPL1 31191.830     13q12-q14
    UTP14C 52598.827     13q14.2
    VPS36 52986.737     13q14.3
    VWA8 42293.473     13q14.11
    VWA8-AS1 42535.305     -
    WASF3 27131.840     13q12
    WBP4 41635.697     13q14.11
    WDFY2 52158.484     13q14.3
    XPO4 21351.468     13q11
    ZAR1L 32877.908     13q13.1
    ZC3H13 46536.314     13q14.13
    ZDHHC20 21946.710     13q12.11
    ZIC2 100634.026     13q32
    ZIC5 100615.275     13q32.3
    ZMYM5 20411.593     13q12

    Contributor(s)

    WrittenJul 2004Philippe Dessen, Sakari Knuutila, Jean-Loup Huret
    UpdatedAug 2015Philippe Dessen, Jean-Loup Huret

    Citation

    This paper should be referenced as such :
    Dessen P, Knuutila S, Huret JL . Chromosome . Atlas Genet Cytogenet Oncol Haematol. Jul 2004 .
    URL : http://AtlasGeneticsOncology.org/Indexbychrom/idxa_13.html
    Dessen P, Huret JL . Chromosome . Atlas Genet Cytogenet Oncol Haematol. Aug 2015 .
    URL : http://AtlasGeneticsOncology.org/Indexbychrom/idxa_13.html
    © Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology
    indexed on : Wed Aug 26 19:33:58 CEST 2015


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