Chromosome

Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology

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Taking over the Atlas
Dear Colleagues,
The Atlas, once more, is in great danger, and I will have to proceed to a collective economic lay-off of all the team involved in the Atlas before the begining of April 2015 (a foundation having suddenly withdrawn its commitment to support the Atlas). I ask you herein if any Scientific Society (a Society of Cytogenetics, of Clinical Genetics, of Hematology, or a Cancer Society, or any other...), any University and/or Hospital, any Charity, or any database would be interested in taking over the Atlas, in whole or in part. If taking charge of the whole lot is too big, a consortium of various actors could be the solution (I am myself trying to find partners). Could you please spread the information, contact the relevant authorities, and find partners.
Survival of the Atlas will be critically dependant upon your ability to find solutions (and urgently!).
Kind regards.
Jean-Loup Huret jlhuret@AtlasGeneticsOncology.org
Donations are also welcome
If each casual visitor gives 3 Euros or Dollars, the Atlas is saved in a week !
If each professional gives 100 Euros or Dollars once a year (now), the Atlas is saved in 2 weeks !
Don't let the Atlas imminent demise
 Note: we send fiscal receipts for donations equal or above 50 Euros or Dollars

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Chromosome 19

Chromosome 19 : G-banding, diagram and R-banding - Claude Léonard, Jean-Loup Huret
Chromosome 19 diagrams ISCN 2009 - Courtesy Nicole Chia

Leukaemia     

+19 or trisomy 19
inv(19)(p13q13)
t(1;19)(p13;p13.1)
t(1;19)(q23;p13) TCF3/PBX1
t(2;19)(p23;p13) TPM4/ALK
t(2;19)(p12;q13) IGK/BCL3
t(2;19)(p11;p13)
t(3;19)(q27;q13) NAPA/BCL6
t(7;19)(q34;p13) TRB/LYL1
t(8;19)(p11;q13) KAT6A/?
t(8;19)(p11;q13) ERVK-6/FGFR1
t(11;19)(q23;p13.1) KMT2A/ELL
t(11;19)(q23;p13.3) KMT2A/MLLT1
t(11;19)(q23;p13) KMT2A/SH3GL1
t(11;19)(q23;p13.3) KMT2A/ACER1
t(12;19)(p13;p13) TCF3/ZNF384
t(12;19)(q13;q13)
t(13;19)(q14;p13) TCF3/?
t(14;19)(q32;q13) IGH/BCL3
t(14;19)(q32;q13) IGH/CEBPA
t(17;19)(q22;p13) TCF3/HLF
t(19;19)(p13;q13) TCF3/TFPT
t(19;21)(q13.4;q22) RUNX1 truncated
t(19;22)(q13;q11) BCL3/IGL

Solid Tumors     

del(19q)
del(19)(p13p13) DNM2/KCNN1
del(19)(q13q13) PPP1R37/KLC3
inv(19)(p13p13) GIPC1/PKN1
t(1;19)(p36;q13) UBE4B/TBCB
t(1;19)(q10;q10)
t(1;19)(q23;p13) TCF3/PBX1
t(2;19)(p23;p13) TPM4/ALK
t(2;19)(p23;p13) TPM4/ALK
t(2;19)(p23;p13) TPM4/ALK
t(2;19)(q11;q13) XRCC1/MAL
t(3;19)(q27;q13) ACTN4/IGF2BP2
t(4;19)(q35;q13) CIC/DUX4
t(4;19)(q35;q13) CIC-DUX4
t(9;19)(p13;p13) FAM219A/S1PR5
t(10;19)(q22;q13) FTL/SFTPA2
t(11;19)(p15;p13) H19/CALR
t(11;19)(q11;q13) MALAT1
t(11;19)(q21;p13) CRTC1/MAML2
t(11;19)(q21;p13) CRTC1/MAML2
t(14;19)(q13;q13) AXL/MBIP
t(15;19)(q14;p13) BRD4/NUTM1
t(17;19)(q21;q13) KLK2/ETV4
t(19;19)(p13;p13) C19ORF25/APC2
t(19;19)(p13;p13) MIER2/NMRK2
t(19;19)(p13;p13) OAZ1/SF3A2
t(19;19)(p13;p13) DNM2/ILF3
t(19;19)(p13;p13) NFIX/GATAD2A
t(19;19)(p13;p12) UNC13A/ZNF492
t(19;19)(p13;q13) STRN4/TECR
t(19;19)(q13;q13) ZNF649/ZNF577
t(19;19)(q13;q13) LSM14A/SIPA1L3
t(19;19)(q13;q13) RHPN2/ANKRD27
t(19;19)(q13;q13) BCL3/HIPK4
t(19;19)(q13;q13) SIPA1L3/CD22
t(19;21)(p13;q22) ITSN1/ZNF490
t(19;22)(p12;q11) MMP11/ZNF714
t(19;22)(q13;q12) EWSR1/ZNF444
t(19;22)(q13;q12) EWSR1/ZNF444

Cancer prone diseases     

Congenital neutropenia
Diamond-Blackfan anemia (DBA)
Peutz-Jeghers syndrome

All Genes by Location (Kb)
Chromosome 19 by location

Losses / Amplicons     

BONE/SOFT TISSUE

External links     

  • Chromosome 19 - HUGO Chromosomes
  • Chromosome 19 - GoldenPath - Santa Cruz
  • Chromosome 19 - Ensembl Project
  • Chromosome 19 - Map View - NCBI
  • Chromosome 19 - Genome Home Reference
  • Chromosome 19 - OMIM Gene map
  • Chromosome 19 - Genomic Variants
  • Chromosome 19 - HAPMAP Project
  • Chromosome 19 - Genome Channel - ORNL
  • Chromosome 19 - LaunchPad HGMIS
  • Chromosome 19 - Human Protein Atlas
  • Chromosome 19 - Array BAC clone - Roswell Park Cancer Institute
  • Chromosome 19 - Human BAC Resource (NCBI)
  • Chromosome 19 FISH-mapped BACs (CCAP)
  • Genetic Maps (CHLC)
  • YACs mapped by FISH (Bari)
  • PCP (Partial Chromosome Paints) (Bari)
  • Mouse homology - OMIM - NCBI
  • Chromosome 19 Cancer GeneWeb
  • Human Proteomics Initiative (UniProt)
  • Cytogenetic marker FISH (Abbott)
  • FISH Probes DAKO
  • SureFISH Probes
  • CytoCell
  • Kreatech Diagnostic/

    • Genes

    Annotated genes
    Ordered by Name Ordered by Location
     Kb pter-qter
    ACTN4 39138.267 19q13
    AKT1S1 50372.290 19q13.33
    AKT2 40736.224 19q13.1-q13.2
    ATF5 50432.400 19q13.3
    AXL 41732.660 19q13.1
    BAX 49458.117 19q13.3-q13.4
    BBC3 47724.079 19q13.3-q13.4
    BCL2L12 50168.399 19q13.3
    BRD4 15357.847 19
    CADM4 44126.522 19q13.32
    CARD8 48711.343 19q13.33
    CBLC 45281.126 19q13.2
    CD97 14491.956 19p13
    CEACAM1 43011.458 19q13.2
    CEBPA 33790.840 19q13.1
    CRTC1 18794.425 19p13
    CXCL17 42932.695 19q13.2
    CYP2A6 41349.443 19q13.2
    DNMT1 10244.022 19p13.2
    DYRK1B 40315.987 19q13.2
    ELAVL1 8023.457 19p13.2
    ELL 18553.473 19p13.1
    EMP3 48828.629 19q13.3
    ERCC1 45910.591 19q13.32
    ERCC2 45854.649 19q13.3
    FCER2 7753.643 19p13.3
    FKBP8 18642.568 19p12
    FPR1 52249.023 19q13.41
    FSTL3 676.389 19p13
    FXYD3 35606.732 19q13.11-q13.12
    FXYD5 35645.845 19q13.12
    GADD45GIP1 13064.970 19p13.2
    GDF15 18496.968 19p13.11
    GLTSCR2 48248.793 19q13.3
    GNA11 3094.408 19p13.3
    ICAM1 10381.517 19p13.3-p13.2
    JAK3 17935.593 19p13-p12
    JUNB 12902.310 19p13.13
    JUND 18390.504 19p13.2
    KLK10 51516.000 19q13
    KLK11 51525.487 19q13.33
    KLK4 51409.608 19q13.3-q13.4
    KLK5 51446.559 19q13.33
    KLK7 51479.735 19q13.33
    KLK8 51499.264 19q13
    LPAR2 19734.466 19p12
    LYL1 13209.842 19p13.2
    LYPD3 43964.946 19q13.31
    MARK4 45754.516 19q13.2
    MIR125A 52196.507 19q13.41
    MIR23A 13947.401 19p13.13
    MIR27A 13947.254 19p13.13
    MIR373 54291.959 19q13.42
    MLLT1 6210.392 19p13.3
    MUC16 8959.520 19p13.2
    NACC1 13229.102 19p13.13
    NAPA 47990.891 19q13.33
    NOTCH3 15270.444 19p13.2-p13.1
    PAF1 39876.270 19q13.1
    PCSK4 1481.427 19p13.3
    PDCD5 33072.094 19q13.11
    PEG3 57321.445 19q13.4
    PLAUR 44150.247 19q13
    PPP1R13L 45882.892 19q13.32
    PTBP1 797.392 19p13.3
    RELB 45504.707 19q13.32
    RUVBL2 49497.156 19q13.3
    SCAF1 50145.382 19q13.3-q13.4
    SH3GL1 4360.364 19p13.3
    SLC1A5 47278.140 19q13.32
    SLC5A5 17982.782 19p13.11
    SMARCA4 11071.598 19p13.3
    STK11 1205.798 19p13.3
    TCF3 1609.289 19p13.3
    TFPT 54610.320 19q13
    TGFB1 41836.436 19q13.1
    TPM4 16178.317 19p13.1
    VAV1 6772.679 19p13.2
    ZBTB7A 4045.216 19p13.3
    ZNF146 36705.504 19q13.1
    Other genes
    possibly implicated
    in cancer
    Ordered by Name Ordered by Location
     Kb pter-qter
    1060P11.3 55266.474 -
    A1BG 58858.172 19q
    A1BG-AS1 58863.336 19q13.43
    ABCA7 1040.102 19p13.3
    ABHD17A 1876.975 19p13.3
    ABHD8 17402.940 19p13.12
    ACER1 6306.510 19p13.3
    ACP5 11685.475 19p13.2
    ACPT 51293.672 19q13.33
    ACSBG2 6135.644 19p13.3
    ACTL9 8807.747 19p13.2
    ADAMTS10 8645.124 19p13.3
    ADAMTSL5 1505.017 19p13.3
    ADAT3 1905.371 19p13.3
    ADCK4 41197.434 19q13.2
    ADM5 50191.942 19q13.33
    AES 3052.908 19p13.3
    AKAP8 15464.332 19p13.12
    AKAP8L 15490.859 19p13.13-p13.12
    ALDH16A1 49956.473 19q13.33
    ALKBH6 36500.022 19q13.12
    ALKBH7 6372.444 19p13.3
    AMH 2249.113 19p13.3
    ANGPTL4 8429.011 19p13.3
    ANGPTL6 10203.013 19p13.2
    ANKLE1 17392.454 19p13.11
    ANKRD24 4183.351 19p13.3
    ANKRD27 33087.907 19q13.12
    ANO8 17434.032 19p13.12
    AP1M1 16308.665 19p13.12
    AP1M2 10683.347 19p13.2
    AP2A1 50270.180 19q13.3
    AP2S1 47341.415 19q13.2-q13.3
    AP3D1 2100.987 19p13.3
    APBA3 3750.771 19p13.3
    APC2 1450.148 19p13.3
    APLP1 36359.401 19q
    APOC1 45417.921 19q13.2
    APOC1P1 45430.060 19q13.2
    APOC2 45449.239 19q13.2
    APOC4 45445.495 19q13.2
    APOC4-APOC2 45445.495 19q13.32
    APOE 45409.039 19q13.31
    ARHGAP33 36266.417 19q13.13
    ARHGAP35 47421.933 19q13.32
    ARHGEF1 42387.267 19q13.13
    ARHGEF18 7504.574 19p13.3
    ARID3A 926.037 19p13.3
    ARMC6 19144.387 19p13
    ARRDC2 18111.941 19p13.12
    ARRDC5 4890.449 19p13.3
    ASF1B 14230.321 19p13.12
    ASNA1 12848.306 19p13.13
    ASPDH 51014.857 19q13.33
    ATCAY 3880.618 19p13.3
    ATG4D 10654.570 19p13.2
    ATP13A1 19756.010 19p13.11
    ATP1A3 42470.734 19q13.2
    ATP4A 36041.095 19q13.1
    ATP5D 1241.749 19p13.3
    ATP5SL 41937.223 19q13.2
    ATP8B3 1782.074 19p13.3
    AURKC 57742.428 19q13.3-qter
    AZU1 827.831 19p13.3
    B3GNT3 17905.919 19p13.1
    B3GNT8 41931.264 19q13
    B9D2 41860.322 19q13.2
    BABAM1 17378.185 19p13.11
    BCAM 45312.316 19q12-q13
    BCAT2 49298.319 19
    BCKDHA 41903.694 19q13.1-q13.2
    BCL3 45251.978 19q13.1-q13.2
    BEST2 12863.407 19p13.2-p13.12
    BHMG1 46242.888 19q13.32
    BIRC8 53792.854 19q13.3-q13.4
    BLOC1S3 45682.003 19q13.32
    BLVRB 40953.691 19q13.1-q13.2
    BRSK1 55795.534 19q13.4
    BSG 572.454 19p13.3
    BSPH1 48471.303 19q13.32
    BST2 17513.748 19p13.2
    BTBD2 1985.447 19p13.3-p12
    C19orf10 4657.557 19p13.3
    C19orf12 30189.793 19q13.11
    C19orf18 58469.805 19q13.43
    C19orf24 1275.520 19p13.3
    C19orf25 1473.200 19p13.3
    C19orf26 1229.947 19p13.3
    C19orf33 38794.804 19q13.2
    C19orf35 2274.631 19p13.3
    C19orf38 10959.106 19p13.2
    C19orf40 33463.148 19q13.11
    C19orf43 12841.454 19p13.2
    C19orf44 16607.122 19p13.11
    C19orf45 7562.445 19p13.2
    C19orf47 40826.967 19q13.2
    C19orf48 51300.950 19q13.33
    C19orf52 11039.424 19p13.2
    C19orf53 13885.257 19p13.2
    C19orf54 41246.761 19q13.2
    C19orf57 13993.168 19p13.12
    C19orf60 18699.495 19p13.11
    C19orf66 10196.806 19p13.2
    C19orf67 14192.444 19p13.12
    C19orf68 48673.949 19q13.32
    C19orf70 5678.433 19p13.3
    C19orf71 3539.155 19p13.3
    C19orf73 49621.654 19q13.33
    C19orf80 11350.295 19p13.2
    C19orf81 51152.702 19q13.33
    C19orf83 46144.905 19q13.32
    C19orf84 51891.543 19q13.41
    C2CD4C 405.443 19p13.3
    C3 6677.846 19p13.3-p13.2
    C3P1 10153.159 19p13.2
    C5AR1 47813.104 19q13.3-q13.4
    C5AR2 47835.404 19q13.33
    CA11 49141.272 19q13.3
    CABP5 48532.640 19q13.3
    CACNA1A 13317.256 19p13
    CACNG6 54495.542 19q13.4
    CACNG7 54415.991 19q13.4
    CACNG8 54466.290 19q13.4
    CACTIN 3610.627 19p13.3
    CACTIN-AS1 3607.245 19p13.3
    CALM3 47104.512 19q13.2-q13.3
    CALR 13049.414 19p13.3-p13.2
    CALR3 16589.868 19p13.11
    CAMSAP3 7660.788 19p13.3-p13.2
    CAPN12 39220.832 19q13.2
    CAPNS1 36630.918 19q13.1
    CAPS 5914.193 19p13.3
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    Contributor(s)

    WrittenJul 2004Philippe Dessen, Sakari Knuutila, Jean-Loup Huret
    UpdatedFeb 2015Philippe Dessen, Jean-Loup Huret

    Citation

    This paper should be referenced as such :
    Dessen P, Knuutila S, Huret JL . Chromosome . Atlas Genet Cytogenet Oncol Haematol. Jul 2004 .
    URL : http://AtlasGeneticsOncology.org/Indexbychrom/idxa_19.html
    Dessen P, Huret JL . Chromosome . Atlas Genet Cytogenet Oncol Haematol. Feb 2015 .
    URL : http://AtlasGeneticsOncology.org/Indexbychrom/idxa_19.html
    © Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology
    indexed on : Fri Feb 20 19:09:43 CET 2015

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