Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology


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Chromosome 20

Chromosome 20 : G-banding, diagram and R-banding - Claude Léonard, Jean-Loup Huret
Chromosome 20 diagrams ISCN 2009 - Courtesy Nicole Chia

Leukaemia     

dic(17;20)(p11.2;q11.2)
del(20q)
+20 or trisomy 20 (solely)
ider(20q) in Myeloid Malignancies
t(6;20)(q13;q12) LMBRD1/CHD6
t(6;20)(q15;q11.2) BACH2/BCL2L1
t(8;20)(p11;q13) KAT6A/NCOA3
t(X;20)(q13;q13.3)
t(11;20)(p15;q11) NUP98/TOP1
t(11;20)(q23;q11) KMT2A/MAPRE1
t(12;20)(q15;q11.2) HMGA2 truncated
t(14;20)(q32;q13) IGH/CEBPB
t(20;21)(q11;q22) RUNX1/?
t(20;21)(q13;q22) RUNX1/?
t(20;21)(q13.2;q22.12) ZFP64/RUNX1

Solid Tumors     

inv(20)(q11q13) CEP250/DPM1
t(1;20)(p34;q11) BCL2L1/BMP8B
t(1;20)(p34;q11) BCL2L1/DEM1
t(1;20)(p34;q11) BCL2L1/RIMS3
t(1;20)(p34;q11) BCL2L1/RLF
t(1;20)(p34;q11) BCL2L1/ZNF643
t(1;20)(p34;q11) BCL2L1/ZNF684
t(1;20)(p34;q11) PPT1/BCL2L1
t(1;20)(p34;q11) RLF/HM13
t(6;20)(p21;p12) CRLS1/KCNK17
t(6;20)(q22;q12) SDC4/ROS1
t(X;20)(p11;p12) SPTLC3/MAOA
t(X;20)(p11;q13) SS18L1/SSX1
t(18;20)(p11;q13) PHACTR3/PTPRM
t(20;20)(q11;q11) BCL2L1/HM13
t(20;20)(q11;q11) TPX2/HM13
t(20;22)(q13;q12) EWSR1/NFATC2
t(20;22)(q13;q12) EWSR1/NFATC2

Cancer prone diseases     

Alagille syndrome (AGS)
McCune Albright syndrome

All Genes by Location (Kb)

Chromosome 20 by location

Losses / Amplicons     

BONE/SOFT TISSUE



External links     

  • Chromosome 20 - HUGO Chromosomes
  • Chromosome 20 - GoldenPath - Santa Cruz
  • Chromosome 20 - Ensembl Project
  • Chromosome 20 - Map View - NCBI
  • Chromosome 20 - OMIM Gene map
  • Chromosome 20 - Genomic Variants
  • Chromosome 20 - HAPMAP Project
  • Chromosome 20 - Genome Channel - ORNL
  • Chromosome 20 - LaunchPad HGMIS
  • Chromosome 20 - Human Protein Atlas
  • Chromosome 20 - Array BAC clone - Roswell Park Cancer Institute
  • Chromosome 20 - Human BAC Resource (NCBI)
  • Chromosome 20 FISH-mapped BACs (CCAP)
  • Genetic Maps (CHLC)
  • YACs mapped by FISH (Bari)
  • PCP (Partial Chromosome Paints) (Bari)
  • Mouse homology - OMIM - NCBI
  • Chromosome 20 Cancer GeneWeb
  • Human Proteomics Initiative (UniProt)
  • Cytogenetic marker FISH (Abbott)
  • FISH Probes DAKO
  • SureFISH Probes
  • CytoCell
  • Kreatech Diagnostic/

  • Genes

    Annotated genes
    Ordered by Name Ordered by Location
     Kb pter-qter
    ASXL1 30946.147 20q11
    AURKA 54944.445 20q13
    BCAS4 49411.431 20q13
    BCL2L1 30252.261 20q11.21
    BLCAP 36145.819 20q11.23
    CHD6 40030.743 20q12
    CSE1L 47662.783 20q13
    DNMT3B 31350.191 20q11.2
    E2F1 32263.292 20q11
    EEF1A2 62119.365 20q13.3
    ERGIC3 34129.778 20pter-q12
    EYA2 45523.263 20q13.1
    GNAS 57466.426 20q13.2-q13.3
    ID1 30193.086 20q11
    JAG1 10618.332 20p12.1-p11.23
    MAFB 39314.488 20q11.1-q13.1
    MAPRE1 31407.699 20q11.1-q11.3
    MIR296 57392.670 20q13.32
    MMP9 44637.547 20q12-q13
    MYBL2 42295.659 20q13.1
    NCOA3 46130.601 20q12
    NFATC2 50003.494 20q13.2
    NKX2-2 21491.660 20p11.22
    PCNA 5095.599 20pter-p12
    PLAGL2 30780.307 20q11.21
    PLCB1 8112.912 20p12
    PLCG1 39766.161 20q12-q13.1
    PRND 4702.500 20pter-p12
    PTGIS 48120.411 20q13
    PTK6 62159.776 20q13.3
    PTPN1 49126.858 20q13.1-q13.2
    PTPRA 2844.841 20p13
    RASSF2 4760.670 20p13
    SNAI1 48599.513 20q13.2
    SRC 35973.088 20q12-q13
    SRXN1 627.268 20p13
    SS18L1 60718.822 20q13.3
    STK4 43595.120 20q11.2-q13.2
    SULF2 46286.150 20q13.12-q13.13
    TFAP2C 55204.358 20q13.2
    TGM2 36756.864 20q12
    TNFRSF6B 62328.004 20q13.33
    TOP1 39657.462 20q12-q13.1
    TPX2 30326.904 20q11.2
    UBE2C 44441.215 20q13.12
    WISP2 43343.885 20q13.12
    ZNF217 52183.610 20q13.2
    Other genes
    possibly implicated
    in cancer
    Ordered by Name Ordered by Location
     Kb pter-qter
    AAR2 34824.339 20q11.23
    ABALON 30309.310 20q11.21
    ABHD12 25280.834 20p11.21
    ABHD16B 62492.566 20q13.33
    ACOT8 44470.360 20q13.12
    ACSS1 24986.866 20p11.23-p11.21
    ACSS2 33464.328 20q11.22
    ACTL10 32254.304 20q11.22
    ACTR5 37377.097 20q12
    ADA 43248.163 20q13.12
    ADAM33 3648.620 20p13
    ADIG 37209.838 20q11.23
    ADNP 49505.455 20q13.13
    ADNP-AS1 49547.521 -
    ADRA1D 4201.278 20p13
    ADRM1 60877.952 20q13.33
    AHCY 32868.071 20q11.22
    ANGPT4 853.297 20p13
    ANKEF1 10015.697 20p12.2
    AP5S1 3801.171 20p13
    APCDD1L 57034.426 20q13.32
    APCDD1L-AS1 57090.435 20q13.32
    APMAP 24943.580 20p11.2
    ARFGAP1 61904.137 20q13.33
    ARFGEF2 47538.275 20q13.13
    ARFRP1 62329.995 20q13.3
    ARHGAP40 37230.577 20q11.23
    ASIP 32848.171 20q11.2-q12
    ATP5E 57603.733 20q13.3
    ATP9A 50213.314 20q13.2
    ATRN 3451.665 20p13
    AVP 3063.202 20p13
    B4GALT5 48249.483 20q13.1-q13.2
    BANF2 17680.593 20p12.1
    BCAS1 52560.079 20q13.2
    BFSP1 17474.550 20p12.1
    BHLHE23 61637.331 20q13.33
    BIRC7 61867.235 20q13.3
    BMP2 6748.745 20p12
    BMP7 55743.809 20q13
    BMP7-AS1 55788.752 20q13.31
    BPI 36932.552 20q11.23
    BPIFA1 31823.802 20q11.21
    BPIFA2 31755.960 20q11.21
    BPIFA3 31805.116 20q11.21
    BPIFA4P 31781.411 20q11.21
    BPIFB1 31870.941 20q11.21
    BPIFB2 31595.384 20q11.21
    BPIFB3 31643.230 20q11.21
    BPIFB4 31669.318 20q11.21
    BPIFB6 31619.454 20q11.21
    BTBD3 11873.141 20p12.2
    C20orf141 2795.633 20p13
    C20orf144 32250.092 20q11.22
    C20orf166-AS1 61141.754 20q13.33
    C20orf173 34114.799 20q11.22
    C20orf181 62474.788 20q13.33
    C20orf194 3229.948 20p13
    C20orf195 62184.373 20q13.33
    C20orf196 5731.043 20p12.3
    C20orf197 58630.980 20q13.33
    C20orf202 1184.098 20p13
    C20orf203 31219.427 20q11.21
    C20orf24 35234.137 20q11.23
    C20orf27 3734.146 20p13
    C20orf57 30435.440 20
    C20orf62 43090.403 20q13.12
    C20orf78 18790.372 20p11.23
    C20orf85 56725.983 20q13.32
    C20orf96 251.504 20p13
    CABLES2 60963.686 20q13.33
    CASC20 6407.379 -
    CASS4 54987.314 20q13.31
    CBFA2T2 32077.928 20q11
    CBLN4 54572.413 20q13
    CCM2L 30598.245 20q11.21
    CD40 44746.906 20q12-q13.2
    CD93 23059.993 20p11.21
    CDC25B 3767.419 20p13
    CDH22 44802.372 20q13.1
    CDH26 58571.417 20q13.33
    CDH4 60074.477 20q13.3
    CDK5RAP1 31946.645 20q11.21
    CDS2 5107.407 20p13
    CEBPB 48807.120 20q13.1
    CEBPB-AS1 48801.140 20q13.13
    CENPB 3764.498 20p13
    CEP250 34043.223 20q11.22
    CFAP61 20037.290 20p11.23
    CHGB 5891.974 20pter-p12
    CHMP4B 32399.110 20q11.22
    CHRNA4 61974.662 20
    CNBD2 34556.529 20q11.23
    COL20A1 61924.538 20q13.33
    COL9A3 61448.414 20q13.3
    COMMD7 31290.493 20q11
    COX4I2 30225.691 20q11.21
    CPNE1 34213.953 20q11.22
    CPXM1 2774.715 20p13
    CRLS1 5987.898 20p13-p12.3
    CRNKL1 20015.005 20p11.2
    CSE1L-AS1 47657.000 20q13.13
    CSNK2A1 463.338 20p13
    CSRP2BP 18122.868 20p11.23
    CST11 23431.041 20p11.21
    CST1 23728.190 20p11.2
    CST13P 23499.783 20p11.21
    CST2 23804.404 20p11.2
    CST3 23614.294 20p11.2
    CST4 23666.277 20p11.2
    CST5 23856.572 20p11.21
    CST7 24929.866 20p11.21
    CST8 23471.738 20p11.21
    CST9 23583.047 20p11.21
    CST9L 23545.370 20p11.21
    CSTF1 54967.427 20q13.31
    CSTL1 23420.322 20p11.21
    CTCFL 56072.224 20q13.31
    CTNNBL1 36322.357 20q11.23-q12
    CTSA 44519.591 20q13.12
    CTSZ 57570.242 20q13.32
    CYP24A1 52769.988 20q13
    DBNDD2 44034.655 20q13.12
    DDRGK1 3171.012 20p13
    DDX27 47835.832 20q13.13
    DEFB115 29845.467 20q11.1
    DEFB116 29891.015 20q11.21
    DEFB117 29948.578 20q11.21
    DEFB118 29956.421 20q11.21
    DEFB119 29976.771 20q11.21
    DEFB121 29992.648 20q11.1
    DEFB122 30009.242 20q11.21
    DEFB123 30028.411 20q11.1
    DEFB124 30053.309 20q11.1
    DEFB125 68.351 20p13
    DEFB126 123.194 20p13
    DEFB127 138.111 20p13
    DEFB128 168.527 20p13
    DEFB129 207.899 20p13
    DEFB132 238.377 20p13
    DHX35 37590.981 20q11.22-q12
    DIDO1 61509.090 20q13.33
    DLGAP4 35089.818 20q11.23
    DLGAP4-AS1 35136.105 -
    DNAJC5 62526.455 20q13.33
    DNTTIP1 44420.576 20q13.12
    DOK5 53092.011 20q13.2
    DPH3P1 61475.918 20q13.33
    DPM1 49551.405 20q13.1
    DSN1 35380.194 20q11.23
    DSTN 17550.599 20p12.1
    DTD1 18568.556 20p11.23
    DUSP15 30448.870 20q11.21
    DYNLRB1 33104.189 20q11.21
    DZANK1 18364.011 20p11.23
    EBF4 2673.524 20p13
    EDEM2 33703.160 20q11.22
    EDN3 57875.499 20q13.2-q13.3
    EIF2S2 32676.115 20q11.2
    EIF6 33866.709 20q11.2
    ELMO2 44994.690 20q13
    EMILIN3 39988.606 20q12
    ENTPD6 25176.339 20p11.21
    EPB41L1 34680.632 20q11.2-q12
    EPPIN 44169.265 20q13.12
    EPPIN-WFDC6 44164.919 20q13.12
    ESF1 13694.969 20p12.1
    FAM110A 814.340 20p13
    FAM182A 26035.291 20p11
    FAM182B 25750.234 20p11.1
    FAM209A 55099.785 20q13.31
    FAM209B 55108.302 20q13.31
    FAM210B 54933.983 20q13.2
    FAM217B 58508.819 20q13.33
    FAM65C 49202.645 20q13.13
    FAM83C 33873.534 20q11.22
    FAM83C-AS1 33873.054 20q11.22
    FAM83D 37554.955 20
    FASTKD5 3127.165 20p13
    FER1L4 34146.507 20q11.23
    FERMT1 6055.492 20p12.3
    FITM2 42935.197 20q13.12
    FKBP1A 1349.621 20p13
    FKBP1A-SDCBP2 1290.555 20p13
    FKSG49 35628.724 5q13.3
    FLJ16779 61885.330 20q13.33
    FLJ32154 61272.071 20q13.33
    FLJ33544 5296.222 20p12.3
    FLJ33581 24180.403 20p11.21
    FLJ38773 33101.875 20q11.22
    FLJ45832 29513.582 20q11.1
    FLRT3 14304.639 20p11
    FOXA2 22561.642 20p11
    FOXS1 30432.103 20q11.1-q11.2
    FRG1B 29611.879 20q11.1
    GATA5 61038.553 20q13.33
    GCNT7 55066.548 20q13.2
    GDAP1L1 42875.898 20q12
    GDF5 34021.145 20q11.2
    GDF5OS 34020.827 20q11.2
    GFRA4 3639.939 20p13-p12
    GGT7 33432.523 20q11.22
    GGTLC1 23965.690 20p11.21
    GHRH 35879.490 20q11.2
    GID8 61569.441 20q13.33
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    Contributor(s)

    WrittenJul 2004Philippe Dessen, Sakari Knuutila, Jean-Loup Huret
    UpdatedDec 2014Philippe Dessen, Jean-Loup Huret

    Citation

    This paper should be referenced as such :
    Dessen P, Knuutila S, Huret JL . Chromosome . Atlas Genet Cytogenet Oncol Haematol. Jul 2004 .
    URL : http://AtlasGeneticsOncology.org/Indexbychrom/idxa_20.html
    Dessen P, Huret JL . Chromosome . Atlas Genet Cytogenet Oncol Haematol. Dec 2014 .
    URL : http://AtlasGeneticsOncology.org/Indexbychrom/idxa_20.html
    © Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology
    indexed on : Sun Dec 21 03:39:03 CET 2014


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