Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology


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Digestive Organ Tumors

Atlas classification and Phylum
Colon: Colorectal adenocarcinoma
del(10)(q23q23) PLCE1/CYP2C19
del(10)(q24) NT5C2/ASAH2
del(10)(q25q25) VTI1A/TCF7L2
del(13)(q12q13) PAN3/RFC3
Esophagus: Barrett's esophagus, dysplasia and adenocarcinoma
Gallbladder: Carcinoma of the gallbladder and extrahepatic bile ducts
Gallbladder: Intrahepatic cholangiocarcinoma
Gastric Tumors: an overview
Inflammatory fibroid polyps
inv(10)(p11p12) ACBD5/ZEB1
inv(12)(p13q24) MED13L/CD4
inv(12)(p13q24) MED13L/LAG3
inv(13)(q13q34) TUBGCP3/PDS5B
inv(20)(q13q13) ATP9A/ARFGEF2
inv(22)(q12q12) SFI1/TPST2
inv(22)(q12q13) CHEK2/PARVB
inv(2)(p23p23) CAD/ALK
inv(3)(p24q13) CFAP44/TGFBR2
Liver: Adenoma
Liver: Combined hepatocellular and cholangiocarcinoma
Liver: Fibrolamellar carcinoma
Liver: Hepatoblastoma
Liver: Hepatocellular carcinoma
Liver: Mesenchymal hamartoma with t(11;19)(q11;q13) MALAT1/MHLB1
Liver: Nested stromal epithelial tumor
Liver tumors: an overview
Liver: Undifferentiated carcinoma
Pancreas: Solid pseudopapillary tumour of the pancreas with t(11;22)(q24;q12) EWSR1/FLI1
Pancreatic tumors: an overview
t(10;10)(p11;q26) FGFR2/CCDC7
t(10;10)(q11;q11) TIMM23B/LINC00843
t(10;10)(q11;q11) TIMM23B/LINC00843
t(10;10)(q11;q11) TIMM23B/LINC00843
t(10;10)(q11;q11) TIMM23B/LINC00843
t(10;10)(q11;q11) TIMM23B/LINC00843
t(10;10)(q11;q11) TIMM23B/LINC00843
t(10;10)(q21;q26) BICC1/FGFR2
t(10;10)(q21;q26) FGFR2/BICC1
t(10;10)(q24;q26) FGFR2/MGEA5
t(10;10)(q25;q26) FGFR2/SHTN1
t(10;10)(q26;q26) EIF3A/SFXN4
t(10;10)(q26;q26) FGFR2/TACC2
t(10;11)(q26;p13) CD44/FGFR2
t(10;12)(q26;q12) FGFR2/PPHLN1
t(10;18)(q26;q12) FGFR2/NOL4
t(10;20)(q11;p12) RRBP1/RET
t(1;10)(p13;q26) FGFR2/AHCYL1
t(11;11)(q13;q13) CAPN1/SPDYC
t(11;11)(q23;q23) SIDT2/TAGLN
t(11;11)(q23;q23) SIDT2/TAGLN
t(11;11)(q23;q23) SIDT2/TAGLN
t(11;12)(q13;q13) MALAT1/GLI1
t(11;15)(p15;q22) FAM96A/STIM1
t(11;17)(p11;q12) MDK/ERBB2
t(11;18)(q22;q21) BIRC3/MALT1
t(11;18)(q22;q21) BIRC3/MALT1
t(11;18)(q22;q21) BIRC3/MALT1
t(11;18)(q22;q21) BIRC3/MALT1
t(1;11)(p32;q13) CCND1/TACSTD2
t(1;11)(p32;q13) CCND1/TACSTD2
t(11;22)(p12;q12) TTC17/TTC28
t(1;14)(p22;q32) IGH/BCL10
t(1;1)(p12;p13) PTGFRN/NOTCH2
t(1;1)(p22;p22) CTBS/GNG5
t(1;1)(p22;p22) CTBS/GNG5
t(1;1)(p34;p34) IPP/GPBP1L1
t(1;1)(p35;p35) PHACTR4/RCC1
t(1;1)(p36;p36) CASZ1/MTOR
t(1;1)(p36;p36) CTNNBIP1/CLSTN1
t(1;1)(p36;p36) THAP3/TCEA3
t(1;1)(q21;q21) NOTCH2NL/NBPF10
t(1;1)(q21;q21) SLC39A1/CRTC2
t(1;1)(q21;q21) SLC39A1/CRTC2
t(1;1)(q21;q21) VPS45/PLEKHO1
t(1;1)(q22;q23) LMNA/NTRK1
t(1;1)(q23;q25) RABGAP1L/NTRK1
t(12;12)(p13;p13) SCNN1A/TNFRSF1A
t(12;12)(p13;p13) VAMP1/CD27-AS1
t(12;12)(p13;q13) CD9/ARHGEF25
t(12;19)(p13;p13) GRIN2B/CYP4F3
t(12;22)(q22;q13) ACO2/CRADD
t(1;22)(q21;q12) PDE4DIP/TTC28
t(1;2)(p22;p11) IGK/BCL10
t(13;13)(q13;q13) EEF1DP3/FRY
t(13;13)(q14;q21) KPNA3/PCDH9
t(14;18)(q32;q21) IGH/BCL2
t(14;18)(q32;q21) IGH/BCL2
t(14;18)(q32;q21) IGH/BCL2
t(14;18)(q32;q21) IGH/MALT1
t(14;18)(q32;q21) IGH/MALT1
t(15;15)(q22;q22) ANXA2/RORA
t(15;15)(q25;q25) ACSBG1/IDH3A
t(15;15)(q25;q25) AKAP13/PDE8A
t(15;20)(q15;q13) NCOA3/SPINT1
t(16;16)(p12;p12) ARL6IP1/RPS15A
t(16;16)(q22;q22) COG8/TERF2
t(17;17)(q11;q12) CPD/ERBB2
t(17;17)(q11;q12) NOS2/ERBB2
t(17;17)(q11;q12) ZNF207/ERBB2
t(17;17)(q12;q21) ERBB2/JUP
t(17;17)(q21;q21) KANSL1/ARL17A
t(17;17)(q21;q21) KANSL1/ARL17A
t(17;17)(q21;q21) KANSL1/ARL17B
t(17;17)(q21;q21) KANSL1/ARL17B
t(17;17)(q21;q21) SMARCE1/KRT222
t(17;17)(q21;q21) SPAG9/MBTD1
t(17;19)(q12;p13) TADA2A/MEF2B
t(17;20)(q24;q11) HELZ/SNTA1
t(1;7)(p36;q34) AGTRAP/BRAF
t(18;18)(q11;q11) ESCO1/ABHD3
t(18;18)(q21;q21) NEDD4L/SERPINB5
t(18;19)(q21;p13) DYM/DAZAP1
t(19;19)(q13;q13) PRMT1/FLT3LG
t(19;19)(q13;q13) PRR12/PRRG2
t(19;19)(q13;q13) SIPA1L3/SYMPK
t(19;19)(q13;q13) UBA2/WTIP
t(19;21)(p13;q21) ARHGEF18/CHODL-AS1
t(20;20)(p12;p12) KIF16B/PCSK2
t(20;20)(q11;q11) HM13/DEFB123
t(20;20)(q13;q13) B4GALT5/EYA2
t(2;11)(p11;p15) NAV2/TCF7L1
t(2;15)(p21;q25) EML4/NTRK3
t(2;19)(p13;p13) ANXA4/PKN1
t(22;22)(q13;q13) ADSL/SGSM3
t(3;22)(q26;q12) SPATA16/TTC28
t(3;3)(p21;p21) RHOA/COL7A1
t(3;3)(p25;p25) ATG7/RAF1
t(3;3)(p25;p25) HACL1/COLQ
t(3;3)(q12;q12) TFG/ADGRG7
t(3;3)(q22;q22) STAG1/MSL2
t(3;3)(q25;q25) TRIM59/IFT80
t(3;3)(q26;q26) FNDC3B/PRKCI
t(3;3)(q26;q26) GPR160/SLC7A14
t(3;3)(q26;q26) PHC3/EIF5A2
t(3;5)(q22;q31) CLDN18/ARHGAP26
t(3;7)(p22;q34) MYRIP/BRAF
t(4;10)(p16;q26) FGFR2/TACC3
t(4;4)(p15;q13) ANKRD17/HS3ST1
t(5;10)(q35;q26) FGFR2/NPM1
t(5;5)(p13;p13) PRKAA1/TTC33
t(5;5)(q12;q12) CWC27/RNF180
t(5;5)(q14;q23) LMNB1/HOMER1
t(5;5)(q21;q21) MAN2A1/FER
t(5;5)(q21;q21) MAN2A1/FER
t(5;5)(q23;q23) COMMD10/AP3S1
t(5;5)(q23;q34) ATP10B/COMMD10
t(5;8)(q23;q11) CDC42SE2/SPIDR
t(6;6)(p21;p21) HLA-E/HLA-B
t(6;6)(p21;p21) SLC29A1/HSP90AB1
t(6;6)(p21;p21) TFEB/TRERF1
t(6;6)(p22;p22) E2F3/CDKAL1
t(6;6)(p22;p22) HIST1H4E/HIST1H4B
t(6;6)(q22;q22) PTPRK/RSPO3
t(6;6)(q22;q22) PTPRK/RSPO3
t(6;6)(q22;q23) MAP7/TPD52L1
t(6;6)(q23;q27) EPB41L2/FRMD1
t(6;7)(q21;q31) SOBP/MET
t(7;15)(q34;q24) ETFA/BRAF
t(7;16)(q34;q24) ZC3HAV1L/CHMP1A
t(7;7)(p11;p12) SEPT7P2/PSPH
t(7;7)(q22;q22) AZGP1/GJC3
t(7;7)(q22;q22) AZGP1/GJC3
t(7;7)(q22;q22) DUS4L/BCAP29
t(7;7)(q31;q31) CAPZA2/MET
t(7;7)(q32;q34) SND1/BRAF
t(7;7)(q34;q36) AGAP3/BRAF
t(7;7)(q36;q36) UBE3C/WDR60
t(7;8)(q31;q23) OXR1/MET
t(8;10)(p21;q22) SLC39A14/TSPAN15
t(8;10)(q24;q26) PVT1/ATE1
t(8;11)(q24;p13) APIP/PVT1
t(8;11)(q24;p13) PVT1/PDHX
t(8;8)(p11;p12) GTF2E2/ADAM32
t(8;8)(q13;q13) LACTB2/NCOA2
t(8;8)(q21;q21) CPNE3/PSKH2
t(8;8)(q21;q24) SAMD12/ZBTB10
t(8;8)(q23;q23) EIF3E/RSPO2
t(8;8)(q24;q24) NRBP2/VPS28
t(8;8)(q24;q24) PVT1/MYC
t(9;9)(q32;q33) TTLL11/SNX30
t(9;9)(q33;q33) STRBP/DENND1A
t(9;9)(q34;q34) TSC1/RAPGEF1
t(X;22)(p22;q12) EWSR1/BEND2
t(X;22)(q26;q12) TTC28/HS6ST2
t(X;22)(q28;q12) TTC28/CD99L2
t(X;3)(p22;q22) CLDN18/ARHGAP6
t(X;X)(p11;p11) USP9X/ERAS

Nosology, Thesaurus and Census of Solid Tumors
Digestive organs

Contributor(s)

WrittenApr 2017Jean-Loup Huret

© Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology
indexed on : Wed Apr 11 16:48:26 CEST 2018

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